More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_3766 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008255  CHU_3766  ribosomal pseudouridine synthase C, large subunit  100 
 
 		 223 aa  466  9.999999999999999e-131  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.695694  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4712  pseudouridine synthase  39.13 
 
 		 229 aa  144  1e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2431  pseudouridine synthase  38.92 
 
 		 223 aa  141  7e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0707  pseudouridine synthase  37.5 
 
 		 228 aa  141  7e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.265923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1153  pseudouridine synthase  34.63 
 
 		 255 aa  138  7e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00899348  normal  0.812865 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4400  pseudouridine synthase  35.47 
 
 		 248 aa  137  2e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0345  pseudouridine synthase  35.38 
 
 		 226 aa  136  3.0000000000000003e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1191  pseudouridine synthase  36.23 
 
 		 242 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.8752  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3219  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.93 
 
 		 242 aa  133  1.9999999999999998e-30  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1533  pseudouridine synthase  37.32 
 
 		 215 aa  132  3e-30  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0278  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.01 
 
 		 231 aa  130  1.0000000000000001e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3776  pseudouridine synthase  34.4 
 
 		 243 aa  129  3e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10688  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.78 
 
 		 232 aa  122  4e-27  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.359462  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2721  pseudouridine synthase  35.38 
 
 		 246 aa  120  1.9999999999999998e-26  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0403839  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0405  pseudouridine synthase  30.81 
 
 		 258 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0461  pseudouridine synthase  31.94 
 
 		 233 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0655  pseudouridine synthase  35.29 
 
 		 241 aa  114  7.999999999999999e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.10472  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  31.88 
 
 		 305 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0631  pseudouridine synthase  29.39 
 
 		 269 aa  112  4.0000000000000004e-24  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.299089  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2609  pseudouridine synthase  33.03 
 
 		 237 aa  112  5e-24  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000148831  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0963  pseudouridine synthase  31.46 
 
 		 314 aa  106  2e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.334173  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1041  pseudouridine synthase  30.7 
 
 		 237 aa  106  2e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  30.99 
 
 		 304 aa  106  3e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.21 
 
 		 300 aa  105  4e-22  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1865  RluA family pseudouridine synthase  30.99 
 
 		 344 aa  105  4e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1014  RluA family pseudouridine synthase  31.07 
 
 		 307 aa  105  4e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2148  pseudouridine synthase  32.39 
 
 		 216 aa  105  5e-22  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.09 
 
 		 303 aa  104  1e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  30.62 
 
 		 302 aa  104  1e-21  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.19 
 
 		 307 aa  103  2e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  30.52 
 
 		 306 aa  102  4e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1446  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  30.19 
 
 		 307 aa  102  5e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  31.58 
 
 		 302 aa  102  6e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.28 
 
 		 300 aa  102  7e-21  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1287  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D (pseudouridylate synthase) (Uracil hydrolyase)  29.39 
 
 		 321 aa  101  9e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1184  ribosomal large subunit pseudouridylate synthase D  29.72 
 
 		 307 aa  101  1e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1286  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D (pseudouridylate synthase) (Uracil hydrolyase)  29.82 
 
 		 321 aa  101  1e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2869  pseudouridine synthase, RluA family  30.52 
 
 		 308 aa  101  1e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00082597  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  29.58 
 
 		 304 aa  101  1e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1382  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  30.66 
 
 		 307 aa  100  2e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.53631 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1206  RNA pseudouridylate synthase  30.66 
 
 		 307 aa  100  2e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.575901  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1304  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  30.66 
 
 		 307 aa  100  2e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  31.58 
 
 		 302 aa  100  2e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1721  pseudouridine synthase, RluD  29.39 
 
 		 346 aa  100  2e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  31.1 
 
 		 302 aa  100  2e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.25 
 
 		 334 aa  100  2e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  31.1 
 
 		 302 aa  100  2e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.54 
 
 		 347 aa  99.8  3e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1065  pseudouridine synthase, RluD  28.18 
 
 		 328 aa  99.8  3e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.901288  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.1 
 
 		 302 aa  99.4  4e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  31.1 
 
 		 302 aa  99.4  4e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.1 
 
 		 302 aa  99.4  4e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  31.1 
 
 		 302 aa  99.4  4e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2370  pseudouridine synthase  33.8 
 
 		 243 aa  99.4  4e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  31.1 
 
 		 302 aa  99.4  4e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1557  pseudouridine synthase  33.67 
 
 		 311 aa  99.4  4e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.343366  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1614  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30 
 
 		 315 aa  99.4  4e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000109224  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  31.1 
 
 		 302 aa  99.4  4e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.8 
 
 		 303 aa  99  6e-20  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1405  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.86 
 
 		 307 aa  98.6  6e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.899251  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2274  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  29.68 
 
 		 352 aa  98.6  7e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  30.62 
 
 		 302 aa  98.6  7e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0522  pseudouridine synthase, RluA family  29.41 
 
 		 304 aa  98.6  7e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1813  pseudouridine synthase, RluA family  31.94 
 
 		 526 aa  98.2  8e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.000000964916  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0714  23S rRNA pseudouridylate synthase C  30.43 
 
 		 326 aa  98.2  8e-20  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  29.65 
 
 		 320 aa  98.2  9e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0657  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  27.8 
 
 		 320 aa  98.2  9e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.422678 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01082  23S rRNA pseudouridylate synthase  32.47 
 
 		 319 aa  97.4  1e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000778536  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2561  pseudouridine synthase, RluA family  32.47 
 
 		 319 aa  97.4  1e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000499668  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01090  hypothetical protein  32.47 
 
 		 319 aa  97.4  1e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000557514  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1208  23S rRNA pseudouridylate synthase C  32.47 
 
 		 319 aa  97.4  1e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000011451  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1208  RluA family pseudouridine synthase  30.14 
 
 		 307 aa  97.4  1e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1878  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  29.44 
 
 		 301 aa  97.8  1e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000421798  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1100  pseudouridine synthase, RluA family  29.56 
 
 		 297 aa  97.8  1e-19  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1464  23S rRNA pseudouridylate synthase C  32.47 
 
 		 319 aa  97.4  1e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000220754  hitchhiker  0.00000000172116 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2041  23S rRNA pseudouridylate synthase C  32.47 
 
 		 319 aa  97.4  1e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000773418  hitchhiker  0.000351853 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1208  23S rRNA pseudouridylate synthase C  32.47 
 
 		 319 aa  97.4  1e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  5.7217399999999996e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2239  23S rRNA pseudouridylate synthase C  32.47 
 
 		 319 aa  97.8  1e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000198156  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2515  23S rRNA pseudouridylate synthase C  32.47 
 
 		 319 aa  97.4  1e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000444551  hitchhiker  0.0000916413 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1281  RluA family pseudouridine synthase  30.14 
 
 		 305 aa  97.1  2e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.71357  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31 
 
 		 305 aa  96.7  2e-19  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0591  RluA family pseudouridine synthase  30.57 
 
 		 322 aa  97.1  2e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0464018 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1256  RluA family pseudouridine synthase  30.14 
 
 		 305 aa  97.1  2e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2314  pseudouridine synthase, RluD  28.77 
 
 		 334 aa  97.1  2e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.651442  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1933  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  31.55 
 
 		 222 aa  97.1  2e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.640885  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1262  pseudouridylate synthase  29.18 
 
 		 293 aa  97.1  2e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.308846  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.68 
 
 		 301 aa  97.1  2e-19  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3085  RluA family pseudouridine synthase  28.45 
 
 		 398 aa  97.1  2e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.780286  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1344  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  30.81 
 
 		 307 aa  97.1  2e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.929825  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2235  RluA family pseudouridine synthase  31.2 
 
 		 313 aa  96.7  3e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.894524  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4000  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  30.19 
 
 		 307 aa  96.3  3e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0122358 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1219  pseudouridine synthase, RluA family  29 
 
 		 342 aa  96.7  3e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  30.94 
 
 		 319 aa  96.3  4e-19  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  28.07 
 
 		 300 aa  96.3  4e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1440  pseudouridine synthase, RluA family  28.57 
 
 		 347 aa  95.9  4e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.738263  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2404  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  28.88 
 
 		 329 aa  95.9  4e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000151583  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2474  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  28.88 
 
 		 329 aa  95.9  4e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0799284  normal  0.0195489 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1736  pseudouridine synthase  31.55 
 
 		 222 aa  96.3  4e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.175202  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2719  RluA family pseudouridine synthase  29.2 
 
 		 332 aa  95.9  5e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.344852  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1843  pseudouridine synthase  31.94 
 
 		 238 aa  95.5  6e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>