More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1262 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_1262  pseudouridylate synthase  100 
 
 		 293 aa  611  9.999999999999999e-175  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.308846  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1442  pseudouridine synthase  73.85 
 
 		 287 aa  435  1e-121  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1436  pseudouridine synthase  73.5 
 
 		 287 aa  434  1e-121  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1472  pseudouridine synthase  73.5 
 
 		 287 aa  434  1e-121  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.329833  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2911  pseudouridine synthase  73.14 
 
 		 287 aa  431  1e-120  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.131097  normal  0.387721 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2824  tRNA pseudouridine synthase C  77.01 
 
 		 284 aa  427  1e-118  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3289  pseudouridine synthase  71.43 
 
 		 285 aa  422  1e-117  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.629665  hitchhiker  0.00000299463 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2650  tRNA pseudouridine synthase C  78.09 
 
 		 284 aa  421  1e-117  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2891  pseudouridine synthase  72.79 
 
 		 284 aa  422  1e-117  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2717  tRNA pseudouridine synthase C  74.35 
 
 		 284 aa  422  1e-117  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1339  pseudouridylate synthase  77.43 
 
 		 275 aa  421  1e-116  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3169  pseudouridylate synthase  79.51 
 
 		 278 aa  414  9.999999999999999e-116  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1546  pseudouridylate synthase  69.2 
 
 		 298 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2643  pseudouridylate synthase  74.5 
 
 		 273 aa  407  1e-113  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.998826 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1131  pseudouridylate synthase  73.31 
 
 		 258 aa  403  1e-111  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002742  tRNA pseudouridine synthase C  54.55 
 
 		 256 aa  296  3e-79  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.766432  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03241  tRNA pseudouridine synthase C  54 
 
 		 255 aa  292  4e-78  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0411  tRNA pseudouridine synthase C  55 
 
 		 244 aa  286  2.9999999999999996e-76  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3184  pseudouridylate synthase  56.78 
 
 		 252 aa  285  5e-76  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.575849  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1821  pseudouridylate synthase  57.2 
 
 		 256 aa  281  1e-74  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1214  pseudouridine synthase  53.7 
 
 		 256 aa  281  1e-74  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0262969  normal  0.0773079 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0713  tRNA pseudouridine synthase C  51.59 
 
 		 263 aa  276  2e-73  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.772217  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0935  tRNA pseudouridine synthase C  54.04 
 
 		 266 aa  274  1.0000000000000001e-72  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00065013  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3366  tRNA pseudouridine synthase C  53.62 
 
 		 261 aa  271  8.000000000000001e-72  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.116388  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3171  tRNA pseudouridine synthase C  54.04 
 
 		 260 aa  270  2.9999999999999997e-71  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2987  tRNA pseudouridine synthase C  54.04 
 
 		 261 aa  267  1e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3796  tRNA pseudouridine synthase C  52.94 
 
 		 256 aa  267  2e-70  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000461215 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3244  tRNA pseudouridine synthase C  53.19 
 
 		 261 aa  265  5e-70  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.392486 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3441  tRNA pseudouridine synthase C  52.54 
 
 		 257 aa  265  5e-70  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1060  tRNA pseudouridine synthase C  52.54 
 
 		 257 aa  265  5e-70  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.323786  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1007  tRNA pseudouridine synthase C  52.54 
 
 		 257 aa  265  5e-70  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.228386  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3095  tRNA pseudouridine synthase C  53.19 
 
 		 260 aa  265  5e-70  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.352774  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02636  tRNA pseudouridine synthase  53.19 
 
 		 260 aa  264  1e-69  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.908245  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0897  pseudouridine synthase  53.19 
 
 		 260 aa  264  1e-69  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2931  tRNA pseudouridine synthase C  53.19 
 
 		 260 aa  264  1e-69  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.980626 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2935  tRNA pseudouridine synthase C  53.19 
 
 		 260 aa  264  1e-69  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0921  tRNA pseudouridine synthase C  53.19 
 
 		 260 aa  264  1e-69  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02598  hypothetical protein  53.19 
 
 		 260 aa  264  1e-69  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.908938  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4054  tRNA pseudouridine synthase C  53.19 
 
 		 260 aa  264  1e-69  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3081  tRNA pseudouridine synthase C  53.19 
 
 		 260 aa  264  1e-69  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.495199  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3124  tRNA pseudouridine synthase C  53.19 
 
 		 260 aa  262  4.999999999999999e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.756442 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3286  tRNA pseudouridine synthase C  53.19 
 
 		 260 aa  260  1e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.195915  normal  0.923379 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3171  tRNA pseudouridine synthase C  53.19 
 
 		 260 aa  260  2e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.316896  normal  0.156294 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3187  tRNA pseudouridine synthase C  53.19 
 
 		 260 aa  260  2e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.719199 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0854  tRNA pseudouridine synthase C  51.91 
 
 		 234 aa  259  4e-68  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000219419  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3106  tRNA pseudouridine synthase C  53.19 
 
 		 260 aa  259  4e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03037  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  53.07 
 
 		 265 aa  253  3e-66  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0267  tRNA pseudouridine synthase C  50.4 
 
 		 270 aa  247  1e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0611  pseudouridine synthase  49.15 
 
 		 241 aa  244  9.999999999999999e-64  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3649  tRNA pseudouridine synthase C  41.81 
 
 		 304 aa  243  3.9999999999999997e-63  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0279  pseudouridine synthase  48.73 
 
 		 252 aa  237  2e-61  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000931063  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3160  RNA pseudouridine synthase family protein  48.94 
 
 		 250 aa  236  3e-61  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.466098  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2110  pseudouridine synthase  48.51 
 
 		 245 aa  223  3e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3406  pseudouridine synthase  49.16 
 
 		 244 aa  223  4e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0321433 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3220  transaldolase  43.13 
 
 		 648 aa  219  5e-56  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3329  pseudouridine synthase  45.56 
 
 		 245 aa  216  2.9999999999999998e-55  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.346808  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2869  tRNA pseudouridine synthase C  44.96 
 
 		 242 aa  215  7e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2358  pseudouridine synthase  42.98 
 
 		 225 aa  204  2e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0324179  normal  0.496956 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2894  tRNA pseudouridine synthase C  43.4 
 
 		 261 aa  204  2e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0076  pseudouridine synthase  44.49 
 
 		 228 aa  202  4e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.694832  normal  0.499098 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0254  pseudouridine synthase  45.96 
 
 		 249 aa  200  1.9999999999999998e-50  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1054  tRNA pseudouridine synthase C  42.86 
 
 		 235 aa  190  2.9999999999999997e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1955  tRNA pseudouridine synthase C  44.07 
 
 		 246 aa  189  4e-47  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0419985 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2205  pseudouridine synthase  41.95 
 
 		 242 aa  185  6e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.323157 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2478  pseudouridine synthase  40.76 
 
 		 319 aa  184  1.0000000000000001e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.383615 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2278  tRNA pseudouridine synthase C  42.79 
 
 		 277 aa  179  4e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0554113  hitchhiker  0.00000285246 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3296  pseudouridine synthase  41.87 
 
 		 258 aa  178  9e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1355  pseudouridine synthase  42.98 
 
 		 268 aa  165  8e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.420116  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2505  tRNA pseudouridine synthase C  42.54 
 
 		 268 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.246785  normal  0.0153229 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02767  tRNA pseudouridine synthase C  39.09 
 
 		 238 aa  158  9e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.175179  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0177  pseudouridine synthase  37.39 
 
 		 253 aa  150  3e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  33.73 
 
 		 307 aa  124  2e-27  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3492  pseudouridine synthase  35.65 
 
 		 560 aa  124  2e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3159  pseudouridine synthase, RluA family  31.64 
 
 		 329 aa  122  6e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0665  hypothetical protein  35.11 
 
 		 341 aa  121  9.999999999999999e-27  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  31.01 
 
 		 305 aa  120  3e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  35.08 
 
 		 306 aa  119  7.999999999999999e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  35.08 
 
 		 306 aa  118  9e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0345  pseudouridine synthase  31.82 
 
 		 226 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1802  RluA family pseudouridine synthase  29.43 
 
 		 304 aa  112  5e-24  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10900  pseudouridine synthase, RluA family  31.3 
 
 		 320 aa  111  1.0000000000000001e-23  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.631494  unclonable  0.00000000285325 
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_12940  predicted protein  35.68 
 
 		 200 aa  110  3e-23  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0059  RluA family pseudouridine synthase  31.25 
 
 		 339 aa  109  6e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.14313 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.33 
 
 		 316 aa  109  7.000000000000001e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1840  RluA family pseudouridine synthase  29.29 
 
 		 304 aa  108  7.000000000000001e-23  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.65 
 
 		 334 aa  108  1e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.65 
 
 		 343 aa  108  1e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19664  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3085  RluA family pseudouridine synthase  34.33 
 
 		 398 aa  108  1e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.780286  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.65 
 
 		 347 aa  107  2e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3459  pseudouridine synthase, RluA family  32.77 
 
 		 319 aa  107  2e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0714  23S rRNA pseudouridylate synthase C  31.88 
 
 		 326 aa  107  2e-22  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0591  RluA family pseudouridine synthase  34.02 
 
 		 322 aa  107  2e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0464018 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3086  pseudouridine synthase, RluA family  34.25 
 
 		 341 aa  107  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.226558 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02917  rRNA ribosomal pseudouridine synthase  30.94 
 
 		 339 aa  106  4e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3396  pseudouridine synthase, RluA family  32.77 
 
 		 319 aa  106  4e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.685542  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2721  pseudouridine synthase  32.8 
 
 		 246 aa  106  4e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0403839  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0604  pseudouridine synthase, RluD  31.2 
 
 		 341 aa  106  4e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.206987 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.51 
 
 		 321 aa  106  4e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04873  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.16 
 
 		 333 aa  106  5e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1742  pseudouridine synthase, RluD  32.91 
 
 		 376 aa  106  5e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0441246 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>