More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcE24377A_1208 on replicon NC_009801
Organism: Escherichia coli E24377A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_01082  23S rRNA pseudouridylate synthase  100 
 
 
319 aa  650    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000778536  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2561  pseudouridine synthase, RluA family  100 
 
 
319 aa  650    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000499668  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1299  23S rRNA pseudouridylate synthase C  97.49 
 
 
319 aa  635    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.547954  hitchhiker  0.000000178257 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01090  hypothetical protein  100 
 
 
319 aa  650    Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000557514  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1208  23S rRNA pseudouridylate synthase C  100 
 
 
319 aa  650    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000011451  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1464  23S rRNA pseudouridylate synthase C  99.69 
 
 
319 aa  649    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000220754  hitchhiker  0.00000000172116 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2239  23S rRNA pseudouridylate synthase C  99.69 
 
 
319 aa  648    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000198156  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2515  23S rRNA pseudouridylate synthase C  100 
 
 
319 aa  650    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000444551  hitchhiker  0.0000916413 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1284  23S rRNA pseudouridylate synthase C  97.49 
 
 
319 aa  635    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0174547  hitchhiker  0.00000000220374 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1208  23S rRNA pseudouridylate synthase C  100 
 
 
319 aa  650    Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  5.7217399999999996e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1255  23S rRNA pseudouridylate synthase C  97.49 
 
 
319 aa  635    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0242253  normal  0.194151 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2185  23S rRNA pseudouridylate synthase C  97.49 
 
 
319 aa  635    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.012302  hitchhiker  0.000000000136846 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2041  23S rRNA pseudouridylate synthase C  99.69 
 
 
319 aa  647    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000773418  hitchhiker  0.000351853 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2001  23S rRNA pseudouridylate synthase C  97.18 
 
 
319 aa  633  1e-180  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000244921  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1601  23S rRNA pseudouridylate synthase C  91.77 
 
 
315 aa  589  1e-167  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000249423  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1616  pseudouridine synthase, RluA family  84.86 
 
 
320 aa  549  1e-155  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000133866  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2510  23S rRNA pseudouridylate synthase C  82.45 
 
 
318 aa  538  9.999999999999999e-153  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000592786  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2815  23S rRNA pseudouridylate synthase C  81.5 
 
 
318 aa  534  1e-151  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000464709  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1580  pseudouridine synthase, RluA family  79.81 
 
 
319 aa  516  1.0000000000000001e-145  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000241554  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1899  23S rRNA pseudouridylate synthase C  82.33 
 
 
320 aa  510  1e-143  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000000584108  hitchhiker  0.0000501686 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1678  23S rRNA pseudouridylate synthase C  80.7 
 
 
320 aa  504  9.999999999999999e-143  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000901915  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3506  23S rRNA pseudouridylate synthase C  80.7 
 
 
320 aa  503  1e-141  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000697428  normal  0.0147626 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1570  23S rRNA pseudouridylate synthase C  80.38 
 
 
320 aa  502  1e-141  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000517495  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0714  23S rRNA pseudouridylate synthase C  72.58 
 
 
326 aa  468  1.0000000000000001e-131  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0439  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  70 
 
 
322 aa  432  1e-120  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1491  pseudouridine synthase, RluA family protein  67.3 
 
 
318 aa  431  1e-120  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.446351  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1594  RluA family pseudouridine synthase  67.63 
 
 
329 aa  427  1e-119  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0260553  normal  0.0130241 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1708  RluA family pseudouridine synthase  66.88 
 
 
329 aa  424  1e-118  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000190104  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2301  pseudouridine synthase, RluD  66.67 
 
 
318 aa  427  1e-118  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00163378  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1751  RluA family pseudouridine synthase  66.88 
 
 
329 aa  425  1e-118  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000123206  normal  0.30128 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2404  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  65.42 
 
 
329 aa  424  1e-118  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000151583  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2474  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  65.42 
 
 
329 aa  424  1e-118  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0799284  normal  0.0195489 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2633  lysozyme  65.72 
 
 
325 aa  422  1e-117  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000151513 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2656  pseudouridine synthase, RluA family  66.88 
 
 
319 aa  423  1e-117  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0425559  hitchhiker  0.000122586 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2033  RluA family pseudouridine synthase  64.78 
 
 
319 aa  421  1e-117  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.904373  normal  0.0708013 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002989  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  67.95 
 
 
314 aa  423  1e-117  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0445865  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2503  RluA family pseudouridine synthase  66.46 
 
 
319 aa  422  1e-117  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.721496  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1574  RluA family pseudouridine synthase  65.83 
 
 
330 aa  422  1e-117  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00553384  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1711  RluA family pseudouridine synthase  66.88 
 
 
329 aa  424  1e-117  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000334248  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2566  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  64.8 
 
 
329 aa  421  1e-117  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00643292  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02339  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase  66.14 
 
 
313 aa  412  1e-114  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.336245  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02917  rRNA ribosomal pseudouridine synthase  67.74 
 
 
339 aa  414  1e-114  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1988  pseudouridylate synthase  66.04 
 
 
330 aa  412  1e-114  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00771455  normal  0.0114075 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1614  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  65.5 
 
 
315 aa  409  1e-113  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000109224  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2234  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (rRNA uridine isomerase C) (rRNA pseudouridylate synthase C)  64.06 
 
 
315 aa  407  1.0000000000000001e-112  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0928032  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2133  RluA family pseudouridine synthase  64.98 
 
 
318 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2290  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  63.26 
 
 
360 aa  387  1e-106  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2207  pseudouridine synthase, RluA family protein  62.66 
 
 
312 aa  386  1e-106  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.649752  normal  0.163859 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3840  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  59.87 
 
 
318 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.283554  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1639  pseudouridine synthase, RluD  59.24 
 
 
318 aa  355  5e-97  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.289887 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1482  RluA family pseudouridine synthase  58.26 
 
 
333 aa  355  6.999999999999999e-97  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00286389  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1620  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  59.37 
 
 
332 aa  354  1e-96  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00181118  normal  0.877955 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3808  RluA family pseudouridine synthase  57.94 
 
 
333 aa  353  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0127606  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1517  RluA family pseudouridine synthase  57.32 
 
 
333 aa  351  1e-95  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0000147946  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  57.91 
 
 
318 aa  343  2e-93  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0268386  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25580  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  57.23 
 
 
318 aa  343  2.9999999999999997e-93  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.050794  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4165  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  56.83 
 
 
320 aa  339  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0336491  normal  0.921895 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  56.49 
 
 
316 aa  339  4e-92  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0704  pseudouridine synthase, RluD  52.1 
 
 
312 aa  322  4e-87  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1875  RluA family pseudouridine synthase  54.75 
 
 
317 aa  320  1.9999999999999998e-86  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.763374  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14830  Pseudouridine synthase, RluC  61.57 
 
 
278 aa  317  1e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.300608  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2303  RluA family pseudouridine synthase  55.56 
 
 
323 aa  316  4e-85  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0819  RluA family pseudouridine synthase  53.35 
 
 
353 aa  312  3.9999999999999997e-84  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0956515  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2219  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  57.05 
 
 
317 aa  310  2e-83  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.654666  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1873  pseudouridine synthase, RluA family  57.05 
 
 
317 aa  310  2e-83  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0755786  normal  0.858498 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2274  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  52.23 
 
 
352 aa  309  5e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2844  pseudouridine synthase, RluD  52.08 
 
 
324 aa  305  5.0000000000000004e-82  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.546073  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1593  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  52.2 
 
 
315 aa  304  2.0000000000000002e-81  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.102826  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0988  RluA family pseudouridine synthase  51.71 
 
 
334 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0992  RluA family pseudouridine synthase  51.72 
 
 
316 aa  302  5.000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1041  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C protein  54.33 
 
 
331 aa  301  7.000000000000001e-81  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.017285  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2921  pseudouridine synthase, RluA family  51.1 
 
 
341 aa  301  8.000000000000001e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000000900564  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0906  pseudouridine synthase, RluA family  54.33 
 
 
344 aa  301  1e-80  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.447686  normal  0.0333397 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0971  pseudouridine synthase, RluA family  54 
 
 
344 aa  300  2e-80  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.158596 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1063  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  51.75 
 
 
323 aa  300  2e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0781222  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0632  pseudouridine synthase, RluD  52.02 
 
 
334 aa  300  2e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00978655  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1112  RluA family pseudouridine synthase  52.02 
 
 
334 aa  300  2e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.594641  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2439  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  51.9 
 
 
338 aa  298  6e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.122309  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1070  RluA family pseudouridine synthase  52.04 
 
 
316 aa  298  9e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0527141  normal  0.0360601 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1620  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  55.66 
 
 
321 aa  297  1e-79  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.27015  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1721  pseudouridine synthase, RluD  51.42 
 
 
346 aa  297  2e-79  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4224  pseudouridine synthase, RluD  50.47 
 
 
334 aa  295  6e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1065  pseudouridine synthase, RluD  50 
 
 
328 aa  293  3e-78  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.901288  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1429  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  52.75 
 
 
327 aa  292  5e-78  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.550632 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2175  pseudouridylate synthase  48.6 
 
 
330 aa  291  9e-78  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2214  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  50.82 
 
 
315 aa  291  1e-77  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2677  pseudouridine synthase, RluA family  50.95 
 
 
324 aa  290  2e-77  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.304816 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5281  RluA family pseudouridine synthase  48.92 
 
 
362 aa  290  2e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0773013  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2087  RluA family pseudouridine synthase  48.29 
 
 
330 aa  290  2e-77  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3085  RluA family pseudouridine synthase  47.51 
 
 
398 aa  289  5.0000000000000004e-77  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.780286  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1379  pseudouridine synthase, RluA family  50.32 
 
 
370 aa  288  8e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2242  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  50.49 
 
 
315 aa  287  1e-76  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  49.52 
 
 
334 aa  288  1e-76  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1563  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  50.47 
 
 
322 aa  286  2.9999999999999996e-76  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.151804 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0596  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  50.16 
 
 
308 aa  286  2.9999999999999996e-76  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000579613  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2435  pseudouridine synthase, RluA family  49.83 
 
 
319 aa  286  4e-76  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.267395  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1322  pseudouridine synthase, RluD  49.52 
 
 
326 aa  285  5.999999999999999e-76  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000381101  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1589  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  49.84 
 
 
308 aa  285  7e-76  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0462053  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2642  pseudouridine synthase, RluA family  49.84 
 
 
339 aa  285  8e-76  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.704369  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1174  RluA family pseudouridine synthase  50.16 
 
 
399 aa  284  1.0000000000000001e-75  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.539633  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>