More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CA2559_10688 on replicon NC_014230
Organism: Croceibacter atlanticus HTCC2559



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014230  CA2559_10688  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  100 
 
 		 232 aa  479  1e-134  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.359462  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4712  pseudouridine synthase  71.18 
 
 		 229 aa  343  1e-93  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1533  pseudouridine synthase  67.3 
 
 		 215 aa  288  7e-77  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3776  pseudouridine synthase  56.56 
 
 		 243 aa  264  1e-69  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4400  pseudouridine synthase  53.98 
 
 		 248 aa  254  7e-67  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0707  pseudouridine synthase  56.36 
 
 		 228 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.265923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3219  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  52.97 
 
 		 242 aa  235  4e-61  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2431  pseudouridine synthase  45.37 
 
 		 223 aa  186  3e-46  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1153  pseudouridine synthase  43.26 
 
 		 255 aa  179  2.9999999999999997e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00899348  normal  0.812865 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0631  pseudouridine synthase  39.91 
 
 		 269 aa  179  4.999999999999999e-44  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.299089  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0405  pseudouridine synthase  43.12 
 
 		 258 aa  177  1e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2721  pseudouridine synthase  42.22 
 
 		 246 aa  171  5.999999999999999e-42  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0403839  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0461  pseudouridine synthase  42.79 
 
 		 233 aa  170  2e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0278  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.47 
 
 		 231 aa  170  2e-41  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0345  pseudouridine synthase  42.65 
 
 		 226 aa  157  1e-37  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2609  pseudouridine synthase  44.05 
 
 		 237 aa  148  6e-35  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000148831  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1191  pseudouridine synthase  37.33 
 
 		 242 aa  145  5e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.8752  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2869  pseudouridine synthase, RluA family  34.21 
 
 		 308 aa  125  7e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00082597  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3766  ribosomal pseudouridine synthase C, large subunit  34.78 
 
 		 223 aa  122  4e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.695694  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1390  pseudouridine synthase  32.7 
 
 		 255 aa  122  6e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.371905  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1745  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.79 
 
 		 346 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28001  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  35.4 
 
 		 324 aa  120  3e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_02111  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  36.49 
 
 		 327 aa  119  3e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2505  RluA family pseudouridine synthase  31.97 
 
 		 346 aa  119  6e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02691  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  37.22 
 
 		 326 aa  117  9.999999999999999e-26  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.88343  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0391  RluA family pseudouridine synthase  32.38 
 
 		 346 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1560  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  37.22 
 
 		 326 aa  117  1.9999999999999998e-25  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2195  RNA pseudouridylate synthase family protein  33.05 
 
 		 236 aa  116  3e-25  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.62 
 
 		 333 aa  116  3e-25  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  33.49 
 
 		 305 aa  115  6e-25  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2083  RluA family pseudouridine synthase  36.53 
 
 		 326 aa  115  6e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1000  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.07 
 
 		 326 aa  114  8.999999999999998e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2086  pseudouridine synthase, RluA family  35.62 
 
 		 330 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.140778  normal  0.342789 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1440  pseudouridine synthase, RluA family  33.61 
 
 		 347 aa  114  1.0000000000000001e-24  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.738263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0966  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.07 
 
 		 318 aa  114  1.0000000000000001e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.948591  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2844  pseudouridine synthase  31.31 
 
 		 249 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.340445  normal  0.556308 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1798  pseudouridine synthase, RluA family  33.76 
 
 		 349 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1884  pseudouridine synthase, RluA family  35.16 
 
 		 329 aa  113  3e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0958449  normal  0.0260992 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1100  pseudouridine synthase, RluA family  34.84 
 
 		 297 aa  113  3e-24  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2370  pseudouridine synthase  36.7 
 
 		 243 aa  112  4.0000000000000004e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1883  pseudouridine synthase  31.48 
 
 		 264 aa  112  5e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.135329  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.6 
 
 		 350 aa  112  5e-24  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.784854  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1622  pseudouridine synthase, RluD  32.35 
 
 		 363 aa  112  7.000000000000001e-24  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2722  pseudouridine synthase  32.23 
 
 		 239 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02131  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  33.93 
 
 		 319 aa  110  1.0000000000000001e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  31.02 
 
 		 303 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0195  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  33.93 
 
 		 319 aa  110  2.0000000000000002e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0799995  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1019  RluA family pseudouridine synthase  34.09 
 
 		 330 aa  110  2.0000000000000002e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.798058 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1648  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.88 
 
 		 327 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.141846  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2578  pseudouridine synthase, RluA family  31.56 
 
 		 343 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.728308  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1296  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  34.84 
 
 		 322 aa  110  2.0000000000000002e-23  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1495  pseudouridine synthase, RluA family  31.78 
 
 		 354 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0445  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  34.39 
 
 		 322 aa  109  3e-23  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_02111  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  33.93 
 
 		 319 aa  109  3e-23  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.496147  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2949  pseudouridine synthase  31.75 
 
 		 239 aa  109  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.316024  hitchhiker  0.00664146 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2406  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.79 
 
 		 335 aa  109  4.0000000000000004e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0234677  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3409  pseudouridine synthase  31.92 
 
 		 228 aa  108  5e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.386946 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  33.03 
 
 		 306 aa  109  5e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1416  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.84 
 
 		 322 aa  108  6e-23  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1224  pseudouridylate synthase  35.6 
 
 		 324 aa  108  6e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00465403  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.9 
 
 		 322 aa  108  7.000000000000001e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1414  RluA family pseudouridine synthase  35.6 
 
 		 324 aa  108  7.000000000000001e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.003829  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5337  pseudouridine synthase  32.55 
 
 		 224 aa  108  7.000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.588803  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2141  pseudouridine synthase, RluD  33.79 
 
 		 339 aa  108  8.000000000000001e-23  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  31.14 
 
 		 320 aa  108  8.000000000000001e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02221  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  33.19 
 
 		 320 aa  108  9.000000000000001e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.135305  n/a   
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_15960  predicted protein  34.36 
 
 		 325 aa  107  1e-22  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.713821  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0591  RluA family pseudouridine synthase  33.62 
 
 		 322 aa  107  2e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0464018 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0410  pseudouridine synthase  32.77 
 
 		 246 aa  106  3e-22  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.503733  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4412  pseudouridine synthase  31.63 
 
 		 228 aa  106  3e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3480  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.13 
 
 		 348 aa  106  3e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0583016 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  31.14 
 
 		 306 aa  106  3e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1878  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  33.33 
 
 		 301 aa  105  4e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000421798  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3518  pseudouridine synthase, RluA family  31.84 
 
 		 299 aa  106  4e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0411  tRNA pseudouridine synthase C  30.38 
 
 		 244 aa  105  4e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0730  RluA family pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 327 aa  105  5e-22  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0504919  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1849  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.18 
 
 		 316 aa  105  5e-22  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.97184  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0783  pseudouridine synthase, RluD  30.51 
 
 		 354 aa  105  6e-22  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1083  pseudouridine synthase, RluA family  33.18 
 
 		 334 aa  105  7e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0421612  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0482  pseudouridine synthase, RluA family  30.7 
 
 		 326 aa  105  7e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147798  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1044  pseudouridine synthase, RluA family  33.33 
 
 		 346 aa  105  7e-22  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2261  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.88 
 
 		 330 aa  105  7e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0492  pseudouridine synthase, RluA family  33.03 
 
 		 325 aa  104  9e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113875 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  31.65 
 
 		 304 aa  105  9e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4767  RluA family pseudouridine synthase  34.1 
 
 		 364 aa  104  9e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.305838  hitchhiker  0.0012362 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4836  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.58 
 
 		 320 aa  104  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.474352 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3490  pseudouridine synthase, RluA family  32.9 
 
 		 329 aa  104  1e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.788611  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  31.14 
 
 		 306 aa  104  1e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  32.39 
 
 		 307 aa  103  2e-21  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1390  pseudouridine synthase, RluA family  30.77 
 
 		 348 aa  103  2e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.568078 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3459  pseudouridine synthase, RluA family  29.82 
 
 		 319 aa  103  2e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0906  pseudouridine synthase, RluA family  32.35 
 
 		 344 aa  103  2e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.447686  normal  0.0333397 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.18 
 
 		 304 aa  103  2e-21  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1041  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C protein  32.16 
 
 		 331 aa  103  3e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.017285  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  33.79 
 
 		 331 aa  103  3e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.31 
 
 		 320 aa  103  3e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.587851  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0704  pseudouridine synthase, RluD  32.88 
 
 		 312 aa  103  3e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2921  pseudouridine synthase, RluA family  32.05 
 
 		 341 aa  103  3e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000000900564  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2837  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.8 
 
 		 436 aa  102  4e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0449259  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1063  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.05 
 
 		 323 aa  102  4e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0781222  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>