More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PHATRDRAFT_15960 on replicon NC_011690
Organism: Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011690  PHATRDRAFT_15960  predicted protein  100 
 
 
325 aa  673    Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.713821  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2903  RluA family pseudouridine synthase  39.87 
 
 
323 aa  208  9e-53  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0413037  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1612  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.65 
 
 
356 aa  199  5e-50  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000933226 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1324  pseudouridine synthase, RluA family  39.16 
 
 
328 aa  198  9e-50  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.3 
 
 
308 aa  197  1.0000000000000001e-49  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1604  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38 
 
 
318 aa  197  2.0000000000000003e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  38.1 
 
 
318 aa  197  2.0000000000000003e-49  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  40.13 
 
 
305 aa  194  2e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1985  RluA family pseudouridine synthase  37.32 
 
 
377 aa  191  1e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.122684  normal  0.0341634 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  39.87 
 
 
331 aa  191  2e-47  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5026  RluA family pseudouridine synthase  38 
 
 
356 aa  190  2e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.257508  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  36.77 
 
 
326 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5094  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.86 
 
 
402 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.760184 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  38.68 
 
 
300 aa  189  7e-47  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  37.01 
 
 
303 aa  187  2e-46  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1447  pseudouridine synthase, RluD  36.84 
 
 
578 aa  187  2e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60210  pseudouridine synthase  38.49 
 
 
320 aa  187  2e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000135219 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.16 
 
 
321 aa  186  3e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6286  pseudouridine synthase, RluD  37.54 
 
 
402 aa  187  3e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1793  RluA family pseudouridine synthase  37.54 
 
 
402 aa  187  3e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5183  pseudouridine synthase  38.49 
 
 
320 aa  186  4e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.521194  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  35.6 
 
 
304 aa  186  4e-46  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2034  pseudouridine synthase, RluA family  38.89 
 
 
340 aa  186  4e-46  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0680786  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2132  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.58 
 
 
332 aa  186  4e-46  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.864009 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1817  RluA family pseudouridine synthase  37.54 
 
 
360 aa  186  6e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.294999 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1353  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.94 
 
 
403 aa  186  6e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.270637  normal  0.743014 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  41.22 
 
 
323 aa  185  7e-46  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  39.02 
 
 
315 aa  184  1.0000000000000001e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1083  pseudouridine synthase, RluA family  37.33 
 
 
334 aa  184  1.0000000000000001e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0421612  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1481  RluA family pseudouridine synthase  37.54 
 
 
400 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00249005  normal  0.0889319 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2975  23S rRNA pseudouridine synthase D  37.34 
 
 
326 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0427325  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1704  RluA family pseudouridine synthase  37.54 
 
 
407 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.225391  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1865  RluA family pseudouridine synthase  39.73 
 
 
344 aa  184  2.0000000000000003e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  39.02 
 
 
310 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2346  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.25 
 
 
438 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0455755 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1731  RluA family pseudouridine synthase  37.54 
 
 
405 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.895388  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3657  RluA family pseudouridine synthase  35.31 
 
 
344 aa  184  2.0000000000000003e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0134519  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2880  23S rRNA pseudouridine synthase D  37.34 
 
 
326 aa  183  3e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0196126  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3835  23S rRNA pseudouridine synthase D  37.34 
 
 
326 aa  183  3e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000664381  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02484  23S rRNA pseudouridine synthase  37.03 
 
 
326 aa  183  4.0000000000000006e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.174607  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1078  pseudouridine synthase, RluA family  37.03 
 
 
326 aa  183  4.0000000000000006e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0158788  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2752  23S rRNA pseudouridine synthase D  37.03 
 
 
326 aa  183  4.0000000000000006e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000325368  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02448  hypothetical protein  37.03 
 
 
326 aa  183  4.0000000000000006e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.166137  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1087  23S rRNA pseudouridine synthase D  37.03 
 
 
326 aa  183  4.0000000000000006e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.097503  decreased coverage  0.000000284548 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0967  RluA family pseudouridine synthase  36.6 
 
 
436 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1841  pseudouridine synthase, RluA family  37.25 
 
 
431 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.482122  normal  0.168334 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  37.3 
 
 
320 aa  182  5.0000000000000004e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01005  23S rRNA pseudouridine synthase D  37.96 
 
 
325 aa  182  9.000000000000001e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2235  RluA family pseudouridine synthase  38.39 
 
 
313 aa  182  9.000000000000001e-45  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.894524  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2748  23S rRNA pseudouridine synthase D  37.03 
 
 
326 aa  182  9.000000000000001e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0255935  normal  0.237135 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.48 
 
 
313 aa  181  1e-44  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1163  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.75 
 
 
334 aa  180  2e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.94 
 
 
343 aa  181  2e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2615  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.21 
 
 
344 aa  181  2e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0357699  normal  0.629555 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  40.48 
 
 
306 aa  181  2e-44  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1440  pseudouridine synthase, RluA family  37.22 
 
 
347 aa  180  2e-44  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.738263  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.62 
 
 
300 aa  180  2.9999999999999997e-44  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.34 
 
 
347 aa  180  2.9999999999999997e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  36.89 
 
 
313 aa  180  2.9999999999999997e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.34 
 
 
334 aa  180  2.9999999999999997e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0969  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.34 
 
 
324 aa  180  4e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.466312 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2406  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.93 
 
 
335 aa  179  4e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0234677  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  37.92 
 
 
316 aa  179  4.999999999999999e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1335  RluA family pseudouridine synthase  37.23 
 
 
327 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000257398  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.72 
 
 
303 aa  179  5.999999999999999e-44  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  38.65 
 
 
334 aa  179  5.999999999999999e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  38.14 
 
 
319 aa  178  1e-43  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2879  23S rRNA pseudouridine synthase D  36.14 
 
 
326 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.206538 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2858  23S rRNA pseudouridine synthase D  36.14 
 
 
326 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0524542 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.79 
 
 
320 aa  177  2e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.587851  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2877  23S rRNA pseudouridine synthase D  36.14 
 
 
326 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.673786 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2774  23S rRNA pseudouridine synthase D  36.14 
 
 
326 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00023272  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1390  pseudouridine synthase, RluA family  36.3 
 
 
348 aa  177  2e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.568078 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0984  pseudouridine synthase, RluA family  36.18 
 
 
320 aa  177  2e-43  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0148654  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2991  23S rRNA pseudouridine synthase D  36.14 
 
 
326 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0372  pseudouridine synthase, RluA family  37.35 
 
 
334 aa  177  2e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.544933  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.32 
 
 
343 aa  177  2e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19664  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3480  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.03 
 
 
348 aa  177  3e-43  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0583016 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2164  RluA family pseudouridine synthase  38.61 
 
 
482 aa  176  4e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.317837  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0771  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.34 
 
 
323 aa  176  4e-43  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.497941  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1591  pseudouridine synthase, RluA family  34.26 
 
 
370 aa  176  4e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.150486  decreased coverage  0.00904495 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  36.3 
 
 
306 aa  176  4e-43  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0663  RluA family pseudouridine synthase  37.74 
 
 
352 aa  176  5e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.241862  normal  0.120069 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.17 
 
 
300 aa  176  5e-43  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0665  hypothetical protein  35.9 
 
 
341 aa  176  5e-43  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0669  RluA family pseudouridine synthase  37.42 
 
 
352 aa  176  5e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  37.29 
 
 
302 aa  176  5e-43  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0878  pseudouridine synthase RluA family  38.14 
 
 
327 aa  176  5e-43  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.936233  normal  0.697349 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2620  RluA family pseudouridine synthase  33.77 
 
 
347 aa  176  6e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0482  pseudouridine synthase, RluA family  38.51 
 
 
326 aa  176  6e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147798  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004394  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.53 
 
 
325 aa  176  6e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.530574  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0726  pseudouridine synthase, RluD  36.99 
 
 
320 aa  175  7e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3012  RluA family pseudouridine synthase  40.26 
 
 
311 aa  176  7e-43  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.17598  normal  0.601739 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1919  pseudouridine synthase, RluA family  33.85 
 
 
370 aa  175  7e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.338974  normal  0.0110313 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  36.7 
 
 
315 aa  175  9e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3477  23S rRNA pseudouridine synthase D  36.39 
 
 
325 aa  175  9e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.118484  normal  0.239433 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3351  23S rRNA pseudouridine synthase D  36.39 
 
 
325 aa  175  9e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.11955  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1572  RluA family pseudouridine synthase  35.99 
 
 
420 aa  175  9.999999999999999e-43  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00305296  hitchhiker  0.00710721 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0606  pseudouridine synthase RluD  36.81 
 
 
391 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.32929  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3159  pseudouridine synthase, RluA family  37.22 
 
 
329 aa  174  9.999999999999999e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>