More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrub_0878 on replicon NC_013946
Organism: Meiothermus ruber DSM 1279



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013946  Mrub_0878  pseudouridine synthase RluA family  100 
 
 
327 aa  655    Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.936233  normal  0.697349 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2574  pseudouridine synthase, RluA family  72.19 
 
 
315 aa  434  1e-121  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0131416  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0604  pseudouridine synthase, RluD  54.06 
 
 
341 aa  277  2e-73  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.206987 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.78 
 
 
303 aa  232  8.000000000000001e-60  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  45.92 
 
 
305 aa  230  2e-59  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  47.85 
 
 
311 aa  231  2e-59  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  47.85 
 
 
311 aa  229  5e-59  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  45.45 
 
 
304 aa  226  4e-58  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  40.78 
 
 
305 aa  221  9e-57  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  47.83 
 
 
310 aa  221  9.999999999999999e-57  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  44.03 
 
 
323 aa  220  1.9999999999999999e-56  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  43.14 
 
 
313 aa  218  8.999999999999998e-56  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  44.98 
 
 
326 aa  217  2e-55  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.08 
 
 
303 aa  218  2e-55  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1044  pseudouridine synthase, RluA family  43.85 
 
 
346 aa  216  2.9999999999999998e-55  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.21 
 
 
350 aa  216  5.9999999999999996e-55  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.784854  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3345  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.72 
 
 
333 aa  215  9e-55  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0783  pseudouridine synthase, RluD  42.81 
 
 
354 aa  214  9.999999999999999e-55  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2132  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.14 
 
 
332 aa  214  1.9999999999999998e-54  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.864009 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.61 
 
 
308 aa  213  2.9999999999999995e-54  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  44.22 
 
 
304 aa  213  3.9999999999999995e-54  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  42.03 
 
 
300 aa  212  4.9999999999999996e-54  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl387  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase  38.17 
 
 
311 aa  212  5.999999999999999e-54  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.319286  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.51 
 
 
343 aa  212  5.999999999999999e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19664  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  44.71 
 
 
334 aa  212  5.999999999999999e-54  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1901  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.51 
 
 
353 aa  212  7.999999999999999e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0554937  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  43.92 
 
 
309 aa  211  1e-53  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1440  pseudouridine synthase, RluA family  42.5 
 
 
347 aa  210  2e-53  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.738263  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2063  pseudouridine synthase, RluA family  45.98 
 
 
352 aa  210  3e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.585518  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  41.2 
 
 
304 aa  210  3e-53  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.54 
 
 
343 aa  209  4e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0288  RluA family pseudouridine synthase  40.85 
 
 
336 aa  209  4e-53  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  43.4 
 
 
315 aa  209  4e-53  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  44.34 
 
 
306 aa  209  5e-53  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  42.09 
 
 
303 aa  209  6e-53  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  43.49 
 
 
302 aa  209  7e-53  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1978  pseudouridine synthase, RluA family  45.2 
 
 
353 aa  208  1e-52  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.11099  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  43.42 
 
 
305 aa  207  1e-52  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.13 
 
 
300 aa  207  2e-52  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  44.01 
 
 
306 aa  207  2e-52  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  43.3 
 
 
302 aa  207  3e-52  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  46.25 
 
 
320 aa  207  3e-52  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  43.3 
 
 
302 aa  206  4e-52  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.3 
 
 
302 aa  206  4e-52  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  43.3 
 
 
302 aa  206  4e-52  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  42.81 
 
 
302 aa  206  4e-52  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.3 
 
 
302 aa  206  5e-52  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0482  pseudouridine synthase, RluA family  47.3 
 
 
326 aa  206  5e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147798  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  43.3 
 
 
302 aa  206  5e-52  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  42.57 
 
 
306 aa  206  5e-52  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2903  RluA family pseudouridine synthase  39.45 
 
 
323 aa  205  7e-52  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0413037  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  43.79 
 
 
306 aa  205  7e-52  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  42.96 
 
 
302 aa  205  8e-52  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  42.96 
 
 
302 aa  204  1e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  39.73 
 
 
302 aa  204  2e-51  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5094  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.61 
 
 
402 aa  204  2e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.760184 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1622  pseudouridine synthase, RluD  40.84 
 
 
363 aa  204  2e-51  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1731  RluA family pseudouridine synthase  41.3 
 
 
405 aa  204  2e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.895388  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0984  pseudouridine synthase, RluA family  40.33 
 
 
320 aa  204  2e-51  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0148654  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1704  RluA family pseudouridine synthase  41.3 
 
 
407 aa  203  3e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.225391  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5026  RluA family pseudouridine synthase  42.07 
 
 
356 aa  203  3e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.257508  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.27 
 
 
300 aa  203  3e-51  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1481  RluA family pseudouridine synthase  42.31 
 
 
400 aa  203  3e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00249005  normal  0.0889319 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  45.16 
 
 
315 aa  203  4e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6286  pseudouridine synthase, RluD  41.61 
 
 
402 aa  202  5e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1793  RluA family pseudouridine synthase  41.61 
 
 
402 aa  202  5e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3086  pseudouridine synthase, RluA family  41.98 
 
 
341 aa  202  6e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.226558 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2346  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.59 
 
 
438 aa  202  7e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0455755 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.26 
 
 
305 aa  201  9.999999999999999e-51  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  42.61 
 
 
302 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2615  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.41 
 
 
344 aa  201  9.999999999999999e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0357699  normal  0.629555 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1841  pseudouridine synthase, RluA family  42.27 
 
 
431 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.482122  normal  0.168334 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3012  RluA family pseudouridine synthase  44.33 
 
 
311 aa  201  1.9999999999999998e-50  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.17598  normal  0.601739 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1220  ribosomal pseudouridine synthase  38.8 
 
 
323 aa  201  1.9999999999999998e-50  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  41.07 
 
 
316 aa  200  3e-50  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2253  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.75 
 
 
391 aa  200  3e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00391915  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1817  RluA family pseudouridine synthase  41.3 
 
 
360 aa  200  3e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.294999 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  42.07 
 
 
334 aa  199  5e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.82 
 
 
306 aa  199  5e-50  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1958  RluA family pseudouridine synthase  44.67 
 
 
293 aa  199  5e-50  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.576308  normal  0.790812 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1798  pseudouridine synthase, RluA family  42.27 
 
 
349 aa  199  7e-50  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  41.8 
 
 
314 aa  199  7e-50  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0395  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  32.51 
 
 
322 aa  199  7e-50  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.134097  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.95 
 
 
313 aa  198  9e-50  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.77 
 
 
347 aa  198  1.0000000000000001e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  44.63 
 
 
331 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1370  pseudouridine synthase, RluD  40.45 
 
 
352 aa  198  1.0000000000000001e-49  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1813  pseudouridine synthase, RluA family  41.2 
 
 
526 aa  198  1.0000000000000001e-49  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.000000964916  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1495  pseudouridine synthase, RluA family  41.19 
 
 
354 aa  198  1.0000000000000001e-49  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0967  RluA family pseudouridine synthase  41.01 
 
 
436 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3343  pseudouridine synthase, RluA family  41.95 
 
 
341 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0105982 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  39.93 
 
 
313 aa  197  2.0000000000000003e-49  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.77 
 
 
334 aa  197  2.0000000000000003e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3401  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.19 
 
 
310 aa  197  2.0000000000000003e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1572  RluA family pseudouridine synthase  37.58 
 
 
420 aa  197  2.0000000000000003e-49  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00305296  hitchhiker  0.00710721 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01005  23S rRNA pseudouridine synthase D  40.63 
 
 
325 aa  197  2.0000000000000003e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0238  23S rRNA pseudouridine synthase D  38.94 
 
 
324 aa  197  2.0000000000000003e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.846353  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3536  ribosomal large subunit pseudouridine synthase RluD subfamily  43.03 
 
 
342 aa  196  4.0000000000000005e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.618363  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1621  pseudouridine synthase, RluA family  43.24 
 
 
355 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1163  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.39 
 
 
334 aa  196  6e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>