More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_0631 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_0631  pseudouridine synthase  100 
 
 		 269 aa  551  1e-156  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.299089  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1153  pseudouridine synthase  41.73 
 
 		 255 aa  186  4e-46  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00899348  normal  0.812865 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0707  pseudouridine synthase  40.24 
 
 		 228 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.265923  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10688  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.91 
 
 		 232 aa  179  5.999999999999999e-44  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.359462  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0405  pseudouridine synthase  41.5 
 
 		 258 aa  177  2e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4400  pseudouridine synthase  42.73 
 
 		 248 aa  177  2e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0278  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.71 
 
 		 231 aa  175  7e-43  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4712  pseudouridine synthase  38.63 
 
 		 229 aa  174  9.999999999999999e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2431  pseudouridine synthase  40.6 
 
 		 223 aa  172  5e-42  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2721  pseudouridine synthase  39.83 
 
 		 246 aa  171  1e-41  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0403839  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3776  pseudouridine synthase  39.17 
 
 		 243 aa  166  4e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0461  pseudouridine synthase  45.98 
 
 		 233 aa  163  3e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2609  pseudouridine synthase  38.2 
 
 		 237 aa  160  1e-38  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000148831  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0345  pseudouridine synthase  35.42 
 
 		 226 aa  158  7e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1191  pseudouridine synthase  39.67 
 
 		 242 aa  154  2e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.8752  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1533  pseudouridine synthase  37.07 
 
 		 215 aa  146  3e-34  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3219  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.47 
 
 		 242 aa  145  1e-33  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1648  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.28 
 
 		 327 aa  124  2e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.141846  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2086  pseudouridine synthase, RluA family  34.25 
 
 		 330 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.140778  normal  0.342789 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1041  pseudouridine synthase  36.61 
 
 		 237 aa  118  9.999999999999999e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1019  RluA family pseudouridine synthase  33.06 
 
 		 330 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.798058 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1884  pseudouridine synthase, RluA family  32.68 
 
 		 329 aa  115  6e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0958449  normal  0.0260992 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0819  RluA family pseudouridine synthase  33.46 
 
 		 353 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0956515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1390  pseudouridine synthase  34.57 
 
 		 255 aa  112  6e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.371905  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3766  ribosomal pseudouridine synthase C, large subunit  29.39 
 
 		 223 aa  112  6e-24  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.695694  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0565  RluA family pseudouridine synthase  42.05 
 
 		 306 aa  112  8.000000000000001e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.789528  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1174  RluA family pseudouridine synthase  32.56 
 
 		 399 aa  112  9e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.539633  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1000  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.24 
 
 		 326 aa  111  1.0000000000000001e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0966  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.24 
 
 		 318 aa  110  2.0000000000000002e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.948591  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1379  pseudouridine synthase, RluA family  33.59 
 
 		 370 aa  110  3e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2083  RluA family pseudouridine synthase  31.84 
 
 		 326 aa  110  3e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2261  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.65 
 
 		 330 aa  109  4.0000000000000004e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  35.71 
 
 		 305 aa  109  5e-23  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  30.51 
 
 		 320 aa  109  6e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  36.02 
 
 		 307 aa  108  7.000000000000001e-23  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1440  pseudouridine synthase, RluA family  30.63 
 
 		 347 aa  108  8.000000000000001e-23  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.738263  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2370  pseudouridine synthase  32.77 
 
 		 243 aa  107  1e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2949  pseudouridine synthase  34.71 
 
 		 239 aa  108  1e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.316024  hitchhiker  0.00664146 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1563  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.56 
 
 		 322 aa  108  1e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.151804 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0061  pseudouridine synthase, RluA family  34.8 
 
 		 339 aa  108  1e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1777  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.11 
 
 		 328 aa  108  1e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00553261  decreased coverage  0.000101871 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0730  RluA family pseudouridine synthase  32.59 
 
 		 327 aa  107  2e-22  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0504919  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3492  pseudouridine synthase  35.47 
 
 		 560 aa  107  2e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1878  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  32.22 
 
 		 301 aa  107  2e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000421798  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1883  pseudouridine synthase  32.1 
 
 		 264 aa  107  2e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.135329  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1414  RluA family pseudouridine synthase  33.91 
 
 		 324 aa  107  3e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.003829  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0073  pseudouridine synthase, RluA family  34.4 
 
 		 339 aa  107  3e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5281  RluA family pseudouridine synthase  33.2 
 
 		 362 aa  106  3e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0773013  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  31.69 
 
 		 315 aa  106  4e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0056  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.29 
 
 		 339 aa  106  4e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.43 
 
 		 345 aa  106  5e-22  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.58 
 
 		 316 aa  105  5e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0540  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.12 
 
 		 323 aa  105  5e-22  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.373783  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0591  RluA family pseudouridine synthase  32.77 
 
 		 322 aa  105  5e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0464018 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0971  pseudouridine synthase, RluA family  32.05 
 
 		 344 aa  106  5e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.158596 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.2 
 
 		 322 aa  105  6e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2844  pseudouridine synthase  34.32 
 
 		 249 aa  105  6e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.340445  normal  0.556308 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3012  RluA family pseudouridine synthase  31.05 
 
 		 311 aa  105  7e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.17598  normal  0.601739 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  34.11 
 
 		 310 aa  105  7e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0906  pseudouridine synthase, RluA family  32.05 
 
 		 344 aa  105  8e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.447686  normal  0.0333397 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1622  pseudouridine synthase, RluD  31.14 
 
 		 363 aa  105  9e-22  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2439  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.85 
 
 		 338 aa  105  9e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.122309  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1041  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C protein  32.43 
 
 		 331 aa  105  1e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.017285  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1312  RluA family pseudouridine synthase  31.64 
 
 		 350 aa  105  1e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1100  pseudouridine synthase, RluA family  27.47 
 
 		 297 aa  105  1e-21  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2133  RluA family pseudouridine synthase  30.89 
 
 		 318 aa  104  1e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1224  pseudouridylate synthase  33.48 
 
 		 324 aa  104  1e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00465403  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.33 
 
 		 300 aa  103  2e-21  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1162  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.18 
 
 		 276 aa  104  2e-21  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0658766  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.2 
 
 		 347 aa  103  2e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  33.73 
 
 		 309 aa  104  2e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  30.16 
 
 		 311 aa  104  2e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.2 
 
 		 334 aa  104  2e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1721  pseudouridine synthase, RluD  32.58 
 
 		 346 aa  104  2e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0291  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.57 
 
 		 348 aa  103  2e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.503835  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2722  pseudouridine synthase  33.47 
 
 		 239 aa  104  2e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.89 
 
 		 300 aa  104  2e-21  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2837  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.89 
 
 		 436 aa  103  3e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0449259  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3459  pseudouridine synthase, RluA family  28.92 
 
 		 319 aa  103  3e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2524  pseudouridylate synthase  33.04 
 
 		 230 aa  103  3e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.349394  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2869  pseudouridine synthase, RluA family  32.54 
 
 		 308 aa  103  3e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00082597  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0059  RluA family pseudouridine synthase  34.89 
 
 		 339 aa  103  3e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.14313 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0303  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.28 
 
 		 308 aa  103  4e-21  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.00443703  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.59 
 
 		 308 aa  103  4e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0790  RluA family pseudouridine synthase  32.28 
 
 		 348 aa  102  6e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.143813  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1376  pseudouridine synthase  33.75 
 
 		 250 aa  102  6e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0453774 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1675  pseudouridine synthase  32.89 
 
 		 234 aa  102  6e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0213  pseudouridine synthase  33.47 
 
 		 240 aa  102  8e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0138576 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0486  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  29.28 
 
 		 337 aa  102  9e-21  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.766955  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.23 
 
 		 305 aa  101  1e-20  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3518  pseudouridine synthase, RluA family  30.36 
 
 		 299 aa  101  1e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1654  pseudouridine synthase  31.91 
 
 		 286 aa  101  1e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.142786 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  30 
 
 		 311 aa  101  1e-20  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.8 
 
 		 319 aa  101  1e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1256  RluA family pseudouridine synthase  29.05 
 
 		 305 aa  100  2e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1281  RluA family pseudouridine synthase  29.05 
 
 		 305 aa  100  2e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.71357  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1322  pseudouridine synthase, RluD  30 
 
 		 326 aa  100  2e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000381101  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3345  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.86 
 
 		 333 aa  100  2e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2192  RluA family pseudouridine synthase  32.23 
 
 		 316 aa  100  2e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.677227  normal  0.0743981 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2488  pseudouridylate synthase  31.62 
 
 		 223 aa  100  2e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.177305  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>