More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE1082 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002967  TDE1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  100 
 
 		 345 aa  705    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  37.38 
 
 		 323 aa  199  6e-50  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  36.39 
 
 		 319 aa  188  1e-46  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0018  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D (rRNA-uridine isomerase D)  37.3 
 
 		 326 aa  184  2.0000000000000003e-45  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.12 
 
 		 308 aa  182  5.0000000000000004e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.78 
 
 		 350 aa  179  4.999999999999999e-44  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.784854  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0783  pseudouridine synthase, RluD  35.1 
 
 		 354 aa  179  5.999999999999999e-44  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  38.68 
 
 		 305 aa  179  7e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1044  pseudouridine synthase, RluA family  38.52 
 
 		 346 aa  178  1e-43  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  36.59 
 
 		 305 aa  178  1e-43  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1440  pseudouridine synthase, RluA family  35.8 
 
 		 347 aa  178  1e-43  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.738263  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1621  pseudouridine synthase, RluA family  36.17 
 
 		 355 aa  177  3e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  35.65 
 
 		 303 aa  176  4e-43  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.56 
 
 		 300 aa  176  7e-43  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.7 
 
 		 300 aa  175  9.999999999999999e-43  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1622  pseudouridine synthase, RluD  34.68 
 
 		 363 aa  174  1.9999999999999998e-42  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.54 
 
 		 321 aa  174  2.9999999999999996e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  34.28 
 
 		 313 aa  174  2.9999999999999996e-42  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  34.7 
 
 		 302 aa  173  2.9999999999999996e-42  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  38.01 
 
 		 306 aa  174  2.9999999999999996e-42  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  34.66 
 
 		 304 aa  172  7.999999999999999e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  34.43 
 
 		 305 aa  172  7.999999999999999e-42  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  34.07 
 
 		 310 aa  172  1e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.19 
 
 		 296 aa  171  1e-41  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.27 
 
 		 296 aa  171  2e-41  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1798  pseudouridine synthase, RluA family  34.02 
 
 		 349 aa  171  2e-41  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  35.47 
 
 		 304 aa  171  2e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1495  pseudouridine synthase, RluA family  34.33 
 
 		 354 aa  171  2e-41  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  37.22 
 
 		 304 aa  171  2e-41  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.65 
 
 		 303 aa  169  5e-41  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_15960  predicted protein  41.92 
 
 		 325 aa  169  7e-41  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.713821  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1390  pseudouridine synthase, RluA family  33.33 
 
 		 348 aa  169  8e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.568078 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2578  pseudouridine synthase, RluA family  34.55 
 
 		 343 aa  169  8e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.728308  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.33 
 
 		 306 aa  167  2e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0665  hypothetical protein  33.82 
 
 		 341 aa  167  2e-40  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1344  pseudouridine synthase, RluA family  34.58 
 
 		 313 aa  168  2e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02691  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  34.58 
 
 		 326 aa  167  2.9999999999999998e-40  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.88343  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1560  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  34.58 
 
 		 326 aa  167  2.9999999999999998e-40  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  34.16 
 
 		 309 aa  166  4e-40  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2132  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.6 
 
 		 332 aa  165  1.0000000000000001e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.864009 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3480  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.23 
 
 		 348 aa  164  2.0000000000000002e-39  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0583016 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.58 
 
 		 301 aa  164  2.0000000000000002e-39  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  33.75 
 
 		 305 aa  163  3e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0947  pseudouridine synthase, RluA family  32.74 
 
 		 345 aa  163  3e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.48756 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  33.02 
 
 		 306 aa  163  5.0000000000000005e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0778  pseudouridine synthase, RluA family  32.71 
 
 		 318 aa  163  5.0000000000000005e-39  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  35.4 
 
 		 314 aa  162  6e-39  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0749  pseudouridine synthase, RluA family  33.02 
 
 		 318 aa  162  9e-39  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  39.16 
 
 		 306 aa  162  9e-39  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02131  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  34.47 
 
 		 319 aa  161  1e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  32.81 
 
 		 316 aa  161  1e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2141  pseudouridine synthase, RluD  33.33 
 
 		 339 aa  162  1e-38  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  33.73 
 
 		 306 aa  162  1e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2467  pseudouridine synthase, RluA family  35.47 
 
 		 322 aa  161  2e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.373438  normal  0.235173 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2551  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.95 
 
 		 321 aa  161  2e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.682293  hitchhiker  0.00325884 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1742  pseudouridine synthase, RluD  33.44 
 
 		 376 aa  161  2e-38  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0441246 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_02111  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  34.16 
 
 		 319 aa  160  2e-38  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.496147  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02221  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  33.23 
 
 		 320 aa  160  2e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.135305  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  38.4 
 
 		 306 aa  160  3e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1481  RluA family pseudouridine synthase  32.93 
 
 		 400 aa  160  4e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00249005  normal  0.0889319 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  35.13 
 
 		 302 aa  160  4e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1324  pseudouridine synthase, RluA family  35.71 
 
 		 328 aa  160  4e-38  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  32.01 
 
 		 304 aa  160  4e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  34.27 
 
 		 318 aa  159  8e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  34.81 
 
 		 302 aa  159  9e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal  1 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0395  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  37.45 
 
 		 322 aa  159  1e-37  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.134097  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  31.82 
 
 		 326 aa  157  2e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  35.13 
 
 		 302 aa  157  2e-37  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  31.64 
 
 		 315 aa  157  2e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2550  pseudouridine synthase, RluD  34.65 
 
 		 319 aa  157  3e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.347335  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2406  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.23 
 
 		 335 aa  157  3e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0234677  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1731  RluA family pseudouridine synthase  32.52 
 
 		 405 aa  157  3e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.895388  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1704  RluA family pseudouridine synthase  32.52 
 
 		 407 aa  157  4e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.225391  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5094  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.52 
 
 		 402 aa  156  4e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.760184 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  35.54 
 
 		 331 aa  156  4e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2253  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.21 
 
 		 391 aa  156  4e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00391915  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1572  RluA family pseudouridine synthase  32.94 
 
 		 420 aa  156  4e-37  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00305296  hitchhiker  0.00710721 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.23 
 
 		 304 aa  156  4e-37  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  34.49 
 
 		 302 aa  155  7e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0195  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  32.92 
 
 		 319 aa  155  7e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0799995  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6286  pseudouridine synthase, RluD  32.52 
 
 		 402 aa  155  7e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1849  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.39 
 
 		 316 aa  155  7e-37  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.97184  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1793  RluA family pseudouridine synthase  32.52 
 
 		 402 aa  155  7e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3657  RluA family pseudouridine synthase  34.35 
 
 		 344 aa  155  7e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0134519  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.49 
 
 		 302 aa  155  8e-37  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  34.49 
 
 		 302 aa  155  8e-37  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  34.49 
 
 		 302 aa  155  8e-37  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28001  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  30.51 
 
 		 324 aa  155  8e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  34.49 
 
 		 302 aa  155  8e-37  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1817  RluA family pseudouridine synthase  32.82 
 
 		 360 aa  155  8e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.294999 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.49 
 
 		 302 aa  155  9e-37  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2346  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.23 
 
 		 438 aa  155  9e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0455755 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_3606  predicted protein  37.05 
 
 		 332 aa  154  1e-36  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0259924  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  34.49 
 
 		 302 aa  155  1e-36  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0553  pseudouridine synthase, RluA family  31.21 
 
 		 352 aa  154  2e-36  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0557173  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  34.34 
 
 		 311 aa  154  2e-36  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0967  RluA family pseudouridine synthase  33.23 
 
 		 436 aa  154  2e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  34.26 
 
 		 334 aa  154  2e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  34.64 
 
 		 311 aa  154  2e-36  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3396  pseudouridine synthase, RluA family  33.85 
 
 		 319 aa  154  2e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.685542  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>