More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2896 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2896  pseudouridine synthase  100 
 
 		 218 aa  457  9.999999999999999e-129  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.76004  hitchhiker  0.00773647 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1751  pseudouridine synthase  85.78 
 
 		 219 aa  404  1.0000000000000001e-112  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0485075  normal  0.0112767 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1460  pseudouridine synthase  76.04 
 
 		 217 aa  358  4e-98  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2886  pseudouridine synthase  71.62 
 
 		 223 aa  340  1e-92  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.315212  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1566  pseudouridine synthase  71.62 
 
 		 223 aa  339  2e-92  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.232461  hitchhiker  0.00000912019 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2811  pseudouridine synthase  71.17 
 
 		 223 aa  336  1.9999999999999998e-91  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0225697  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2791  pseudouridine synthase  70.72 
 
 		 223 aa  335  2.9999999999999997e-91  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2488  pseudouridylate synthase  70.27 
 
 		 223 aa  332  2e-90  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.177305  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1442  pseudouridylate synthase  69.37 
 
 		 223 aa  332  3e-90  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.81175  normal  0.0720615 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1430  pseudouridine synthase  69.82 
 
 		 223 aa  332  4e-90  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1377  pseudouridylate synthase  68.92 
 
 		 223 aa  330  9e-90  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000802724 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1467  pseudouridine synthase  71.89 
 
 		 217 aa  327  9e-89  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2706  pseudouridine synthase  68.66 
 
 		 217 aa  314  8e-85  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0399435  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2524  pseudouridylate synthase  64.98 
 
 		 230 aa  303  1.0000000000000001e-81  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.349394  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2197  pseudouridylate synthase  64.29 
 
 		 224 aa  292  2e-78  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.111417 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  52.75 
 
 		 225 aa  238  5.999999999999999e-62  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000100067  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3139  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  52.75 
 
 		 225 aa  238  6.999999999999999e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0917  pseudouridine synthase  53.67 
 
 		 225 aa  236  2e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0783  pseudouridylate synthase  52.05 
 
 		 225 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.202814  hitchhiker  0.00996609 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0821  pseudouridylate synthase  51.83 
 
 		 225 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0454843 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0799  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  51.38 
 
 		 225 aa  232  4.0000000000000004e-60  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.603428  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0606  pseudouridylate synthase  53.88 
 
 		 225 aa  231  5e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.134681 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0738  pseudouridine synthase  50.92 
 
 		 225 aa  230  1e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0390511  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0834  pseudouridylate synthase  52.29 
 
 		 226 aa  230  1e-59  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3515  pseudouridine synthase  50.92 
 
 		 225 aa  230  1e-59  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.18243 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3706  pseudouridine synthase  50.92 
 
 		 225 aa  229  2e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.143352  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3583  pseudouridine synthase  50.92 
 
 		 225 aa  229  4e-59  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0733  pseudouridine synthase  50.92 
 
 		 225 aa  229  4e-59  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0515  pseudouridylate synthase  51.83 
 
 		 225 aa  222  4e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03674  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  52.63 
 
 		 250 aa  221  4.9999999999999996e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3048  pseudouridylate synthase  47.71 
 
 		 225 aa  210  1e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00060  pseudouridine synthase for 23S rRNA (position 746) and tRNAphe(position 32)  49.77 
 
 		 219 aa  208  4e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00103207  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3541  pseudouridine synthase  49.77 
 
 		 219 aa  209  4e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000465216  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0050  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  49.77 
 
 		 219 aa  209  4e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000437271  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0060  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  49.77 
 
 		 219 aa  208  4e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000000246696  normal  0.920561 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0062  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  49.77 
 
 		 219 aa  208  4e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000519589  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3599  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  49.77 
 
 		 219 aa  208  4e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0199705  unclonable  0.0000000150238 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00059  hypothetical protein  49.77 
 
 		 219 aa  208  4e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00251996  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0060  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  49.77 
 
 		 219 aa  208  4e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000157754  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0063  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  49.32 
 
 		 219 aa  208  5e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0156615  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0567  pseudouridine synthase  49.32 
 
 		 222 aa  208  6e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0101  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  50.23 
 
 		 219 aa  207  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00188355  normal  0.0335495 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0102  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  50.23 
 
 		 219 aa  207  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.108549  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0107  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  50.23 
 
 		 219 aa  207  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000191196  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0105  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  50.23 
 
 		 219 aa  207  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000472444  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0605  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  50.23 
 
 		 217 aa  207  1e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000834833  normal  0.555438 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0607  pseudouridine synthase  50.96 
 
 		 217 aa  206  2e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.189271  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03700  pseudouridylate synthase for 23S rRNA (position 746) and tRNAphe(position 32), dual specificity  48.42 
 
 		 238 aa  206  3e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002394  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  47.89 
 
 		 250 aa  206  3e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0568  pseudouridine synthase  50.48 
 
 		 217 aa  206  3e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.494043  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0100  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  50.23 
 
 		 219 aa  206  3e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0729931  normal  0.810633 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4520  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  48.18 
 
 		 227 aa  205  4e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3827  pseudouridine synthase  50.48 
 
 		 217 aa  204  1e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3630  pseudouridine synthase  50.48 
 
 		 217 aa  203  2e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.146108  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3831  pseudouridylate synthase  45.87 
 
 		 218 aa  203  2e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1675  pseudouridine synthase  44.75 
 
 		 234 aa  201  5e-51  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0353  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  46.33 
 
 		 244 aa  201  9e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0729  pseudouridine synthase  50.93 
 
 		 216 aa  200  9.999999999999999e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000455311  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4024  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  47.44 
 
 		 217 aa  196  2.0000000000000003e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1515  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  47.03 
 
 		 221 aa  194  7e-49  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00972645  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0767  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  50 
 
 		 206 aa  194  8.000000000000001e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000401131  normal  0.046253 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3568  pseudouridine synthase  50 
 
 		 206 aa  194  8.000000000000001e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0161869  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3439  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  50 
 
 		 206 aa  194  8.000000000000001e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000744972  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3106  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  46.73 
 
 		 219 aa  189  2e-47  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.774477  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2087  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  45.15 
 
 		 245 aa  188  5e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000349962  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0072  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  45.07 
 
 		 217 aa  188  5e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0155  pseudouridine synthase  45.07 
 
 		 215 aa  184  7e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.62363 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1506  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  45.07 
 
 		 215 aa  184  7e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3001  pseudouridine synthase  46.01 
 
 		 219 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2909  pseudouridine synthase  43.66 
 
 		 215 aa  183  2.0000000000000003e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.290818 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2192  pseudouridine synthase  42.33 
 
 		 226 aa  181  5.0000000000000004e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1323  pseudouridine synthase  44.17 
 
 		 211 aa  181  6e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3988  pseudouridine synthase  44.17 
 
 		 211 aa  181  7e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.716973 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1281  pseudouridine synthase  44.17 
 
 		 211 aa  181  7e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.147193  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1232  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  44.66 
 
 		 211 aa  181  7e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.3197  normal  0.341718 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0655  pseudouridine synthase  46.7 
 
 		 241 aa  180  1e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.10472  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1692  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  45.15 
 
 		 211 aa  179  2e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.251616  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1879  pseudouridine synthase RluA  45.1 
 
 		 211 aa  180  2e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1610  pseudouridine synthase  45.5 
 
 		 211 aa  179  4e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00911925  normal  0.237577 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1047  pseudouridine synthase  44.6 
 
 		 222 aa  178  5.999999999999999e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.703498  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35140  Pseudouridylate synthase RluA  43.2 
 
 		 211 aa  177  1e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.484686  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0793  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  40.93 
 
 		 223 aa  177  1e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0072267 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22000  pseudouridine synthase RluA  44.12 
 
 		 211 aa  177  1e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.921344  hitchhiker  0.0000000000442265 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3875  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  44.55 
 
 		 211 aa  176  2e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0462638  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4330  pseudouridine synthase  44.76 
 
 		 245 aa  176  2e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0697869 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2250  pseudouridine synthase  42.79 
 
 		 238 aa  176  3e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.211123  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4154  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  43.78 
 
 		 218 aa  176  3e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229307  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2195  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  43.63 
 
 		 213 aa  173  1.9999999999999998e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.372254 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2804  pseudouridylate synthase  43.28 
 
 		 215 aa  173  1.9999999999999998e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.257511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  43.19 
 
 		 223 aa  172  3.9999999999999995e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0791  pseudouridine synthase  43.9 
 
 		 204 aa  172  3.9999999999999995e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00896147  normal  0.0723816 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  44.5 
 
 		 214 aa  171  5.999999999999999e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1630  pseudouridylate synthase  41.78 
 
 		 223 aa  171  5.999999999999999e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.427552  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0658  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  44.5 
 
 		 211 aa  168  6e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3524  pseudouridine synthase  41.23 
 
 		 245 aa  168  6e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1053  pseudouridine synthase  41.23 
 
 		 244 aa  167  9e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.158533  hitchhiker  0.0000197911 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2938  pseudouridine synthase  41.85 
 
 		 236 aa  167  1e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2380  pseudouridine synthase  40.17 
 
 		 238 aa  167  1e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0555647  normal  0.85539 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3303  pseudouridine synthase  41.23 
 
 		 244 aa  167  2e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3399  pseudouridine synthase  41.23 
 
 		 245 aa  166  2e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>