More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sbal223_2911 on replicon NC_011663
Organism: Shewanella baltica OS223



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011663  Sbal223_2911  pseudouridine synthase  100 
 
 		 287 aa  595  1e-169  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.131097  normal  0.387721 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1442  pseudouridine synthase  97.91 
 
 		 287 aa  584  1e-166  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1472  pseudouridine synthase  98.26 
 
 		 287 aa  586  1e-166  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.329833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1436  pseudouridine synthase  98.26 
 
 		 287 aa  586  1e-166  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2650  tRNA pseudouridine synthase C  82.73 
 
 		 284 aa  484  1e-136  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2717  tRNA pseudouridine synthase C  82.73 
 
 		 284 aa  485  1e-136  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2824  tRNA pseudouridine synthase C  82.01 
 
 		 284 aa  486  1e-136  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1339  pseudouridylate synthase  81.45 
 
 		 275 aa  476  1e-133  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2891  pseudouridine synthase  77.52 
 
 		 284 aa  432  1e-120  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1262  pseudouridylate synthase  73.14 
 
 		 293 aa  431  1e-120  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.308846  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3289  pseudouridine synthase  78.09 
 
 		 285 aa  428  1e-119  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.629665  hitchhiker  0.00000299463 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2643  pseudouridylate synthase  76.63 
 
 		 273 aa  421  1e-117  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.998826 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3169  pseudouridylate synthase  76.06 
 
 		 278 aa  420  1e-116  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1131  pseudouridylate synthase  77.78 
 
 		 258 aa  419  1e-116  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1546  pseudouridylate synthase  75.7 
 
 		 298 aa  412  1e-114  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002742  tRNA pseudouridine synthase C  54.94 
 
 		 256 aa  299  3e-80  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.766432  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03241  tRNA pseudouridine synthase C  56.02 
 
 		 255 aa  298  1e-79  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3184  pseudouridylate synthase  56.78 
 
 		 252 aa  288  5.0000000000000004e-77  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.575849  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0411  tRNA pseudouridine synthase C  56.25 
 
 		 244 aa  288  6e-77  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1821  pseudouridylate synthase  55.6 
 
 		 256 aa  283  3.0000000000000004e-75  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2987  tRNA pseudouridine synthase C  56.49 
 
 		 261 aa  281  1e-74  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3171  tRNA pseudouridine synthase C  55.65 
 
 		 260 aa  280  2e-74  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0713  tRNA pseudouridine synthase C  53.41 
 
 		 263 aa  279  3e-74  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.772217  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0935  tRNA pseudouridine synthase C  52.92 
 
 		 266 aa  272  6e-72  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00065013  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1214  pseudouridine synthase  55.7 
 
 		 256 aa  270  2e-71  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0262969  normal  0.0773079 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3366  tRNA pseudouridine synthase C  53.19 
 
 		 261 aa  268  5.9999999999999995e-71  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.116388  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1060  tRNA pseudouridine synthase C  53.19 
 
 		 257 aa  263  2e-69  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.323786  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3441  tRNA pseudouridine synthase C  53.19 
 
 		 257 aa  263  2e-69  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1007  tRNA pseudouridine synthase C  53.19 
 
 		 257 aa  263  2e-69  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.228386  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3095  tRNA pseudouridine synthase C  54.04 
 
 		 260 aa  263  3e-69  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.352774  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02636  tRNA pseudouridine synthase  54.04 
 
 		 260 aa  262  6e-69  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.908245  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0897  pseudouridine synthase  54.04 
 
 		 260 aa  262  6e-69  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4054  tRNA pseudouridine synthase C  54.04 
 
 		 260 aa  261  6e-69  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2931  tRNA pseudouridine synthase C  54.04 
 
 		 260 aa  262  6e-69  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.980626 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0921  tRNA pseudouridine synthase C  54.04 
 
 		 260 aa  262  6e-69  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2935  tRNA pseudouridine synthase C  54.04 
 
 		 260 aa  262  6e-69  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02598  hypothetical protein  54.04 
 
 		 260 aa  262  6e-69  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.908938  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3081  tRNA pseudouridine synthase C  54.04 
 
 		 260 aa  262  6e-69  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.495199  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03037  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  49.61 
 
 		 265 aa  259  4e-68  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3796  tRNA pseudouridine synthase C  52.3 
 
 		 256 aa  257  1e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000461215 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0854  tRNA pseudouridine synthase C  51.91 
 
 		 234 aa  257  1e-67  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000219419  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3244  tRNA pseudouridine synthase C  53.19 
 
 		 261 aa  257  2e-67  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.392486 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3124  tRNA pseudouridine synthase C  53.19 
 
 		 260 aa  254  1.0000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.756442 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3286  tRNA pseudouridine synthase C  53.19 
 
 		 260 aa  253  2.0000000000000002e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.195915  normal  0.923379 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3171  tRNA pseudouridine synthase C  53.19 
 
 		 260 aa  253  3e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.316896  normal  0.156294 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3187  tRNA pseudouridine synthase C  53.19 
 
 		 260 aa  253  3e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.719199 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3106  tRNA pseudouridine synthase C  53.19 
 
 		 260 aa  252  5.000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0279  pseudouridine synthase  48.36 
 
 		 252 aa  249  3e-65  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000931063  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0267  tRNA pseudouridine synthase C  51.64 
 
 		 270 aa  244  9.999999999999999e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3649  tRNA pseudouridine synthase C  40.6 
 
 		 304 aa  241  1e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0611  pseudouridine synthase  46.67 
 
 		 241 aa  238  6.999999999999999e-62  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3160  RNA pseudouridine synthase family protein  49.36 
 
 		 250 aa  231  1e-59  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.466098  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3329  pseudouridine synthase  47.08 
 
 		 245 aa  228  9e-59  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.346808  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2869  tRNA pseudouridine synthase C  48.31 
 
 		 242 aa  226  3e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3220  transaldolase  46.12 
 
 		 648 aa  226  4e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3406  pseudouridine synthase  47.64 
 
 		 244 aa  213  1.9999999999999998e-54  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0321433 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2110  pseudouridine synthase  47.5 
 
 		 245 aa  213  1.9999999999999998e-54  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2894  tRNA pseudouridine synthase C  45.34 
 
 		 261 aa  204  2e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2358  pseudouridine synthase  43.83 
 
 		 225 aa  202  4e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0324179  normal  0.496956 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0254  pseudouridine synthase  45.06 
 
 		 249 aa  201  9.999999999999999e-51  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0076  pseudouridine synthase  44.07 
 
 		 228 aa  195  8.000000000000001e-49  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.694832  normal  0.499098 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1054  tRNA pseudouridine synthase C  45 
 
 		 235 aa  194  1e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2278  tRNA pseudouridine synthase C  40.37 
 
 		 277 aa  187  2e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0554113  hitchhiker  0.00000285246 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1955  tRNA pseudouridine synthase C  44.3 
 
 		 246 aa  185  8e-46  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0419985 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2478  pseudouridine synthase  40.62 
 
 		 319 aa  184  1.0000000000000001e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.383615 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02767  tRNA pseudouridine synthase C  42.45 
 
 		 238 aa  176  3e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.175179  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2205  pseudouridine synthase  40.25 
 
 		 242 aa  176  4e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.323157 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3296  pseudouridine synthase  39.15 
 
 		 258 aa  174  9.999999999999999e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1355  pseudouridine synthase  43.36 
 
 		 268 aa  174  9.999999999999999e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.420116  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2505  tRNA pseudouridine synthase C  43.36 
 
 		 268 aa  174  1.9999999999999998e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.246785  normal  0.0153229 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0177  pseudouridine synthase  35.63 
 
 		 253 aa  155  1e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3492  pseudouridine synthase  39.29 
 
 		 560 aa  127  3e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  34.57 
 
 		 305 aa  120  1.9999999999999998e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3459  pseudouridine synthase, RluA family  35.51 
 
 		 319 aa  119  7e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0345  pseudouridine synthase  33.62 
 
 		 226 aa  118  9.999999999999999e-26  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10900  pseudouridine synthase, RluA family  33.07 
 
 		 320 aa  117  1.9999999999999998e-25  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.631494  unclonable  0.00000000285325 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2234  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (rRNA uridine isomerase C) (rRNA pseudouridylate synthase C)  33.59 
 
 		 315 aa  115  6.9999999999999995e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0928032  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.91 
 
 		 316 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3396  pseudouridine synthase, RluA family  34.69 
 
 		 319 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.685542  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2380  pseudouridine synthase  32.6 
 
 		 238 aa  113  3e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0555647  normal  0.85539 
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_12940  predicted protein  37.38 
 
 		 200 aa  114  3e-24  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0919  RluA family pseudouridine synthase  28.62 
 
 		 293 aa  112  8.000000000000001e-24  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.976861  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1856  RluA family pseudouridine synthase  33.21 
 
 		 327 aa  112  9e-24  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2503  RluA family pseudouridine synthase  35.29 
 
 		 319 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.721496  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  33.07 
 
 		 306 aa  111  1.0000000000000001e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 306 aa  112  1.0000000000000001e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1918  pseudouridylate synthase  34.1 
 
 		 331 aa  110  2.0000000000000002e-23  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.313476  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1742  pseudouridine synthase, RluD  32.02 
 
 		 376 aa  110  2.0000000000000002e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0441246 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1491  pseudouridine synthase, RluA family protein  33.86 
 
 		 318 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.446351  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3657  RluA family pseudouridine synthase  32.49 
 
 		 344 aa  111  2.0000000000000002e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0134519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2250  pseudouridine synthase  31.56 
 
 		 238 aa  110  3e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.211123  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.2 
 
 		 321 aa  110  3e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1614  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.41 
 
 		 315 aa  110  3e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000109224  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3159  pseudouridine synthase, RluA family  35.42 
 
 		 329 aa  110  3e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002989  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.79 
 
 		 314 aa  109  4.0000000000000004e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0445865  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1840  RluA family pseudouridine synthase  31.62 
 
 		 304 aa  109  4.0000000000000004e-23  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3230  RluA family pseudouridine synthase  34.54 
 
 		 320 aa  109  5e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2642  pseudouridine synthase, RluA family  34.52 
 
 		 339 aa  109  6e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.704369  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2633  lysozyme  35.02 
 
 		 325 aa  108  7.000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000151513 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  35.54 
 
 		 311 aa  108  7.000000000000001e-23  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>