More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_3406 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013730  Slin_3406  pseudouridine synthase  100 
 
 		 244 aa  505  9.999999999999999e-143  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0321433 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0076  pseudouridine synthase  66.81 
 
 		 228 aa  315  3e-85  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.694832  normal  0.499098 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2358  pseudouridine synthase  61.67 
 
 		 225 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0324179  normal  0.496956 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1262  pseudouridylate synthase  49.16 
 
 		 293 aa  223  3e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.308846  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0267  tRNA pseudouridine synthase C  48.48 
 
 		 270 aa  220  1.9999999999999999e-56  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0611  pseudouridine synthase  49.79 
 
 		 241 aa  219  1.9999999999999999e-56  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3169  pseudouridylate synthase  47.79 
 
 		 278 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2869  tRNA pseudouridine synthase C  46.9 
 
 		 242 aa  218  5e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3160  RNA pseudouridine synthase family protein  48.71 
 
 		 250 aa  218  7.999999999999999e-56  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.466098  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002742  tRNA pseudouridine synthase C  44.77 
 
 		 256 aa  217  1e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.766432  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1546  pseudouridylate synthase  48.5 
 
 		 298 aa  216  2e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3095  tRNA pseudouridine synthase C  50 
 
 		 260 aa  216  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.352774  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4054  tRNA pseudouridine synthase C  50 
 
 		 260 aa  216  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02636  tRNA pseudouridine synthase  50 
 
 		 260 aa  215  4e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.908245  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0897  pseudouridine synthase  50 
 
 		 260 aa  215  4e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2935  tRNA pseudouridine synthase C  50 
 
 		 260 aa  215  4e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02598  hypothetical protein  50 
 
 		 260 aa  215  4e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.908938  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2931  tRNA pseudouridine synthase C  50 
 
 		 260 aa  215  4e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.980626 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03241  tRNA pseudouridine synthase C  46.09 
 
 		 255 aa  216  4e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0921  tRNA pseudouridine synthase C  50 
 
 		 260 aa  215  4e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3081  tRNA pseudouridine synthase C  50 
 
 		 260 aa  215  4e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.495199  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1442  pseudouridine synthase  48.07 
 
 		 287 aa  215  5e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0713  tRNA pseudouridine synthase C  44.86 
 
 		 263 aa  215  5e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.772217  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3796  tRNA pseudouridine synthase C  47.33 
 
 		 256 aa  215  5e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000461215 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1339  pseudouridylate synthase  47.68 
 
 		 275 aa  215  5.9999999999999996e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3289  pseudouridine synthase  46.56 
 
 		 285 aa  215  5.9999999999999996e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.629665  hitchhiker  0.00000299463 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3244  tRNA pseudouridine synthase C  46.86 
 
 		 261 aa  214  7e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.392486 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0854  tRNA pseudouridine synthase C  45.69 
 
 		 234 aa  214  7e-55  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000219419  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0935  tRNA pseudouridine synthase C  46.96 
 
 		 266 aa  214  8e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00065013  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1472  pseudouridine synthase  47.64 
 
 		 287 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.329833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1436  pseudouridine synthase  47.64 
 
 		 287 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2911  pseudouridine synthase  47.64 
 
 		 287 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.131097  normal  0.387721 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1007  tRNA pseudouridine synthase C  46.09 
 
 		 257 aa  213  1.9999999999999998e-54  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.228386  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3441  tRNA pseudouridine synthase C  46.09 
 
 		 257 aa  213  1.9999999999999998e-54  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1060  tRNA pseudouridine synthase C  46.09 
 
 		 257 aa  213  1.9999999999999998e-54  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.323786  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3184  pseudouridylate synthase  48.9 
 
 		 252 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.575849  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3220  transaldolase  45.85 
 
 		 648 aa  213  1.9999999999999998e-54  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3366  tRNA pseudouridine synthase C  46.96 
 
 		 261 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.116388  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2891  pseudouridine synthase  45.06 
 
 		 284 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0411  tRNA pseudouridine synthase C  46.32 
 
 		 244 aa  213  2.9999999999999995e-54  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2824  tRNA pseudouridine synthase C  47.68 
 
 		 284 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2650  tRNA pseudouridine synthase C  47.64 
 
 		 284 aa  212  3.9999999999999995e-54  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2717  tRNA pseudouridine synthase C  47.64 
 
 		 284 aa  212  4.9999999999999996e-54  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1214  pseudouridine synthase  44.71 
 
 		 256 aa  210  1e-53  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0262969  normal  0.0773079 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1054  tRNA pseudouridine synthase C  49.78 
 
 		 235 aa  210  2e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3171  tRNA pseudouridine synthase C  45.19 
 
 		 260 aa  210  2e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2643  pseudouridylate synthase  45.9 
 
 		 273 aa  209  3e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.998826 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1131  pseudouridylate synthase  45.27 
 
 		 258 aa  209  5e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3106  tRNA pseudouridine synthase C  48.64 
 
 		 260 aa  207  9e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2110  pseudouridine synthase  47.03 
 
 		 245 aa  207  9e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3171  tRNA pseudouridine synthase C  48.64 
 
 		 260 aa  207  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.316896  normal  0.156294 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1821  pseudouridylate synthase  45.42 
 
 		 256 aa  207  1e-52  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2987  tRNA pseudouridine synthase C  45.53 
 
 		 261 aa  206  3e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3124  tRNA pseudouridine synthase C  48.18 
 
 		 260 aa  205  5e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.756442 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3187  tRNA pseudouridine synthase C  48.18 
 
 		 260 aa  205  6e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.719199 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3286  tRNA pseudouridine synthase C  48.18 
 
 		 260 aa  205  6e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.195915  normal  0.923379 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03037  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  46.35 
 
 		 265 aa  201  9.999999999999999e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2894  tRNA pseudouridine synthase C  45.87 
 
 		 261 aa  194  7e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0279  pseudouridine synthase  45.61 
 
 		 252 aa  192  6e-48  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000931063  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3329  pseudouridine synthase  44.05 
 
 		 245 aa  190  2e-47  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.346808  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3649  tRNA pseudouridine synthase C  39.35 
 
 		 304 aa  189  2.9999999999999997e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2278  tRNA pseudouridine synthase C  45.33 
 
 		 277 aa  189  4e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0554113  hitchhiker  0.00000285246 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2205  pseudouridine synthase  42.74 
 
 		 242 aa  189  5e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.323157 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1955  tRNA pseudouridine synthase C  41.91 
 
 		 246 aa  187  2e-46  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0419985 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2478  pseudouridine synthase  43.56 
 
 		 319 aa  186  4e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.383615 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3296  pseudouridine synthase  41.95 
 
 		 258 aa  176  3e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0254  pseudouridine synthase  42.62 
 
 		 249 aa  172  2.9999999999999996e-42  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2505  tRNA pseudouridine synthase C  40 
 
 		 268 aa  171  7.999999999999999e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.246785  normal  0.0153229 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1355  pseudouridine synthase  40 
 
 		 268 aa  171  7.999999999999999e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.420116  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02767  tRNA pseudouridine synthase C  39.66 
 
 		 238 aa  167  1e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.175179  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0177  pseudouridine synthase  39.5 
 
 		 253 aa  166  2.9999999999999998e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0059  RluA family pseudouridine synthase  34.75 
 
 		 339 aa  128  9.000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.14313 
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_12940  predicted protein  36.76 
 
 		 200 aa  120  1.9999999999999998e-26  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1757  pseudouridine synthase, RluA family  36.86 
 
 		 346 aa  119  3.9999999999999996e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0151064  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0061  pseudouridine synthase, RluA family  34.45 
 
 		 339 aa  118  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0056  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.87 
 
 		 339 aa  117  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  34.32 
 
 		 307 aa  116  3e-25  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0073  pseudouridine synthase, RluA family  34.45 
 
 		 339 aa  116  3e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3492  pseudouridine synthase  36.75 
 
 		 560 aa  116  3e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0704  pseudouridine synthase, RluD  35.12 
 
 		 312 aa  115  5e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13500  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.61 
 
 		 320 aa  114  1.0000000000000001e-24  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2234  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (rRNA uridine isomerase C) (rRNA pseudouridylate synthase C)  33.19 
 
 		 315 aa  114  2.0000000000000002e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0928032  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  35.02 
 
 		 319 aa  112  5e-24  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2197  pseudouridylate synthase  35.96 
 
 		 224 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.111417 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1969  RluA family pseudouridine synthase  34.22 
 
 		 541 aa  112  7.000000000000001e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.434828  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1174  RluA family pseudouridine synthase  36.8 
 
 		 399 aa  112  7.000000000000001e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.539633  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0963  pseudouridine synthase  31.09 
 
 		 314 aa  111  1.0000000000000001e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.334173  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1111  pseudouridine synthase, RluA family  31.22 
 
 		 300 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1563  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.04 
 
 		 322 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.151804 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  28.63 
 
 		 306 aa  110  1.0000000000000001e-23  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0069  pseudouridine synthase  35.53 
 
 		 235 aa  110  3e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.555782  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5281  RluA family pseudouridine synthase  37.02 
 
 		 362 aa  109  4.0000000000000004e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0773013  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  32.1 
 
 		 306 aa  108  6e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0657  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.56 
 
 		 320 aa  108  9.000000000000001e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.422678 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0606  pseudouridylate synthase  34.98 
 
 		 225 aa  108  9.000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.134681 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  31.02 
 
 		 311 aa  108  1e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2253  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.23 
 
 		 391 aa  108  1e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00391915  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2250  pseudouridine synthase  33.77 
 
 		 238 aa  108  1e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.211123  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  31.84 
 
 		 311 aa  108  1e-22  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0212  RluA family pseudouridine synthase  32.9 
 
 		 298 aa  107  1e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.935896  normal  0.204158 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>