More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Glov_1111 on replicon NC_010814
Organism: Geobacter lovleyi SZ



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010814  Glov_1111  pseudouridine synthase, RluA family  100 
 
 
300 aa  604  9.999999999999999e-173  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2838  pseudouridine synthase, RluD  50.36 
 
 
296 aa  277  2e-73  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000325771  decreased coverage  1.22587e-21 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2950  RluA family pseudouridine synthase  51.35 
 
 
310 aa  277  2e-73  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0671  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  51.65 
 
 
296 aa  270  2.9999999999999997e-71  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.192683  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3265  pseudouridine synthase, RluA family  46.78 
 
 
302 aa  265  7e-70  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2942  RluA family pseudouridine synthase  47.14 
 
 
296 aa  260  2e-68  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000960033  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0995  pseudouridine synthase, RluA family  46.1 
 
 
302 aa  260  2e-68  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.388874  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0059  RluA family pseudouridine synthase  33.65 
 
 
339 aa  140  3.9999999999999997e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.14313 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  30.48 
 
 
319 aa  137  2e-31  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0056  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.19 
 
 
339 aa  134  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1802  RluA family pseudouridine synthase  32.39 
 
 
304 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  28.48 
 
 
306 aa  133  3.9999999999999996e-30  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1840  RluA family pseudouridine synthase  32.04 
 
 
304 aa  132  6e-30  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0073  pseudouridine synthase, RluA family  31.19 
 
 
339 aa  132  6.999999999999999e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0061  pseudouridine synthase, RluA family  31.19 
 
 
339 aa  132  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1288  RluA family pseudouridine synthase  31.11 
 
 
285 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.543506  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1358  pseudouridine synthase, RluA family  31.31 
 
 
303 aa  128  1.0000000000000001e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.364414  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0824  RluA family pseudouridine synthase  31.98 
 
 
317 aa  127  3e-28  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0919  RluA family pseudouridine synthase  30.56 
 
 
293 aa  127  3e-28  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.976861  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  32.76 
 
 
302 aa  126  4.0000000000000003e-28  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.51 
 
 
300 aa  125  1e-27  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2837  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.26 
 
 
436 aa  124  3e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0449259  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.16 
 
 
300 aa  123  3e-27  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1658  RluA family pseudouridine synthase  31.65 
 
 
329 aa  123  5e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.615207  normal  0.0770781 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0730  RluA family pseudouridine synthase  30.26 
 
 
327 aa  122  9.999999999999999e-27  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0504919  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  30.72 
 
 
305 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1413  pseudouridine synthase, RluA family  30.84 
 
 
293 aa  120  1.9999999999999998e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0119542  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2627  pseudouridine synthase, RluA family  31.14 
 
 
308 aa  120  1.9999999999999998e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.981062  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  26.48 
 
 
303 aa  121  1.9999999999999998e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0726  pseudouridine synthase, RluD  30.42 
 
 
320 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  30.66 
 
 
331 aa  119  4.9999999999999996e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3657  RluA family pseudouridine synthase  30.92 
 
 
344 aa  119  7.999999999999999e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0134519  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2083  RluA family pseudouridine synthase  30.17 
 
 
326 aa  119  9e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0291  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  27.78 
 
 
348 aa  118  9.999999999999999e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.503835  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3230  RluA family pseudouridine synthase  30.17 
 
 
320 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0565  RluA family pseudouridine synthase  32.21 
 
 
306 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.789528  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.72 
 
 
320 aa  117  3e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.587851  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1287  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D (pseudouridylate synthase) (Uracil hydrolyase)  29.55 
 
 
321 aa  116  3.9999999999999997e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2357  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  31.21 
 
 
296 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2710  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  28.83 
 
 
368 aa  116  5e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  30.27 
 
 
319 aa  116  6e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1019  RluA family pseudouridine synthase  29.45 
 
 
330 aa  115  6.9999999999999995e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.798058 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4836  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.2 
 
 
320 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.474352 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2390  pseudouridine synthase, RluA family  30.77 
 
 
302 aa  115  7.999999999999999e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.837448  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.53 
 
 
304 aa  115  7.999999999999999e-25  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1649  RluA family pseudouridine synthase  34.72 
 
 
297 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  29.24 
 
 
325 aa  115  1.0000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2789  RluA family pseudouridine synthase  28.08 
 
 
346 aa  115  1.0000000000000001e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1000  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  27.65 
 
 
326 aa  114  2.0000000000000002e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2995  pseudouridine synthase, RluA family  30.31 
 
 
308 aa  114  3e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.34011  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1286  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D (pseudouridylate synthase) (Uracil hydrolyase)  28.9 
 
 
321 aa  113  3e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1604  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.57 
 
 
318 aa  114  3e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1191  pseudouridine synthase  33.49 
 
 
242 aa  114  3e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.8752  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  25.25 
 
 
304 aa  113  4.0000000000000004e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1220  ribosomal pseudouridine synthase  28.33 
 
 
323 aa  113  4.0000000000000004e-24  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0252  RluA family pseudouridine synthase  33.95 
 
 
298 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.995369 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5183  pseudouridine synthase  29.82 
 
 
320 aa  112  5e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.521194  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1884  pseudouridine synthase, RluA family  28.9 
 
 
329 aa  113  5e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0958449  normal  0.0260992 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  27.76 
 
 
306 aa  112  5e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0714  23S rRNA pseudouridylate synthase C  29.61 
 
 
326 aa  112  5e-24  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1110  RluA family pseudouridine synthase  30 
 
 
297 aa  112  6e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  27.76 
 
 
306 aa  112  6e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2404  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  26.56 
 
 
329 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000151583  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2474  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  26.56 
 
 
329 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0799284  normal  0.0195489 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0584  RluA family pseudouridine synthase  33.8 
 
 
298 aa  112  7.000000000000001e-24  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.460121  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4547  RluA family pseudouridine synthase  28.07 
 
 
352 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  28.38 
 
 
307 aa  111  1.0000000000000001e-23  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0966  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  28.81 
 
 
318 aa  112  1.0000000000000001e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.948591  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3159  pseudouridine synthase, RluA family  30.07 
 
 
329 aa  112  1.0000000000000001e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2086  pseudouridine synthase, RluA family  28.34 
 
 
330 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.140778  normal  0.342789 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0774  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  26.92 
 
 
307 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0916  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1574  RluA family pseudouridine synthase  27.21 
 
 
330 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00553384  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60210  pseudouridine synthase  30.07 
 
 
320 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000135219 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  28.05 
 
 
311 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  27.33 
 
 
314 aa  111  1.0000000000000001e-23  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  30.3 
 
 
306 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  27.72 
 
 
311 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2261  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.13 
 
 
330 aa  111  2.0000000000000002e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3406  pseudouridine synthase  31.22 
 
 
244 aa  111  2.0000000000000002e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0321433 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2034  pseudouridine synthase, RluA family  29.11 
 
 
340 aa  111  2.0000000000000002e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0680786  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0345  pseudouridine synthase  30.09 
 
 
226 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5281  RluA family pseudouridine synthase  32.27 
 
 
362 aa  111  2.0000000000000002e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0773013  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0279  pseudouridine synthase  31.14 
 
 
252 aa  110  3e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000931063  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0984  pseudouridine synthase, RluA family  28.52 
 
 
320 aa  110  3e-23  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0148654  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1420  pseudouridine synthase, RluA family  30.88 
 
 
310 aa  110  3e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.276517 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0663  RluA family pseudouridine synthase  29.66 
 
 
352 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.241862  normal  0.120069 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0969  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.45 
 
 
324 aa  110  3e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.466312 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0593  pseudouridine synthase, RluA family  29.19 
 
 
310 aa  110  3e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.070842  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1751  RluA family pseudouridine synthase  27.21 
 
 
329 aa  110  3e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000123206  normal  0.30128 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2566  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  26.23 
 
 
329 aa  110  3e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00643292  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2656  pseudouridine synthase, RluA family  27.21 
 
 
319 aa  110  3e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0425559  hitchhiker  0.000122586 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0431  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.19 
 
 
319 aa  110  3e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1708  RluA family pseudouridine synthase  27.21 
 
 
329 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000190104  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  30.43 
 
 
313 aa  109  4.0000000000000004e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0375  RluA family pseudouridine synthase  29.39 
 
 
299 aa  110  4.0000000000000004e-23  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000429003  hitchhiker  0.000000000105454 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2510  23S rRNA pseudouridylate synthase C  28.95 
 
 
318 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000592786  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3699  pseudouridine synthase, RluA family  24.3 
 
 
345 aa  110  4.0000000000000004e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1312  RluA family pseudouridine synthase  28.12 
 
 
350 aa  110  4.0000000000000004e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1601  23S rRNA pseudouridylate synthase C  28.76 
 
 
315 aa  110  4.0000000000000004e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000249423  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1711  RluA family pseudouridine synthase  27.21 
 
 
329 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000334248  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>