More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_2942 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009483  Gura_2942  RluA family pseudouridine synthase  100 
 
 
296 aa  603  9.999999999999999e-173  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000960033  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3265  pseudouridine synthase, RluA family  58.11 
 
 
302 aa  361  8e-99  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0995  pseudouridine synthase, RluA family  58.11 
 
 
302 aa  361  9e-99  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.388874  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2838  pseudouridine synthase, RluD  54.39 
 
 
296 aa  318  6e-86  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000325771  decreased coverage  1.22587e-21 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0671  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  53.79 
 
 
296 aa  308  9e-83  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.192683  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2950  RluA family pseudouridine synthase  52.33 
 
 
310 aa  270  2e-71  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1111  pseudouridine synthase, RluA family  47.14 
 
 
300 aa  260  2e-68  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  30.92 
 
 
306 aa  139  4.999999999999999e-32  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2357  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  34.63 
 
 
296 aa  135  9e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  32.43 
 
 
302 aa  132  7.999999999999999e-30  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.63 
 
 
300 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  30.69 
 
 
311 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  31.02 
 
 
311 aa  131  1.0000000000000001e-29  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.59 
 
 
306 aa  130  2.0000000000000002e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.21 
 
 
300 aa  131  2.0000000000000002e-29  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.45 
 
 
303 aa  129  5.0000000000000004e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  30.35 
 
 
319 aa  129  7.000000000000001e-29  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0386  RluA family pseudouridine synthase  31.58 
 
 
303 aa  129  7.000000000000001e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1281  RluA family pseudouridine synthase  31.02 
 
 
305 aa  127  2.0000000000000002e-28  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.71357  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1288  RluA family pseudouridine synthase  32.41 
 
 
285 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.543506  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1256  RluA family pseudouridine synthase  31.02 
 
 
305 aa  127  2.0000000000000002e-28  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.83 
 
 
305 aa  126  3e-28  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2404  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.89 
 
 
329 aa  127  3e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000151583  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2474  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.89 
 
 
329 aa  127  3e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0799284  normal  0.0195489 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  30.1 
 
 
314 aa  125  6e-28  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0059  RluA family pseudouridine synthase  31.03 
 
 
339 aa  125  6e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.14313 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1491  pseudouridine synthase, RluA family protein  30.63 
 
 
318 aa  125  6e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.446351  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  31.96 
 
 
315 aa  125  8.000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2566  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  29.62 
 
 
329 aa  125  1e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00643292  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  31.21 
 
 
309 aa  124  2e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0056  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  29.26 
 
 
339 aa  123  3e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0984  pseudouridine synthase, RluA family  31.76 
 
 
320 aa  122  7e-27  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0148654  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3657  RluA family pseudouridine synthase  30.99 
 
 
344 aa  122  9e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0134519  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  32.69 
 
 
319 aa  122  9.999999999999999e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1574  RluA family pseudouridine synthase  30.57 
 
 
330 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00553384  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2656  pseudouridine synthase, RluA family  29.3 
 
 
319 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0425559  hitchhiker  0.000122586 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.1 
 
 
313 aa  120  1.9999999999999998e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2301  pseudouridine synthase, RluD  29.3 
 
 
318 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00163378  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl387  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase  30.77 
 
 
311 aa  120  3e-26  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.319286  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  30.41 
 
 
306 aa  120  3e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.41 
 
 
304 aa  120  3e-26  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1751  RluA family pseudouridine synthase  28.98 
 
 
329 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000123206  normal  0.30128 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1601  23S rRNA pseudouridylate synthase C  31.43 
 
 
315 aa  119  4.9999999999999996e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000249423  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0588  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.01 
 
 
284 aa  119  6e-26  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.900058  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1708  RluA family pseudouridine synthase  28.98 
 
 
329 aa  119  6e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000190104  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  30.07 
 
 
318 aa  119  6e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3159  pseudouridine synthase, RluA family  32.69 
 
 
329 aa  119  6e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1711  RluA family pseudouridine synthase  28.98 
 
 
329 aa  119  7e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000334248  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1704  RluA family pseudouridine synthase  29.97 
 
 
407 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.225391  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1481  RluA family pseudouridine synthase  30.3 
 
 
400 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00249005  normal  0.0889319 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2503  RluA family pseudouridine synthase  30.84 
 
 
319 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.721496  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  31.27 
 
 
331 aa  118  9.999999999999999e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0749  pseudouridine synthase, RluA family  31.13 
 
 
318 aa  118  9.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1731  RluA family pseudouridine synthase  29.97 
 
 
405 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.895388  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3499  lysozyme  28.39 
 
 
323 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.847735  normal  0.0395097 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0778  pseudouridine synthase, RluA family  31.13 
 
 
318 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  32.34 
 
 
305 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1383  pseudouridine synthase, RluA family  30.26 
 
 
299 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  29.29 
 
 
304 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1614  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.36 
 
 
315 aa  117  1.9999999999999998e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000109224  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0073  pseudouridine synthase, RluA family  28.3 
 
 
339 aa  117  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  30.54 
 
 
304 aa  117  1.9999999999999998e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1802  RluA family pseudouridine synthase  29.87 
 
 
304 aa  117  3e-25  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6286  pseudouridine synthase, RluD  30.3 
 
 
402 aa  116  3e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  28.96 
 
 
306 aa  117  3e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1793  RluA family pseudouridine synthase  30.3 
 
 
402 aa  116  3e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0609  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.15 
 
 
320 aa  117  3e-25  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0061  pseudouridine synthase, RluA family  28.3 
 
 
339 aa  116  3.9999999999999997e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5094  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.3 
 
 
402 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.760184 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2041  23S rRNA pseudouridylate synthase C  29.47 
 
 
319 aa  116  5e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000773418  hitchhiker  0.000351853 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.9 
 
 
308 aa  116  5e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1417  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.94 
 
 
339 aa  116  5e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3490  pseudouridine synthase, RluA family  30.51 
 
 
329 aa  116  5e-25  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.788611  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0522  pseudouridine synthase, RluA family  31.02 
 
 
304 aa  116  5e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  29.87 
 
 
304 aa  116  5e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01082  23S rRNA pseudouridylate synthase  29.47 
 
 
319 aa  115  6e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000778536  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2561  pseudouridine synthase, RluA family  29.47 
 
 
319 aa  115  6e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000499668  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1284  23S rRNA pseudouridylate synthase C  29.97 
 
 
319 aa  115  6e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0174547  hitchhiker  0.00000000220374 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2515  23S rRNA pseudouridylate synthase C  29.47 
 
 
319 aa  115  6e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000444551  hitchhiker  0.0000916413 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2185  23S rRNA pseudouridylate synthase C  29.97 
 
 
319 aa  115  6e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.012302  hitchhiker  0.000000000136846 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2001  23S rRNA pseudouridylate synthase C  29.97 
 
 
319 aa  116  6e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000244921  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1299  23S rRNA pseudouridylate synthase C  29.97 
 
 
319 aa  115  6e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.547954  hitchhiker  0.000000178257 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01090  hypothetical protein  29.47 
 
 
319 aa  115  6e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000557514  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1208  23S rRNA pseudouridylate synthase C  29.47 
 
 
319 aa  115  6e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000011451  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1255  23S rRNA pseudouridylate synthase C  29.97 
 
 
319 aa  115  6e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0242253  normal  0.194151 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1208  23S rRNA pseudouridylate synthase C  29.47 
 
 
319 aa  115  6e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  5.7217399999999996e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1817  RluA family pseudouridine synthase  30.3 
 
 
360 aa  116  6e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.294999 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1591  pseudouridine synthase, RluA family  31.43 
 
 
370 aa  115  6.9999999999999995e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.150486  decreased coverage  0.00904495 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0714  23S rRNA pseudouridylate synthase C  30.41 
 
 
326 aa  115  6.9999999999999995e-25  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1919  pseudouridine synthase, RluA family  31.43 
 
 
370 aa  115  7.999999999999999e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.338974  normal  0.0110313 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1464  23S rRNA pseudouridylate synthase C  29.47 
 
 
319 aa  115  7.999999999999999e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000220754  hitchhiker  0.00000000172116 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  28.62 
 
 
306 aa  115  7.999999999999999e-25  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0967  RluA family pseudouridine synthase  31.56 
 
 
436 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0593  pseudouridine synthase, RluA family  29.97 
 
 
310 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.070842  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02691  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  29.05 
 
 
326 aa  115  1.0000000000000001e-24  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.88343  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1206  RNA pseudouridylate synthase  29.48 
 
 
307 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.575901  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1304  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  29.48 
 
 
307 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.09 
 
 
303 aa  114  1.0000000000000001e-24  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1163  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.1 
 
 
334 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1382  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  29.48 
 
 
307 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.53631 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>