More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cla_0609 on replicon NC_012039
Organism: Campylobacter lari RM2100



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012039  Cla_0609  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  100 
 
 		 320 aa  657    Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0445  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  61.76 
 
 		 322 aa  372  1e-102  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1416  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  60.78 
 
 		 322 aa  368  1e-101  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1296  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  61.11 
 
 		 322 aa  369  1e-101  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0509  P-protein  53.29 
 
 		 323 aa  315  7e-85  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0474  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  51.71 
 
 		 323 aa  308  1.0000000000000001e-82  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1220  ribosomal pseudouridine synthase  50.64 
 
 		 323 aa  290  2e-77  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0639  pseudouridine synthase, RluA family  47.76 
 
 		 326 aa  282  4.0000000000000003e-75  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1289  RluA family pseudouridine synthase  49.21 
 
 		 357 aa  278  9e-74  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.0438774  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0783  pseudouridine synthase, RluD  48.29 
 
 		 323 aa  277  2e-73  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.413607  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  40.14 
 
 		 334 aa  190  2.9999999999999997e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  39.25 
 
 		 302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  39.24 
 
 		 302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  38.91 
 
 		 302 aa  183  4.0000000000000006e-45  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  39.66 
 
 		 302 aa  182  5.0000000000000004e-45  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  38.91 
 
 		 302 aa  182  8.000000000000001e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  38.57 
 
 		 302 aa  181  1e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.57 
 
 		 302 aa  181  1e-44  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  38.57 
 
 		 302 aa  181  1e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.57 
 
 		 302 aa  181  1e-44  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  38.57 
 
 		 302 aa  181  1e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  37.38 
 
 		 323 aa  179  4.999999999999999e-44  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  39.58 
 
 		 303 aa  178  9e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1100  pseudouridine synthase, RluA family  39.72 
 
 		 297 aa  177  2e-43  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  37.2 
 
 		 302 aa  177  2e-43  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.52 
 
 		 303 aa  177  3e-43  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  37.24 
 
 		 305 aa  177  3e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.71 
 
 		 296 aa  174  2.9999999999999996e-42  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  37.58 
 
 		 305 aa  172  5e-42  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  35.95 
 
 		 306 aa  172  7.999999999999999e-42  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.88 
 
 		 347 aa  171  1e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.88 
 
 		 334 aa  171  1e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  34.35 
 
 		 334 aa  171  1e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  34.25 
 
 		 326 aa  171  2e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  37.85 
 
 		 300 aa  170  3e-41  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.46 
 
 		 301 aa  169  7e-41  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  38.41 
 
 		 306 aa  169  8e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3657  RluA family pseudouridine synthase  36.27 
 
 		 344 aa  168  1e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0134519  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.08 
 
 		 308 aa  167  2e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl387  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase  36.54 
 
 		 311 aa  166  2.9999999999999998e-40  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.319286  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  35.15 
 
 		 311 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3401  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33 
 
 		 310 aa  165  1.0000000000000001e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0482  pseudouridine synthase, RluA family  35.55 
 
 		 326 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147798  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0604  pseudouridine synthase, RluD  34.22 
 
 		 341 aa  164  2.0000000000000002e-39  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.206987 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3536  ribosomal large subunit pseudouridine synthase RluD subfamily  33.96 
 
 		 342 aa  164  2.0000000000000002e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.618363  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  36.21 
 
 		 331 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  35.46 
 
 		 313 aa  163  3e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.7 
 
 		 303 aa  164  3e-39  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.86 
 
 		 296 aa  163  5.0000000000000005e-39  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2903  RluA family pseudouridine synthase  37.8 
 
 		 323 aa  162  8.000000000000001e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0413037  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  34.81 
 
 		 311 aa  161  1e-38  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3086  pseudouridine synthase, RluA family  31.71 
 
 		 341 aa  162  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.226558 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0984  pseudouridine synthase, RluA family  33.33 
 
 		 320 aa  160  2e-38  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0148654  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  33.9 
 
 		 309 aa  160  2e-38  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  35.86 
 
 		 304 aa  160  2e-38  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2132  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.13 
 
 		 332 aa  160  2e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.864009 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.53 
 
 		 319 aa  160  3e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  38.1 
 
 		 305 aa  160  3e-38  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  35.43 
 
 		 315 aa  160  3e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  37.67 
 
 		 305 aa  159  5e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  36.54 
 
 		 319 aa  159  5e-38  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1520  pseudouridine synthase, RluA family  36.51 
 
 		 308 aa  159  7e-38  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.15 
 
 		 305 aa  159  9e-38  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3343  pseudouridine synthase, RluA family  31.1 
 
 		 341 aa  158  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0105982 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.9 
 
 		 306 aa  158  1e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.15 
 
 		 304 aa  158  1e-37  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.55 
 
 		 322 aa  157  2e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1560  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  35.86 
 
 		 326 aa  157  2e-37  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_02111  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  38.06 
 
 		 327 aa  157  2e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  34.72 
 
 		 304 aa  157  3e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1417  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.07 
 
 		 339 aa  156  4e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  36.77 
 
 		 304 aa  156  5.0000000000000005e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  33.67 
 
 		 313 aa  155  7e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1083  pseudouridine synthase, RluA family  30.45 
 
 		 334 aa  155  7e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0421612  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1163  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.45 
 
 		 334 aa  155  8e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.33 
 
 		 333 aa  155  1e-36  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.33 
 
 		 313 aa  155  1e-36  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02691  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  35.52 
 
 		 326 aa  155  1e-36  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.88343  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5026  RluA family pseudouridine synthase  31.53 
 
 		 356 aa  154  2e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.257508  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  32.65 
 
 		 327 aa  154  2e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1256  RluA family pseudouridine synthase  36.81 
 
 		 305 aa  153  2.9999999999999998e-36  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1281  RluA family pseudouridine synthase  36.81 
 
 		 305 aa  153  2.9999999999999998e-36  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.71357  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0395  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  34.97 
 
 		 322 aa  153  4e-36  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.134097  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  31.7 
 
 		 315 aa  153  4e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6759  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.47 
 
 		 326 aa  153  4e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  36.4 
 
 		 304 aa  152  5e-36  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.8 
 
 		 343 aa  151  1e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0087  RluA family pseudouridine synthase  31.72 
 
 		 344 aa  151  1e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3046  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.6 
 
 		 332 aa  151  1e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2613  RluA family pseudouridine synthase  31.76 
 
 		 343 aa  151  1e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2822  RluA family pseudouridine synthase  32.01 
 
 		 329 aa  151  1e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000591979  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  33.44 
 
 		 320 aa  151  2e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2164  RluA family pseudouridine synthase  31.91 
 
 		 482 aa  150  2e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.317837  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1604  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.18 
 
 		 318 aa  150  3e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1813  pseudouridine synthase, RluA family  34.23 
 
 		 526 aa  150  3e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.000000964916  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1849  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.35 
 
 		 316 aa  150  3e-35  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.97184  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  34.35 
 
 		 314 aa  150  4e-35  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28001  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  34.83 
 
 		 324 aa  149  4e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0486  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  35.95 
 
 		 337 aa  149  4e-35  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.766955  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2118  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.23 
 
 		 337 aa  149  4e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>