More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppro_2950 on replicon NC_008609
Organism: Pelobacter propionicus DSM 2379



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008609  Ppro_2950  RluA family pseudouridine synthase  100 
 
 
310 aa  629  1e-179  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0995  pseudouridine synthase, RluA family  54.32 
 
 
302 aa  292  4e-78  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.388874  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3265  pseudouridine synthase, RluA family  51.52 
 
 
302 aa  289  4e-77  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0671  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  54.48 
 
 
296 aa  287  2e-76  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.192683  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2838  pseudouridine synthase, RluD  54.78 
 
 
296 aa  287  2e-76  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000325771  decreased coverage  1.22587e-21 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1111  pseudouridine synthase, RluA family  51.35 
 
 
300 aa  277  2e-73  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2942  RluA family pseudouridine synthase  52.33 
 
 
296 aa  270  2e-71  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000960033  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0565  RluA family pseudouridine synthase  31.1 
 
 
306 aa  132  9e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.789528  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1288  RluA family pseudouridine synthase  32.86 
 
 
285 aa  131  1.0000000000000001e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.543506  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0175  RluA family pseudouridine synthase  32.46 
 
 
296 aa  129  5.0000000000000004e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.408906  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  34.8 
 
 
309 aa  126  5e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0919  RluA family pseudouridine synthase  30.51 
 
 
293 aa  123  4e-27  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.976861  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1281  RluA family pseudouridine synthase  30.74 
 
 
305 aa  122  5e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.71357  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1256  RluA family pseudouridine synthase  30.74 
 
 
305 aa  122  5e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.77 
 
 
305 aa  122  6e-27  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1358  pseudouridine synthase, RluA family  35.03 
 
 
303 aa  122  7e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.364414  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  33.1 
 
 
313 aa  121  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2357  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  32.4 
 
 
296 aa  122  9.999999999999999e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0059  RluA family pseudouridine synthase  32.52 
 
 
339 aa  122  9.999999999999999e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.14313 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3657  RluA family pseudouridine synthase  34.9 
 
 
344 aa  121  1.9999999999999998e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0134519  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2789  RluA family pseudouridine synthase  30.85 
 
 
346 aa  119  6e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.58 
 
 
300 aa  119  9e-26  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  32.13 
 
 
310 aa  117  3e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  29.93 
 
 
307 aa  116  3.9999999999999997e-25  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  31.41 
 
 
302 aa  116  3.9999999999999997e-25  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.81 
 
 
304 aa  116  3.9999999999999997e-25  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl387  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase  29.53 
 
 
311 aa  115  6.9999999999999995e-25  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.319286  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  28.81 
 
 
306 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.73 
 
 
312 aa  115  1.0000000000000001e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1840  RluA family pseudouridine synthase  30.87 
 
 
304 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0056  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.28 
 
 
339 aa  115  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2133  RluA family pseudouridine synthase  30.1 
 
 
318 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5026  RluA family pseudouridine synthase  30.49 
 
 
356 aa  115  1.0000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.257508  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.66 
 
 
300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0893  pseudouridine synthase, RluA family  28.15 
 
 
318 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2303  RluA family pseudouridine synthase  30.94 
 
 
323 aa  114  2.0000000000000002e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3230  RluA family pseudouridine synthase  31.48 
 
 
320 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1802  RluA family pseudouridine synthase  31.46 
 
 
304 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1383  pseudouridine synthase, RluA family  31.71 
 
 
299 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3353  RNA pseudouridine synthase family protein  37.79 
 
 
296 aa  114  3e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0622873  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1440  pseudouridine synthase, RluA family  29.64 
 
 
347 aa  113  3e-24  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.738263  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  32.73 
 
 
331 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  31.36 
 
 
305 aa  113  4.0000000000000004e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.06 
 
 
316 aa  113  5e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1344  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.87 
 
 
403 aa  112  6e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  30.46 
 
 
311 aa  112  7.000000000000001e-24  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  29.24 
 
 
325 aa  112  7.000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2274  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  29.74 
 
 
352 aa  112  7.000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1429  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.77 
 
 
327 aa  112  8.000000000000001e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.550632 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  29.33 
 
 
305 aa  112  8.000000000000001e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0386  RluA family pseudouridine synthase  29.81 
 
 
303 aa  112  9e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0061  pseudouridine synthase, RluA family  29.97 
 
 
339 aa  111  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0593  pseudouridine synthase, RluA family  31.15 
 
 
299 aa  112  1.0000000000000001e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000735687  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  30.13 
 
 
311 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28001  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  31.79 
 
 
324 aa  111  1.0000000000000001e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0439  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  29.01 
 
 
322 aa  112  1.0000000000000001e-23  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2627  pseudouridine synthase, RluA family  33.71 
 
 
308 aa  112  1.0000000000000001e-23  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.981062  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0073  pseudouridine synthase, RluA family  29.97 
 
 
339 aa  112  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1614  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.51 
 
 
315 aa  112  1.0000000000000001e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000109224  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1777  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  29.35 
 
 
328 aa  111  1.0000000000000001e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00553261  decreased coverage  0.000101871 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  31.53 
 
 
306 aa  111  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02339  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase  32.65 
 
 
313 aa  110  2.0000000000000002e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.336245  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0480  RluA family pseudouridine synthase  28.62 
 
 
364 aa  110  3e-23  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.632369  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2837  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  29.54 
 
 
436 aa  110  3e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0449259  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  30.21 
 
 
323 aa  110  3e-23  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0749  pseudouridine synthase, RluA family  29.63 
 
 
318 aa  110  4.0000000000000004e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2869  tRNA pseudouridine synthase C  32.91 
 
 
242 aa  110  4.0000000000000004e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0047  pseudouridine synthase, RluD  32.86 
 
 
295 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.816819 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1721  pseudouridine synthase, RluD  29.91 
 
 
346 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1209  pseudouridine synthase, RluA family  38.15 
 
 
309 aa  110  4.0000000000000004e-23  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3557  pseudouridine synthase, RluA family  30.93 
 
 
297 aa  109  5e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0778  pseudouridine synthase, RluA family  29.97 
 
 
318 aa  109  5e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2141  pseudouridine synthase, RluD  32.73 
 
 
339 aa  109  5e-23  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0730  RluA family pseudouridine synthase  29.29 
 
 
327 aa  109  5e-23  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0504919  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2290  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  29.87 
 
 
360 aa  109  6e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1757  pseudouridine synthase, RluA family  30.7 
 
 
346 aa  109  7.000000000000001e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0151064  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  30.91 
 
 
318 aa  108  8.000000000000001e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0593  pseudouridine synthase, RluA family  30.51 
 
 
310 aa  109  8.000000000000001e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.070842  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0431  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.51 
 
 
319 aa  108  8.000000000000001e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0588  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.33 
 
 
284 aa  108  1e-22  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.900058  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1628  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D protein  31.41 
 
 
358 aa  108  1e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2883  RluA family pseudouridine synthase  35.22 
 
 
309 aa  108  1e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.464437  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3518  pseudouridine synthase, RluA family  32.01 
 
 
299 aa  108  1e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1287  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D (pseudouridylate synthase) (Uracil hydrolyase)  30.12 
 
 
321 aa  108  1e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1191  pseudouridine synthase  33.48 
 
 
242 aa  108  1e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.8752  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0257  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  29.87 
 
 
338 aa  108  1e-22  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.390571  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.9 
 
 
306 aa  108  1e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1481  RluA family pseudouridine synthase  31.33 
 
 
400 aa  108  1e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00249005  normal  0.0889319 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  27.63 
 
 
319 aa  108  1e-22  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1006  RluA family pseudouridine synthase  30.62 
 
 
284 aa  108  1e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00919556  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1353  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.13 
 
 
403 aa  108  1e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.270637  normal  0.743014 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1025  RluA family pseudouridine synthase  30.62 
 
 
284 aa  108  1e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0048799  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02131  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  31.18 
 
 
319 aa  108  1e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0069  pseudouridine synthase  35.41 
 
 
235 aa  108  2e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.555782  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1286  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D (pseudouridylate synthase) (Uracil hydrolyase)  31.08 
 
 
321 aa  107  2e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1658  RluA family pseudouridine synthase  28.9 
 
 
329 aa  108  2e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.615207  normal  0.0770781 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  30.38 
 
 
306 aa  108  2e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2253  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.79 
 
 
391 aa  107  2e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00391915  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2175  pseudouridylate synthase  30.06 
 
 
330 aa  108  2e-22  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1019  RluA family pseudouridine synthase  27.33 
 
 
330 aa  107  2e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.798058 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>