More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_2869 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007298  Daro_2869  tRNA pseudouridine synthase C  100 
 
 		 242 aa  497  1e-140  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3220  transaldolase  59.22 
 
 		 648 aa  290  1e-77  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0267  tRNA pseudouridine synthase C  58.47 
 
 		 270 aa  276  2e-73  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3160  RNA pseudouridine synthase family protein  57.69 
 
 		 250 aa  264  1e-69  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.466098  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0611  pseudouridine synthase  51.26 
 
 		 241 aa  257  1e-67  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0713  tRNA pseudouridine synthase C  48.74 
 
 		 263 aa  244  6e-64  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.772217  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3796  tRNA pseudouridine synthase C  50.64 
 
 		 256 aa  242  5e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000461215 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0279  pseudouridine synthase  45.99 
 
 		 252 aa  238  8e-62  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000931063  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3184  pseudouridylate synthase  48.09 
 
 		 252 aa  238  8e-62  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.575849  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0935  tRNA pseudouridine synthase C  48.52 
 
 		 266 aa  237  1e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00065013  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3366  tRNA pseudouridine synthase C  48.52 
 
 		 261 aa  236  2e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.116388  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1007  tRNA pseudouridine synthase C  46.41 
 
 		 257 aa  235  4e-61  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.228386  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3441  tRNA pseudouridine synthase C  46.41 
 
 		 257 aa  235  4e-61  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1060  tRNA pseudouridine synthase C  46.41 
 
 		 257 aa  235  4e-61  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.323786  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3171  tRNA pseudouridine synthase C  50 
 
 		 260 aa  235  5.0000000000000005e-61  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0854  tRNA pseudouridine synthase C  49.79 
 
 		 234 aa  233  1.0000000000000001e-60  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000219419  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3095  tRNA pseudouridine synthase C  49.79 
 
 		 260 aa  233  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.352774  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2110  pseudouridine synthase  51.95 
 
 		 245 aa  233  2.0000000000000002e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02636  tRNA pseudouridine synthase  49.79 
 
 		 260 aa  231  5e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.908245  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0897  pseudouridine synthase  49.79 
 
 		 260 aa  231  5e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3244  tRNA pseudouridine synthase C  48.1 
 
 		 261 aa  232  5e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.392486 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2931  tRNA pseudouridine synthase C  49.79 
 
 		 260 aa  231  5e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.980626 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0411  tRNA pseudouridine synthase C  46.22 
 
 		 244 aa  232  5e-60  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02598  hypothetical protein  49.79 
 
 		 260 aa  231  5e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.908938  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2935  tRNA pseudouridine synthase C  49.79 
 
 		 260 aa  231  5e-60  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0921  tRNA pseudouridine synthase C  49.79 
 
 		 260 aa  231  5e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3081  tRNA pseudouridine synthase C  49.79 
 
 		 260 aa  231  5e-60  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.495199  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03241  tRNA pseudouridine synthase C  44.81 
 
 		 255 aa  232  5e-60  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2987  tRNA pseudouridine synthase C  48.95 
 
 		 261 aa  232  5e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4054  tRNA pseudouridine synthase C  49.79 
 
 		 260 aa  231  6e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002742  tRNA pseudouridine synthase C  44.81 
 
 		 256 aa  231  8.000000000000001e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.766432  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2894  tRNA pseudouridine synthase C  50.62 
 
 		 261 aa  230  1e-59  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3171  tRNA pseudouridine synthase C  48.95 
 
 		 260 aa  229  4e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.316896  normal  0.156294 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3106  tRNA pseudouridine synthase C  48.95 
 
 		 260 aa  228  5e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03037  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  48.12 
 
 		 265 aa  228  7e-59  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3124  tRNA pseudouridine synthase C  48.52 
 
 		 260 aa  228  8e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.756442 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1054  tRNA pseudouridine synthase C  52.1 
 
 		 235 aa  227  1e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2911  pseudouridine synthase  48.31 
 
 		 287 aa  226  2e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.131097  normal  0.387721 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1442  pseudouridine synthase  48.31 
 
 		 287 aa  226  2e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1821  pseudouridylate synthase  46.09 
 
 		 256 aa  226  3e-58  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3187  tRNA pseudouridine synthase C  48.52 
 
 		 260 aa  226  3e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.719199 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3286  tRNA pseudouridine synthase C  48.52 
 
 		 260 aa  226  3e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.195915  normal  0.923379 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1436  pseudouridine synthase  47.88 
 
 		 287 aa  225  6e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1214  pseudouridine synthase  46.91 
 
 		 256 aa  225  6e-58  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0262969  normal  0.0773079 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1472  pseudouridine synthase  47.88 
 
 		 287 aa  225  6e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.329833  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1955  tRNA pseudouridine synthase C  49.79 
 
 		 246 aa  222  4e-57  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0419985 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1546  pseudouridylate synthase  47.46 
 
 		 298 aa  221  6e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1339  pseudouridylate synthase  46.61 
 
 		 275 aa  221  8e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3406  pseudouridine synthase  46.9 
 
 		 244 aa  218  5e-56  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0321433 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3169  pseudouridylate synthase  45.76 
 
 		 278 aa  218  7e-56  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3289  pseudouridine synthase  44.92 
 
 		 285 aa  218  7e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.629665  hitchhiker  0.00000299463 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2891  pseudouridine synthase  44.68 
 
 		 284 aa  218  7.999999999999999e-56  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2643  pseudouridylate synthase  46.81 
 
 		 273 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.998826 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1262  pseudouridylate synthase  44.96 
 
 		 293 aa  215  5e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.308846  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2824  tRNA pseudouridine synthase C  46.19 
 
 		 284 aa  215  5.9999999999999996e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2650  tRNA pseudouridine synthase C  46.61 
 
 		 284 aa  214  9e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2717  tRNA pseudouridine synthase C  46.61 
 
 		 284 aa  214  9e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0076  pseudouridine synthase  44.26 
 
 		 228 aa  213  2.9999999999999995e-54  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.694832  normal  0.499098 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3296  pseudouridine synthase  50.67 
 
 		 258 aa  211  5.999999999999999e-54  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1131  pseudouridylate synthase  45.53 
 
 		 258 aa  210  2e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2478  pseudouridine synthase  51.14 
 
 		 319 aa  207  2e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.383615 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3649  tRNA pseudouridine synthase C  38.03 
 
 		 304 aa  205  4e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1355  pseudouridine synthase  51.42 
 
 		 268 aa  202  3e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.420116  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2505  tRNA pseudouridine synthase C  51.42 
 
 		 268 aa  201  7e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.246785  normal  0.0153229 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2278  tRNA pseudouridine synthase C  48.44 
 
 		 277 aa  200  9.999999999999999e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0554113  hitchhiker  0.00000285246 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02767  tRNA pseudouridine synthase C  45.61 
 
 		 238 aa  199  3e-50  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.175179  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3329  pseudouridine synthase  43.64 
 
 		 245 aa  199  3.9999999999999996e-50  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.346808  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2358  pseudouridine synthase  40.43 
 
 		 225 aa  196  3e-49  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0324179  normal  0.496956 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0254  pseudouridine synthase  45.76 
 
 		 249 aa  194  1e-48  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2205  pseudouridine synthase  42.5 
 
 		 242 aa  188  7e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.323157 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0177  pseudouridine synthase  44.92 
 
 		 253 aa  185  5e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3492  pseudouridine synthase  38.16 
 
 		 560 aa  130  2.0000000000000002e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1969  RluA family pseudouridine synthase  37.96 
 
 		 541 aa  128  9.000000000000001e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.434828  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2253  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.37 
 
 		 391 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00391915  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3518  pseudouridine synthase, RluA family  34.47 
 
 		 299 aa  117  1.9999999999999998e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5337  pseudouridine synthase  40 
 
 		 224 aa  115  5e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.588803  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.76 
 
 		 304 aa  115  6e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.233987  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1324  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.61 
 
 		 395 aa  115  6e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0224168  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2333  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.61 
 
 		 395 aa  115  6e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.93917  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3092  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.76 
 
 		 304 aa  115  6e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.598347  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1084  RluA family pseudouridine synthase  33.61 
 
 		 389 aa  115  6e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.346306  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3152  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.76 
 
 		 304 aa  115  6e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.311943 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1813  RluA family pseudouridine synthase  33.61 
 
 		 389 aa  115  6e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.587957  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0083  RluA family pseudouridine synthase  33.61 
 
 		 389 aa  115  6e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2205  RluA family pseudouridine synthase  33.61 
 
 		 395 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2168  RluA family pseudouridine synthase  33.61 
 
 		 389 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00060  pseudouridine synthase for 23S rRNA (position 746) and tRNAphe(position 32)  36.49 
 
 		 219 aa  115  7.999999999999999e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00103207  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0060  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  36.49 
 
 		 219 aa  115  7.999999999999999e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000157754  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0062  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  36.49 
 
 		 219 aa  115  7.999999999999999e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000519589  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0060  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  36.49 
 
 		 219 aa  115  7.999999999999999e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000000246696  normal  0.920561 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00059  hypothetical protein  36.49 
 
 		 219 aa  115  7.999999999999999e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00251996  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0050  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  36.16 
 
 		 219 aa  115  7.999999999999999e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000437271  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3599  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  36.49 
 
 		 219 aa  115  7.999999999999999e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0199705  unclonable  0.0000000150238 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3541  pseudouridine synthase  36.16 
 
 		 219 aa  115  8.999999999999998e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000465216  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2774  RluA family pseudouridine synthase  35.27 
 
 		 309 aa  115  8.999999999999998e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.538883  normal  0.492186 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  33.33 
 
 		 319 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2250  pseudouridine synthase  31.62 
 
 		 238 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.211123  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3831  pseudouridylate synthase  35.24 
 
 		 218 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2380  pseudouridine synthase  33.9 
 
 		 238 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0555647  normal  0.85539 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1481  RluA family pseudouridine synthase  33.47 
 
 		 400 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00249005  normal  0.0889319 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>