More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Csal_2894 on replicon NC_007963
Organism: Chromohalobacter salexigens DSM 3043



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007963  Csal_2894  tRNA pseudouridine synthase C  100 
 
 		 261 aa  522  1e-147  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0267  tRNA pseudouridine synthase C  53.33 
 
 		 270 aa  234  9e-61  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2869  tRNA pseudouridine synthase C  50.62 
 
 		 242 aa  230  1e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0611  pseudouridine synthase  47.9 
 
 		 241 aa  230  1e-59  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3220  transaldolase  48.33 
 
 		 648 aa  226  3e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3160  RNA pseudouridine synthase family protein  50.64 
 
 		 250 aa  225  5.0000000000000005e-58  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.466098  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0713  tRNA pseudouridine synthase C  43.7 
 
 		 263 aa  216  4e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.772217  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2110  pseudouridine synthase  53.28 
 
 		 245 aa  213  1.9999999999999998e-54  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002742  tRNA pseudouridine synthase C  46.41 
 
 		 256 aa  212  3.9999999999999995e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.766432  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0411  tRNA pseudouridine synthase C  47.03 
 
 		 244 aa  213  3.9999999999999995e-54  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3184  pseudouridylate synthase  43.7 
 
 		 252 aa  212  4.9999999999999996e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.575849  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03241  tRNA pseudouridine synthase C  46.38 
 
 		 255 aa  212  5.999999999999999e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0935  tRNA pseudouridine synthase C  47.92 
 
 		 266 aa  211  9e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00065013  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2358  pseudouridine synthase  45.45 
 
 		 225 aa  211  1e-53  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0324179  normal  0.496956 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3366  tRNA pseudouridine synthase C  47.92 
 
 		 261 aa  210  2e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.116388  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1546  pseudouridylate synthase  45.76 
 
 		 298 aa  208  6e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3329  pseudouridine synthase  47.11 
 
 		 245 aa  207  2e-52  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.346808  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1054  tRNA pseudouridine synthase C  50.21 
 
 		 235 aa  206  2e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1442  pseudouridine synthase  46.19 
 
 		 287 aa  206  2e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3289  pseudouridine synthase  43.5 
 
 		 285 aa  206  2e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.629665  hitchhiker  0.00000299463 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1436  pseudouridine synthase  46.19 
 
 		 287 aa  206  4e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1472  pseudouridine synthase  46.19 
 
 		 287 aa  206  4e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.329833  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2650  tRNA pseudouridine synthase C  46.25 
 
 		 284 aa  204  9e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3169  pseudouridylate synthase  45.76 
 
 		 278 aa  204  1e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2911  pseudouridine synthase  45.34 
 
 		 287 aa  204  1e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.131097  normal  0.387721 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2717  tRNA pseudouridine synthase C  46.61 
 
 		 284 aa  204  1e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1262  pseudouridylate synthase  43.4 
 
 		 293 aa  204  2e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.308846  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2824  tRNA pseudouridine synthase C  45.83 
 
 		 284 aa  203  2e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3095  tRNA pseudouridine synthase C  45.56 
 
 		 260 aa  201  8e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.352774  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1339  pseudouridylate synthase  44.07 
 
 		 275 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0279  pseudouridine synthase  43.46 
 
 		 252 aa  201  9.999999999999999e-51  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000931063  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1131  pseudouridylate synthase  44.26 
 
 		 258 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2891  pseudouridine synthase  44.68 
 
 		 284 aa  199  3e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02636  tRNA pseudouridine synthase  46.47 
 
 		 260 aa  199  3.9999999999999996e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.908245  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0897  pseudouridine synthase  46.47 
 
 		 260 aa  199  3.9999999999999996e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2935  tRNA pseudouridine synthase C  46.47 
 
 		 260 aa  199  3.9999999999999996e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2931  tRNA pseudouridine synthase C  46.47 
 
 		 260 aa  199  3.9999999999999996e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.980626 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4054  tRNA pseudouridine synthase C  46.47 
 
 		 260 aa  199  3.9999999999999996e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0921  tRNA pseudouridine synthase C  46.47 
 
 		 260 aa  199  3.9999999999999996e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02598  hypothetical protein  46.47 
 
 		 260 aa  199  3.9999999999999996e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.908938  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3081  tRNA pseudouridine synthase C  46.47 
 
 		 260 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.495199  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3796  tRNA pseudouridine synthase C  45.97 
 
 		 256 aa  197  1.0000000000000001e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000461215 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3441  tRNA pseudouridine synthase C  42.8 
 
 		 257 aa  197  2.0000000000000003e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1060  tRNA pseudouridine synthase C  42.8 
 
 		 257 aa  197  2.0000000000000003e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.323786  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1007  tRNA pseudouridine synthase C  42.8 
 
 		 257 aa  197  2.0000000000000003e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.228386  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3244  tRNA pseudouridine synthase C  44.44 
 
 		 261 aa  196  4.0000000000000005e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.392486 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2987  tRNA pseudouridine synthase C  44.86 
 
 		 261 aa  195  6e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3406  pseudouridine synthase  45.87 
 
 		 244 aa  194  8.000000000000001e-49  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0321433 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3171  tRNA pseudouridine synthase C  45.15 
 
 		 260 aa  193  3e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2643  pseudouridylate synthase  44.68 
 
 		 273 aa  192  5e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.998826 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0854  tRNA pseudouridine synthase C  43.22 
 
 		 234 aa  191  8e-48  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000219419  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3124  tRNA pseudouridine synthase C  44.44 
 
 		 260 aa  188  8e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.756442 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1821  pseudouridylate synthase  43.04 
 
 		 256 aa  187  1e-46  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1214  pseudouridine synthase  42.32 
 
 		 256 aa  187  2e-46  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0262969  normal  0.0773079 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03037  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  39.92 
 
 		 265 aa  187  2e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3286  tRNA pseudouridine synthase C  44.44 
 
 		 260 aa  186  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.195915  normal  0.923379 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3171  tRNA pseudouridine synthase C  44.44 
 
 		 260 aa  186  4e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.316896  normal  0.156294 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3187  tRNA pseudouridine synthase C  44.44 
 
 		 260 aa  185  5e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.719199 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3106  tRNA pseudouridine synthase C  44.44 
 
 		 260 aa  185  7e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0254  pseudouridine synthase  44.77 
 
 		 249 aa  179  4e-44  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0076  pseudouridine synthase  40.09 
 
 		 228 aa  179  4.999999999999999e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.694832  normal  0.499098 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2478  pseudouridine synthase  45.9 
 
 		 319 aa  178  7e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.383615 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1955  tRNA pseudouridine synthase C  45.49 
 
 		 246 aa  178  7e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0419985 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2278  tRNA pseudouridine synthase C  48.4 
 
 		 277 aa  177  1e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0554113  hitchhiker  0.00000285246 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3296  pseudouridine synthase  47.32 
 
 		 258 aa  176  2e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3649  tRNA pseudouridine synthase C  37.68 
 
 		 304 aa  176  3e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2205  pseudouridine synthase  39.08 
 
 		 242 aa  166  2.9999999999999998e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.323157 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1355  pseudouridine synthase  47 
 
 		 268 aa  165  5e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.420116  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2505  tRNA pseudouridine synthase C  47 
 
 		 268 aa  165  8e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.246785  normal  0.0153229 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02767  tRNA pseudouridine synthase C  42.24 
 
 		 238 aa  152  4e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.175179  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0177  pseudouridine synthase  41.2 
 
 		 253 aa  144  1e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_12940  predicted protein  35.58 
 
 		 200 aa  115  7.999999999999999e-25  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.04 
 
 		 316 aa  105  7e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1840  RluA family pseudouridine synthase  31.11 
 
 		 304 aa  103  4e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0819  RluA family pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 353 aa  102  8e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0956515  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2576  RNA pseudouridylate synthase family protein  28.81 
 
 		 244 aa  100  2e-20  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0224111  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1721  pseudouridine synthase, RluD  31.8 
 
 		 346 aa  100  2e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0069  pseudouridine synthase  34.63 
 
 		 235 aa  100  2e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.555782  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1802  RluA family pseudouridine synthase  31.44 
 
 		 304 aa  99.8  4e-20  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2274  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.1 
 
 		 352 aa  99  6e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3659  pseudouridine synthase, RluD  31.15 
 
 		 378 aa  99  7e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1063  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.82 
 
 		 323 aa  99  7e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0781222  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08290  pseudouridine synthase, RluA family  29.87 
 
 		 310 aa  99  7e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1041  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C protein  32.64 
 
 		 331 aa  98.6  9e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.017285  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0347  pseudouridine synthase, RluA family  30.04 
 
 		 303 aa  98.6  9e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3492  pseudouridine synthase  32.77 
 
 		 560 aa  98.6  1e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14830  Pseudouridine synthase, RluC  36.36 
 
 		 278 aa  98.2  1e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.300608  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2414  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  31.02 
 
 		 290 aa  98.6  1e-19  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4177  pseudouridine synthase, RluD  35.04 
 
 		 318 aa  97.4  2e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.463318  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1593  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.19 
 
 		 315 aa  97.4  2e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.102826  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0604  pseudouridine synthase, RluD  35.02 
 
 		 341 aa  97.4  2e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.206987 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2290  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.35 
 
 		 360 aa  97.1  3e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0704  pseudouridine synthase, RluD  31.76 
 
 		 312 aa  97.1  3e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2192  RluA family pseudouridine synthase  34.5 
 
 		 316 aa  97.1  3e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.677227  normal  0.0743981 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0056  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.94 
 
 		 339 aa  96.3  4e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  30.77 
 
 		 311 aa  96.3  4e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3654  pseudouridine synthase  32.91 
 
 		 225 aa  96.7  4e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.599678  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2566  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.38 
 
 		 329 aa  96.7  4e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00643292  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4224  pseudouridine synthase, RluD  34.36 
 
 		 334 aa  96.3  5e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1708  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.67 
 
 		 477 aa  95.9  5e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.127697  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>