More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_2478 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_2478  pseudouridine synthase  100 
 
 		 319 aa  637    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.383615 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2278  tRNA pseudouridine synthase C  72.73 
 
 		 277 aa  319  3.9999999999999996e-86  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0554113  hitchhiker  0.00000285246 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3296  pseudouridine synthase  66.54 
 
 		 258 aa  318  7.999999999999999e-86  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1355  pseudouridine synthase  74.18 
 
 		 268 aa  297  2e-79  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.420116  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2505  tRNA pseudouridine synthase C  74.18 
 
 		 268 aa  296  3e-79  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.246785  normal  0.0153229 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3796  tRNA pseudouridine synthase C  46.01 
 
 		 256 aa  217  2e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000461215 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3160  RNA pseudouridine synthase family protein  52.32 
 
 		 250 aa  215  8e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.466098  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0411  tRNA pseudouridine synthase C  46.43 
 
 		 244 aa  213  2.9999999999999995e-54  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3220  transaldolase  47.94 
 
 		 648 aa  209  5e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3095  tRNA pseudouridine synthase C  45.93 
 
 		 260 aa  208  9e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.352774  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1214  pseudouridine synthase  46.46 
 
 		 256 aa  208  1e-52  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0262969  normal  0.0773079 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2869  tRNA pseudouridine synthase C  51.14 
 
 		 242 aa  207  2e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4054  tRNA pseudouridine synthase C  45.93 
 
 		 260 aa  207  2e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02636  tRNA pseudouridine synthase  45.93 
 
 		 260 aa  207  3e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.908245  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0897  pseudouridine synthase  45.93 
 
 		 260 aa  207  3e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2935  tRNA pseudouridine synthase C  45.93 
 
 		 260 aa  207  3e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02598  hypothetical protein  45.93 
 
 		 260 aa  207  3e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.908938  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3081  tRNA pseudouridine synthase C  45.93 
 
 		 260 aa  207  3e-52  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.495199  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0921  tRNA pseudouridine synthase C  45.93 
 
 		 260 aa  207  3e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2931  tRNA pseudouridine synthase C  45.93 
 
 		 260 aa  207  3e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.980626 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1821  pseudouridylate synthase  47.51 
 
 		 256 aa  206  5e-52  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0854  tRNA pseudouridine synthase C  44.44 
 
 		 234 aa  203  3e-51  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000219419  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1007  tRNA pseudouridine synthase C  43.94 
 
 		 257 aa  202  7e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.228386  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1060  tRNA pseudouridine synthase C  43.94 
 
 		 257 aa  202  7e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.323786  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3441  tRNA pseudouridine synthase C  43.94 
 
 		 257 aa  202  7e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1546  pseudouridylate synthase  41.22 
 
 		 298 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3171  tRNA pseudouridine synthase C  46.77 
 
 		 260 aa  200  3e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3124  tRNA pseudouridine synthase C  47.15 
 
 		 260 aa  199  3.9999999999999996e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.756442 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03241  tRNA pseudouridine synthase C  44.3 
 
 		 255 aa  199  3.9999999999999996e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0611  pseudouridine synthase  45.95 
 
 		 241 aa  199  5e-50  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1131  pseudouridylate synthase  47.14 
 
 		 258 aa  199  5e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3286  tRNA pseudouridine synthase C  47.15 
 
 		 260 aa  197  1.0000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.195915  normal  0.923379 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0935  tRNA pseudouridine synthase C  44.35 
 
 		 266 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00065013  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3244  tRNA pseudouridine synthase C  45.21 
 
 		 261 aa  197  2.0000000000000003e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.392486 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3187  tRNA pseudouridine synthase C  47.15 
 
 		 260 aa  197  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.719199 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3171  tRNA pseudouridine synthase C  47.15 
 
 		 260 aa  197  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.316896  normal  0.156294 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0267  tRNA pseudouridine synthase C  52.51 
 
 		 270 aa  196  4.0000000000000005e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002742  tRNA pseudouridine synthase C  44.17 
 
 		 256 aa  196  4.0000000000000005e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.766432  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2987  tRNA pseudouridine synthase C  45.35 
 
 		 261 aa  196  6e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3106  tRNA pseudouridine synthase C  45.8 
 
 		 260 aa  196  6e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3184  pseudouridylate synthase  41.98 
 
 		 252 aa  196  6e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.575849  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2110  pseudouridine synthase  50.67 
 
 		 245 aa  196  6e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3366  tRNA pseudouridine synthase C  44.35 
 
 		 261 aa  195  7e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.116388  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3289  pseudouridine synthase  39.34 
 
 		 285 aa  189  4e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.629665  hitchhiker  0.00000299463 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0713  tRNA pseudouridine synthase C  40.64 
 
 		 263 aa  189  8e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.772217  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2643  pseudouridylate synthase  42.21 
 
 		 273 aa  188  9e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.998826 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2650  tRNA pseudouridine synthase C  40.82 
 
 		 284 aa  187  2e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2717  tRNA pseudouridine synthase C  42.98 
 
 		 284 aa  187  2e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2824  tRNA pseudouridine synthase C  42.56 
 
 		 284 aa  186  4e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3169  pseudouridylate synthase  39.39 
 
 		 278 aa  186  4e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03037  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  44.5 
 
 		 265 aa  186  4e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1436  pseudouridine synthase  41.02 
 
 		 287 aa  186  6e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1472  pseudouridine synthase  41.02 
 
 		 287 aa  186  6e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.329833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1442  pseudouridine synthase  41.02 
 
 		 287 aa  185  7e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3406  pseudouridine synthase  43.56 
 
 		 244 aa  186  7e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0321433 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1339  pseudouridylate synthase  40.98 
 
 		 275 aa  185  9e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2911  pseudouridine synthase  40.62 
 
 		 287 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.131097  normal  0.387721 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2891  pseudouridine synthase  41.25 
 
 		 284 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1262  pseudouridylate synthase  40.76 
 
 		 293 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.308846  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0279  pseudouridine synthase  44.04 
 
 		 252 aa  180  2.9999999999999997e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000931063  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0076  pseudouridine synthase  43.78 
 
 		 228 aa  180  2.9999999999999997e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.694832  normal  0.499098 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2358  pseudouridine synthase  40.17 
 
 		 225 aa  178  1e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0324179  normal  0.496956 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2894  tRNA pseudouridine synthase C  45.9 
 
 		 261 aa  178  1e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1955  tRNA pseudouridine synthase C  44.53 
 
 		 246 aa  174  1.9999999999999998e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0419985 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3329  pseudouridine synthase  46.12 
 
 		 245 aa  173  2.9999999999999996e-42  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.346808  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0254  pseudouridine synthase  46.58 
 
 		 249 aa  171  1e-41  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3649  tRNA pseudouridine synthase C  34.62 
 
 		 304 aa  167  2e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1054  tRNA pseudouridine synthase C  47.69 
 
 		 235 aa  165  1.0000000000000001e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2205  pseudouridine synthase  38.68 
 
 		 242 aa  164  2.0000000000000002e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.323157 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02767  tRNA pseudouridine synthase C  39.51 
 
 		 238 aa  143  4e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.175179  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0177  pseudouridine synthase  40.62 
 
 		 253 aa  142  5e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_12940  predicted protein  38.14 
 
 		 200 aa  126  6e-28  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0073  pseudouridine synthase, RluA family  39.06 
 
 		 339 aa  123  5e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0056  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  40.36 
 
 		 339 aa  122  8e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0061  pseudouridine synthase, RluA family  39.06 
 
 		 339 aa  121  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0059  RluA family pseudouridine synthase  36.82 
 
 		 339 aa  116  5e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.14313 
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_15960  predicted protein  34.35 
 
 		 325 aa  115  1.0000000000000001e-24  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.713821  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3159  pseudouridine synthase, RluA family  35.15 
 
 		 329 aa  111  2.0000000000000002e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2576  RNA pseudouridylate synthase family protein  32.63 
 
 		 244 aa  110  3e-23  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0224111  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1974  pseudouridine synthase  40.64 
 
 		 238 aa  107  2e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10900  pseudouridine synthase, RluA family  31.69 
 
 		 320 aa  107  3e-22  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.631494  unclonable  0.00000000285325 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0878  pseudouridine synthase RluA family  37.25 
 
 		 327 aa  107  3e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.936233  normal  0.697349 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2921  pseudouridine synthase, RluA family  34.96 
 
 		 341 aa  106  5e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000000900564  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  29.62 
 
 		 306 aa  105  7e-22  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3345  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.08 
 
 		 333 aa  106  7e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1563  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.91 
 
 		 322 aa  105  8e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.151804 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1063  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.53 
 
 		 323 aa  105  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0781222  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0345  pseudouridine synthase  29.22 
 
 		 226 aa  105  1e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3518  pseudouridine synthase, RluA family  34.32 
 
 		 299 aa  104  2e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2080  pseudouridine synthase  40.61 
 
 		 241 aa  104  2e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1580  pseudouridine synthase, RluA family  34.55 
 
 		 319 aa  103  3e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000241554  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4953  pseudouridine synthase, RluA family  35.42 
 
 		 369 aa  103  3e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1995  pseudouridine synthase  41.59 
 
 		 241 aa  103  3e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0056  pseudouridine synthase  31.6 
 
 		 302 aa  103  3e-21  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1969  RluA family pseudouridine synthase  35.56 
 
 		 541 aa  103  3e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.434828  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3639  RluA family pseudouridine synthase  34.75 
 
 		 309 aa  102  6e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.323041  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2642  pseudouridine synthase, RluA family  35.59 
 
 		 339 aa  102  7e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.704369  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1802  RluA family pseudouridine synthase  30.34 
 
 		 304 aa  102  7e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2133  RluA family pseudouridine synthase  31.03 
 
 		 318 aa  102  8e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  30.47 
 
 		 304 aa  102  9e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>