More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2250 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_2250  pseudouridine synthase  100 
 
 
238 aa  495  1e-139  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.211123  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2380  pseudouridine synthase  66.39 
 
 
238 aa  345  3e-94  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0555647  normal  0.85539 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2093  pseudouridine synthase  60.74 
 
 
260 aa  289  2e-77  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000796384  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3001  pseudouridine synthase  60.61 
 
 
219 aa  286  2.9999999999999996e-76  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3524  pseudouridine synthase  56.4 
 
 
245 aa  284  8e-76  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3399  pseudouridine synthase  56.8 
 
 
245 aa  284  1.0000000000000001e-75  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3303  pseudouridine synthase  56.4 
 
 
244 aa  283  1.0000000000000001e-75  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1053  pseudouridine synthase  55.6 
 
 
244 aa  282  4.0000000000000003e-75  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.158533  hitchhiker  0.0000197911 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2938  pseudouridine synthase  58.68 
 
 
236 aa  281  9e-75  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1096  pseudouridylate synthase  58.3 
 
 
232 aa  278  5e-74  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3940  pseudouridine synthase  58.72 
 
 
232 aa  274  7e-73  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1630  pseudouridylate synthase  53.65 
 
 
223 aa  258  7e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.427552  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1014  pseudouridine synthase  52.99 
 
 
229 aa  246  2e-64  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3568  pseudouridine synthase  43.18 
 
 
206 aa  185  6e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0161869  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0767  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  43.18 
 
 
206 aa  185  6e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000401131  normal  0.046253 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3439  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  43.18 
 
 
206 aa  185  6e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000744972  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  39.66 
 
 
225 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000100067  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3139  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  39.66 
 
 
225 aa  182  4.0000000000000006e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00060  pseudouridine synthase for 23S rRNA (position 746) and tRNAphe(position 32)  40.25 
 
 
219 aa  182  6e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00103207  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0062  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  40.25 
 
 
219 aa  182  6e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000519589  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0060  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  40.25 
 
 
219 aa  182  6e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000157754  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0060  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  40.25 
 
 
219 aa  182  6e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000000246696  normal  0.920561 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00059  hypothetical protein  40.25 
 
 
219 aa  182  6e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00251996  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3599  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  40.25 
 
 
219 aa  182  6e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0199705  unclonable  0.0000000150238 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3541  pseudouridine synthase  39.83 
 
 
219 aa  181  8.000000000000001e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000465216  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3630  pseudouridine synthase  41.89 
 
 
217 aa  181  9.000000000000001e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.146108  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0050  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  40.25 
 
 
219 aa  180  1e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000437271  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0063  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  39.83 
 
 
219 aa  180  1e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0156615  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0729  pseudouridine synthase  43.75 
 
 
216 aa  180  2e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000455311  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0568  pseudouridine synthase  43.48 
 
 
217 aa  180  2e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.494043  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3827  pseudouridine synthase  41.89 
 
 
217 aa  179  4e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0834  pseudouridylate synthase  39.66 
 
 
226 aa  178  7e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03674  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  40.25 
 
 
250 aa  177  1e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0100  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  39.83 
 
 
219 aa  177  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0729931  normal  0.810633 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0102  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  39.83 
 
 
219 aa  177  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.108549  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0105  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  39.83 
 
 
219 aa  177  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000472444  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0107  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  39.83 
 
 
219 aa  177  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000191196  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0101  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  39.83 
 
 
219 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00188355  normal  0.0335495 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2896  pseudouridine synthase  42.79 
 
 
218 aa  176  3e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.76004  hitchhiker  0.00773647 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0607  pseudouridine synthase  40.99 
 
 
217 aa  176  4e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.189271  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0799  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  38.4 
 
 
225 aa  175  4e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.603428  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0605  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  39.41 
 
 
217 aa  174  8e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000834833  normal  0.555438 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0917  pseudouridine synthase  37.39 
 
 
225 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03700  pseudouridylate synthase for 23S rRNA (position 746) and tRNAphe(position 32), dual specificity  41.44 
 
 
238 aa  174  9.999999999999999e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3831  pseudouridylate synthase  38.16 
 
 
218 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1751  pseudouridine synthase  42.34 
 
 
219 aa  172  2.9999999999999996e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0485075  normal  0.0112767 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3706  pseudouridine synthase  38.4 
 
 
225 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.143352  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1515  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  41.23 
 
 
221 aa  172  3.9999999999999995e-42  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00972645  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0783  pseudouridylate synthase  38.03 
 
 
225 aa  171  7.999999999999999e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.202814  hitchhiker  0.00996609 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3515  pseudouridine synthase  38.4 
 
 
225 aa  171  9e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.18243 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4520  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  36.13 
 
 
227 aa  171  1e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0658  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  40.89 
 
 
211 aa  170  1e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0821  pseudouridylate synthase  37.72 
 
 
225 aa  171  1e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0454843 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3583  pseudouridine synthase  38.4 
 
 
225 aa  171  1e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0733  pseudouridine synthase  38.4 
 
 
225 aa  171  1e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1323  pseudouridine synthase  40.81 
 
 
211 aa  170  2e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1281  pseudouridine synthase  40.36 
 
 
211 aa  169  4e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.147193  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1232  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  41.07 
 
 
211 aa  168  7e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.3197  normal  0.341718 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1460  pseudouridine synthase  40.08 
 
 
217 aa  167  9e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1047  pseudouridine synthase  40.6 
 
 
222 aa  167  1e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.703498  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3988  pseudouridine synthase  39.91 
 
 
211 aa  167  1e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.716973 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3875  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  41.7 
 
 
211 aa  167  2e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0462638  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1692  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  39.91 
 
 
211 aa  166  2e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.251616  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  38.16 
 
 
223 aa  166  2e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002394  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  39.41 
 
 
250 aa  165  5e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1610  pseudouridine synthase  41.7 
 
 
211 aa  165  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00911925  normal  0.237577 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2195  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  39.55 
 
 
213 aa  164  8e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.372254 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35140  Pseudouridylate synthase RluA  39.01 
 
 
211 aa  164  9e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.484686  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2197  pseudouridylate synthase  40.79 
 
 
224 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.111417 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0353  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  37.84 
 
 
244 aa  163  2.0000000000000002e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0791  pseudouridine synthase  39.64 
 
 
204 aa  163  2.0000000000000002e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00896147  normal  0.0723816 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1592  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  38.6 
 
 
212 aa  162  3e-39  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0738  pseudouridine synthase  37.39 
 
 
225 aa  162  3e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0390511  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1467  pseudouridine synthase  40.99 
 
 
217 aa  160  2e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  39.73 
 
 
214 aa  160  2e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22000  pseudouridine synthase RluA  38.84 
 
 
211 aa  160  2e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.921344  hitchhiker  0.0000000000442265 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4402  pseudouridine synthase  37.66 
 
 
570 aa  159  4e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1879  pseudouridine synthase RluA  38.84 
 
 
211 aa  158  6e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0606  pseudouridylate synthase  37.55 
 
 
225 aa  158  7e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.134681 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1442  pseudouridylate synthase  41.15 
 
 
223 aa  158  9e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.81175  normal  0.0720615 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0569  putative RNA pseudouridylate synthase  39.21 
 
 
561 aa  157  9e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0793  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  35.62 
 
 
223 aa  158  9e-38  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0072267 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2087  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  38.29 
 
 
245 aa  157  1e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000349962  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2811  pseudouridine synthase  39.17 
 
 
223 aa  157  1e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0225697  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1430  pseudouridine synthase  41.15 
 
 
223 aa  157  1e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1377  pseudouridylate synthase  41.59 
 
 
223 aa  157  2e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000802724 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0567  pseudouridine synthase  34.98 
 
 
222 aa  156  2e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0066  pseudouridine synthase  36.4 
 
 
217 aa  156  3e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.22289  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3048  pseudouridylate synthase  35.86 
 
 
225 aa  156  3e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0072  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  38.39 
 
 
217 aa  155  6e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4154  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  38.18 
 
 
218 aa  154  9e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229307  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0515  pseudouridylate synthase  35.47 
 
 
225 aa  154  9e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3067  pseudouridine synthase  37.91 
 
 
256 aa  154  1e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2886  pseudouridine synthase  38.75 
 
 
223 aa  154  1e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.315212  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2804  pseudouridylate synthase  35.93 
 
 
215 aa  154  1e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.257511  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1566  pseudouridine synthase  38.75 
 
 
223 aa  153  2e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.232461  hitchhiker  0.00000912019 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0886  pseudouridine synthase  39.22 
 
 
579 aa  152  4e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2791  pseudouridine synthase  38.75 
 
 
223 aa  152  5e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1276  pseudouridine synthase  36.28 
 
 
233 aa  152  7e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.220673  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1675  pseudouridine synthase  35.96 
 
 
234 aa  150  1e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>