More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3169 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3169  pseudouridylate synthase  100 
 
 		 278 aa  577  1e-164  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3289  pseudouridine synthase  89.41 
 
 		 285 aa  491  9.999999999999999e-139  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.629665  hitchhiker  0.00000299463 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2891  pseudouridine synthase  80.53 
 
 		 284 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2643  pseudouridylate synthase  77.17 
 
 		 273 aa  433  1e-120  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.998826 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1472  pseudouridine synthase  76.83 
 
 		 287 aa  425  1e-118  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.329833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1436  pseudouridine synthase  76.83 
 
 		 287 aa  425  1e-118  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1442  pseudouridine synthase  76.45 
 
 		 287 aa  423  1e-117  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2911  pseudouridine synthase  76.06 
 
 		 287 aa  420  1e-116  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.131097  normal  0.387721 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1262  pseudouridylate synthase  79.51 
 
 		 293 aa  414  9.999999999999999e-116  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.308846  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1339  pseudouridylate synthase  73.08 
 
 		 275 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2650  tRNA pseudouridine synthase C  72.87 
 
 		 284 aa  402  1e-111  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2717  tRNA pseudouridine synthase C  72.87 
 
 		 284 aa  402  1e-111  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2824  tRNA pseudouridine synthase C  72.48 
 
 		 284 aa  402  1e-111  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1546  pseudouridylate synthase  72.91 
 
 		 298 aa  396  1e-109  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1131  pseudouridylate synthase  70.82 
 
 		 258 aa  390  1e-108  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03241  tRNA pseudouridine synthase C  55.27 
 
 		 255 aa  276  2e-73  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002742  tRNA pseudouridine synthase C  53.54 
 
 		 256 aa  277  2e-73  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.766432  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1821  pseudouridylate synthase  55.47 
 
 		 256 aa  276  2e-73  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0713  tRNA pseudouridine synthase C  51.98 
 
 		 263 aa  276  2e-73  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.772217  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0411  tRNA pseudouridine synthase C  55 
 
 		 244 aa  275  6e-73  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3184  pseudouridylate synthase  55 
 
 		 252 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.575849  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1214  pseudouridine synthase  55.7 
 
 		 256 aa  268  8.999999999999999e-71  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0262969  normal  0.0773079 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0854  tRNA pseudouridine synthase C  54.04 
 
 		 234 aa  266  2e-70  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000219419  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1060  tRNA pseudouridine synthase C  52.54 
 
 		 257 aa  263  3e-69  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.323786  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1007  tRNA pseudouridine synthase C  52.54 
 
 		 257 aa  263  3e-69  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.228386  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3441  tRNA pseudouridine synthase C  52.54 
 
 		 257 aa  263  3e-69  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2987  tRNA pseudouridine synthase C  53.62 
 
 		 261 aa  257  1e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3171  tRNA pseudouridine synthase C  50.61 
 
 		 260 aa  257  2e-67  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0935  tRNA pseudouridine synthase C  51.49 
 
 		 266 aa  257  2e-67  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00065013  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3366  tRNA pseudouridine synthase C  51.06 
 
 		 261 aa  255  6e-67  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.116388  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3796  tRNA pseudouridine synthase C  51.9 
 
 		 256 aa  254  1.0000000000000001e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000461215 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3095  tRNA pseudouridine synthase C  52.77 
 
 		 260 aa  254  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.352774  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02636  tRNA pseudouridine synthase  52.77 
 
 		 260 aa  253  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.908245  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0897  pseudouridine synthase  52.77 
 
 		 260 aa  253  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2935  tRNA pseudouridine synthase C  52.77 
 
 		 260 aa  253  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0921  tRNA pseudouridine synthase C  52.77 
 
 		 260 aa  253  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02598  hypothetical protein  52.77 
 
 		 260 aa  253  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.908938  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3081  tRNA pseudouridine synthase C  52.77 
 
 		 260 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.495199  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2931  tRNA pseudouridine synthase C  52.77 
 
 		 260 aa  253  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.980626 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4054  tRNA pseudouridine synthase C  52.77 
 
 		 260 aa  253  3e-66  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3244  tRNA pseudouridine synthase C  50.4 
 
 		 261 aa  252  4.0000000000000004e-66  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.392486 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3124  tRNA pseudouridine synthase C  51.91 
 
 		 260 aa  247  2e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.756442 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3187  tRNA pseudouridine synthase C  51.91 
 
 		 260 aa  246  2e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.719199 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3286  tRNA pseudouridine synthase C  51.91 
 
 		 260 aa  246  2e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.195915  normal  0.923379 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3171  tRNA pseudouridine synthase C  51.91 
 
 		 260 aa  245  4e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.316896  normal  0.156294 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3106  tRNA pseudouridine synthase C  51.91 
 
 		 260 aa  245  4.9999999999999997e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03037  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  49.79 
 
 		 265 aa  244  8e-64  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3649  tRNA pseudouridine synthase C  42.47 
 
 		 304 aa  240  2e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0279  pseudouridine synthase  46.86 
 
 		 252 aa  234  1.0000000000000001e-60  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000931063  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3160  RNA pseudouridine synthase family protein  50.21 
 
 		 250 aa  233  3e-60  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.466098  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0611  pseudouridine synthase  46.84 
 
 		 241 aa  228  9e-59  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0267  tRNA pseudouridine synthase C  48.95 
 
 		 270 aa  227  2e-58  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3406  pseudouridine synthase  47.79 
 
 		 244 aa  219  5e-56  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0321433 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2869  tRNA pseudouridine synthase C  45.76 
 
 		 242 aa  218  8.999999999999998e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3220  transaldolase  45.04 
 
 		 648 aa  216  4e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3329  pseudouridine synthase  43.46 
 
 		 245 aa  208  7e-53  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.346808  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0076  pseudouridine synthase  44.49 
 
 		 228 aa  204  1e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.694832  normal  0.499098 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2894  tRNA pseudouridine synthase C  45.76 
 
 		 261 aa  204  2e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2110  pseudouridine synthase  46.32 
 
 		 245 aa  202  3e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1054  tRNA pseudouridine synthase C  45.92 
 
 		 235 aa  199  3.9999999999999996e-50  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0254  pseudouridine synthase  42.86 
 
 		 249 aa  195  6e-49  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2278  tRNA pseudouridine synthase C  43.81 
 
 		 277 aa  194  9e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0554113  hitchhiker  0.00000285246 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2358  pseudouridine synthase  40.85 
 
 		 225 aa  191  8e-48  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0324179  normal  0.496956 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1955  tRNA pseudouridine synthase C  43.04 
 
 		 246 aa  187  2e-46  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0419985 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2478  pseudouridine synthase  39.39 
 
 		 319 aa  186  3e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.383615 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02767  tRNA pseudouridine synthase C  41.46 
 
 		 238 aa  173  2.9999999999999996e-42  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.175179  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1355  pseudouridine synthase  42.04 
 
 		 268 aa  172  6.999999999999999e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.420116  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2505  tRNA pseudouridine synthase C  42.04 
 
 		 268 aa  171  1e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.246785  normal  0.0153229 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2205  pseudouridine synthase  38.89 
 
 		 242 aa  170  3e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.323157 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3296  pseudouridine synthase  40.71 
 
 		 258 aa  166  4e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0177  pseudouridine synthase  37.11 
 
 		 253 aa  159  4e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.3 
 
 		 316 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0591  RluA family pseudouridine synthase  35.18 
 
 		 322 aa  116  3.9999999999999997e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0464018 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10900  pseudouridine synthase, RluA family  32.79 
 
 		 320 aa  114  2.0000000000000002e-24  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.631494  unclonable  0.00000000285325 
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_12940  predicted protein  36.59 
 
 		 200 aa  113  3e-24  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  33.73 
 
 		 306 aa  111  1.0000000000000001e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  32.53 
 
 		 306 aa  111  1.0000000000000001e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3085  RluA family pseudouridine synthase  34.87 
 
 		 398 aa  111  1.0000000000000001e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.780286  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0657  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.62 
 
 		 320 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.422678 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0069  pseudouridine synthase  32.52 
 
 		 235 aa  109  6e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.555782  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0439  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.39 
 
 		 322 aa  108  7.000000000000001e-23  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3657  RluA family pseudouridine synthase  31.69 
 
 		 344 aa  108  9.000000000000001e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0134519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0059  RluA family pseudouridine synthase  31.5 
 
 		 339 aa  108  1e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.14313 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  32.65 
 
 		 305 aa  108  1e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  33.61 
 
 		 307 aa  107  2e-22  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2642  pseudouridine synthase, RluA family  34.02 
 
 		 339 aa  107  2e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.704369  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1379  pseudouridine synthase, RluA family  32.46 
 
 		 370 aa  107  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  31.09 
 
 		 319 aa  107  2e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0345  pseudouridine synthase  31.03 
 
 		 226 aa  107  2e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0291  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.46 
 
 		 348 aa  107  2e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.503835  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0714  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.47 
 
 		 326 aa  107  2e-22  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1174  RluA family pseudouridine synthase  34.25 
 
 		 399 aa  107  2e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.539633  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  33.46 
 
 		 327 aa  106  3e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0834  pseudouridylate synthase  33.62 
 
 		 226 aa  106  4e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1840  RluA family pseudouridine synthase  29.84 
 
 		 304 aa  106  5e-22  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3345  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.73 
 
 		 333 aa  106  5e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  31.18 
 
 		 315 aa  105  5e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2346  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.17 
 
 		 438 aa  105  7e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0455755 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5034  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.11 
 
 		 458 aa  105  7e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3159  pseudouridine synthase, RluA family  31.7 
 
 		 329 aa  105  8e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>