More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_3649 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_3649  tRNA pseudouridine synthase C  100 
 
 
304 aa  630  1e-179  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2643  pseudouridylate synthase  44.88 
 
 
273 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.998826 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1339  pseudouridylate synthase  41.86 
 
 
275 aa  249  4e-65  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0411  tRNA pseudouridine synthase C  43.97 
 
 
244 aa  248  6e-65  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1436  pseudouridine synthase  41.61 
 
 
287 aa  246  3e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1472  pseudouridine synthase  41.61 
 
 
287 aa  246  3e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.329833  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1442  pseudouridine synthase  41.28 
 
 
287 aa  245  8e-64  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03241  tRNA pseudouridine synthase C  42.37 
 
 
255 aa  243  3e-63  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1546  pseudouridylate synthase  42.37 
 
 
298 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1262  pseudouridylate synthase  41.81 
 
 
293 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.308846  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2911  pseudouridine synthase  40.6 
 
 
287 aa  241  9e-63  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.131097  normal  0.387721 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002742  tRNA pseudouridine synthase C  42.23 
 
 
256 aa  241  1e-62  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.766432  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3796  tRNA pseudouridine synthase C  42.2 
 
 
256 aa  241  1e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000461215 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3169  pseudouridylate synthase  42.47 
 
 
278 aa  240  2e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1131  pseudouridylate synthase  43.46 
 
 
258 aa  240  2e-62  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1007  tRNA pseudouridine synthase C  41.13 
 
 
257 aa  239  2.9999999999999997e-62  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.228386  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3441  tRNA pseudouridine synthase C  41.13 
 
 
257 aa  239  2.9999999999999997e-62  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1060  tRNA pseudouridine synthase C  41.13 
 
 
257 aa  239  2.9999999999999997e-62  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.323786  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3171  tRNA pseudouridine synthase C  42.2 
 
 
260 aa  238  1e-61  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3184  pseudouridylate synthase  41.55 
 
 
252 aa  238  1e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.575849  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2891  pseudouridine synthase  40.4 
 
 
284 aa  236  5.0000000000000005e-61  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2824  tRNA pseudouridine synthase C  42.07 
 
 
284 aa  236  5.0000000000000005e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2717  tRNA pseudouridine synthase C  42.07 
 
 
284 aa  235  7e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0713  tRNA pseudouridine synthase C  40.2 
 
 
263 aa  235  8e-61  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.772217  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2650  tRNA pseudouridine synthase C  42.05 
 
 
284 aa  235  8e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3289  pseudouridine synthase  39.53 
 
 
285 aa  233  3e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.629665  hitchhiker  0.00000299463 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0854  tRNA pseudouridine synthase C  42.7 
 
 
234 aa  229  6e-59  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000219419  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0935  tRNA pseudouridine synthase C  40.43 
 
 
266 aa  226  3e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00065013  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2987  tRNA pseudouridine synthase C  41.84 
 
 
261 aa  226  3e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3095  tRNA pseudouridine synthase C  39.72 
 
 
260 aa  224  1e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.352774  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02636  tRNA pseudouridine synthase  39.72 
 
 
260 aa  223  3e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.908245  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0897  pseudouridine synthase  39.72 
 
 
260 aa  223  3e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0921  tRNA pseudouridine synthase C  39.72 
 
 
260 aa  223  3e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2931  tRNA pseudouridine synthase C  39.72 
 
 
260 aa  223  3e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.980626 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02598  hypothetical protein  39.72 
 
 
260 aa  223  3e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.908938  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3081  tRNA pseudouridine synthase C  39.72 
 
 
260 aa  223  3e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.495199  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2935  tRNA pseudouridine synthase C  39.72 
 
 
260 aa  223  3e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4054  tRNA pseudouridine synthase C  39.72 
 
 
260 aa  223  3e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3366  tRNA pseudouridine synthase C  39.72 
 
 
261 aa  223  3e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.116388  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3244  tRNA pseudouridine synthase C  40.43 
 
 
261 aa  218  7.999999999999999e-56  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.392486 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3171  tRNA pseudouridine synthase C  39.36 
 
 
260 aa  217  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.316896  normal  0.156294 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3124  tRNA pseudouridine synthase C  39.36 
 
 
260 aa  217  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.756442 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3106  tRNA pseudouridine synthase C  39.36 
 
 
260 aa  216  2.9999999999999998e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3286  tRNA pseudouridine synthase C  39.36 
 
 
260 aa  216  5.9999999999999996e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.195915  normal  0.923379 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3187  tRNA pseudouridine synthase C  39.36 
 
 
260 aa  215  9e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.719199 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1214  pseudouridine synthase  39.36 
 
 
256 aa  213  2.9999999999999995e-54  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0262969  normal  0.0773079 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0279  pseudouridine synthase  41.22 
 
 
252 aa  213  2.9999999999999995e-54  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000931063  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0611  pseudouridine synthase  38.3 
 
 
241 aa  209  5e-53  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1821  pseudouridylate synthase  39.01 
 
 
256 aa  209  5e-53  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3160  RNA pseudouridine synthase family protein  40.57 
 
 
250 aa  207  2e-52  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.466098  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2869  tRNA pseudouridine synthase C  39.08 
 
 
242 aa  207  2e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03037  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  38.19 
 
 
265 aa  207  2e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0267  tRNA pseudouridine synthase C  39.79 
 
 
270 aa  195  8.000000000000001e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3406  pseudouridine synthase  39.35 
 
 
244 aa  189  4e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0321433 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0076  pseudouridine synthase  39.34 
 
 
228 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.694832  normal  0.499098 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2110  pseudouridine synthase  37.59 
 
 
245 aa  182  7e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3220  transaldolase  35.53 
 
 
648 aa  178  8e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2894  tRNA pseudouridine synthase C  37.68 
 
 
261 aa  176  4e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3329  pseudouridine synthase  36.3 
 
 
245 aa  174  9.999999999999999e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.346808  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2205  pseudouridine synthase  36.04 
 
 
242 aa  169  4e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.323157 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2358  pseudouridine synthase  34.63 
 
 
225 aa  167  1e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0324179  normal  0.496956 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2478  pseudouridine synthase  34.62 
 
 
319 aa  168  1e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.383615 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1054  tRNA pseudouridine synthase C  37.63 
 
 
235 aa  159  4e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0254  pseudouridine synthase  35.38 
 
 
249 aa  159  4e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1955  tRNA pseudouridine synthase C  34.78 
 
 
246 aa  159  6e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0419985 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3296  pseudouridine synthase  33.78 
 
 
258 aa  157  2e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2278  tRNA pseudouridine synthase C  34.81 
 
 
277 aa  149  6e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0554113  hitchhiker  0.00000285246 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2505  tRNA pseudouridine synthase C  33.92 
 
 
268 aa  147  3e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.246785  normal  0.0153229 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1355  pseudouridine synthase  33.92 
 
 
268 aa  146  4.0000000000000006e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.420116  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02767  tRNA pseudouridine synthase C  32.38 
 
 
238 aa  144  2e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.175179  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0177  pseudouridine synthase  31.25 
 
 
253 aa  132  9e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  28.99 
 
 
316 aa  104  2e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2133  RluA family pseudouridine synthase  28.42 
 
 
318 aa  104  2e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2234  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (rRNA uridine isomerase C) (rRNA pseudouridylate synthase C)  28.62 
 
 
315 aa  104  2e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0928032  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1174  RluA family pseudouridine synthase  31.84 
 
 
399 aa  103  3e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.539633  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3159  pseudouridine synthase, RluA family  28.57 
 
 
329 aa  102  7e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1721  pseudouridine synthase, RluD  29.83 
 
 
346 aa  102  7e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2642  pseudouridine synthase, RluA family  31.84 
 
 
339 aa  102  9e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.704369  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  30.4 
 
 
307 aa  102  1e-20  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1563  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  28.42 
 
 
322 aa  101  2e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.151804 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0657  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  28.32 
 
 
320 aa  101  2e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.422678 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1570  23S rRNA pseudouridylate synthase C  26.53 
 
 
320 aa  100  4e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000517495  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5281  RluA family pseudouridine synthase  30.56 
 
 
362 aa  99.8  5e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0773013  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1777  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  28.73 
 
 
328 aa  99.4  6e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00553261  decreased coverage  0.000101871 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1616  pseudouridine synthase, RluA family  26.87 
 
 
320 aa  99.4  7e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000133866  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1601  23S rRNA pseudouridylate synthase C  26.35 
 
 
315 aa  99.4  7e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000249423  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1918  pseudouridylate synthase  27.76 
 
 
331 aa  98.2  1e-19  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.313476  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0824  RluA family pseudouridine synthase  29.39 
 
 
317 aa  98.6  1e-19  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2001  23S rRNA pseudouridylate synthase C  26.1 
 
 
319 aa  99  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000244921  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0059  RluA family pseudouridine synthase  27.46 
 
 
339 aa  98.2  1e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.14313 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0212  RluA family pseudouridine synthase  31.62 
 
 
298 aa  98.2  1e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.935896  normal  0.204158 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1969  RluA family pseudouridine synthase  28.57 
 
 
541 aa  99  1e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.434828  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14830  Pseudouridine synthase, RluC  28.83 
 
 
278 aa  98.6  1e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.300608  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1856  RluA family pseudouridine synthase  27.76 
 
 
327 aa  97.8  2e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1678  23S rRNA pseudouridylate synthase C  26.19 
 
 
320 aa  97.8  2e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000901915  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0069  pseudouridine synthase  29.12 
 
 
235 aa  97.8  2e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.555782  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04873  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.25 
 
 
333 aa  97.4  3e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1299  23S rRNA pseudouridylate synthase C  25.76 
 
 
319 aa  96.7  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.547954  hitchhiker  0.000000178257 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2041  23S rRNA pseudouridylate synthase C  26.03 
 
 
319 aa  97.1  4e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000773418  hitchhiker  0.000351853 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1284  23S rRNA pseudouridylate synthase C  25.76 
 
 
319 aa  96.7  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0174547  hitchhiker  0.00000000220374 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>