More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Aave_2278 on replicon NC_008752
Organism: Acidovorax citrulli AAC00-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008752  Aave_2278  tRNA pseudouridine synthase C  100 
 
 		 277 aa  541  1e-153  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0554113  hitchhiker  0.00000285246 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2505  tRNA pseudouridine synthase C  71.26 
 
 		 268 aa  333  2e-90  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.246785  normal  0.0153229 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1355  pseudouridine synthase  70.88 
 
 		 268 aa  331  7.000000000000001e-90  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.420116  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2478  pseudouridine synthase  72.73 
 
 		 319 aa  319  3e-86  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.383615 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3296  pseudouridine synthase  63.57 
 
 		 258 aa  307  9e-83  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3220  transaldolase  54.08 
 
 		 648 aa  216  2.9999999999999998e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3160  RNA pseudouridine synthase family protein  54.13 
 
 		 250 aa  212  5.999999999999999e-54  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.466098  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3796  tRNA pseudouridine synthase C  53.02 
 
 		 256 aa  208  8e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000461215 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3095  tRNA pseudouridine synthase C  51.12 
 
 		 260 aa  206  3e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.352774  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3244  tRNA pseudouridine synthase C  51.12 
 
 		 261 aa  205  5e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.392486 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02636  tRNA pseudouridine synthase  51.12 
 
 		 260 aa  205  7e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.908245  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0897  pseudouridine synthase  51.12 
 
 		 260 aa  205  7e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2935  tRNA pseudouridine synthase C  51.12 
 
 		 260 aa  205  7e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0921  tRNA pseudouridine synthase C  51.12 
 
 		 260 aa  205  7e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2931  tRNA pseudouridine synthase C  51.12 
 
 		 260 aa  205  7e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.980626 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02598  hypothetical protein  51.12 
 
 		 260 aa  205  7e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.908938  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3081  tRNA pseudouridine synthase C  51.12 
 
 		 260 aa  205  7e-52  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.495199  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4054  tRNA pseudouridine synthase C  51.12 
 
 		 260 aa  205  8e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3441  tRNA pseudouridine synthase C  50.68 
 
 		 257 aa  204  1e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1007  tRNA pseudouridine synthase C  50.68 
 
 		 257 aa  204  1e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.228386  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1060  tRNA pseudouridine synthase C  50.68 
 
 		 257 aa  204  1e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.323786  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3171  tRNA pseudouridine synthase C  50.68 
 
 		 260 aa  204  1e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2987  tRNA pseudouridine synthase C  53.05 
 
 		 261 aa  201  9e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1821  pseudouridylate synthase  47.53 
 
 		 256 aa  201  9.999999999999999e-51  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2869  tRNA pseudouridine synthase C  48.44 
 
 		 242 aa  200  1.9999999999999998e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0854  tRNA pseudouridine synthase C  46.85 
 
 		 234 aa  196  3e-49  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000219419  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3366  tRNA pseudouridine synthase C  49.77 
 
 		 261 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.116388  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2891  pseudouridine synthase  43.61 
 
 		 284 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3169  pseudouridylate synthase  43.81 
 
 		 278 aa  194  9e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1546  pseudouridylate synthase  45.13 
 
 		 298 aa  194  9e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0411  tRNA pseudouridine synthase C  47.53 
 
 		 244 aa  194  9e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3124  tRNA pseudouridine synthase C  50.22 
 
 		 260 aa  194  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.756442 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0935  tRNA pseudouridine synthase C  48.4 
 
 		 266 aa  194  1e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00065013  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3187  tRNA pseudouridine synthase C  50.22 
 
 		 260 aa  194  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.719199 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3106  tRNA pseudouridine synthase C  50.22 
 
 		 260 aa  193  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3286  tRNA pseudouridine synthase C  50.22 
 
 		 260 aa  193  3e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.195915  normal  0.923379 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3289  pseudouridine synthase  42.04 
 
 		 285 aa  193  3e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.629665  hitchhiker  0.00000299463 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3171  tRNA pseudouridine synthase C  50.22 
 
 		 260 aa  192  4e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.316896  normal  0.156294 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1214  pseudouridine synthase  45.09 
 
 		 256 aa  192  4e-48  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0262969  normal  0.0773079 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03241  tRNA pseudouridine synthase C  44.84 
 
 		 255 aa  191  1e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002742  tRNA pseudouridine synthase C  44.84 
 
 		 256 aa  189  2.9999999999999997e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.766432  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0267  tRNA pseudouridine synthase C  49.56 
 
 		 270 aa  189  4e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1131  pseudouridylate synthase  44.69 
 
 		 258 aa  189  4e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3406  pseudouridine synthase  45.33 
 
 		 244 aa  189  5e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0321433 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1472  pseudouridine synthase  40.37 
 
 		 287 aa  187  1e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.329833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1436  pseudouridine synthase  40.37 
 
 		 287 aa  187  1e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2911  pseudouridine synthase  40.37 
 
 		 287 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.131097  normal  0.387721 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2643  pseudouridylate synthase  43.17 
 
 		 273 aa  187  2e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.998826 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0611  pseudouridine synthase  44.29 
 
 		 241 aa  186  3e-46  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1442  pseudouridine synthase  43.36 
 
 		 287 aa  186  3e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2110  pseudouridine synthase  50.68 
 
 		 245 aa  184  1.0000000000000001e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2650  tRNA pseudouridine synthase C  43.81 
 
 		 284 aa  183  3e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2717  tRNA pseudouridine synthase C  43.81 
 
 		 284 aa  183  3e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1339  pseudouridylate synthase  42.92 
 
 		 275 aa  182  4.0000000000000006e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3184  pseudouridylate synthase  43.38 
 
 		 252 aa  182  6e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.575849  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0279  pseudouridine synthase  42.34 
 
 		 252 aa  181  8.000000000000001e-45  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000931063  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2824  tRNA pseudouridine synthase C  43.36 
 
 		 284 aa  181  9.000000000000001e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1054  tRNA pseudouridine synthase C  50.71 
 
 		 235 aa  181  1e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1262  pseudouridylate synthase  42.79 
 
 		 293 aa  179  2.9999999999999997e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.308846  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0713  tRNA pseudouridine synthase C  42.11 
 
 		 263 aa  179  4.999999999999999e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.772217  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0076  pseudouridine synthase  43.19 
 
 		 228 aa  179  5.999999999999999e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.694832  normal  0.499098 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2894  tRNA pseudouridine synthase C  48.4 
 
 		 261 aa  177  1e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1955  tRNA pseudouridine synthase C  49.77 
 
 		 246 aa  177  2e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0419985 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2358  pseudouridine synthase  40.27 
 
 		 225 aa  172  5e-42  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0324179  normal  0.496956 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0254  pseudouridine synthase  49.29 
 
 		 249 aa  169  3e-41  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03037  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  37.71 
 
 		 265 aa  164  2.0000000000000002e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3329  pseudouridine synthase  44.61 
 
 		 245 aa  161  9e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.346808  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02767  tRNA pseudouridine synthase C  46.73 
 
 		 238 aa  159  4e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.175179  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2205  pseudouridine synthase  39.65 
 
 		 242 aa  151  1e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.323157 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3649  tRNA pseudouridine synthase C  34.81 
 
 		 304 aa  149  4e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0177  pseudouridine synthase  41.63 
 
 		 253 aa  140  1.9999999999999998e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_12940  predicted protein  37.5 
 
 		 200 aa  126  5e-28  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3092  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.49 
 
 		 304 aa  117  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.598347  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3152  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.49 
 
 		 304 aa  117  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.311943 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.49 
 
 		 304 aa  117  3e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.233987  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2774  RluA family pseudouridine synthase  38.08 
 
 		 309 aa  115  5e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.538883  normal  0.492186 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0059  RluA family pseudouridine synthase  37.18 
 
 		 339 aa  115  6e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.14313 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3639  RluA family pseudouridine synthase  38.49 
 
 		 309 aa  115  8.999999999999998e-25  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.323041  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11573  pseudouridylate synthase  38.33 
 
 		 308 aa  112  8.000000000000001e-24  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  31.88 
 
 		 306 aa  112  9e-24  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2627  pseudouridine synthase, RluA family  36.52 
 
 		 308 aa  112  9e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.981062  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1563  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.18 
 
 		 322 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.151804 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14830  Pseudouridine synthase, RluC  41.55 
 
 		 278 aa  109  4.0000000000000004e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.300608  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1379  pseudouridine synthase, RluA family  38.3 
 
 		 370 aa  109  5e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2576  RNA pseudouridylate synthase family protein  34.22 
 
 		 244 aa  109  6e-23  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0224111  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27270  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.09 
 
 		 308 aa  109  6e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.42777  normal  0.302751 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1865  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  41.15 
 
 		 241 aa  109  6e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2133  RluA family pseudouridine synthase  37.33 
 
 		 318 aa  109  6e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5746  pseudouridine synthase, RluA family  38.16 
 
 		 310 aa  108  7.000000000000001e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  38.05 
 
 		 316 aa  107  2e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1995  pseudouridine synthase  40.32 
 
 		 241 aa  107  2e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0671  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.7 
 
 		 296 aa  106  4e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.192683  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1974  pseudouridine synthase  40.77 
 
 		 238 aa  106  4e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0480  RluA family pseudouridine synthase  32.41 
 
 		 364 aa  106  4e-22  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.632369  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2911  pseudouridine synthase, RluA family  38.6 
 
 		 309 aa  106  4e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000000259384  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2080  pseudouridine synthase  39.26 
 
 		 241 aa  106  5e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0998  pseudouridine synthase, RluA family  36.64 
 
 		 547 aa  106  5e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.012801 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0061  pseudouridine synthase, RluA family  38.71 
 
 		 339 aa  106  5e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1620  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  38.99 
 
 		 332 aa  106  5e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00181118  normal  0.877955 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2883  RluA family pseudouridine synthase  40.09 
 
 		 309 aa  105  6e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.464437  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>