More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2643 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2643  pseudouridylate synthase  100 
 
 		 273 aa  568  1e-161  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.998826 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3289  pseudouridine synthase  78.35 
 
 		 285 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.629665  hitchhiker  0.00000299463 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2891  pseudouridine synthase  82.11 
 
 		 284 aa  437  1e-121  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3169  pseudouridylate synthase  77.17 
 
 		 278 aa  433  1e-120  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1442  pseudouridine synthase  76.34 
 
 		 287 aa  422  1e-117  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1472  pseudouridine synthase  76.25 
 
 		 287 aa  421  1e-117  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.329833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1436  pseudouridine synthase  76.25 
 
 		 287 aa  421  1e-117  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2911  pseudouridine synthase  76.63 
 
 		 287 aa  421  1e-117  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.131097  normal  0.387721 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1262  pseudouridylate synthase  74.5 
 
 		 293 aa  407  1e-113  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.308846  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1131  pseudouridylate synthase  74.02 
 
 		 258 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1339  pseudouridylate synthase  74.51 
 
 		 275 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2717  tRNA pseudouridine synthase C  73.73 
 
 		 284 aa  401  1e-111  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1546  pseudouridylate synthase  72.65 
 
 		 298 aa  398  9.999999999999999e-111  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2650  tRNA pseudouridine synthase C  73.62 
 
 		 284 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2824  tRNA pseudouridine synthase C  73.33 
 
 		 284 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3184  pseudouridylate synthase  55.7 
 
 		 252 aa  279  4e-74  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.575849  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0713  tRNA pseudouridine synthase C  53.39 
 
 		 263 aa  274  9e-73  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.772217  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03241  tRNA pseudouridine synthase C  52.94 
 
 		 255 aa  272  5.000000000000001e-72  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002742  tRNA pseudouridine synthase C  52.7 
 
 		 256 aa  270  2e-71  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.766432  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0411  tRNA pseudouridine synthase C  52.08 
 
 		 244 aa  268  5.9999999999999995e-71  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1821  pseudouridylate synthase  53.91 
 
 		 256 aa  263  2e-69  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0854  tRNA pseudouridine synthase C  52.77 
 
 		 234 aa  261  1e-68  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000219419  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0935  tRNA pseudouridine synthase C  52.77 
 
 		 266 aa  259  3e-68  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00065013  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3171  tRNA pseudouridine synthase C  51.91 
 
 		 260 aa  256  2e-67  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3366  tRNA pseudouridine synthase C  52.34 
 
 		 261 aa  257  2e-67  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.116388  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2987  tRNA pseudouridine synthase C  53.62 
 
 		 261 aa  256  3e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1214  pseudouridine synthase  52.52 
 
 		 256 aa  254  8e-67  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0262969  normal  0.0773079 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3649  tRNA pseudouridine synthase C  44.88 
 
 		 304 aa  254  1.0000000000000001e-66  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3796  tRNA pseudouridine synthase C  52.74 
 
 		 256 aa  253  2.0000000000000002e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000461215 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3095  tRNA pseudouridine synthase C  52.34 
 
 		 260 aa  253  3e-66  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.352774  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02636  tRNA pseudouridine synthase  52.34 
 
 		 260 aa  251  6e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.908245  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0897  pseudouridine synthase  52.34 
 
 		 260 aa  251  6e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2935  tRNA pseudouridine synthase C  52.34 
 
 		 260 aa  251  6e-66  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4054  tRNA pseudouridine synthase C  52.34 
 
 		 260 aa  251  6e-66  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0921  tRNA pseudouridine synthase C  52.34 
 
 		 260 aa  251  6e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2931  tRNA pseudouridine synthase C  52.34 
 
 		 260 aa  251  6e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.980626 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02598  hypothetical protein  52.34 
 
 		 260 aa  251  6e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.908938  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3081  tRNA pseudouridine synthase C  52.34 
 
 		 260 aa  251  6e-66  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.495199  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3244  tRNA pseudouridine synthase C  49.6 
 
 		 261 aa  251  7e-66  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.392486 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3441  tRNA pseudouridine synthase C  51.49 
 
 		 257 aa  251  9.000000000000001e-66  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1007  tRNA pseudouridine synthase C  51.49 
 
 		 257 aa  251  9.000000000000001e-66  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.228386  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1060  tRNA pseudouridine synthase C  51.49 
 
 		 257 aa  251  9.000000000000001e-66  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.323786  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3124  tRNA pseudouridine synthase C  51.49 
 
 		 260 aa  248  7e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.756442 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3286  tRNA pseudouridine synthase C  51.49 
 
 		 260 aa  248  1e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.195915  normal  0.923379 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3187  tRNA pseudouridine synthase C  51.49 
 
 		 260 aa  248  1e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.719199 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3106  tRNA pseudouridine synthase C  51.49 
 
 		 260 aa  246  2e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3171  tRNA pseudouridine synthase C  51.49 
 
 		 260 aa  247  2e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.316896  normal  0.156294 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03037  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  48.96 
 
 		 265 aa  243  3e-63  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3160  RNA pseudouridine synthase family protein  51.49 
 
 		 250 aa  238  8e-62  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.466098  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0279  pseudouridine synthase  47.48 
 
 		 252 aa  234  1.0000000000000001e-60  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000931063  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0267  tRNA pseudouridine synthase C  51.05 
 
 		 270 aa  233  3e-60  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0611  pseudouridine synthase  45.76 
 
 		 241 aa  228  1e-58  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2869  tRNA pseudouridine synthase C  46.81 
 
 		 242 aa  216  4e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3329  pseudouridine synthase  46.19 
 
 		 245 aa  212  5.999999999999999e-54  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.346808  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3220  transaldolase  42.64 
 
 		 648 aa  210  2e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3406  pseudouridine synthase  45.9 
 
 		 244 aa  209  4e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0321433 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0076  pseudouridine synthase  44.92 
 
 		 228 aa  208  6e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.694832  normal  0.499098 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2110  pseudouridine synthase  46.5 
 
 		 245 aa  207  1e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2358  pseudouridine synthase  42.55 
 
 		 225 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0324179  normal  0.496956 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0254  pseudouridine synthase  43.41 
 
 		 249 aa  197  1.0000000000000001e-49  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1054  tRNA pseudouridine synthase C  43.57 
 
 		 235 aa  192  3e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2894  tRNA pseudouridine synthase C  44.68 
 
 		 261 aa  192  5e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2478  pseudouridine synthase  42.21 
 
 		 319 aa  188  7e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.383615 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2278  tRNA pseudouridine synthase C  43.17 
 
 		 277 aa  187  2e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0554113  hitchhiker  0.00000285246 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2205  pseudouridine synthase  41.77 
 
 		 242 aa  184  9e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.323157 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1955  tRNA pseudouridine synthase C  42.29 
 
 		 246 aa  183  2.0000000000000003e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0419985 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02767  tRNA pseudouridine synthase C  44.17 
 
 		 238 aa  177  2e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.175179  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3296  pseudouridine synthase  42.22 
 
 		 258 aa  171  1e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1355  pseudouridine synthase  41.74 
 
 		 268 aa  170  2e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.420116  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2505  tRNA pseudouridine synthase C  41.74 
 
 		 268 aa  170  2e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.246785  normal  0.0153229 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0177  pseudouridine synthase  38.28 
 
 		 253 aa  159  4e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10900  pseudouridine synthase, RluA family  33.06 
 
 		 320 aa  120  1.9999999999999998e-26  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.631494  unclonable  0.00000000285325 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3345  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.75 
 
 		 333 aa  117  1.9999999999999998e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0059  RluA family pseudouridine synthase  34.29 
 
 		 339 aa  117  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.14313 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1174  RluA family pseudouridine synthase  37.45 
 
 		 399 aa  117  3e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.539633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1563  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.62 
 
 		 322 aa  115  6e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.151804 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0073  pseudouridine synthase, RluA family  35.04 
 
 		 339 aa  115  6e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.16 
 
 		 316 aa  115  6.9999999999999995e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0657  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.6 
 
 		 320 aa  115  7.999999999999999e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.422678 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0061  pseudouridine synthase, RluA family  35.83 
 
 		 339 aa  114  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0439  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.77 
 
 		 322 aa  115  1.0000000000000001e-24  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  34.13 
 
 		 306 aa  114  2.0000000000000002e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3159  pseudouridine synthase, RluA family  31.18 
 
 		 329 aa  114  2.0000000000000002e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1601  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.84 
 
 		 315 aa  112  5e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000249423  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2346  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.83 
 
 		 438 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0455755 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2503  RluA family pseudouridine synthase  36 
 
 		 319 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.721496  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2642  pseudouridine synthase, RluA family  35.86 
 
 		 339 aa  112  7.000000000000001e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.704369  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0591  RluA family pseudouridine synthase  34.6 
 
 		 322 aa  112  8.000000000000001e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0464018 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0967  RluA family pseudouridine synthase  29.92 
 
 		 436 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  33.73 
 
 		 306 aa  112  9e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0056  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.6 
 
 		 339 aa  111  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  31.28 
 
 		 315 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_12940  predicted protein  35 
 
 		 200 aa  111  1.0000000000000001e-23  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  34.02 
 
 		 323 aa  110  2.0000000000000002e-23  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  32.65 
 
 		 309 aa  110  2.0000000000000002e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1841  pseudouridine synthase, RluA family  31.01 
 
 		 431 aa  110  3e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.482122  normal  0.168334 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0714  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.32 
 
 		 326 aa  110  4.0000000000000004e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2041  23S rRNA pseudouridylate synthase C  35.84 
 
 		 319 aa  109  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000773418  hitchhiker  0.000351853 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4787  RluA family pseudouridine synthase  34.94 
 
 		 334 aa  109  4.0000000000000004e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.495822 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1208  23S rRNA pseudouridylate synthase C  35.84 
 
 		 319 aa  109  5e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000011451  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>