More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3184 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3184  pseudouridylate synthase  100 
 
 		 252 aa  528  1e-149  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.575849  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002742  tRNA pseudouridine synthase C  56.2 
 
 		 256 aa  298  8e-80  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.766432  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03241  tRNA pseudouridine synthase C  56.72 
 
 		 255 aa  295  4e-79  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1546  pseudouridylate synthase  57.72 
 
 		 298 aa  295  5e-79  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1472  pseudouridine synthase  56.61 
 
 		 287 aa  293  2e-78  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.329833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1436  pseudouridine synthase  56.61 
 
 		 287 aa  293  2e-78  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0411  tRNA pseudouridine synthase C  58.47 
 
 		 244 aa  293  2e-78  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1442  pseudouridine synthase  56.61 
 
 		 287 aa  293  2e-78  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2650  tRNA pseudouridine synthase C  57.02 
 
 		 284 aa  290  1e-77  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2717  tRNA pseudouridine synthase C  57.02 
 
 		 284 aa  291  1e-77  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2911  pseudouridine synthase  56.78 
 
 		 287 aa  288  4e-77  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.131097  normal  0.387721 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2824  tRNA pseudouridine synthase C  56.67 
 
 		 284 aa  288  8e-77  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0713  tRNA pseudouridine synthase C  54.39 
 
 		 263 aa  286  2.9999999999999996e-76  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.772217  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1262  pseudouridylate synthase  56.78 
 
 		 293 aa  285  4e-76  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.308846  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1339  pseudouridylate synthase  55.51 
 
 		 275 aa  284  1.0000000000000001e-75  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03037  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  60.62 
 
 		 265 aa  282  5.000000000000001e-75  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1007  tRNA pseudouridine synthase C  54.66 
 
 		 257 aa  280  1e-74  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.228386  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3796  tRNA pseudouridine synthase C  55.38 
 
 		 256 aa  280  1e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000461215 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1060  tRNA pseudouridine synthase C  54.66 
 
 		 257 aa  280  1e-74  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.323786  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3441  tRNA pseudouridine synthase C  54.66 
 
 		 257 aa  280  1e-74  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2643  pseudouridylate synthase  55.7 
 
 		 273 aa  279  3e-74  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.998826 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1131  pseudouridylate synthase  54.36 
 
 		 258 aa  278  5e-74  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3171  tRNA pseudouridine synthase C  55.06 
 
 		 260 aa  278  8e-74  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2891  pseudouridine synthase  53.91 
 
 		 284 aa  276  2e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3366  tRNA pseudouridine synthase C  53.39 
 
 		 261 aa  276  2e-73  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.116388  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2987  tRNA pseudouridine synthase C  52.78 
 
 		 261 aa  273  1.0000000000000001e-72  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0935  tRNA pseudouridine synthase C  52.59 
 
 		 266 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00065013  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3169  pseudouridylate synthase  55 
 
 		 278 aa  273  2.0000000000000002e-72  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3289  pseudouridine synthase  54.66 
 
 		 285 aa  273  2.0000000000000002e-72  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.629665  hitchhiker  0.00000299463 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0854  tRNA pseudouridine synthase C  55.74 
 
 		 234 aa  272  3e-72  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000219419  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1214  pseudouridine synthase  55.08 
 
 		 256 aa  263  3e-69  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0262969  normal  0.0773079 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1821  pseudouridylate synthase  53.81 
 
 		 256 aa  261  6e-69  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3244  tRNA pseudouridine synthase C  49.8 
 
 		 261 aa  261  1e-68  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.392486 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3095  tRNA pseudouridine synthase C  51.39 
 
 		 260 aa  260  2e-68  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.352774  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02636  tRNA pseudouridine synthase  51.39 
 
 		 260 aa  259  3e-68  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.908245  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0897  pseudouridine synthase  51.39 
 
 		 260 aa  259  3e-68  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0921  tRNA pseudouridine synthase C  51.39 
 
 		 260 aa  259  3e-68  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02598  hypothetical protein  51.39 
 
 		 260 aa  259  3e-68  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.908938  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2931  tRNA pseudouridine synthase C  51.39 
 
 		 260 aa  259  3e-68  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.980626 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4054  tRNA pseudouridine synthase C  51.39 
 
 		 260 aa  259  3e-68  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2935  tRNA pseudouridine synthase C  51.39 
 
 		 260 aa  259  3e-68  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3081  tRNA pseudouridine synthase C  51.39 
 
 		 260 aa  259  3e-68  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.495199  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0611  pseudouridine synthase  52.54 
 
 		 241 aa  257  1e-67  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3160  RNA pseudouridine synthase family protein  51.06 
 
 		 250 aa  253  3e-66  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.466098  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3124  tRNA pseudouridine synthase C  48.81 
 
 		 260 aa  246  3e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.756442 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0267  tRNA pseudouridine synthase C  49.15 
 
 		 270 aa  245  6e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3286  tRNA pseudouridine synthase C  48.81 
 
 		 260 aa  244  6e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.195915  normal  0.923379 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3187  tRNA pseudouridine synthase C  48.81 
 
 		 260 aa  244  6.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.719199 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3171  tRNA pseudouridine synthase C  48.81 
 
 		 260 aa  243  9.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.316896  normal  0.156294 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3106  tRNA pseudouridine synthase C  48.81 
 
 		 260 aa  244  9.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3220  transaldolase  46.48 
 
 		 648 aa  240  1e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0279  pseudouridine synthase  53.7 
 
 		 252 aa  241  1e-62  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000931063  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3649  tRNA pseudouridine synthase C  41.55 
 
 		 304 aa  238  9e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2869  tRNA pseudouridine synthase C  48.09 
 
 		 242 aa  238  9e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2110  pseudouridine synthase  52.27 
 
 		 245 aa  236  4e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3406  pseudouridine synthase  48.9 
 
 		 244 aa  213  1.9999999999999998e-54  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0321433 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2894  tRNA pseudouridine synthase C  43.7 
 
 		 261 aa  212  4.9999999999999996e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3329  pseudouridine synthase  42.4 
 
 		 245 aa  210  1e-53  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.346808  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0254  pseudouridine synthase  47.11 
 
 		 249 aa  210  1e-53  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1054  tRNA pseudouridine synthase C  43.83 
 
 		 235 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2478  pseudouridine synthase  41.98 
 
 		 319 aa  196  4.0000000000000005e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.383615 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0076  pseudouridine synthase  43.64 
 
 		 228 aa  195  6e-49  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.694832  normal  0.499098 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2205  pseudouridine synthase  43.35 
 
 		 242 aa  194  1e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.323157 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2358  pseudouridine synthase  41.74 
 
 		 225 aa  189  5e-47  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0324179  normal  0.496956 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2278  tRNA pseudouridine synthase C  43.38 
 
 		 277 aa  182  5.0000000000000004e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0554113  hitchhiker  0.00000285246 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1955  tRNA pseudouridine synthase C  44.24 
 
 		 246 aa  178  5.999999999999999e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0419985 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1355  pseudouridine synthase  43.93 
 
 		 268 aa  169  4e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.420116  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2505  tRNA pseudouridine synthase C  43.93 
 
 		 268 aa  169  5e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.246785  normal  0.0153229 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3296  pseudouridine synthase  41.28 
 
 		 258 aa  167  1e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02767  tRNA pseudouridine synthase C  34.17 
 
 		 238 aa  150  1e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.175179  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0177  pseudouridine synthase  35.44 
 
 		 253 aa  149  5e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  35.91 
 
 		 307 aa  124  1e-27  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2576  RNA pseudouridylate synthase family protein  29.55 
 
 		 244 aa  112  5e-24  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0224111  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3492  pseudouridine synthase  36.49 
 
 		 560 aa  107  1e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0824  RluA family pseudouridine synthase  31.25 
 
 		 317 aa  107  2e-22  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0345  pseudouridine synthase  34.68 
 
 		 226 aa  107  2e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3265  pseudouridine synthase, RluA family  29.84 
 
 		 302 aa  106  3e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_12940  predicted protein  32.84 
 
 		 200 aa  105  5e-22  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03700  pseudouridylate synthase for 23S rRNA (position 746) and tRNAphe(position 32), dual specificity  36.94 
 
 		 238 aa  105  9e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2234  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (rRNA uridine isomerase C) (rRNA pseudouridylate synthase C)  30.43 
 
 		 315 aa  104  1e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0928032  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0056  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  29.6 
 
 		 339 aa  105  1e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0919  RluA family pseudouridine synthase  31.31 
 
 		 293 aa  105  1e-21  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.976861  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0995  pseudouridine synthase, RluA family  29.17 
 
 		 302 aa  103  2e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.388874  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0821  pseudouridylate synthase  35.14 
 
 		 225 aa  104  2e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0454843 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0783  pseudouridylate synthase  36.07 
 
 		 225 aa  104  2e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.202814  hitchhiker  0.00996609 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0061  pseudouridine synthase, RluA family  29.6 
 
 		 339 aa  102  6e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0073  pseudouridine synthase, RluA family  29.2 
 
 		 339 aa  102  8e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0963  pseudouridine synthase  29.05 
 
 		 314 aa  100  2e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.334173  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0714  23S rRNA pseudouridylate synthase C  32.17 
 
 		 326 aa  100  2e-20  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3139  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  35.56 
 
 		 225 aa  100  2e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  35.56 
 
 		 225 aa  100  2e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000100067  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1658  RluA family pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 329 aa  100  2e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.615207  normal  0.0770781 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3159  pseudouridine synthase, RluA family  31.74 
 
 		 329 aa  100  3e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0917  pseudouridine synthase  34.25 
 
 		 225 aa  100  3e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1751  pseudouridine synthase  34.76 
 
 		 219 aa  100  3e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0485075  normal  0.0112767 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0799  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  36.36 
 
 		 225 aa  99.4  4e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.603428  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1969  RluA family pseudouridine synthase  32.64 
 
 		 541 aa  99.4  5e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.434828  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1777  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  28.26 
 
 		 328 aa  99.4  6e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00553261  decreased coverage  0.000101871 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1840  RluA family pseudouridine synthase  30.59 
 
 		 304 aa  99  6e-20  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3515  pseudouridine synthase  40.86 
 
 		 225 aa  99  7e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.18243 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>