More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dtpsy_1355 on replicon NC_011992
Organism: Acidovorax ebreus TPSY



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011992  Dtpsy_1355  pseudouridine synthase  100 
 
 		 268 aa  527  1e-149  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.420116  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2505  tRNA pseudouridine synthase C  98.88 
 
 		 268 aa  523  1e-147  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.246785  normal  0.0153229 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2278  tRNA pseudouridine synthase C  71.15 
 
 		 277 aa  345  5e-94  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0554113  hitchhiker  0.00000285246 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3296  pseudouridine synthase  67.58 
 
 		 258 aa  342  5e-93  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2478  pseudouridine synthase  74.18 
 
 		 319 aa  310  2e-83  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.383615 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3160  RNA pseudouridine synthase family protein  52.51 
 
 		 250 aa  212  5.999999999999999e-54  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.466098  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2869  tRNA pseudouridine synthase C  51.42 
 
 		 242 aa  212  5.999999999999999e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3095  tRNA pseudouridine synthase C  50.67 
 
 		 260 aa  206  2e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.352774  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1821  pseudouridylate synthase  48.02 
 
 		 256 aa  205  7e-52  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02636  tRNA pseudouridine synthase  50.67 
 
 		 260 aa  204  9e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.908245  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0897  pseudouridine synthase  50.67 
 
 		 260 aa  204  9e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0921  tRNA pseudouridine synthase C  50.67 
 
 		 260 aa  204  9e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3081  tRNA pseudouridine synthase C  50.67 
 
 		 260 aa  204  9e-52  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.495199  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02598  hypothetical protein  50.67 
 
 		 260 aa  204  9e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.908938  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4054  tRNA pseudouridine synthase C  50.67 
 
 		 260 aa  204  9e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2931  tRNA pseudouridine synthase C  50.67 
 
 		 260 aa  204  9e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.980626 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2935  tRNA pseudouridine synthase C  50.67 
 
 		 260 aa  204  9e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0267  tRNA pseudouridine synthase C  51.85 
 
 		 270 aa  200  3e-50  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3796  tRNA pseudouridine synthase C  48.89 
 
 		 256 aa  199  3.9999999999999996e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000461215 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1060  tRNA pseudouridine synthase C  48.86 
 
 		 257 aa  199  5e-50  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.323786  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1007  tRNA pseudouridine synthase C  48.86 
 
 		 257 aa  199  5e-50  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.228386  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3441  tRNA pseudouridine synthase C  48.86 
 
 		 257 aa  199  5e-50  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3244  tRNA pseudouridine synthase C  48.43 
 
 		 261 aa  198  7e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.392486 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1546  pseudouridylate synthase  47.19 
 
 		 298 aa  198  7.999999999999999e-50  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0411  tRNA pseudouridine synthase C  47.09 
 
 		 244 aa  197  2.0000000000000003e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002742  tRNA pseudouridine synthase C  45.74 
 
 		 256 aa  197  2.0000000000000003e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.766432  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1214  pseudouridine synthase  45.61 
 
 		 256 aa  196  4.0000000000000005e-49  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0262969  normal  0.0773079 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03241  tRNA pseudouridine synthase C  44.84 
 
 		 255 aa  195  7e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0611  pseudouridine synthase  42.92 
 
 		 241 aa  194  1e-48  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0854  tRNA pseudouridine synthase C  45.37 
 
 		 234 aa  194  1e-48  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000219419  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2110  pseudouridine synthase  51.42 
 
 		 245 aa  194  1e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3124  tRNA pseudouridine synthase C  48.43 
 
 		 260 aa  189  2.9999999999999997e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.756442 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0713  tRNA pseudouridine synthase C  44.05 
 
 		 263 aa  189  2.9999999999999997e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.772217  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3171  tRNA pseudouridine synthase C  49.06 
 
 		 260 aa  189  2.9999999999999997e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1472  pseudouridine synthase  43.81 
 
 		 287 aa  189  4e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.329833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1436  pseudouridine synthase  43.81 
 
 		 287 aa  189  4e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1442  pseudouridine synthase  43.81 
 
 		 287 aa  189  4e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1339  pseudouridylate synthase  43.83 
 
 		 275 aa  189  5e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3187  tRNA pseudouridine synthase C  48.43 
 
 		 260 aa  188  5.999999999999999e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.719199 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3366  tRNA pseudouridine synthase C  46.61 
 
 		 261 aa  189  5.999999999999999e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.116388  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3286  tRNA pseudouridine synthase C  48.43 
 
 		 260 aa  188  5.999999999999999e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.195915  normal  0.923379 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0935  tRNA pseudouridine synthase C  46.15 
 
 		 266 aa  188  9e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00065013  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1131  pseudouridylate synthase  44.69 
 
 		 258 aa  188  9e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3171  tRNA pseudouridine synthase C  48.43 
 
 		 260 aa  187  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.316896  normal  0.156294 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3106  tRNA pseudouridine synthase C  48.43 
 
 		 260 aa  187  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2650  tRNA pseudouridine synthase C  44.25 
 
 		 284 aa  187  1e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2717  tRNA pseudouridine synthase C  44.25 
 
 		 284 aa  187  1e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2824  tRNA pseudouridine synthase C  44.4 
 
 		 284 aa  187  1e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3220  transaldolase  47.66 
 
 		 648 aa  187  2e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2911  pseudouridine synthase  43.36 
 
 		 287 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.131097  normal  0.387721 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2891  pseudouridine synthase  42.92 
 
 		 284 aa  186  3e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0279  pseudouridine synthase  41.56 
 
 		 252 aa  185  8e-46  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000931063  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2987  tRNA pseudouridine synthase C  47.87 
 
 		 261 aa  183  2.0000000000000003e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3329  pseudouridine synthase  47.62 
 
 		 245 aa  182  6e-45  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.346808  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3184  pseudouridylate synthase  43.93 
 
 		 252 aa  182  6e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.575849  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3289  pseudouridine synthase  40.71 
 
 		 285 aa  181  8.000000000000001e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.629665  hitchhiker  0.00000299463 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2643  pseudouridylate synthase  41.74 
 
 		 273 aa  181  1e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.998826 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3169  pseudouridylate synthase  42.04 
 
 		 278 aa  181  2e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1262  pseudouridylate synthase  42.98 
 
 		 293 aa  180  2e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.308846  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0254  pseudouridine synthase  47.89 
 
 		 249 aa  178  8e-44  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03037  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  41.23 
 
 		 265 aa  177  2e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3406  pseudouridine synthase  40.91 
 
 		 244 aa  176  3e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0321433 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1955  tRNA pseudouridine synthase C  49.52 
 
 		 246 aa  176  3e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0419985 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2894  tRNA pseudouridine synthase C  47 
 
 		 261 aa  176  4e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2358  pseudouridine synthase  39.38 
 
 		 225 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0324179  normal  0.496956 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1054  tRNA pseudouridine synthase C  48.39 
 
 		 235 aa  171  9e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0076  pseudouridine synthase  41.31 
 
 		 228 aa  171  1e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.694832  normal  0.499098 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02767  tRNA pseudouridine synthase C  45.87 
 
 		 238 aa  171  2e-41  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.175179  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2205  pseudouridine synthase  40.97 
 
 		 242 aa  162  5.0000000000000005e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.323157 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3649  tRNA pseudouridine synthase C  34.62 
 
 		 304 aa  162  8.000000000000001e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0177  pseudouridine synthase  43.33 
 
 		 253 aa  150  3e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_12940  predicted protein  38.81 
 
 		 200 aa  132  6.999999999999999e-30  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0998  pseudouridine synthase, RluA family  36.4 
 
 		 547 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.012801 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0480  RluA family pseudouridine synthase  34.56 
 
 		 364 aa  111  1.0000000000000001e-23  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.632369  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.05 
 
 		 316 aa  109  6e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0059  RluA family pseudouridine synthase  38.07 
 
 		 339 aa  108  6e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.14313 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2774  RluA family pseudouridine synthase  37.72 
 
 		 309 aa  108  9.000000000000001e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.538883  normal  0.492186 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5281  RluA family pseudouridine synthase  37.34 
 
 		 362 aa  108  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0773013  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1620  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.99 
 
 		 332 aa  108  1e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00181118  normal  0.877955 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1995  pseudouridine synthase  41.26 
 
 		 241 aa  108  1e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2404  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.48 
 
 		 329 aa  107  2e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000151583  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2474  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.48 
 
 		 329 aa  107  2e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0799284  normal  0.0195489 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002989  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.81 
 
 		 314 aa  106  3e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0445865  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3639  RluA family pseudouridine synthase  37.72 
 
 		 309 aa  106  3e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.323041  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02917  rRNA ribosomal pseudouridine synthase  33.81 
 
 		 339 aa  107  3e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2234  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (rRNA uridine isomerase C) (rRNA pseudouridylate synthase C)  31.44 
 
 		 315 aa  106  3e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0928032  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2642  pseudouridine synthase, RluA family  37.22 
 
 		 339 aa  106  4e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.704369  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.16 
 
 		 304 aa  105  5e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.233987  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3092  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.16 
 
 		 304 aa  105  5e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.598347  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3152  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.16 
 
 		 304 aa  105  5e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.311943 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1594  RluA family pseudouridine synthase  36.19 
 
 		 329 aa  105  5e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0260553  normal  0.0130241 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1379  pseudouridine synthase, RluA family  37.87 
 
 		 370 aa  105  6e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1174  RluA family pseudouridine synthase  36.21 
 
 		 399 aa  105  8e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.539633  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0714  23S rRNA pseudouridylate synthase C  31.16 
 
 		 326 aa  105  9e-22  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2566  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.02 
 
 		 329 aa  105  9e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00643292  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3012  RluA family pseudouridine synthase  40.53 
 
 		 311 aa  105  1e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.17598  normal  0.601739 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01082  23S rRNA pseudouridylate synthase  34.25 
 
 		 319 aa  104  1e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000778536  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1974  pseudouridine synthase  40.64 
 
 		 238 aa  104  1e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1208  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.25 
 
 		 319 aa  104  1e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000011451  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2080  pseudouridine synthase  40.62 
 
 		 241 aa  104  1e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>