More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1546 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_1546  pseudouridylate synthase  100 
 
 		 298 aa  624  1e-178  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1339  pseudouridylate synthase  76.49 
 
 		 275 aa  418  1e-116  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1442  pseudouridine synthase  76.1 
 
 		 287 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1262  pseudouridylate synthase  69.2 
 
 		 293 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.308846  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1436  pseudouridine synthase  76.49 
 
 		 287 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1472  pseudouridine synthase  76.49 
 
 		 287 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.329833  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2911  pseudouridine synthase  75.7 
 
 		 287 aa  412  1e-114  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.131097  normal  0.387721 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2717  tRNA pseudouridine synthase C  72.59 
 
 		 284 aa  412  1e-114  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2650  tRNA pseudouridine synthase C  72.22 
 
 		 284 aa  409  1e-113  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2824  tRNA pseudouridine synthase C  71.85 
 
 		 284 aa  409  1e-113  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2891  pseudouridine synthase  73.49 
 
 		 284 aa  402  1e-111  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2643  pseudouridylate synthase  72.65 
 
 		 273 aa  398  9.999999999999999e-111  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.998826 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3289  pseudouridine synthase  65.16 
 
 		 285 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.629665  hitchhiker  0.00000299463 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3169  pseudouridylate synthase  72.91 
 
 		 278 aa  396  1e-109  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1131  pseudouridylate synthase  75.31 
 
 		 258 aa  394  1e-108  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3184  pseudouridylate synthase  57.72 
 
 		 252 aa  295  7e-79  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.575849  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1821  pseudouridylate synthase  55.02 
 
 		 256 aa  290  2e-77  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002742  tRNA pseudouridine synthase C  55.06 
 
 		 256 aa  287  1e-76  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.766432  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03241  tRNA pseudouridine synthase C  56.3 
 
 		 255 aa  286  2.9999999999999996e-76  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0713  tRNA pseudouridine synthase C  55.06 
 
 		 263 aa  286  2.9999999999999996e-76  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.772217  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0411  tRNA pseudouridine synthase C  54.58 
 
 		 244 aa  282  5.000000000000001e-75  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1214  pseudouridine synthase  54.3 
 
 		 256 aa  281  1e-74  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0262969  normal  0.0773079 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3095  tRNA pseudouridine synthase C  55.74 
 
 		 260 aa  278  6e-74  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.352774  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02636  tRNA pseudouridine synthase  55.74 
 
 		 260 aa  277  1e-73  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.908245  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0897  pseudouridine synthase  55.74 
 
 		 260 aa  277  1e-73  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2935  tRNA pseudouridine synthase C  55.74 
 
 		 260 aa  277  1e-73  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02598  hypothetical protein  55.74 
 
 		 260 aa  277  1e-73  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.908938  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0921  tRNA pseudouridine synthase C  55.74 
 
 		 260 aa  277  1e-73  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2931  tRNA pseudouridine synthase C  55.74 
 
 		 260 aa  277  1e-73  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.980626 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3081  tRNA pseudouridine synthase C  55.74 
 
 		 260 aa  277  1e-73  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.495199  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4054  tRNA pseudouridine synthase C  55.74 
 
 		 260 aa  277  2e-73  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3171  tRNA pseudouridine synthase C  53.82 
 
 		 260 aa  275  5e-73  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3244  tRNA pseudouridine synthase C  53.62 
 
 		 261 aa  271  1e-71  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.392486 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1060  tRNA pseudouridine synthase C  52.63 
 
 		 257 aa  270  1e-71  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.323786  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3441  tRNA pseudouridine synthase C  52.63 
 
 		 257 aa  270  1e-71  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1007  tRNA pseudouridine synthase C  52.63 
 
 		 257 aa  270  1e-71  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.228386  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3124  tRNA pseudouridine synthase C  54.04 
 
 		 260 aa  268  1e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.756442 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3796  tRNA pseudouridine synthase C  52.63 
 
 		 256 aa  267  1e-70  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000461215 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2987  tRNA pseudouridine synthase C  55.32 
 
 		 261 aa  268  1e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3187  tRNA pseudouridine synthase C  54.04 
 
 		 260 aa  267  2e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.719199 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3106  tRNA pseudouridine synthase C  54.04 
 
 		 260 aa  266  2e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3286  tRNA pseudouridine synthase C  54.04 
 
 		 260 aa  267  2e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.195915  normal  0.923379 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3171  tRNA pseudouridine synthase C  54.04 
 
 		 260 aa  266  2.9999999999999995e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.316896  normal  0.156294 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0935  tRNA pseudouridine synthase C  53.19 
 
 		 266 aa  264  1e-69  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00065013  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3366  tRNA pseudouridine synthase C  53.19 
 
 		 261 aa  263  3e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.116388  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0854  tRNA pseudouridine synthase C  51.91 
 
 		 234 aa  258  6e-68  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000219419  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03037  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  50.42 
 
 		 265 aa  251  1e-65  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3649  tRNA pseudouridine synthase C  42.37 
 
 		 304 aa  242  5e-63  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0267  tRNA pseudouridine synthase C  49.79 
 
 		 270 aa  240  2.9999999999999997e-62  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0611  pseudouridine synthase  48.09 
 
 		 241 aa  235  8e-61  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0279  pseudouridine synthase  47.06 
 
 		 252 aa  230  2e-59  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000931063  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3220  transaldolase  46.33 
 
 		 648 aa  229  5e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2110  pseudouridine synthase  48.56 
 
 		 245 aa  228  7e-59  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3160  RNA pseudouridine synthase family protein  47.48 
 
 		 250 aa  227  2e-58  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.466098  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2869  tRNA pseudouridine synthase C  47.46 
 
 		 242 aa  221  8e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3406  pseudouridine synthase  48.5 
 
 		 244 aa  216  2.9999999999999998e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0321433 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3329  pseudouridine synthase  43.51 
 
 		 245 aa  212  7.999999999999999e-54  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.346808  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2894  tRNA pseudouridine synthase C  45.76 
 
 		 261 aa  208  8e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0076  pseudouridine synthase  44.68 
 
 		 228 aa  205  8e-52  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.694832  normal  0.499098 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2358  pseudouridine synthase  43.4 
 
 		 225 aa  202  4e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0324179  normal  0.496956 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2478  pseudouridine synthase  41.22 
 
 		 319 aa  201  1.9999999999999998e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.383615 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1054  tRNA pseudouridine synthase C  44.86 
 
 		 235 aa  198  7.999999999999999e-50  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0254  pseudouridine synthase  45.19 
 
 		 249 aa  197  1.0000000000000001e-49  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2278  tRNA pseudouridine synthase C  45.13 
 
 		 277 aa  194  1e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0554113  hitchhiker  0.00000285246 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3296  pseudouridine synthase  45.58 
 
 		 258 aa  188  1e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1955  tRNA pseudouridine synthase C  41.18 
 
 		 246 aa  187  2e-46  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0419985 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2205  pseudouridine synthase  43.5 
 
 		 242 aa  186  5e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.323157 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1355  pseudouridine synthase  47.19 
 
 		 268 aa  185  9e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.420116  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2505  tRNA pseudouridine synthase C  46.75 
 
 		 268 aa  184  2.0000000000000003e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.246785  normal  0.0153229 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02767  tRNA pseudouridine synthase C  40.41 
 
 		 238 aa  167  1e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.175179  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0177  pseudouridine synthase  38.72 
 
 		 253 aa  148  1.0000000000000001e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0059  RluA family pseudouridine synthase  34.58 
 
 		 339 aa  125  9e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.14313 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3492  pseudouridine synthase  37.33 
 
 		 560 aa  122  8e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  35.39 
 
 		 306 aa  120  3e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  34.98 
 
 		 306 aa  118  9.999999999999999e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  34.91 
 
 		 307 aa  114  1.0000000000000001e-24  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  36.32 
 
 		 311 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  34.33 
 
 		 305 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1601  23S rRNA pseudouridylate synthase C  35.32 
 
 		 315 aa  114  2.0000000000000002e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000249423  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2346  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.71 
 
 		 438 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0455755 
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_12940  predicted protein  36.59 
 
 		 200 aa  114  2.0000000000000002e-24  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  36.32 
 
 		 311 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0056  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.51 
 
 		 339 aa  113  3e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0073  pseudouridine synthase, RluA family  34.07 
 
 		 339 aa  113  4.0000000000000004e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0439  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.32 
 
 		 322 aa  112  7.000000000000001e-24  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10900  pseudouridine synthase, RluA family  31.82 
 
 		 320 aa  112  7.000000000000001e-24  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.631494  unclonable  0.00000000285325 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01082  23S rRNA pseudouridylate synthase  35.53 
 
 		 319 aa  112  8.000000000000001e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000778536  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2561  pseudouridine synthase, RluA family  35.53 
 
 		 319 aa  112  8.000000000000001e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000499668  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1208  23S rRNA pseudouridylate synthase C  35.53 
 
 		 319 aa  112  8.000000000000001e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  5.7217399999999996e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2515  23S rRNA pseudouridylate synthase C  35.53 
 
 		 319 aa  112  8.000000000000001e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000444551  hitchhiker  0.0000916413 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01090  hypothetical protein  35.53 
 
 		 319 aa  112  8.000000000000001e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000557514  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1208  23S rRNA pseudouridylate synthase C  35.53 
 
 		 319 aa  112  8.000000000000001e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000011451  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2041  23S rRNA pseudouridylate synthase C  35.53 
 
 		 319 aa  112  9e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000773418  hitchhiker  0.000351853 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0061  pseudouridine synthase, RluA family  33.63 
 
 		 339 aa  111  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1969  RluA family pseudouridine synthase  36.49 
 
 		 541 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.434828  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1464  23S rRNA pseudouridylate synthase C  35.68 
 
 		 319 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000220754  hitchhiker  0.00000000172116 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2197  pseudouridylate synthase  34.31 
 
 		 224 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.111417 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2001  23S rRNA pseudouridylate synthase C  35.87 
 
 		 319 aa  110  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000244921  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1563  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.65 
 
 		 322 aa  110  3e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.151804 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1841  pseudouridine synthase, RluA family  32.7 
 
 		 431 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.482122  normal  0.168334 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>