More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_03037 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_03037  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  100 
 
 		 265 aa  552  1e-156  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3184  pseudouridylate synthase  60.62 
 
 		 252 aa  282  5.000000000000001e-75  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.575849  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3441  tRNA pseudouridine synthase C  55 
 
 		 257 aa  263  2e-69  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1007  tRNA pseudouridine synthase C  55 
 
 		 257 aa  263  2e-69  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.228386  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002742  tRNA pseudouridine synthase C  51.05 
 
 		 256 aa  263  2e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.766432  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1060  tRNA pseudouridine synthase C  55 
 
 		 257 aa  263  2e-69  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.323786  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1442  pseudouridine synthase  50.39 
 
 		 287 aa  263  3e-69  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1436  pseudouridine synthase  50.59 
 
 		 287 aa  261  6.999999999999999e-69  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1472  pseudouridine synthase  50.59 
 
 		 287 aa  261  6.999999999999999e-69  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.329833  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2824  tRNA pseudouridine synthase C  53.85 
 
 		 284 aa  261  8.999999999999999e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03241  tRNA pseudouridine synthase C  50.85 
 
 		 255 aa  259  3e-68  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2650  tRNA pseudouridine synthase C  53.42 
 
 		 284 aa  259  3e-68  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2911  pseudouridine synthase  49.61 
 
 		 287 aa  259  4e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.131097  normal  0.387721 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2717  tRNA pseudouridine synthase C  53.42 
 
 		 284 aa  259  4e-68  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3171  tRNA pseudouridine synthase C  54.55 
 
 		 260 aa  257  1e-67  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1262  pseudouridylate synthase  53.07 
 
 		 293 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.308846  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0935  tRNA pseudouridine synthase C  53.18 
 
 		 266 aa  251  1e-65  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00065013  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1546  pseudouridylate synthase  50.42 
 
 		 298 aa  251  1e-65  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0411  tRNA pseudouridine synthase C  51.82 
 
 		 244 aa  250  2e-65  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1339  pseudouridylate synthase  49.37 
 
 		 275 aa  250  2e-65  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2987  tRNA pseudouridine synthase C  53.77 
 
 		 261 aa  250  2e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3366  tRNA pseudouridine synthase C  51.07 
 
 		 261 aa  249  3e-65  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.116388  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3796  tRNA pseudouridine synthase C  56.6 
 
 		 256 aa  249  3e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000461215 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0713  tRNA pseudouridine synthase C  50 
 
 		 263 aa  245  6e-64  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.772217  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3169  pseudouridylate synthase  49.79 
 
 		 278 aa  244  8e-64  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2891  pseudouridine synthase  47.18 
 
 		 284 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2643  pseudouridylate synthase  48.96 
 
 		 273 aa  243  3e-63  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.998826 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02636  tRNA pseudouridine synthase  51.35 
 
 		 260 aa  242  5e-63  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.908245  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0897  pseudouridine synthase  51.35 
 
 		 260 aa  242  5e-63  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2931  tRNA pseudouridine synthase C  51.35 
 
 		 260 aa  242  5e-63  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.980626 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3289  pseudouridine synthase  51.11 
 
 		 285 aa  242  5e-63  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.629665  hitchhiker  0.00000299463 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2935  tRNA pseudouridine synthase C  51.35 
 
 		 260 aa  242  5e-63  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02598  hypothetical protein  51.35 
 
 		 260 aa  242  5e-63  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.908938  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3081  tRNA pseudouridine synthase C  51.35 
 
 		 260 aa  242  5e-63  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.495199  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0921  tRNA pseudouridine synthase C  51.35 
 
 		 260 aa  242  5e-63  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4054  tRNA pseudouridine synthase C  51.35 
 
 		 260 aa  242  6e-63  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3095  tRNA pseudouridine synthase C  50.9 
 
 		 260 aa  239  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.352774  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0611  pseudouridine synthase  50.91 
 
 		 241 aa  238  5.999999999999999e-62  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3124  tRNA pseudouridine synthase C  50 
 
 		 260 aa  236  4e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.756442 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3244  tRNA pseudouridine synthase C  49.55 
 
 		 261 aa  235  5.0000000000000005e-61  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.392486 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0854  tRNA pseudouridine synthase C  52.42 
 
 		 234 aa  235  6e-61  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000219419  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3187  tRNA pseudouridine synthase C  49.12 
 
 		 260 aa  234  1.0000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.719199 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3286  tRNA pseudouridine synthase C  49.12 
 
 		 260 aa  234  1.0000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.195915  normal  0.923379 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3106  tRNA pseudouridine synthase C  49.12 
 
 		 260 aa  233  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3171  tRNA pseudouridine synthase C  49.12 
 
 		 260 aa  233  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.316896  normal  0.156294 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0279  pseudouridine synthase  47.3 
 
 		 252 aa  232  5e-60  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000931063  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1131  pseudouridylate synthase  49.78 
 
 		 258 aa  232  5e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2869  tRNA pseudouridine synthase C  48.12 
 
 		 242 aa  228  8e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1214  pseudouridine synthase  50.7 
 
 		 256 aa  227  1e-58  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0262969  normal  0.0773079 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3160  RNA pseudouridine synthase family protein  46.98 
 
 		 250 aa  225  7e-58  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.466098  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1821  pseudouridylate synthase  44.68 
 
 		 256 aa  222  4e-57  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3220  transaldolase  44.54 
 
 		 648 aa  206  3e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3649  tRNA pseudouridine synthase C  37.15 
 
 		 304 aa  205  5e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0076  pseudouridine synthase  47.11 
 
 		 228 aa  205  6e-52  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.694832  normal  0.499098 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2110  pseudouridine synthase  47.23 
 
 		 245 aa  204  1e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0267  tRNA pseudouridine synthase C  43.83 
 
 		 270 aa  203  3e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3406  pseudouridine synthase  46.35 
 
 		 244 aa  201  9.999999999999999e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0321433 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3329  pseudouridine synthase  44.8 
 
 		 245 aa  193  3e-48  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.346808  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0254  pseudouridine synthase  44.64 
 
 		 249 aa  193  3e-48  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2358  pseudouridine synthase  41.2 
 
 		 225 aa  188  8e-47  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0324179  normal  0.496956 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2894  tRNA pseudouridine synthase C  39.92 
 
 		 261 aa  187  2e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2478  pseudouridine synthase  44.5 
 
 		 319 aa  186  3e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.383615 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2205  pseudouridine synthase  37.92 
 
 		 242 aa  185  7e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.323157 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1054  tRNA pseudouridine synthase C  40.59 
 
 		 235 aa  177  1e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1355  pseudouridine synthase  42.11 
 
 		 268 aa  172  6.999999999999999e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.420116  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2505  tRNA pseudouridine synthase C  42.11 
 
 		 268 aa  171  7.999999999999999e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.246785  normal  0.0153229 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3296  pseudouridine synthase  41.53 
 
 		 258 aa  171  2e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1955  tRNA pseudouridine synthase C  39.21 
 
 		 246 aa  167  1e-40  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0419985 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2278  tRNA pseudouridine synthase C  37.71 
 
 		 277 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0554113  hitchhiker  0.00000285246 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0177  pseudouridine synthase  38.07 
 
 		 253 aa  151  1e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02767  tRNA pseudouridine synthase C  35.42 
 
 		 238 aa  147  1.0000000000000001e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.175179  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  30.23 
 
 		 306 aa  110  3e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0345  pseudouridine synthase  31.98 
 
 		 226 aa  108  7.000000000000001e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  29.84 
 
 		 306 aa  108  1e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_12940  predicted protein  30.99 
 
 		 200 aa  107  2e-22  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  32.74 
 
 		 307 aa  104  1e-21  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01440  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.28 
 
 		 327 aa  103  4e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1348  RluA family pseudouridine synthase  30.36 
 
 		 303 aa  103  4e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.628416  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3159  pseudouridine synthase, RluA family  30.4 
 
 		 329 aa  101  1e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0704  pseudouridine synthase, RluD  29.39 
 
 		 312 aa  100  3e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0834  pseudouridylate synthase  34.93 
 
 		 226 aa  99  6e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1742  pseudouridine synthase, RluD  31.33 
 
 		 376 aa  99.4  6e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0441246 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3515  pseudouridine synthase  34.35 
 
 		 225 aa  99  7e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.18243 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  28.69 
 
 		 325 aa  99  7e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.74 
 
 		 303 aa  97.4  2e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  28.46 
 
 		 331 aa  97.1  2e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0733  pseudouridine synthase  33.91 
 
 		 225 aa  97.4  2e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3583  pseudouridine synthase  33.91 
 
 		 225 aa  97.4  2e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  30.56 
 
 		 311 aa  97.1  3e-19  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  30.8 
 
 		 311 aa  97.1  3e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3706  pseudouridine synthase  34.06 
 
 		 225 aa  97.1  3e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.143352  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  28.46 
 
 		 309 aa  96.7  3e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1281  RluA family pseudouridine synthase  30.15 
 
 		 305 aa  96.7  4e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.71357  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3492  pseudouridine synthase  33.03 
 
 		 560 aa  96.7  4e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3139  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  33.48 
 
 		 225 aa  96.7  4e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1256  RluA family pseudouridine synthase  30.15 
 
 		 305 aa  96.7  4e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7584  pseudouridine synthase, RluA family  31.7 
 
 		 337 aa  96.3  5e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0816319  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  33.62 
 
 		 225 aa  95.9  5e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000100067  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2234  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (rRNA uridine isomerase C) (rRNA pseudouridylate synthase C)  28.27 
 
 		 315 aa  95.9  5e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0928032  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.74 
 
 		 296 aa  96.3  5e-19  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>