More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_1060 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010465  YPK_1060  tRNA pseudouridine synthase C  100 
 
 		 257 aa  533  1e-150  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.323786  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3441  tRNA pseudouridine synthase C  100 
 
 		 257 aa  533  1e-150  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1007  tRNA pseudouridine synthase C  100 
 
 		 257 aa  533  1e-150  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.228386  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3796  tRNA pseudouridine synthase C  81.25 
 
 		 256 aa  446  1.0000000000000001e-124  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000461215 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3171  tRNA pseudouridine synthase C  76.17 
 
 		 260 aa  426  1e-118  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0935  tRNA pseudouridine synthase C  76.65 
 
 		 266 aa  426  1e-118  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00065013  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3366  tRNA pseudouridine synthase C  76.56 
 
 		 261 aa  419  1e-116  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.116388  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2987  tRNA pseudouridine synthase C  74.61 
 
 		 261 aa  407  1e-113  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02636  tRNA pseudouridine synthase  69.26 
 
 		 260 aa  380  1e-104  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.908245  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0897  pseudouridine synthase  69.26 
 
 		 260 aa  380  1e-104  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4054  tRNA pseudouridine synthase C  69.26 
 
 		 260 aa  380  1e-104  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2935  tRNA pseudouridine synthase C  69.26 
 
 		 260 aa  380  1e-104  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3081  tRNA pseudouridine synthase C  69.26 
 
 		 260 aa  380  1e-104  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.495199  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0921  tRNA pseudouridine synthase C  69.26 
 
 		 260 aa  380  1e-104  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02598  hypothetical protein  69.26 
 
 		 260 aa  380  1e-104  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.908938  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2931  tRNA pseudouridine synthase C  69.26 
 
 		 260 aa  380  1e-104  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.980626 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3095  tRNA pseudouridine synthase C  68.87 
 
 		 260 aa  377  1e-103  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.352774  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3244  tRNA pseudouridine synthase C  67.58 
 
 		 261 aa  372  1e-102  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.392486 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3106  tRNA pseudouridine synthase C  66.41 
 
 		 260 aa  364  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3171  tRNA pseudouridine synthase C  66.41 
 
 		 260 aa  364  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.316896  normal  0.156294 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3124  tRNA pseudouridine synthase C  66.02 
 
 		 260 aa  363  1e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.756442 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3187  tRNA pseudouridine synthase C  66.02 
 
 		 260 aa  362  3e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.719199 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3286  tRNA pseudouridine synthase C  66.02 
 
 		 260 aa  362  3e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.195915  normal  0.923379 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0411  tRNA pseudouridine synthase C  62.29 
 
 		 244 aa  319  3e-86  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002742  tRNA pseudouridine synthase C  60.17 
 
 		 256 aa  308  4e-83  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.766432  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03241  tRNA pseudouridine synthase C  59.75 
 
 		 255 aa  306  1.0000000000000001e-82  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0854  tRNA pseudouridine synthase C  57.02 
 
 		 234 aa  290  1e-77  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000219419  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0713  tRNA pseudouridine synthase C  56.17 
 
 		 263 aa  290  2e-77  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.772217  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1821  pseudouridylate synthase  57.63 
 
 		 256 aa  286  2.9999999999999996e-76  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3184  pseudouridylate synthase  54.66 
 
 		 252 aa  280  1e-74  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.575849  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1214  pseudouridine synthase  55.08 
 
 		 256 aa  276  3e-73  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0262969  normal  0.0773079 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0611  pseudouridine synthase  53.39 
 
 		 241 aa  273  1.0000000000000001e-72  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2650  tRNA pseudouridine synthase C  55.23 
 
 		 284 aa  273  2.0000000000000002e-72  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2824  tRNA pseudouridine synthase C  55.23 
 
 		 284 aa  273  2.0000000000000002e-72  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2717  tRNA pseudouridine synthase C  55.74 
 
 		 284 aa  273  3e-72  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1546  pseudouridylate synthase  52.63 
 
 		 298 aa  270  1e-71  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1436  pseudouridine synthase  54.04 
 
 		 287 aa  266  2e-70  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1472  pseudouridine synthase  54.04 
 
 		 287 aa  266  2e-70  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.329833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1442  pseudouridine synthase  54.04 
 
 		 287 aa  266  2e-70  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1262  pseudouridylate synthase  52.54 
 
 		 293 aa  265  4e-70  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.308846  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2891  pseudouridine synthase  51.91 
 
 		 284 aa  263  1e-69  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2911  pseudouridine synthase  53.19 
 
 		 287 aa  263  2e-69  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.131097  normal  0.387721 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1339  pseudouridylate synthase  52.1 
 
 		 275 aa  263  2e-69  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03037  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  55 
 
 		 265 aa  263  2e-69  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3169  pseudouridylate synthase  52.54 
 
 		 278 aa  263  3e-69  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1131  pseudouridylate synthase  52.34 
 
 		 258 aa  260  1e-68  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3289  pseudouridine synthase  50.42 
 
 		 285 aa  255  4e-67  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.629665  hitchhiker  0.00000299463 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3160  RNA pseudouridine synthase family protein  51.05 
 
 		 250 aa  252  5.000000000000001e-66  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.466098  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2643  pseudouridylate synthase  51.49 
 
 		 273 aa  251  8.000000000000001e-66  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.998826 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0267  tRNA pseudouridine synthase C  49.79 
 
 		 270 aa  243  1.9999999999999999e-63  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3649  tRNA pseudouridine synthase C  41.13 
 
 		 304 aa  239  2e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0279  pseudouridine synthase  48.94 
 
 		 252 aa  236  3e-61  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000931063  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2869  tRNA pseudouridine synthase C  46.41 
 
 		 242 aa  235  4e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2110  pseudouridine synthase  51.29 
 
 		 245 aa  219  3.9999999999999997e-56  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0076  pseudouridine synthase  45.53 
 
 		 228 aa  214  9.999999999999999e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.694832  normal  0.499098 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3406  pseudouridine synthase  46.09 
 
 		 244 aa  213  1.9999999999999998e-54  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0321433 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3220  transaldolase  43.75 
 
 		 648 aa  213  2.9999999999999995e-54  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1054  tRNA pseudouridine synthase C  48.95 
 
 		 235 aa  209  4e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0254  pseudouridine synthase  46.89 
 
 		 249 aa  206  4e-52  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2278  tRNA pseudouridine synthase C  50.68 
 
 		 277 aa  204  1e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0554113  hitchhiker  0.00000285246 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3329  pseudouridine synthase  44.3 
 
 		 245 aa  202  3e-51  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.346808  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2478  pseudouridine synthase  43.94 
 
 		 319 aa  202  5e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.383615 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2205  pseudouridine synthase  43.04 
 
 		 242 aa  200  1.9999999999999998e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.323157 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2894  tRNA pseudouridine synthase C  42.8 
 
 		 261 aa  197  2.0000000000000003e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1955  tRNA pseudouridine synthase C  43.88 
 
 		 246 aa  194  1e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0419985 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2358  pseudouridine synthase  41.53 
 
 		 225 aa  194  2e-48  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0324179  normal  0.496956 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3296  pseudouridine synthase  42.86 
 
 		 258 aa  192  4e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2505  tRNA pseudouridine synthase C  48.86 
 
 		 268 aa  190  2e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.246785  normal  0.0153229 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1355  pseudouridine synthase  48.86 
 
 		 268 aa  189  4e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.420116  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02767  tRNA pseudouridine synthase C  38.4 
 
 		 238 aa  164  2.0000000000000002e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.175179  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0177  pseudouridine synthase  37.45 
 
 		 253 aa  161  1e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3492  pseudouridine synthase  36.94 
 
 		 560 aa  124  2e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  34.53 
 
 		 307 aa  119  3e-26  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0345  pseudouridine synthase  32.07 
 
 		 226 aa  119  3.9999999999999996e-26  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  35.96 
 
 		 225 aa  119  6e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000100067  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3139  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  36.04 
 
 		 225 aa  118  7.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0799  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  36.49 
 
 		 225 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.603428  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0917  pseudouridine synthase  36.28 
 
 		 225 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  31.97 
 
 		 306 aa  117  1.9999999999999998e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  31.97 
 
 		 306 aa  116  3e-25  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  31.54 
 
 		 304 aa  114  1.0000000000000001e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0834  pseudouridylate synthase  35.19 
 
 		 226 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0821  pseudouridylate synthase  35.09 
 
 		 225 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0454843 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0059  RluA family pseudouridine synthase  34.93 
 
 		 339 aa  113  3e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.14313 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  34.47 
 
 		 325 aa  113  3e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3706  pseudouridine synthase  34.78 
 
 		 225 aa  112  5e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.143352  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3583  pseudouridine synthase  34.78 
 
 		 225 aa  112  5e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0733  pseudouridine synthase  34.78 
 
 		 225 aa  112  5e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3515  pseudouridine synthase  34.78 
 
 		 225 aa  112  6e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.18243 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  30.45 
 
 		 319 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3345  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.58 
 
 		 333 aa  111  1.0000000000000001e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2576  RNA pseudouridylate synthase family protein  29.76 
 
 		 244 aa  110  2.0000000000000002e-23  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0224111  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0591  RluA family pseudouridine synthase  32.91 
 
 		 322 aa  110  2.0000000000000002e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0464018 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01440  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.67 
 
 		 327 aa  109  3e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0367  23S rRNA pseudouridine synthase D  31.25 
 
 		 321 aa  110  3e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0663  RluA family pseudouridine synthase  31.56 
 
 		 352 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.241862  normal  0.120069 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.58 
 
 		 321 aa  109  4.0000000000000004e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  31.56 
 
 		 306 aa  108  6e-23  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0669  RluA family pseudouridine synthase  31.56 
 
 		 352 aa  108  6e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1063  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.11 
 
 		 323 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0781222  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>