More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oter_0494 on replicon NC_010571
Organism: Opitutus terrae PB90-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010571  Oter_0494  pseudouridine synthase  100 
 
 
268 aa  542  1e-153  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.931297  normal  0.454399 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2576  RNA pseudouridylate synthase family protein  36.18 
 
 
244 aa  151  8.999999999999999e-36  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0224111  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1202  pseudouridine synthase  36.84 
 
 
247 aa  150  2e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.90311  normal  0.0231079 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0553  pseudouridine synthase, RluA family  35.14 
 
 
352 aa  139  6e-32  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0557173  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1817  RluA family pseudouridine synthase  35.25 
 
 
360 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.294999 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6286  pseudouridine synthase, RluD  34.87 
 
 
402 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1793  RluA family pseudouridine synthase  34.87 
 
 
402 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5094  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.87 
 
 
402 aa  136  4e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.760184 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  36.88 
 
 
304 aa  134  9.999999999999999e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1481  RluA family pseudouridine synthase  34.48 
 
 
400 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00249005  normal  0.0889319 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1704  RluA family pseudouridine synthase  34.1 
 
 
407 aa  132  5e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.225391  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1731  RluA family pseudouridine synthase  34.1 
 
 
405 aa  132  5e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.895388  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  35.41 
 
 
302 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2253  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.66 
 
 
391 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00391915  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1591  pseudouridine synthase, RluA family  35.77 
 
 
370 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.150486  decreased coverage  0.00904495 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0967  RluA family pseudouridine synthase  35.29 
 
 
436 aa  130  3e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  35.02 
 
 
302 aa  130  3e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  36.82 
 
 
304 aa  130  3e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2578  pseudouridine synthase, RluA family  32.44 
 
 
343 aa  129  7.000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.728308  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1324  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.88 
 
 
395 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0224168  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2333  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.88 
 
 
395 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.93917  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2409  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.64 
 
 
349 aa  129  7.000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1919  pseudouridine synthase, RluA family  35.85 
 
 
370 aa  129  7.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.338974  normal  0.0110313 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1813  RluA family pseudouridine synthase  34.88 
 
 
389 aa  128  8.000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.587957  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2620  RluA family pseudouridine synthase  34.1 
 
 
347 aa  128  8.000000000000001e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1084  RluA family pseudouridine synthase  34.88 
 
 
389 aa  128  8.000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.346306  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  35.02 
 
 
302 aa  128  8.000000000000001e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0083  RluA family pseudouridine synthase  34.88 
 
 
389 aa  128  8.000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2168  RluA family pseudouridine synthase  34.88 
 
 
389 aa  128  9.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2205  RluA family pseudouridine synthase  34.88 
 
 
395 aa  128  9.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1958  RluA family pseudouridine synthase  36.96 
 
 
293 aa  127  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.576308  normal  0.790812 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1849  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.14 
 
 
316 aa  128  1.0000000000000001e-28  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.97184  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.02 
 
 
302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  35.02 
 
 
302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.02 
 
 
302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  35.02 
 
 
302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.96 
 
 
313 aa  127  2.0000000000000002e-28  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  35.02 
 
 
302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  35.02 
 
 
302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1072  RluA family pseudouridine synthase  36.64 
 
 
349 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0863187  normal  0.714428 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1604  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.86 
 
 
318 aa  127  3e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3759  pseudouridine synthase  35.29 
 
 
255 aa  127  3e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.437728  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  33.72 
 
 
306 aa  127  3e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1390  pseudouridine synthase, RluA family  35.41 
 
 
348 aa  127  3e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.568078 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1841  pseudouridine synthase, RluA family  34.23 
 
 
431 aa  125  6e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.482122  normal  0.168334 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.26 
 
 
325 aa  125  6e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.553412  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  33.97 
 
 
325 aa  125  6e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.98 
 
 
321 aa  125  8.000000000000001e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  34.63 
 
 
302 aa  125  9e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2346  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.48 
 
 
438 aa  125  9e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0455755 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1628  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D protein  34.39 
 
 
358 aa  124  1e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1044  pseudouridine synthase, RluA family  34.46 
 
 
346 aa  124  1e-27  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  35.63 
 
 
306 aa  124  2e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2719  RluA family pseudouridine synthase  35.06 
 
 
332 aa  124  2e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.344852  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.98 
 
 
313 aa  124  2e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  35.06 
 
 
316 aa  123  3e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0665  hypothetical protein  32.57 
 
 
341 aa  123  3e-27  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  35 
 
 
318 aa  123  3e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3046  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.66 
 
 
332 aa  123  3e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.11 
 
 
303 aa  123  4e-27  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0482  pseudouridine synthase, RluA family  34.57 
 
 
326 aa  123  4e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147798  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.08 
 
 
356 aa  123  4e-27  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0395  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  31.25 
 
 
322 aa  122  5e-27  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.134097  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1573  RluA family pseudouridine synthase  36.43 
 
 
349 aa  122  5e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0105453  normal  0.522178 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1219  pseudouridine synthase, RluA family  31.42 
 
 
342 aa  122  5e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3012  RluA family pseudouridine synthase  34.83 
 
 
311 aa  122  7e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.17598  normal  0.601739 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  35.02 
 
 
302 aa  122  7e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1995  pseudouridine synthase  38.76 
 
 
241 aa  122  7e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1911  pseudouridine synthase, RluA family  30.83 
 
 
356 aa  122  8e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.743404  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.58 
 
 
303 aa  122  9e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2290  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.08 
 
 
360 aa  121  9.999999999999999e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0726  pseudouridine synthase, RluD  33.84 
 
 
320 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1621  pseudouridine synthase, RluA family  32.51 
 
 
355 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02221  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  33.2 
 
 
320 aa  121  9.999999999999999e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.135305  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1865  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  37.6 
 
 
241 aa  121  9.999999999999999e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1742  pseudouridine synthase, RluD  33.07 
 
 
376 aa  121  9.999999999999999e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0441246 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  31.85 
 
 
313 aa  121  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0318  RluA  31.12 
 
 
299 aa  121  9.999999999999999e-27  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.264747  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.84 
 
 
320 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.587851  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1344  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.95 
 
 
403 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.46 
 
 
312 aa  120  1.9999999999999998e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  33.21 
 
 
320 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  33.08 
 
 
311 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  32.71 
 
 
311 aa  120  3e-26  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2235  RluA family pseudouridine synthase  35.02 
 
 
313 aa  120  3e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.894524  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  34.21 
 
 
315 aa  120  3e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1440  pseudouridine synthase, RluA family  33.46 
 
 
347 aa  119  3.9999999999999996e-26  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.738263  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2133  RluA family pseudouridine synthase  38.65 
 
 
318 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.39 
 
 
350 aa  119  3.9999999999999996e-26  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.784854  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2080  pseudouridine synthase  37.98 
 
 
241 aa  119  4.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02917  rRNA ribosomal pseudouridine synthase  36.22 
 
 
339 aa  119  4.9999999999999996e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  33.07 
 
 
305 aa  119  6e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1353  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.45 
 
 
403 aa  119  6e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.270637  normal  0.743014 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3699  pseudouridine synthase, RluA family  32.59 
 
 
345 aa  119  6e-26  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0473  pseudouridine synthase, RluA family  34.6 
 
 
322 aa  119  7e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000500273 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  36.11 
 
 
327 aa  118  7.999999999999999e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6555  pseudouridine synthase  35.55 
 
 
240 aa  118  9e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0704  pseudouridine synthase, RluD  33.73 
 
 
312 aa  118  9.999999999999999e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1344  pseudouridine synthase, RluA family  31.56 
 
 
313 aa  118  9.999999999999999e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5641  RluA family pseudouridine synthase  33.08 
 
 
334 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0784245  normal  0.0662389 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>