More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_3759 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_3759  pseudouridine synthase  100 
 
 
255 aa  528  1e-149  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.437728  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6555  pseudouridine synthase  74.06 
 
 
240 aa  379  1e-104  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3040  pseudouridylate synthase  63.9 
 
 
240 aa  313  1.9999999999999998e-84  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.523078  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2521  pseudouridine synthase  58.72 
 
 
240 aa  282  3.0000000000000004e-75  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1202  pseudouridine synthase  39.75 
 
 
247 aa  158  6e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.90311  normal  0.0231079 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2576  RNA pseudouridylate synthase family protein  39.75 
 
 
244 aa  140  1.9999999999999998e-32  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0224111  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0069  pseudouridine synthase  35.37 
 
 
235 aa  132  7.999999999999999e-30  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.555782  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0494  pseudouridine synthase  35.29 
 
 
268 aa  127  3e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.931297  normal  0.454399 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2290  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.99 
 
 
360 aa  126  4.0000000000000003e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.59 
 
 
316 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2633  lysozyme  35.15 
 
 
325 aa  119  3.9999999999999996e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000151513 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1875  RluA family pseudouridine synthase  35 
 
 
317 aa  118  7e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.763374  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2883  RluA family pseudouridine synthase  35.65 
 
 
309 aa  117  1.9999999999999998e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.464437  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2033  RluA family pseudouridine synthase  34.44 
 
 
319 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.904373  normal  0.0708013 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2303  RluA family pseudouridine synthase  33.06 
 
 
323 aa  116  3e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  37.76 
 
 
304 aa  115  5e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1594  RluA family pseudouridine synthase  35.59 
 
 
329 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0260553  normal  0.0130241 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1420  pseudouridine synthase, RluA family  34.6 
 
 
310 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.276517 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2503  RluA family pseudouridine synthase  33.88 
 
 
319 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.721496  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2207  pseudouridine synthase, RluA family protein  33.76 
 
 
312 aa  114  1.0000000000000001e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.649752  normal  0.163859 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0565  RluA family pseudouridine synthase  35.59 
 
 
306 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.789528  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1751  RluA family pseudouridine synthase  33.2 
 
 
329 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000123206  normal  0.30128 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1711  RluA family pseudouridine synthase  33.61 
 
 
329 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000334248  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1708  RluA family pseudouridine synthase  33.61 
 
 
329 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000190104  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2566  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.92 
 
 
329 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00643292  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2656  pseudouridine synthase, RluA family  33.75 
 
 
319 aa  113  3e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0425559  hitchhiker  0.000122586 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1044  pseudouridine synthase, RluA family  34.69 
 
 
346 aa  113  3e-24  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2404  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.75 
 
 
329 aa  113  3e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000151583  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2474  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.75 
 
 
329 aa  113  3e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0799284  normal  0.0195489 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1574  RluA family pseudouridine synthase  32.92 
 
 
330 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00553384  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01082  23S rRNA pseudouridylate synthase  34.85 
 
 
319 aa  112  5e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000778536  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2561  pseudouridine synthase, RluA family  34.85 
 
 
319 aa  112  5e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000499668  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1208  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.85 
 
 
319 aa  112  5e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000011451  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2515  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.85 
 
 
319 aa  112  5e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000444551  hitchhiker  0.0000916413 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01090  hypothetical protein  34.85 
 
 
319 aa  112  5e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000557514  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1208  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.85 
 
 
319 aa  112  5e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  5.7217399999999996e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1464  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.85 
 
 
319 aa  112  7.000000000000001e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000220754  hitchhiker  0.00000000172116 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2041  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.85 
 
 
319 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000773418  hitchhiker  0.000351853 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2242  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  34.51 
 
 
315 aa  110  2.0000000000000002e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2001  23S rRNA pseudouridylate synthase C  35.96 
 
 
319 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000244921  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1284  23S rRNA pseudouridylate synthase C  35.96 
 
 
319 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0174547  hitchhiker  0.00000000220374 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02339  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase  36.45 
 
 
313 aa  110  2.0000000000000002e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.336245  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1620  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.41 
 
 
321 aa  110  2.0000000000000002e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.27015  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1299  23S rRNA pseudouridylate synthase C  35.96 
 
 
319 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.547954  hitchhiker  0.000000178257 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2185  23S rRNA pseudouridylate synthase C  35.96 
 
 
319 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.012302  hitchhiker  0.000000000136846 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1988  pseudouridylate synthase  33.06 
 
 
330 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00771455  normal  0.0114075 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1255  23S rRNA pseudouridylate synthase C  35.96 
 
 
319 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0242253  normal  0.194151 
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.31 
 
 
300 aa  109  3e-23  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2214  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  34.51 
 
 
315 aa  110  3e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1440  pseudouridine synthase, RluA family  34.47 
 
 
347 aa  109  3e-23  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.738263  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2239  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.44 
 
 
319 aa  110  3e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000198156  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2588  pseudouridine synthase, RluA family  35.6 
 
 
325 aa  109  4.0000000000000004e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  36.51 
 
 
304 aa  109  4.0000000000000004e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3699  pseudouridine synthase, RluA family  32.4 
 
 
345 aa  108  6e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3427  RluA family pseudouridine synthase  33.06 
 
 
314 aa  108  7.000000000000001e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0544491 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2133  RluA family pseudouridine synthase  37.19 
 
 
318 aa  108  7.000000000000001e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01440  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.45 
 
 
327 aa  108  7.000000000000001e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  35.17 
 
 
315 aa  108  8.000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002989  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.33 
 
 
314 aa  108  9.000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0445865  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2627  pseudouridine synthase, RluA family  32.61 
 
 
308 aa  108  9.000000000000001e-23  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.981062  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002394  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  36.06 
 
 
250 aa  108  9.000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04873  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.76 
 
 
333 aa  108  9.000000000000001e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1614  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.24 
 
 
315 aa  107  1e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000109224  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2710  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.6 
 
 
368 aa  108  1e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0175  RluA family pseudouridine synthase  31.84 
 
 
296 aa  108  1e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.408906  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.47 
 
 
350 aa  108  1e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.784854  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02917  rRNA ribosomal pseudouridine synthase  33.89 
 
 
339 aa  107  2e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2235  RluA family pseudouridine synthase  33.33 
 
 
313 aa  107  2e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.894524  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  30.12 
 
 
306 aa  107  2e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1429  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.41 
 
 
327 aa  107  2e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.550632 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.89 
 
 
300 aa  106  3e-22  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2034  pseudouridine synthase, RluA family  31.97 
 
 
340 aa  106  3e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0680786  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2989  pseudouridine synthase  36.72 
 
 
548 aa  106  3e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  32.78 
 
 
325 aa  107  3e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2804  pseudouridylate synthase  36.53 
 
 
215 aa  106  3e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.257511  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  31.91 
 
 
319 aa  106  4e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3159  pseudouridine synthase, RluA family  35.2 
 
 
329 aa  106  4e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03674  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  35.1 
 
 
250 aa  106  4e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2377  RluA family pseudouridine synthase  32.48 
 
 
298 aa  106  4e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2439  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.33 
 
 
338 aa  105  5e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.122309  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2089  pseudouridylate synthase family protein, yabo  32.48 
 
 
298 aa  105  5e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3201  RluA family pseudouridine synthase  32.64 
 
 
314 aa  106  5e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.887852 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  33.33 
 
 
302 aa  105  6e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1580  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.77 
 
 
308 aa  105  6e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0928054  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1692  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  34.23 
 
 
211 aa  105  7e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.251616  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2370  pseudouridine synthase  34.71 
 
 
243 aa  105  7e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1323  pseudouridine synthase  32.88 
 
 
211 aa  105  7e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  30.12 
 
 
306 aa  105  7e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  34.71 
 
 
306 aa  105  8e-22  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1065  pseudouridine synthase, RluD  33.33 
 
 
328 aa  105  9e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.901288  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.43 
 
 
305 aa  104  1e-21  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  32.64 
 
 
302 aa  104  1e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2837  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.6 
 
 
436 aa  105  1e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0449259  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2815  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.29 
 
 
318 aa  104  1e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000464709  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4024  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  37.65 
 
 
217 aa  105  1e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2301  pseudouridine synthase, RluD  32.77 
 
 
318 aa  105  1e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00163378  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  32.64 
 
 
302 aa  104  1e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1491  pseudouridine synthase, RluA family protein  33.61 
 
 
318 aa  104  1e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.446351  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2911  pseudouridine synthase, RluA family  32.92 
 
 
309 aa  104  1e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000000259384  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  32.64 
 
 
302 aa  104  2e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>