More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_6555 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013730  Slin_6555  pseudouridine synthase  100 
 
 		 240 aa  496  1e-139  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3759  pseudouridine synthase  74.06 
 
 		 255 aa  379  1e-104  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.437728  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3040  pseudouridylate synthase  62.34 
 
 		 240 aa  309  2.9999999999999997e-83  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.523078  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2521  pseudouridine synthase  57.81 
 
 		 240 aa  269  2.9999999999999997e-71  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1202  pseudouridine synthase  37.92 
 
 		 247 aa  142  6e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.90311  normal  0.0231079 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2576  RNA pseudouridylate synthase family protein  36.25 
 
 		 244 aa  130  3e-29  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0224111  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0069  pseudouridine synthase  34.35 
 
 		 235 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.555782  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0494  pseudouridine synthase  35.55 
 
 		 268 aa  118  7.999999999999999e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.931297  normal  0.454399 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2633  lysozyme  34.73 
 
 		 325 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000151513 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2033  RluA family pseudouridine synthase  33.89 
 
 		 319 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.904373  normal  0.0708013 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  33.88 
 
 		 306 aa  112  6e-24  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1988  pseudouridylate synthase  34.87 
 
 		 330 aa  111  9e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00771455  normal  0.0114075 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2710  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.37 
 
 		 368 aa  111  1.0000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1594  RluA family pseudouridine synthase  34.87 
 
 		 329 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0260553  normal  0.0130241 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1420  pseudouridine synthase, RluA family  34.33 
 
 		 310 aa  109  3e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.276517 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2883  RluA family pseudouridine synthase  33.91 
 
 		 309 aa  109  4.0000000000000004e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.464437  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2207  pseudouridine synthase, RluA family protein  34.32 
 
 		 312 aa  109  5e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.649752  normal  0.163859 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1323  pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 211 aa  107  1e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1751  RluA family pseudouridine synthase  33.19 
 
 		 329 aa  107  2e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000123206  normal  0.30128 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2656  pseudouridine synthase, RluA family  33.19 
 
 		 319 aa  107  2e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0425559  hitchhiker  0.000122586 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2588  pseudouridine synthase, RluA family  33.88 
 
 		 325 aa  107  2e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2503  RluA family pseudouridine synthase  34.03 
 
 		 319 aa  107  2e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.721496  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1708  RluA family pseudouridine synthase  33.19 
 
 		 329 aa  107  2e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000190104  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1440  pseudouridine synthase, RluA family  34.52 
 
 		 347 aa  107  2e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.738263  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  34.31 
 
 		 304 aa  107  2e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1711  RluA family pseudouridine synthase  33.19 
 
 		 329 aa  107  2e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000334248  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3699  pseudouridine synthase, RluA family  34.55 
 
 		 345 aa  107  2e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3427  RluA family pseudouridine synthase  33.2 
 
 		 314 aa  106  4e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0544491 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2290  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.31 
 
 		 360 aa  105  5e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002989  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.82 
 
 		 314 aa  105  5e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0445865  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2566  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.35 
 
 		 329 aa  105  6e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00643292  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2404  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.77 
 
 		 329 aa  105  6e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000151583  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2474  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.77 
 
 		 329 aa  105  6e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0799284  normal  0.0195489 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2132  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.07 
 
 		 332 aa  105  7e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.864009 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3988  pseudouridine synthase  32.43 
 
 		 211 aa  105  8e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.716973 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1875  RluA family pseudouridine synthase  32.77 
 
 		 317 aa  105  8e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.763374  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3201  RluA family pseudouridine synthase  32.78 
 
 		 314 aa  105  9e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.887852 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1574  RluA family pseudouridine synthase  32.35 
 
 		 330 aa  104  1e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00553384  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  34.58 
 
 		 318 aa  104  1e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1044  pseudouridine synthase, RluA family  34.92 
 
 		 346 aa  104  1e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1281  pseudouridine synthase  32.88 
 
 		 211 aa  104  1e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.147193  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3046  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.27 
 
 		 332 aa  104  1e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0916  RluA family pseudouridine synthase  32.48 
 
 		 297 aa  103  2e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1614  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.63 
 
 		 315 aa  103  2e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000109224  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0821  pseudouridylate synthase  34.09 
 
 		 225 aa  104  2e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0454843 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2242  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 315 aa  103  3e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3639  RluA family pseudouridine synthase  32.76 
 
 		 309 aa  103  3e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.323041  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3875  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  31.98 
 
 		 211 aa  102  4e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0462638  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2214  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 315 aa  102  4e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02917  rRNA ribosomal pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 339 aa  102  4e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01440  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.62 
 
 		 327 aa  102  5e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2862  RluA family pseudouridine synthase  34.87 
 
 		 335 aa  102  7e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0569131  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0521  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.87 
 
 		 335 aa  102  7e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.107606  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1813  RluA family pseudouridine synthase  34.87 
 
 		 335 aa  102  7e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0797823  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2490  RluA family pseudouridine synthase  34.87 
 
 		 335 aa  102  7e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000151813  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2792  RluA family pseudouridine synthase  34.87 
 
 		 335 aa  102  7e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000449267  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2801  RluA family pseudouridine synthase  34.87 
 
 		 335 aa  102  8e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000617612  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.93 
 
 		 300 aa  100  1e-20  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1610  pseudouridine synthase  31.98 
 
 		 211 aa  101  1e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00911925  normal  0.237577 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2917  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.73 
 
 		 477 aa  101  1e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00370322  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1390  pseudouridine synthase, RluA family  33.88 
 
 		 348 aa  101  1e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.568078 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1692  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  31.53 
 
 		 211 aa  100  1e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.251616  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.9 
 
 		 304 aa  101  1e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.233987  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2774  RluA family pseudouridine synthase  32.33 
 
 		 309 aa  100  1e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.538883  normal  0.492186 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3092  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.9 
 
 		 304 aa  101  1e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.598347  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2133  RluA family pseudouridine synthase  34.45 
 
 		 318 aa  101  1e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1467  pseudouridine synthase  35.44 
 
 		 217 aa  100  1e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  32.79 
 
 		 304 aa  101  1e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3152  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.9 
 
 		 304 aa  101  1e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.311943 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02339  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase  31.91 
 
 		 313 aa  100  2e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.336245  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1622  pseudouridine synthase, RluD  36.18 
 
 		 363 aa  100  2e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  34.44 
 
 		 305 aa  100  2e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3480  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.93 
 
 		 348 aa  100  2e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0583016 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2896  pseudouridine synthase  32.73 
 
 		 218 aa  100  3e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.76004  hitchhiker  0.00773647 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4165  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.05 
 
 		 320 aa  99.8  3e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0336491  normal  0.921895 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2804  pseudouridylate synthase  32.73 
 
 		 215 aa  99.8  3e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.257511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2524  pseudouridylate synthase  33.99 
 
 		 230 aa  99.4  4e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.349394  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2627  pseudouridine synthase, RluA family  30.6 
 
 		 308 aa  99  6e-20  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.981062  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0783  pseudouridylate synthase  33.18 
 
 		 225 aa  98.6  8e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.202814  hitchhiker  0.00996609 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2837  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30 
 
 		 436 aa  98.6  8e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0449259  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2706  pseudouridine synthase  32.42 
 
 		 217 aa  98.6  8e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0399435  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2850  pseudouridine synthase, RluA family  33.19 
 
 		 325 aa  98.2  9e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2439  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.62 
 
 		 338 aa  98.2  9e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.122309  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3139  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  34.09 
 
 		 225 aa  98.2  9e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.42 
 
 		 300 aa  97.8  1e-19  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  33.2 
 
 		 315 aa  98.2  1e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14830  Pseudouridine synthase, RluC  33.76 
 
 		 278 aa  97.8  1e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.300608  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2301  pseudouridine synthase, RluD  32.07 
 
 		 318 aa  97.8  1e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00163378  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2118  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.08 
 
 		 337 aa  98.2  1e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2911  pseudouridine synthase, RluA family  32.64 
 
 		 309 aa  97.8  1e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000000259384  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  31.6 
 
 		 306 aa  97.8  1e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2377  RluA family pseudouridine synthase  31.12 
 
 		 298 aa  98.2  1e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  31.2 
 
 		 306 aa  97.8  1e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2089  pseudouridylate synthase family protein, yabo  31.12 
 
 		 298 aa  98.2  1e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2975  23S rRNA pseudouridine synthase D  33.6 
 
 		 326 aa  98.2  1e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0427325  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08290  pseudouridine synthase, RluA family  31.2 
 
 		 310 aa  97.8  1e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  34.09 
 
 		 225 aa  98.2  1e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000100067  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0799  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  34.56 
 
 		 225 aa  98.2  1e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.603428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1879  pseudouridine synthase RluA  31.95 
 
 		 211 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2303  RluA family pseudouridine synthase  31.09 
 
 		 323 aa  97.4  2e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>