More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_2521 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013061  Phep_2521  pseudouridine synthase  100 
 
 
240 aa  496  1e-139  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3759  pseudouridine synthase  58.72 
 
 
255 aa  282  3.0000000000000004e-75  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.437728  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3040  pseudouridylate synthase  55.19 
 
 
240 aa  272  3e-72  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.523078  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6555  pseudouridine synthase  57.81 
 
 
240 aa  269  2.9999999999999997e-71  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1202  pseudouridine synthase  37.34 
 
 
247 aa  149  3e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.90311  normal  0.0231079 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2576  RNA pseudouridylate synthase family protein  39.5 
 
 
244 aa  141  7e-33  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0224111  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.61 
 
 
316 aa  126  3e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1875  RluA family pseudouridine synthase  34.62 
 
 
317 aa  122  6e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.763374  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2290  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.98 
 
 
360 aa  121  9.999999999999999e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0069  pseudouridine synthase  33.92 
 
 
235 aa  119  3.9999999999999996e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.555782  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2207  pseudouridine synthase, RluA family protein  31.54 
 
 
312 aa  116  3.9999999999999997e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.649752  normal  0.163859 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0655  pseudouridine synthase  32.2 
 
 
241 aa  116  3.9999999999999997e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.10472  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1563  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.85 
 
 
322 aa  115  5e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.151804 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2588  pseudouridine synthase, RluA family  35.34 
 
 
325 aa  115  7.999999999999999e-25  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2303  RluA family pseudouridine synthase  34.05 
 
 
323 aa  114  1.0000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1988  pseudouridylate synthase  31.02 
 
 
330 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00771455  normal  0.0114075 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2133  RluA family pseudouridine synthase  33.61 
 
 
318 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2883  RluA family pseudouridine synthase  33.06 
 
 
309 aa  113  3e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.464437  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1420  pseudouridine synthase, RluA family  32.79 
 
 
310 aa  112  7.000000000000001e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.276517 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0494  pseudouridine synthase  32.03 
 
 
268 aa  111  1.0000000000000001e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.931297  normal  0.454399 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3988  pseudouridine synthase  32.73 
 
 
211 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.716973 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  33.06 
 
 
315 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2633  lysozyme  32.93 
 
 
325 aa  109  3e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000151513 
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.65 
 
 
300 aa  109  3e-23  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1323  pseudouridine synthase  32.27 
 
 
211 aa  109  3e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1620  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.05 
 
 
321 aa  110  3e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.27015  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1589  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  38.01 
 
 
308 aa  109  3e-23  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0462053  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0596  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  38.01 
 
 
308 aa  110  3e-23  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000579613  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3506  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.65 
 
 
320 aa  110  3e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000697428  normal  0.0147626 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2503  RluA family pseudouridine synthase  32.24 
 
 
319 aa  109  4.0000000000000004e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.721496  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002989  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.86 
 
 
314 aa  109  4.0000000000000004e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0445865  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1574  RluA family pseudouridine synthase  31.71 
 
 
330 aa  108  6e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00553384  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.89 
 
 
300 aa  108  6e-23  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2235  RluA family pseudouridine synthase  33.19 
 
 
313 aa  108  9.000000000000001e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.894524  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0591  RluA family pseudouridine synthase  34.45 
 
 
322 aa  107  1e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0464018 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2242  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  33.05 
 
 
315 aa  107  1e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2214  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  33.05 
 
 
315 aa  108  1e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  31.22 
 
 
302 aa  107  1e-22  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0704  pseudouridine synthase, RluD  32.92 
 
 
312 aa  108  1e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1570  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.65 
 
 
320 aa  107  1e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000517495  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0567  pseudouridine synthase  33.64 
 
 
222 aa  107  2e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2510  23S rRNA pseudouridylate synthase C  32.24 
 
 
318 aa  107  2e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000592786  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3699  pseudouridine synthase, RluA family  33.17 
 
 
345 aa  107  2e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1594  RluA family pseudouridine synthase  31.43 
 
 
329 aa  107  2e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0260553  normal  0.0130241 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0657  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.47 
 
 
320 aa  107  2e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.422678 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2033  RluA family pseudouridine synthase  32.79 
 
 
319 aa  107  2e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.904373  normal  0.0708013 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1284  23S rRNA pseudouridylate synthase C  32.92 
 
 
319 aa  106  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0174547  hitchhiker  0.00000000220374 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2001  23S rRNA pseudouridylate synthase C  32.92 
 
 
319 aa  106  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000244921  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1299  23S rRNA pseudouridylate synthase C  32.92 
 
 
319 aa  106  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.547954  hitchhiker  0.000000178257 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1255  23S rRNA pseudouridylate synthase C  32.92 
 
 
319 aa  106  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0242253  normal  0.194151 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2185  23S rRNA pseudouridylate synthase C  32.92 
 
 
319 aa  106  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.012302  hitchhiker  0.000000000136846 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2710  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.28 
 
 
368 aa  106  3e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1601  23S rRNA pseudouridylate synthase C  32.08 
 
 
315 aa  106  4e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000249423  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02917  rRNA ribosomal pseudouridine synthase  34.29 
 
 
339 aa  106  4e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1281  pseudouridine synthase  32.27 
 
 
211 aa  105  5e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.147193  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3427  RluA family pseudouridine synthase  33.05 
 
 
314 aa  105  5e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0544491 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1711  RluA family pseudouridine synthase  30.89 
 
 
329 aa  105  6e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000334248  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1580  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.54 
 
 
308 aa  105  6e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0928054  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2815  23S rRNA pseudouridylate synthase C  31.82 
 
 
318 aa  105  7e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000464709  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2656  pseudouridine synthase, RluA family  30.89 
 
 
319 aa  105  7e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0425559  hitchhiker  0.000122586 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1708  RluA family pseudouridine synthase  30.08 
 
 
329 aa  105  7e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000190104  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1751  RluA family pseudouridine synthase  30.89 
 
 
329 aa  105  9e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000123206  normal  0.30128 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1678  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.21 
 
 
320 aa  105  9e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000901915  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  33.73 
 
 
304 aa  104  1e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0777  pseudouridine synthase, RluA family  31.17 
 
 
298 aa  104  1e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1591  pseudouridine synthase, RluA family  32.51 
 
 
370 aa  104  1e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.150486  decreased coverage  0.00904495 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2041  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.48 
 
 
319 aa  104  1e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000773418  hitchhiker  0.000351853 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01082  23S rRNA pseudouridylate synthase  36.36 
 
 
319 aa  103  2e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000778536  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2515  23S rRNA pseudouridylate synthase C  36.36 
 
 
319 aa  103  2e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000444551  hitchhiker  0.0000916413 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2561  pseudouridine synthase, RluA family  36.36 
 
 
319 aa  103  2e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000499668  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01090  hypothetical protein  36.36 
 
 
319 aa  103  2e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000557514  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1208  23S rRNA pseudouridylate synthase C  36.36 
 
 
319 aa  103  2e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000011451  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1208  23S rRNA pseudouridylate synthase C  36.36 
 
 
319 aa  103  2e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  5.7217399999999996e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02339  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase  32.33 
 
 
313 aa  103  2e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.336245  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2404  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  29.8 
 
 
329 aa  103  2e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000151583  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2474  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  29.8 
 
 
329 aa  103  2e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0799284  normal  0.0195489 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1464  23S rRNA pseudouridylate synthase C  36.36 
 
 
319 aa  103  2e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000220754  hitchhiker  0.00000000172116 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3159  pseudouridine synthase, RluA family  35.29 
 
 
329 aa  103  3e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2837  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.54 
 
 
436 aa  103  3e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0449259  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2911  pseudouridine synthase, RluA family  32.22 
 
 
309 aa  103  3e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000000259384  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1303  pseudouridine synthase, RluA family  32.22 
 
 
314 aa  102  4e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  33.2 
 
 
318 aa  102  4e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1593  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  28.88 
 
 
315 aa  102  4e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.102826  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1614  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.14 
 
 
315 aa  102  4e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000109224  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4787  RluA family pseudouridine synthase  33.2 
 
 
334 aa  102  4e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.495822 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002394  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  33.81 
 
 
250 aa  102  5e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1919  pseudouridine synthase, RluA family  32.08 
 
 
370 aa  102  5e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.338974  normal  0.0110313 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27270  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.5 
 
 
308 aa  102  5e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.42777  normal  0.302751 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  33.73 
 
 
304 aa  102  5e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1491  pseudouridine synthase, RluA family protein  31.28 
 
 
318 aa  102  5e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.446351  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  32.4 
 
 
306 aa  102  6e-21  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2274  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.49 
 
 
352 aa  102  6e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1721  pseudouridine synthase, RluD  33.05 
 
 
346 aa  102  6e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3201  RluA family pseudouridine synthase  32.22 
 
 
314 aa  102  7e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.887852 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1429  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.33 
 
 
327 aa  102  7e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.550632 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.04 
 
 
318 aa  101  8e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0268386  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1899  23S rRNA pseudouridylate synthase C  31.82 
 
 
320 aa  102  8e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000000584108  hitchhiker  0.0000501686 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2566  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  29.27 
 
 
329 aa  101  8e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00643292  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4520  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  31.7 
 
 
227 aa  101  9e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2439  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.64 
 
 
338 aa  101  9e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.122309  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>