More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_4520 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_4520  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  100 
 
 		 227 aa  469  1.0000000000000001e-131  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03700  pseudouridylate synthase for 23S rRNA (position 746) and tRNAphe(position 32), dual specificity  63.39 
 
 		 238 aa  288  7e-77  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3831  pseudouridylate synthase  61.01 
 
 		 218 aa  274  9e-73  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  58.37 
 
 		 225 aa  259  2e-68  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000100067  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3139  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  58.37 
 
 		 225 aa  259  3e-68  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0821  pseudouridylate synthase  57.21 
 
 		 225 aa  258  4e-68  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0454843 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3515  pseudouridine synthase  58.37 
 
 		 225 aa  257  9e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.18243 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3583  pseudouridine synthase  58.37 
 
 		 225 aa  256  1e-67  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3706  pseudouridine synthase  58.37 
 
 		 225 aa  257  1e-67  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.143352  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0733  pseudouridine synthase  58.37 
 
 		 225 aa  256  1e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0917  pseudouridine synthase  56.31 
 
 		 225 aa  257  1e-67  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0799  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  57.92 
 
 		 225 aa  254  6e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.603428  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0606  pseudouridylate synthase  57.92 
 
 		 225 aa  254  6e-67  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.134681 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0605  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  59.63 
 
 		 217 aa  254  1.0000000000000001e-66  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000834833  normal  0.555438 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0738  pseudouridine synthase  55.41 
 
 		 225 aa  252  3e-66  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0390511  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0834  pseudouridylate synthase  56.11 
 
 		 226 aa  252  4.0000000000000004e-66  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002394  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  53.21 
 
 		 250 aa  251  5.000000000000001e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0783  pseudouridylate synthase  56.11 
 
 		 225 aa  247  9e-65  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.202814  hitchhiker  0.00996609 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0353  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  55.96 
 
 		 244 aa  246  1e-64  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00060  pseudouridine synthase for 23S rRNA (position 746) and tRNAphe(position 32)  57.34 
 
 		 219 aa  246  2e-64  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00103207  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00059  hypothetical protein  57.34 
 
 		 219 aa  246  2e-64  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00251996  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0062  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  57.34 
 
 		 219 aa  246  2e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000519589  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0060  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  57.34 
 
 		 219 aa  246  2e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000157754  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3599  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  57.34 
 
 		 219 aa  246  2e-64  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0199705  unclonable  0.0000000150238 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0060  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  57.34 
 
 		 219 aa  246  2e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000000246696  normal  0.920561 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3541  pseudouridine synthase  56.88 
 
 		 219 aa  245  3e-64  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000465216  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0515  pseudouridylate synthase  55.41 
 
 		 225 aa  245  4e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0050  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  57.34 
 
 		 219 aa  245  4.9999999999999997e-64  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000437271  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0105  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  56.42 
 
 		 219 aa  243  9.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000472444  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0107  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  56.42 
 
 		 219 aa  243  9.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000191196  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0101  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  56.42 
 
 		 219 aa  243  9.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00188355  normal  0.0335495 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0102  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  56.42 
 
 		 219 aa  243  9.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.108549  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0063  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  56.88 
 
 		 219 aa  243  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0156615  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3630  pseudouridine synthase  55.96 
 
 		 217 aa  242  3e-63  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.146108  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0100  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  56.42 
 
 		 219 aa  242  3e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0729931  normal  0.810633 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03674  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  51.83 
 
 		 250 aa  240  1e-62  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2087  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  52.29 
 
 		 245 aa  239  2e-62  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000349962  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3827  pseudouridine synthase  54.59 
 
 		 217 aa  236  2e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3439  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  54.81 
 
 		 206 aa  236  2e-61  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000744972  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0767  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  54.81 
 
 		 206 aa  236  2e-61  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000401131  normal  0.046253 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3568  pseudouridine synthase  54.81 
 
 		 206 aa  236  2e-61  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0161869  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0567  pseudouridine synthase  50.89 
 
 		 222 aa  236  2e-61  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0607  pseudouridine synthase  55.05 
 
 		 217 aa  236  2e-61  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.189271  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3048  pseudouridylate synthase  52.7 
 
 		 225 aa  234  6e-61  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2192  pseudouridine synthase  50.44 
 
 		 226 aa  233  1.0000000000000001e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0568  pseudouridine synthase  54.59 
 
 		 217 aa  232  3e-60  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.494043  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0793  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  50.45 
 
 		 223 aa  230  1e-59  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0072267 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0729  pseudouridine synthase  56.54 
 
 		 216 aa  229  4e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000455311  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3067  pseudouridine synthase  52.29 
 
 		 256 aa  218  7.999999999999999e-56  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2195  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  51.16 
 
 		 213 aa  218  8.999999999999998e-56  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.372254 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1047  pseudouridine synthase  53.88 
 
 		 222 aa  216  2e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.703498  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1515  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  50 
 
 		 221 aa  215  4e-55  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00972645  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2804  pseudouridylate synthase  50.91 
 
 		 215 aa  214  8e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.257511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1506  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  51.6 
 
 		 215 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0155  pseudouridine synthase  51.6 
 
 		 215 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.62363 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1675  pseudouridine synthase  50 
 
 		 234 aa  212  4.9999999999999996e-54  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2909  pseudouridine synthase  49.77 
 
 		 215 aa  211  7e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.290818 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3106  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  51.33 
 
 		 219 aa  211  7.999999999999999e-54  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.774477  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4024  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  50.68 
 
 		 217 aa  210  1e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1232  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  50.24 
 
 		 211 aa  209  2e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.3197  normal  0.341718 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  52.38 
 
 		 214 aa  208  7e-53  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1467  pseudouridine synthase  48.64 
 
 		 217 aa  207  9e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3875  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  51.2 
 
 		 211 aa  206  3e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0462638  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1692  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  51.18 
 
 		 211 aa  206  3e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.251616  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2896  pseudouridine synthase  48.18 
 
 		 218 aa  205  4e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.76004  hitchhiker  0.00773647 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1879  pseudouridine synthase RluA  49.76 
 
 		 211 aa  205  4e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22000  pseudouridine synthase RluA  49.28 
 
 		 211 aa  205  6e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.921344  hitchhiker  0.0000000000442265 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0658  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  49.77 
 
 		 211 aa  204  7e-52  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1281  pseudouridine synthase  49.76 
 
 		 211 aa  204  1e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.147193  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1323  pseudouridine synthase  49.76 
 
 		 211 aa  204  1e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3988  pseudouridine synthase  49.29 
 
 		 211 aa  203  2e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.716973 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4154  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  50.68 
 
 		 218 aa  203  2e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229307  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0791  pseudouridine synthase  51.46 
 
 		 204 aa  202  2e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00896147  normal  0.0723816 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1442  pseudouridylate synthase  47.53 
 
 		 223 aa  202  3e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.81175  normal  0.0720615 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1610  pseudouridine synthase  50.24 
 
 		 211 aa  202  5e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00911925  normal  0.237577 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1592  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  48.15 
 
 		 212 aa  201  6e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1751  pseudouridine synthase  46.36 
 
 		 219 aa  201  6e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0485075  normal  0.0112767 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35140  Pseudouridylate synthase RluA  48.34 
 
 		 211 aa  201  6e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.484686  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2197  pseudouridylate synthase  46.9 
 
 		 224 aa  200  9.999999999999999e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.111417 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1430  pseudouridine synthase  47.09 
 
 		 223 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0072  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  48.62 
 
 		 217 aa  199  3e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1377  pseudouridylate synthase  46.19 
 
 		 223 aa  197  9e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000802724 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2765  pseudouridine synthase  50.7 
 
 		 215 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.416224  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1566  pseudouridine synthase  46.19 
 
 		 223 aa  196  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.232461  hitchhiker  0.00000912019 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1460  pseudouridine synthase  46.82 
 
 		 217 aa  196  2.0000000000000003e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2791  pseudouridine synthase  45.74 
 
 		 223 aa  195  4.0000000000000005e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2886  pseudouridine synthase  46.19 
 
 		 223 aa  195  5.000000000000001e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.315212  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2488  pseudouridylate synthase  45.29 
 
 		 223 aa  195  6e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.177305  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2524  pseudouridylate synthase  48.18 
 
 		 230 aa  194  7e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.349394  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1630  pseudouridylate synthase  39.82 
 
 		 223 aa  192  4e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.427552  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2706  pseudouridine synthase  45.91 
 
 		 217 aa  192  4e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0399435  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2811  pseudouridine synthase  46.19 
 
 		 223 aa  191  6e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0225697  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  46.15 
 
 		 223 aa  190  1e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1276  pseudouridine synthase  47.71 
 
 		 233 aa  191  1e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.220673  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0655  pseudouridine synthase  46.83 
 
 		 241 aa  190  2e-47  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.10472  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0066  pseudouridine synthase  44.44 
 
 		 217 aa  187  2e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.22289  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3654  pseudouridine synthase  47 
 
 		 225 aa  185  4e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.599678  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3001  pseudouridine synthase  40.74 
 
 		 219 aa  179  2.9999999999999997e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4330  pseudouridine synthase  42.52 
 
 		 245 aa  175  5e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0697869 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2093  pseudouridine synthase  37.6 
 
 		 260 aa  172  2.9999999999999996e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000796384  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>