More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPA7_1879 on replicon NC_009656
Organism: Pseudomonas aeruginosa PA7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009656  PSPA7_1879  pseudouridine synthase RluA  100 
 
 
211 aa  427  1e-119  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22000  pseudouridine synthase RluA  98.1 
 
 
211 aa  421  1e-117  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.921344  hitchhiker  0.0000000000442265 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35140  Pseudouridylate synthase RluA  88.63 
 
 
211 aa  376  1e-103  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.484686  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1232  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  86.26 
 
 
211 aa  370  1e-102  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.3197  normal  0.341718 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1610  pseudouridine synthase  83.41 
 
 
211 aa  370  1e-101  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00911925  normal  0.237577 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3875  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  83.41 
 
 
211 aa  366  1e-100  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0462638  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1281  pseudouridine synthase  82.94 
 
 
211 aa  363  1e-100  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.147193  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1692  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  83.89 
 
 
211 aa  363  1e-100  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.251616  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1323  pseudouridine synthase  81.04 
 
 
211 aa  360  7.0000000000000005e-99  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3988  pseudouridine synthase  80.57 
 
 
211 aa  359  1e-98  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.716973 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3831  pseudouridylate synthase  51.94 
 
 
218 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0605  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  52.68 
 
 
217 aa  208  4e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000834833  normal  0.555438 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4520  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  49.76 
 
 
227 aa  205  3e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3439  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  51.71 
 
 
206 aa  204  6e-52  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000744972  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0767  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  51.71 
 
 
206 aa  204  6e-52  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000401131  normal  0.046253 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3568  pseudouridine synthase  51.71 
 
 
206 aa  204  6e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0161869  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00060  pseudouridine synthase for 23S rRNA (position 746) and tRNAphe(position 32)  50.73 
 
 
219 aa  202  3e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00103207  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00059  hypothetical protein  50.73 
 
 
219 aa  202  3e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00251996  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3599  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  50.73 
 
 
219 aa  202  3e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0199705  unclonable  0.0000000150238 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0062  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  50.73 
 
 
219 aa  202  3e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000519589  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0060  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  50.73 
 
 
219 aa  202  3e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000000246696  normal  0.920561 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0060  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  50.73 
 
 
219 aa  202  3e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000157754  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3541  pseudouridine synthase  50.24 
 
 
219 aa  202  4e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000465216  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0050  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  50.73 
 
 
219 aa  201  7e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000437271  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0105  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  50.24 
 
 
219 aa  199  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000472444  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0102  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  50.24 
 
 
219 aa  199  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.108549  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0100  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  50.24 
 
 
219 aa  199  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0729931  normal  0.810633 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0107  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  50.24 
 
 
219 aa  199  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000191196  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0101  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  50.24 
 
 
219 aa  199  3e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00188355  normal  0.0335495 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0917  pseudouridine synthase  50 
 
 
225 aa  199  3e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03700  pseudouridylate synthase for 23S rRNA (position 746) and tRNAphe(position 32), dual specificity  51.2 
 
 
238 aa  199  3e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0063  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  49.76 
 
 
219 aa  198  6e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0156615  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0655  pseudouridine synthase  47.24 
 
 
241 aa  196  1.0000000000000001e-49  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.10472  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0791  pseudouridine synthase  53.47 
 
 
204 aa  196  1.0000000000000001e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00896147  normal  0.0723816 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0793  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  47.62 
 
 
223 aa  197  1.0000000000000001e-49  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0072267 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0658  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  51.9 
 
 
211 aa  195  5.000000000000001e-49  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0821  pseudouridylate synthase  48.54 
 
 
225 aa  194  6e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0454843 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0568  pseudouridine synthase  50.73 
 
 
217 aa  194  7e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.494043  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2804  pseudouridylate synthase  50.72 
 
 
215 aa  194  7e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.257511  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2195  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  52.43 
 
 
213 aa  193  2e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.372254 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4154  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  52.66 
 
 
218 aa  192  3e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229307  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0607  pseudouridine synthase  49.76 
 
 
217 aa  191  6e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.189271  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  48.53 
 
 
225 aa  191  7e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000100067  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0834  pseudouridylate synthase  48.06 
 
 
226 aa  191  8e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3630  pseudouridine synthase  49.28 
 
 
217 aa  190  1e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.146108  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2192  pseudouridine synthase  48.53 
 
 
226 aa  190  1e-47  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3139  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  48.04 
 
 
225 aa  189  2e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1442  pseudouridylate synthase  48.78 
 
 
223 aa  189  2e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.81175  normal  0.0720615 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3106  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  49.52 
 
 
219 aa  189  2.9999999999999997e-47  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.774477  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1592  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  50.47 
 
 
212 aa  189  4e-47  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3706  pseudouridine synthase  47.06 
 
 
225 aa  188  5.999999999999999e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.143352  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3515  pseudouridine synthase  46.57 
 
 
225 aa  188  7e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.18243 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3827  pseudouridine synthase  48.79 
 
 
217 aa  187  9e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0783  pseudouridylate synthase  48.06 
 
 
225 aa  187  1e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.202814  hitchhiker  0.00996609 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3583  pseudouridine synthase  46.57 
 
 
225 aa  186  2e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0733  pseudouridine synthase  46.57 
 
 
225 aa  186  2e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1377  pseudouridylate synthase  47.37 
 
 
223 aa  186  2e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000802724 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  47.2 
 
 
223 aa  186  3e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1430  pseudouridine synthase  48.29 
 
 
223 aa  186  3e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0799  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  47.06 
 
 
225 aa  184  6e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.603428  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2791  pseudouridine synthase  47.34 
 
 
223 aa  184  8e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2765  pseudouridine synthase  49.07 
 
 
215 aa  184  8e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.416224  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0729  pseudouridine synthase  49.76 
 
 
216 aa  184  9e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000455311  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1515  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  47.32 
 
 
221 aa  183  2.0000000000000003e-45  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00972645  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1467  pseudouridine synthase  45.02 
 
 
217 aa  182  3e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0738  pseudouridine synthase  47.09 
 
 
225 aa  182  3e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0390511  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1566  pseudouridine synthase  47.34 
 
 
223 aa  182  4.0000000000000006e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.232461  hitchhiker  0.00000912019 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2886  pseudouridine synthase  47.34 
 
 
223 aa  181  5.0000000000000004e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.315212  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0606  pseudouridylate synthase  48.04 
 
 
225 aa  181  6e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.134681 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1751  pseudouridine synthase  45.1 
 
 
219 aa  181  8.000000000000001e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0485075  normal  0.0112767 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1047  pseudouridine synthase  50.49 
 
 
222 aa  180  1e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.703498  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0066  pseudouridine synthase  47.39 
 
 
217 aa  180  1e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.22289  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0072  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  49.05 
 
 
217 aa  181  1e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1506  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  47.89 
 
 
215 aa  179  2e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2896  pseudouridine synthase  45.1 
 
 
218 aa  180  2e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.76004  hitchhiker  0.00773647 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0155  pseudouridine synthase  47.89 
 
 
215 aa  179  2e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.62363 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0353  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  44.29 
 
 
244 aa  179  2e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4024  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  48.1 
 
 
217 aa  179  2.9999999999999997e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2909  pseudouridine synthase  47.87 
 
 
215 aa  179  2.9999999999999997e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.290818 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2087  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  47.42 
 
 
245 aa  178  4e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000349962  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0515  pseudouridylate synthase  46.57 
 
 
225 aa  179  4e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3048  pseudouridylate synthase  46.6 
 
 
225 aa  176  2e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1630  pseudouridylate synthase  41.83 
 
 
223 aa  176  2e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.427552  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2488  pseudouridylate synthase  45.89 
 
 
223 aa  176  3e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.177305  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2811  pseudouridine synthase  45.89 
 
 
223 aa  176  3e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0225697  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1460  pseudouridine synthase  45.59 
 
 
217 aa  173  9.999999999999999e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2197  pseudouridylate synthase  46.54 
 
 
224 aa  173  9.999999999999999e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.111417 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3067  pseudouridine synthase  47.2 
 
 
256 aa  172  2.9999999999999996e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1988  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  45.93 
 
 
237 aa  172  3.9999999999999995e-42  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.145306  normal  0.940926 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  45.24 
 
 
214 aa  171  6.999999999999999e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1933  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  47.49 
 
 
222 aa  171  9e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.640885  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1276  pseudouridine synthase  47.95 
 
 
233 aa  170  1e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.220673  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2308  pseudouridine synthase  45.45 
 
 
237 aa  170  1e-41  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000393862  normal  0.0433307 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4330  pseudouridine synthase  45.12 
 
 
245 aa  170  2e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0697869 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0567  pseudouridine synthase  41.95 
 
 
222 aa  169  2e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1736  pseudouridine synthase  47.03 
 
 
222 aa  168  4e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.175202  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0886  pseudouridine synthase  43.87 
 
 
579 aa  168  5e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2524  pseudouridylate synthase  44.12 
 
 
230 aa  168  6e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.349394  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2148  pseudouridine synthase  46.83 
 
 
222 aa  168  6e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00375326  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002394  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  45.77 
 
 
250 aa  167  9e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>