More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_2006 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011365  Gdia_2006  pseudouridine synthase  100 
 
 
227 aa  451  1.0000000000000001e-126  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.309939  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0213  pseudouridine synthase  46.08 
 
 
240 aa  187  2e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0138576 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5337  pseudouridine synthase  50.96 
 
 
224 aa  182  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.588803  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2949  pseudouridine synthase  49.54 
 
 
239 aa  181  7e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.316024  hitchhiker  0.00664146 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0864  pseudouridine synthase  54.86 
 
 
224 aa  181  9.000000000000001e-45  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0335511  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2722  pseudouridine synthase  48.62 
 
 
239 aa  179  4e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1883  pseudouridine synthase  47.39 
 
 
264 aa  176  2e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.135329  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3519  pseudouridine synthase  45.66 
 
 
234 aa  175  5e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.477125  normal  0.108825 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1390  pseudouridine synthase  45.87 
 
 
255 aa  175  5e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.371905  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3409  pseudouridine synthase  49.55 
 
 
228 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.386946 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2844  pseudouridine synthase  46.64 
 
 
249 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.340445  normal  0.556308 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0315  pseudouridine synthase  42.26 
 
 
264 aa  172  5e-42  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4412  pseudouridine synthase  47.96 
 
 
228 aa  167  9e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0311  pseudouridine synthase  41.48 
 
 
234 aa  166  2e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.148955 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0401  pseudouridine synthase  37.55 
 
 
292 aa  155  4e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2968  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  39.62 
 
 
224 aa  144  1e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.577134 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1376  pseudouridine synthase  45.67 
 
 
250 aa  143  3e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0453774 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0492  pseudouridine synthase, RluA family  41.7 
 
 
325 aa  134  9.999999999999999e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00113875 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2822  RluA family pseudouridine synthase  40.76 
 
 
329 aa  132  3e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000591979  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2659  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  40.81 
 
 
330 aa  132  6e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0447  pseudouridylate synthase  40.69 
 
 
222 aa  130  1.0000000000000001e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.129188  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1043  pseudouridine synthase  44.23 
 
 
227 aa  130  1.0000000000000001e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2710  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  38.18 
 
 
368 aa  129  3e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.71 
 
 
333 aa  126  2.0000000000000002e-28  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28001  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  38.95 
 
 
324 aa  127  2.0000000000000002e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  38.94 
 
 
316 aa  126  3e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  35.84 
 
 
313 aa  124  1e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2141  pseudouridine synthase, RluD  38.67 
 
 
339 aa  124  1e-27  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0164  RluA family pseudouridine synthase  42.34 
 
 
324 aa  124  1e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1813  pseudouridine synthase, RluA family  40.76 
 
 
526 aa  124  2e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.000000964916  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  44.07 
 
 
310 aa  122  7e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  37.34 
 
 
315 aa  121  9.999999999999999e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.18 
 
 
300 aa  121  9.999999999999999e-27  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2837  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.75 
 
 
436 aa  120  9.999999999999999e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0449259  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0208  pseudouridine synthase  45.86 
 
 
322 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.528553  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02131  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  34.65 
 
 
319 aa  120  1.9999999999999998e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4767  RluA family pseudouridine synthase  36.24 
 
 
364 aa  119  4.9999999999999996e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.305838  hitchhiker  0.0012362 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2242  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  36 
 
 
315 aa  118  7e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  38.59 
 
 
315 aa  118  7e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1019  RluA family pseudouridine synthase  34.36 
 
 
330 aa  118  7e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.798058 
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  32.71 
 
 
307 aa  118  9e-26  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2086  pseudouridine synthase, RluA family  35.5 
 
 
330 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.140778  normal  0.342789 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0361  pseudouridine synthase  46.92 
 
 
300 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.713326  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0482  pseudouridine synthase, RluA family  39.66 
 
 
326 aa  117  9.999999999999999e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147798  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2102  pseudouridine synthase, RluD  37.44 
 
 
405 aa  117  9.999999999999999e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0886  pseudouridine synthase  36.04 
 
 
579 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.01 
 
 
300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  31.39 
 
 
300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2214  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  35.5 
 
 
315 aa  117  1.9999999999999998e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_02111  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  34.16 
 
 
319 aa  117  1.9999999999999998e-25  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.496147  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1447  pseudouridine synthase, RluD  41.08 
 
 
578 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_02111  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  33.33 
 
 
327 aa  117  1.9999999999999998e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  35.45 
 
 
302 aa  116  3e-25  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  33.93 
 
 
306 aa  115  3.9999999999999997e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0315  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  38.17 
 
 
348 aa  115  3.9999999999999997e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.458148 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0195  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  34.16 
 
 
319 aa  115  5e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0799995  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1849  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.07 
 
 
316 aa  115  6e-25  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.97184  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  39.56 
 
 
309 aa  115  6.9999999999999995e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1777  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  43.27 
 
 
328 aa  115  7.999999999999999e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00553261  decreased coverage  0.000101871 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  41.11 
 
 
323 aa  114  1.0000000000000001e-24  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1303  pseudouridine synthase, RluA family  42.16 
 
 
314 aa  114  1.0000000000000001e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1884  pseudouridine synthase, RluA family  34.2 
 
 
329 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0958449  normal  0.0260992 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1580  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.91 
 
 
308 aa  114  1.0000000000000001e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0928054  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1560  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  31.49 
 
 
326 aa  113  2.0000000000000002e-24  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02691  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  31.49 
 
 
326 aa  113  2.0000000000000002e-24  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.88343  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0516  pseudouridine synthase  46.15 
 
 
298 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2261  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.55 
 
 
330 aa  113  3e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.92 
 
 
312 aa  112  3e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1312  RluA family pseudouridine synthase  33.33 
 
 
350 aa  113  3e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1648  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.72 
 
 
327 aa  112  3e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.141846  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02221  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  34.16 
 
 
320 aa  112  4.0000000000000004e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.135305  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5034  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.96 
 
 
458 aa  112  4.0000000000000004e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3353  RNA pseudouridine synthase family protein  35.14 
 
 
296 aa  112  5e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0622873  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0730  RluA family pseudouridine synthase  32.88 
 
 
327 aa  112  5e-24  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0504919  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0374  putative RNA pseudouridine synthase (Uracil hydrolyase)  44.62 
 
 
295 aa  112  5e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.458686  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09301  putative pseudouridylate synthase  43.86 
 
 
207 aa  112  6e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.47365 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3490  pseudouridine synthase, RluA family  33.62 
 
 
329 aa  111  7.000000000000001e-24  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.788611  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1394  pseudouridine synthase, RluD  37.04 
 
 
412 aa  111  7.000000000000001e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.377241  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02339  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase  37.43 
 
 
313 aa  111  7.000000000000001e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.336245  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3492  pseudouridine synthase  40 
 
 
560 aa  111  8.000000000000001e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  34.66 
 
 
305 aa  111  8.000000000000001e-24  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2083  RluA family pseudouridine synthase  33.18 
 
 
326 aa  111  9e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0624  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.27 
 
 
354 aa  111  9e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0536  RNA pseudouridine synthase family protein  33.51 
 
 
567 aa  111  1.0000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1000  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.03 
 
 
326 aa  111  1.0000000000000001e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.02 
 
 
321 aa  110  1.0000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1658  RluA family pseudouridine synthase  35.38 
 
 
329 aa  110  1.0000000000000001e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.615207  normal  0.0770781 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2620  RluA family pseudouridine synthase  35.91 
 
 
347 aa  110  1.0000000000000001e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0912  pseudouridine synthase, RluA family  41.76 
 
 
558 aa  110  1.0000000000000001e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00634483 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  33.33 
 
 
305 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6367  RluA family pseudouridine synthase  36.99 
 
 
469 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.129788  normal  0.347421 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1825  pseudouridine synthase  31.31 
 
 
306 aa  110  2.0000000000000002e-23  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  29.96 
 
 
306 aa  110  2.0000000000000002e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  30.53 
 
 
306 aa  110  2.0000000000000002e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2192  RluA family pseudouridine synthase  36.52 
 
 
316 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.677227  normal  0.0743981 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0391  RluA family pseudouridine synthase  33.33 
 
 
346 aa  110  3e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3195  pseudouridine synthase, RluA family  37.3 
 
 
308 aa  109  3e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000221583  hitchhiker  0.000231767 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3396  pseudouridine synthase, RluA family  35.75 
 
 
319 aa  109  3e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.685542  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3459  pseudouridine synthase, RluA family  35 
 
 
319 aa  109  3e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1563  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.56 
 
 
322 aa  109  4.0000000000000004e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.151804 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>