More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0208 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0208  pseudouridine synthase  100 
 
 		 322 aa  644    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.528553  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0516  pseudouridine synthase  75.62 
 
 		 298 aa  442  1e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0361  pseudouridine synthase  74.62 
 
 		 300 aa  429  1e-119  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.713326  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0374  putative RNA pseudouridine synthase (Uracil hydrolyase)  66.88 
 
 		 295 aa  382  1e-105  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.458686  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0401  pseudouridine synthase  59.94 
 
 		 292 aa  372  1e-102  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0213  pseudouridine synthase  81.7 
 
 		 240 aa  262  4.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0138576 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0315  pseudouridine synthase  78.29 
 
 		 264 aa  249  5e-65  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3519  pseudouridine synthase  68.31 
 
 		 234 aa  212  5.999999999999999e-54  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.477125  normal  0.108825 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0311  pseudouridine synthase  63.64 
 
 		 234 aa  192  8e-48  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.148955 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1390  pseudouridine synthase  60.14 
 
 		 255 aa  182  7e-45  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.371905  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5337  pseudouridine synthase  65.47 
 
 		 224 aa  182  8.000000000000001e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.588803  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2949  pseudouridine synthase  65.94 
 
 		 239 aa  177  3e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.316024  hitchhiker  0.00664146 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2844  pseudouridine synthase  66.17 
 
 		 249 aa  176  4e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.340445  normal  0.556308 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2722  pseudouridine synthase  64.49 
 
 		 239 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3409  pseudouridine synthase  48.99 
 
 		 228 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.386946 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4412  pseudouridine synthase  49.49 
 
 		 228 aa  172  5e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1883  pseudouridine synthase  58 
 
 		 264 aa  170  4e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.135329  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1043  pseudouridine synthase  47.76 
 
 		 227 aa  122  9.999999999999999e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0447  pseudouridylate synthase  46.72 
 
 		 222 aa  121  1.9999999999999998e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.129188  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1376  pseudouridine synthase  38 
 
 		 250 aa  117  3e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0453774 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2006  pseudouridine synthase  45.86 
 
 		 227 aa  114  2.0000000000000002e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.309939  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0864  pseudouridine synthase  44.96 
 
 		 224 aa  110  3e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0335511  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2102  pseudouridine synthase, RluD  41.18 
 
 		 405 aa  102  1e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2710  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  41.1 
 
 		 368 aa  101  2e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0164  RluA family pseudouridine synthase  40.85 
 
 		 324 aa  97.8  2e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2968  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  40.3 
 
 		 224 aa  95.1  1e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.577134 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0391  RluA family pseudouridine synthase  43.12 
 
 		 346 aa  90.1  4e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4308  pseudouridine synthase, RluA family  40.13 
 
 		 323 aa  90.1  5e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4177  pseudouridine synthase, RluD  40.79 
 
 		 318 aa  89.7  5e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.463318  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0492  pseudouridine synthase, RluA family  39.16 
 
 		 325 aa  89.4  7e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113875 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2767  RluA family pseudouridine synthase  36.89 
 
 		 330 aa  88.6  1e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.901259 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4330  pseudouridine synthase, RluA family  41.96 
 
 		 323 aa  89  1e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0090  pseudouridine synthase, RluA family  36.3 
 
 		 349 aa  88.2  2e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.768556 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1745  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  42.2 
 
 		 346 aa  87.8  2e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2133  RluA family pseudouridine synthase  32.32 
 
 		 318 aa  87.8  2e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2505  RluA family pseudouridine synthase  41.28 
 
 		 346 aa  87  4e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0291  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  43.52 
 
 		 348 aa  87  4e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.503835  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2390  pseudouridine synthase, RluA family  36.18 
 
 		 302 aa  85.9  7e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.837448  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1658  RluA family pseudouridine synthase  38.22 
 
 		 329 aa  85.9  8e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.615207  normal  0.0770781 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3220  transaldolase  28.99 
 
 		 648 aa  85.9  9e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3353  RNA pseudouridine synthase family protein  33.55 
 
 		 296 aa  85.5  0.000000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0622873  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1312  RluA family pseudouridine synthase  37.5 
 
 		 350 aa  85.1  0.000000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3178  pseudouridine synthase, RluA family  39.23 
 
 		 295 aa  84.7  0.000000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1394  pseudouridine synthase, RluD  34.4 
 
 		 412 aa  83.6  0.000000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.377241  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2822  RluA family pseudouridine synthase  38.06 
 
 		 329 aa  83.6  0.000000000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000591979  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.55 
 
 		 330 aa  83.2  0.000000000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.397176 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6367  RluA family pseudouridine synthase  35.21 
 
 		 469 aa  82.8  0.000000000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.129788  normal  0.347421 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1206  RNA pseudouridylate synthase  28.57 
 
 		 307 aa  82.8  0.000000000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.575901  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1304  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  28.57 
 
 		 307 aa  82.8  0.000000000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1382  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  28.57 
 
 		 307 aa  82.8  0.000000000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.53631 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2588  pseudouridine synthase, RluA family  42.31 
 
 		 325 aa  82.8  0.000000000000007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7124  pseudouridine synthase, RluA family  35.92 
 
 		 457 aa  82.4  0.000000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0624  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  39.81 
 
 		 354 aa  82.4  0.000000000000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1575  pseudouridine synthase, RluD  34.4 
 
 		 411 aa  82.4  0.000000000000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.286446  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1184  ribosomal large subunit pseudouridylate synthase D  28.02 
 
 		 307 aa  82  0.00000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.51 
 
 		 307 aa  82  0.00000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1777  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.4 
 
 		 328 aa  82.4  0.00000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00553261  decreased coverage  0.000101871 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4321  RluA family pseudouridine synthase  40.15 
 
 		 350 aa  81.3  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.412069 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3150  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  30.66 
 
 		 239 aa  81.6  0.00000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0942685  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3624  pseudouridine synthase, RluA family  33.33 
 
 		 455 aa  81.6  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1594  RluA family pseudouridine synthase  29.89 
 
 		 329 aa  80.9  0.00000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0260553  normal  0.0130241 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2335  pseudouridine synthase RluD  32.58 
 
 		 453 aa  80.5  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.134936 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1751  RluA family pseudouridine synthase  28.34 
 
 		 329 aa  80.1  0.00000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000123206  normal  0.30128 
 
 
-
 
NC_009370  OSTLU_28023  predicted protein  32.6 
 
 		 321 aa  80.1  0.00000000000005  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1405  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.99 
 
 		 307 aa  79.7  0.00000000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.899251  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1589  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.77 
 
 		 308 aa  79.3  0.00000000000007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0462053  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0596  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.77 
 
 		 308 aa  79.3  0.00000000000007  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000579613  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  34.9 
 
 		 326 aa  79.3  0.00000000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1446  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  27.51 
 
 		 307 aa  79.3  0.00000000000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  37.04 
 
 		 307 aa  78.6  0.0000000000001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4953  pseudouridine synthase, RluA family  40.41 
 
 		 369 aa  79  0.0000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2656  pseudouridine synthase, RluA family  29.31 
 
 		 319 aa  79  0.0000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0425559  hitchhiker  0.000122586 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1711  RluA family pseudouridine synthase  29.31 
 
 		 329 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000334248  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3403  pseudouridine synthase RluD  33.88 
 
 		 501 aa  78.6  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0666836  normal  0.0916306 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5034  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.09 
 
 		 458 aa  78.6  0.0000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1708  RluA family pseudouridine synthase  29.31 
 
 		 329 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000190104  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1574  RluA family pseudouridine synthase  29.31 
 
 		 330 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00553384  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0790  RluA family pseudouridine synthase  40.37 
 
 		 348 aa  77.8  0.0000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.143813  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  32.54 
 
 		 305 aa  78.2  0.0000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3106  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  38 
 
 		 219 aa  77.8  0.0000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.774477  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0315  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.88 
 
 		 348 aa  77.4  0.0000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.458148 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2659  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.84 
 
 		 330 aa  77.4  0.0000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2837  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.69 
 
 		 436 aa  77.4  0.0000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0449259  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  30.46 
 
 		 311 aa  77.4  0.0000000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  29.95 
 
 		 311 aa  77.4  0.0000000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1447  pseudouridine synthase, RluD  36.67 
 
 		 578 aa  77  0.0000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.26 
 
 		 296 aa  77  0.0000000000004  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  32.88 
 
 		 315 aa  77  0.0000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2566  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  29.31 
 
 		 329 aa  76.6  0.0000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00643292  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.89 
 
 		 300 aa  76.3  0.0000000000007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.47 
 
 		 356 aa  76.3  0.0000000000007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  37.66 
 
 		 315 aa  76.3  0.0000000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0278  RluA family pseudouridine synthase  48.31 
 
 		 468 aa  75.9  0.0000000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0322  pseudouridine synthase, RluA family  48.31 
 
 		 468 aa  76.3  0.0000000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.539792  normal  0.101143 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1988  pseudouridylate synthase  30.46 
 
 		 330 aa  75.9  0.0000000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00771455  normal  0.0114075 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0354  pseudouridine synthase, RluA family  36.11 
 
 		 446 aa  75.9  0.0000000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.115819  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2404  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  29.89 
 
 		 329 aa  75.9  0.0000000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000151583  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2474  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  29.89 
 
 		 329 aa  75.9  0.0000000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0799284  normal  0.0195489 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0966  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.17 
 
 		 318 aa  75.1  0.000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.948591  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4000  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  30.71 
 
 		 307 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0122358 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>