More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0361 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_0361  pseudouridine synthase  100 
 
 		 300 aa  603  1.0000000000000001e-171  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.713326  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0516  pseudouridine synthase  80.06 
 
 		 298 aa  449  1e-125  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0208  pseudouridine synthase  75.15 
 
 		 322 aa  445  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.528553  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0401  pseudouridine synthase  64.95 
 
 		 292 aa  385  1e-106  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0374  putative RNA pseudouridine synthase (Uracil hydrolyase)  66.22 
 
 		 295 aa  379  1e-104  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.458686  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0315  pseudouridine synthase  62.38 
 
 		 264 aa  352  2.9999999999999997e-96  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0213  pseudouridine synthase  82.35 
 
 		 240 aa  263  3e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0138576 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1390  pseudouridine synthase  42.21 
 
 		 255 aa  219  6e-56  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.371905  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3519  pseudouridine synthase  70.21 
 
 		 234 aa  214  1.9999999999999998e-54  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.477125  normal  0.108825 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0311  pseudouridine synthase  64.29 
 
 		 234 aa  190  2e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.148955 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5337  pseudouridine synthase  62.41 
 
 		 224 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.588803  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3409  pseudouridine synthase  41.11 
 
 		 228 aa  172  5e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.386946 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2844  pseudouridine synthase  63.04 
 
 		 249 aa  169  4e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.340445  normal  0.556308 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4412  pseudouridine synthase  60.28 
 
 		 228 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2949  pseudouridine synthase  63.16 
 
 		 239 aa  166  5e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.316024  hitchhiker  0.00664146 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2722  pseudouridine synthase  63.16 
 
 		 239 aa  166  6.9999999999999995e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1883  pseudouridine synthase  56.62 
 
 		 264 aa  156  4e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.135329  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2710  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.19 
 
 		 368 aa  126  5e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1376  pseudouridine synthase  32.74 
 
 		 250 aa  124  1e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0453774 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2102  pseudouridine synthase, RluD  32.28 
 
 		 405 aa  125  1e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0090  pseudouridine synthase, RluA family  31.6 
 
 		 349 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.768556 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1312  RluA family pseudouridine synthase  32.89 
 
 		 350 aa  120  1.9999999999999998e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1043  pseudouridine synthase  46.67 
 
 		 227 aa  120  3e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7124  pseudouridine synthase, RluA family  33.45 
 
 		 457 aa  119  6e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.67 
 
 		 330 aa  117  1.9999999999999998e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.397176 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0354  pseudouridine synthase, RluA family  32.37 
 
 		 446 aa  115  6e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.115819  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0315  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.82 
 
 		 348 aa  115  6.9999999999999995e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.458148 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0278  RluA family pseudouridine synthase  32.73 
 
 		 468 aa  115  8.999999999999998e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0322  pseudouridine synthase, RluA family  32.01 
 
 		 468 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.539792  normal  0.101143 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2659  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.69 
 
 		 330 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0447  pseudouridylate synthase  44.53 
 
 		 222 aa  112  7.000000000000001e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.129188  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2006  pseudouridine synthase  46.92 
 
 		 227 aa  110  2.0000000000000002e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.309939  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0857  RluA family pseudouridine synthase  31.27 
 
 		 471 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000295039 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2083  RluA family pseudouridine synthase  32.35 
 
 		 326 aa  109  7.000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0492  pseudouridine synthase, RluA family  32.42 
 
 		 325 aa  108  8.000000000000001e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113875 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2837  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.61 
 
 		 436 aa  108  1e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0449259  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  28.72 
 
 		 307 aa  107  2e-22  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1648  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.34 
 
 		 327 aa  107  3e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.141846  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0864  pseudouridine synthase  44.19 
 
 		 224 aa  106  5e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0335511  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4321  RluA family pseudouridine synthase  31.34 
 
 		 350 aa  105  8e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.412069 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2968  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  45.95 
 
 		 224 aa  101  1e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.577134 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0730  RluA family pseudouridine synthase  29.73 
 
 		 327 aa  101  2e-20  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0504919  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3492  pseudouridine synthase  31.06 
 
 		 560 aa  97.4  3e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0164  RluA family pseudouridine synthase  40.76 
 
 		 324 aa  97.4  3e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2197  pseudouridylate synthase  30.4 
 
 		 224 aa  96.7  4e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.111417 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0624  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  29.24 
 
 		 354 aa  96.3  6e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4308  pseudouridine synthase, RluA family  41.78 
 
 		 323 aa  95.5  9e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  25.89 
 
 		 306 aa  94.4  2e-18  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0066  pseudouridine synthase  30.34 
 
 		 217 aa  94.7  2e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.22289  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2261  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.36 
 
 		 330 aa  93.6  3e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3557  pseudouridine synthase, RluA family  27.34 
 
 		 297 aa  92.8  6e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4177  pseudouridine synthase, RluD  41.1 
 
 		 318 aa  92.8  6e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.463318  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3220  transaldolase  31.23 
 
 		 648 aa  92.4  9e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1654  pseudouridine synthase  31.16 
 
 		 286 aa  91.3  2e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.142786 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3623  pseudouridine synthase, RluA family  25.9 
 
 		 297 aa  91.7  2e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4330  pseudouridine synthase, RluA family  40.41 
 
 		 323 aa  90.9  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2869  tRNA pseudouridine synthase C  30.07 
 
 		 242 aa  90.5  3e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3654  pseudouridine synthase  29.37 
 
 		 225 aa  87.8  2e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.599678  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0596  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  28.12 
 
 		 308 aa  87  4e-16  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000579613  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0480  RluA family pseudouridine synthase  27.24 
 
 		 364 aa  86.7  4e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.632369  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1589  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  28.12 
 
 		 308 aa  86.7  5e-16  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0462053  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3403  pseudouridine synthase RluD  26.18 
 
 		 501 aa  86.3  6e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0666836  normal  0.0916306 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3178  pseudouridine synthase, RluA family  39.53 
 
 		 295 aa  86.3  6e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0047  pseudouridine synthase, RluD  25.94 
 
 		 295 aa  85.9  8e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.816819 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1096  pseudouridylate synthase  29.03 
 
 		 232 aa  85.9  8e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0375  RluA family pseudouridine synthase  26.24 
 
 		 299 aa  85.9  9e-16  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000429003  hitchhiker  0.000000000105454 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0391  RluA family pseudouridine synthase  40 
 
 		 346 aa  85.5  9e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1379  pseudouridine synthase, RluA family  29.35 
 
 		 370 aa  85.1  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4330  pseudouridine synthase  30.89 
 
 		 245 aa  85.1  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0697869 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4617  ATP-dependent DNA ligase  56.82 
 
 		 622 aa  85.1  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.656205  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1721  pseudouridine synthase, RluD  29.69 
 
 		 346 aa  85.1  0.000000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2380  pseudouridine synthase  29.92 
 
 		 238 aa  85.1  0.000000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0555647  normal  0.85539 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1988  pseudouridylate synthase  26.37 
 
 		 330 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00771455  normal  0.0114075 
 
 
-
 
NC_009370  OSTLU_28023  predicted protein  30.21 
 
 		 321 aa  84.7  0.000000000000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0291  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  42.72 
 
 		 348 aa  84.3  0.000000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.503835  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  23.93 
 
 		 305 aa  84.7  0.000000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1430  pseudouridine synthase  29.51 
 
 		 223 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2875  RluA family pseudouridine synthase  27.99 
 
 		 369 aa  84.3  0.000000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.767163 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2767  RluA family pseudouridine synthase  43.08 
 
 		 330 aa  84.7  0.000000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.901259 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2390  pseudouridine synthase, RluA family  35.67 
 
 		 302 aa  83.6  0.000000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.837448  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.29 
 
 		 296 aa  84  0.000000000000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2822  RluA family pseudouridine synthase  37.31 
 
 		 329 aa  83.6  0.000000000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000591979  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1955  tRNA pseudouridine synthase C  29.7 
 
 		 246 aa  83.6  0.000000000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0419985 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1100  pseudouridine synthase, RluA family  23.77 
 
 		 297 aa  83.2  0.000000000000005  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1745  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  39.13 
 
 		 346 aa  83.2  0.000000000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3150  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  31.99 
 
 		 239 aa  83.2  0.000000000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0942685  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0738  pseudouridine synthase  28.68 
 
 		 225 aa  82.8  0.000000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0390511  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0303  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  26.57 
 
 		 308 aa  82.8  0.000000000000006  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.00443703  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3230  RluA family pseudouridine synthase  25.45 
 
 		 320 aa  82.8  0.000000000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0565  RluA family pseudouridine synthase  28.07 
 
 		 306 aa  82.8  0.000000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.789528  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4953  pseudouridine synthase, RluA family  30.38 
 
 		 369 aa  82.8  0.000000000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.93 
 
 		 300 aa  82.4  0.000000000000008  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1413  pseudouridine synthase, RluA family  24.09 
 
 		 293 aa  82.4  0.000000000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0119542  n/a   
 
 
-
 
NC_011688  PHATRDRAFT_15666  predicted protein  28.57 
 
 		 235 aa  82.4  0.000000000000009  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2093  pseudouridine synthase  26.52 
 
 		 260 aa  82  0.00000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000796384  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1382  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  34.9 
 
 		 307 aa  81.6  0.00000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.53631 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1304  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  34.9 
 
 		 307 aa  81.6  0.00000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2250  pseudouridine synthase  26.1 
 
 		 238 aa  81.6  0.00000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.211123  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2505  RluA family pseudouridine synthase  38.26 
 
 		 346 aa  82  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1377  pseudouridylate synthase  29.1 
 
 		 223 aa  81.6  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000802724 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>