More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PHATRDRAFT_15666 on replicon NC_011688
Organism: Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011688  PHATRDRAFT_15666  predicted protein  100 
 
 		 235 aa  487  1e-137  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_10284  predicted protein  39.2 
 
 		 175 aa  142  3e-33  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.61976  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0569  putative RNA pseudouridylate synthase  37.82 
 
 		 561 aa  139  3e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2896  pseudouridine synthase  34.73 
 
 		 218 aa  138  8.999999999999999e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.76004  hitchhiker  0.00773647 
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_11041  predicted protein  35.71 
 
 		 240 aa  135  7.000000000000001e-31  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1430  pseudouridine synthase  35.15 
 
 		 223 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1566  pseudouridine synthase  35.56 
 
 		 223 aa  133  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.232461  hitchhiker  0.00000912019 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2791  pseudouridine synthase  35.98 
 
 		 223 aa  133  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1377  pseudouridylate synthase  34.73 
 
 		 223 aa  133  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000802724 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2886  pseudouridine synthase  35.56 
 
 		 223 aa  132  3e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.315212  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2811  pseudouridine synthase  35.56 
 
 		 223 aa  133  3e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0225697  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2488  pseudouridylate synthase  37.24 
 
 		 223 aa  133  3e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.177305  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0066  pseudouridine synthase  38.14 
 
 		 217 aa  132  6e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.22289  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2893  pseudouridine synthase  36.71 
 
 		 212 aa  130  1.0000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1442  pseudouridylate synthase  34.73 
 
 		 223 aa  130  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.81175  normal  0.0720615 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1751  pseudouridine synthase  34.47 
 
 		 219 aa  130  3e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0485075  normal  0.0112767 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1515  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  37.34 
 
 		 221 aa  128  6e-29  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00972645  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3706  pseudouridine synthase  36.29 
 
 		 225 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.143352  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0035  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  36.86 
 
 		 221 aa  127  2.0000000000000002e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2197  pseudouridylate synthase  33.87 
 
 		 224 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.111417 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3515  pseudouridine synthase  36.97 
 
 		 225 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.18243 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3583  pseudouridine synthase  36.29 
 
 		 225 aa  126  3e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0733  pseudouridine synthase  36.29 
 
 		 225 aa  126  3e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  36.29 
 
 		 225 aa  125  4.0000000000000003e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000100067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0834  pseudouridylate synthase  35.86 
 
 		 226 aa  125  6e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35140  Pseudouridylate synthase RluA  37.5 
 
 		 211 aa  125  6e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.484686  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3568  pseudouridine synthase  35.56 
 
 		 206 aa  125  7e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0161869  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0767  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  35.56 
 
 		 206 aa  125  7e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000401131  normal  0.046253 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3439  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  35.56 
 
 		 206 aa  125  7e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000744972  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0799  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  35.86 
 
 		 225 aa  125  7e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.603428  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3139  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  36.29 
 
 		 225 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1096  pseudouridylate synthase  34.78 
 
 		 232 aa  124  1e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0917  pseudouridine synthase  34.73 
 
 		 225 aa  124  1e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1467  pseudouridine synthase  34.47 
 
 		 217 aa  124  1e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1276  pseudouridine synthase  34.84 
 
 		 233 aa  124  1e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.220673  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0607  pseudouridine synthase  34.85 
 
 		 217 aa  123  2e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.189271  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2989  pseudouridine synthase  35.37 
 
 		 548 aa  123  2e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0821  pseudouridylate synthase  34.17 
 
 		 225 aa  123  2e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0454843 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1281  pseudouridine synthase  35.98 
 
 		 211 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.147193  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3630  pseudouridine synthase  36.1 
 
 		 217 aa  123  2e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.146108  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0729  pseudouridine synthase  35.95 
 
 		 216 aa  123  2e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000455311  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1323  pseudouridine synthase  34.73 
 
 		 211 aa  123  3e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1592  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  35.51 
 
 		 212 aa  122  5e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3827  pseudouridine synthase  36.1 
 
 		 217 aa  122  5e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3988  pseudouridine synthase  34.31 
 
 		 211 aa  122  7e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.716973 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0738  pseudouridine synthase  35.42 
 
 		 225 aa  122  7e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0390511  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1692  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  35 
 
 		 211 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.251616  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0568  pseudouridine synthase  35.15 
 
 		 217 aa  121  9.999999999999999e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.494043  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1014  pseudouridine synthase  35.53 
 
 		 229 aa  119  3e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0783  pseudouridylate synthase  34.48 
 
 		 225 aa  119  3.9999999999999996e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.202814  hitchhiker  0.00996609 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0072  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  33.61 
 
 		 217 aa  119  4.9999999999999996e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3541  pseudouridine synthase  34.85 
 
 		 219 aa  118  7.999999999999999e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000465216  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00060  pseudouridine synthase for 23S rRNA (position 746) and tRNAphe(position 32)  34.44 
 
 		 219 aa  117  9.999999999999999e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00103207  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1232  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  33.75 
 
 		 211 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.3197  normal  0.341718 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0062  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  34.44 
 
 		 219 aa  117  9.999999999999999e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000519589  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3940  pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 232 aa  118  9.999999999999999e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3599  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  34.44 
 
 		 219 aa  117  9.999999999999999e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0199705  unclonable  0.0000000150238 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00059  hypothetical protein  34.44 
 
 		 219 aa  117  9.999999999999999e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00251996  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3106  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  33.19 
 
 		 219 aa  117  9.999999999999999e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.774477  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0060  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  34.44 
 
 		 219 aa  117  9.999999999999999e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000157754  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4330  pseudouridine synthase  34.44 
 
 		 245 aa  117  9.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0697869 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0060  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  34.44 
 
 		 219 aa  117  9.999999999999999e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000000246696  normal  0.920561 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0791  pseudouridine synthase  34.76 
 
 		 204 aa  117  9.999999999999999e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00896147  normal  0.0723816 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3067  pseudouridine synthase  35.56 
 
 		 256 aa  118  9.999999999999999e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0050  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  35.12 
 
 		 219 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000437271  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0063  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  34.02 
 
 		 219 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0156615  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1610  pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 211 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00911925  normal  0.237577 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1879  pseudouridine synthase RluA  35.42 
 
 		 211 aa  116  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0570  putative RNA pseudouridylate synthase  34.45 
 
 		 561 aa  117  1.9999999999999998e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2804  pseudouridylate synthase  33.76 
 
 		 215 aa  117  1.9999999999999998e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.257511  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2195  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  34.6 
 
 		 213 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.372254 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  34.58 
 
 		 214 aa  116  3e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2328  pseudouridine synthase  33.89 
 
 		 567 aa  116  3e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0886  pseudouridine synthase  34.87 
 
 		 579 aa  116  3e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2250  pseudouridine synthase  33.75 
 
 		 238 aa  115  5e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.211123  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3303  pseudouridine synthase  34.02 
 
 		 244 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3875  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  33.33 
 
 		 211 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0462638  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0655  pseudouridine synthase  34.48 
 
 		 241 aa  115  6.9999999999999995e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.10472  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3831  pseudouridylate synthase  36.25 
 
 		 218 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22000  pseudouridine synthase RluA  35 
 
 		 211 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.921344  hitchhiker  0.0000000000442265 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4402  pseudouridine synthase  35.29 
 
 		 570 aa  114  1.0000000000000001e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4154  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  33.05 
 
 		 218 aa  114  1.0000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229307  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0605  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  34.85 
 
 		 217 aa  114  1.0000000000000001e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000834833  normal  0.555438 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2529  pseudouridine synthase  35.56 
 
 		 578 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1460  pseudouridine synthase  32.34 
 
 		 217 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2308  pseudouridine synthase  33.47 
 
 		 237 aa  113  2.0000000000000002e-24  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000393862  normal  0.0433307 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0492  pseudouridine synthase, RluA family  33.91 
 
 		 325 aa  112  3e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113875 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2380  pseudouridine synthase  32.77 
 
 		 238 aa  113  3e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0555647  normal  0.85539 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1675  pseudouridine synthase  34.47 
 
 		 234 aa  112  4.0000000000000004e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3399  pseudouridine synthase  33.2 
 
 		 245 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2093  pseudouridine synthase  32.49 
 
 		 260 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000796384  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4024  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  34.03 
 
 		 217 aa  112  5e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002394  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  34.96 
 
 		 250 aa  112  6e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0515  pseudouridylate synthase  33.33 
 
 		 225 aa  112  6e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1053  pseudouridine synthase  32.79 
 
 		 244 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.158533  hitchhiker  0.0000197911 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0101  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  34.17 
 
 		 219 aa  112  7.000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00188355  normal  0.0335495 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03674  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  34.38 
 
 		 250 aa  111  8.000000000000001e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0102  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  34.17 
 
 		 219 aa  111  9e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.108549  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0105  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  34.17 
 
 		 219 aa  111  9e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000472444  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0100  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  34.17 
 
 		 219 aa  111  9e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0729931  normal  0.810633 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>