More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_0035 on replicon NC_009456
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009456  VC0395_0035  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  100 
 
 
221 aa  459  9.999999999999999e-129  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3017  pseudouridine synthase  60.18 
 
 
572 aa  288  6e-77  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000939  pseudouridylate synthase LSU rRNA-specific  59.82 
 
 
559 aa  285  5e-76  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00612543  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06934  ribosomal large chain pseudouridine synthase A  58.45 
 
 
523 aa  284  8e-76  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0886  pseudouridine synthase  60.18 
 
 
579 aa  282  3.0000000000000004e-75  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0988  pseudouridine synthase  62.83 
 
 
574 aa  278  4e-74  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0536  RNA pseudouridine synthase family protein  58.82 
 
 
567 aa  276  1e-73  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1058  pseudouridine synthase  60.96 
 
 
574 aa  276  2e-73  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1091  pseudouridine synthase  61.06 
 
 
574 aa  274  1.0000000000000001e-72  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.957867 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3301  pseudouridine synthase  61.5 
 
 
574 aa  273  1.0000000000000001e-72  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1000  pseudouridine synthase  60.62 
 
 
574 aa  272  4.0000000000000004e-72  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0569  putative RNA pseudouridylate synthase  58.82 
 
 
561 aa  271  4.0000000000000004e-72  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0570  putative RNA pseudouridylate synthase  56.62 
 
 
561 aa  271  6e-72  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0913  pseudouridine synthase  59.28 
 
 
566 aa  268  5.9999999999999995e-71  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000952399  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0688  pseudouridine synthase  56.89 
 
 
593 aa  266  1e-70  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.241992  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2529  pseudouridine synthase  56.56 
 
 
578 aa  265  4e-70  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2328  pseudouridine synthase  56.5 
 
 
567 aa  261  4.999999999999999e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4402  pseudouridine synthase  50.23 
 
 
570 aa  231  8.000000000000001e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00060  pseudouridine synthase for 23S rRNA (position 746) and tRNAphe(position 32)  48.4 
 
 
219 aa  188  5.999999999999999e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00103207  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00059  hypothetical protein  48.4 
 
 
219 aa  188  5.999999999999999e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00251996  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0060  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  48.4 
 
 
219 aa  188  5.999999999999999e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000000246696  normal  0.920561 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0060  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  48.4 
 
 
219 aa  188  5.999999999999999e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000157754  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0062  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  48.4 
 
 
219 aa  188  5.999999999999999e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000519589  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3599  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  48.4 
 
 
219 aa  188  5.999999999999999e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0199705  unclonable  0.0000000150238 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3541  pseudouridine synthase  47.95 
 
 
219 aa  187  8e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000465216  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0063  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  47.95 
 
 
219 aa  187  2e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0156615  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0050  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  47.95 
 
 
219 aa  185  4e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000437271  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0102  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  47.49 
 
 
219 aa  185  6e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.108549  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0105  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  47.49 
 
 
219 aa  185  6e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000472444  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0107  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  47.49 
 
 
219 aa  185  6e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000191196  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0101  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  47.49 
 
 
219 aa  184  7e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00188355  normal  0.0335495 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0100  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  47.49 
 
 
219 aa  184  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0729931  normal  0.810633 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0568  pseudouridine synthase  46.12 
 
 
217 aa  179  2.9999999999999997e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.494043  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2989  pseudouridine synthase  45.19 
 
 
548 aa  177  1e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0607  pseudouridine synthase  44.75 
 
 
217 aa  177  1e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.189271  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0605  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  46.12 
 
 
217 aa  177  1e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000834833  normal  0.555438 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0738  pseudouridine synthase  45.66 
 
 
225 aa  176  2e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0390511  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1675  pseudouridine synthase  44.55 
 
 
234 aa  176  2e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  44.7 
 
 
214 aa  175  5e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3630  pseudouridine synthase  44.29 
 
 
217 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.146108  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3827  pseudouridine synthase  44.29 
 
 
217 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2914  pseudouridine synthase  41.63 
 
 
551 aa  172  2.9999999999999996e-42  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2197  pseudouridylate synthase  43.32 
 
 
224 aa  172  2.9999999999999996e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.111417 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3182  pseudouridine synthase  41.63 
 
 
551 aa  172  5e-42  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.186572  normal  0.110581 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4154  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  45.71 
 
 
218 aa  170  1e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229307  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3439  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  44.81 
 
 
206 aa  170  1e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000744972  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0767  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  44.81 
 
 
206 aa  170  1e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000401131  normal  0.046253 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3568  pseudouridine synthase  44.81 
 
 
206 aa  170  1e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0161869  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0353  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  45.37 
 
 
244 aa  169  4e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0799  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  44.34 
 
 
225 aa  168  5e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.603428  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0917  pseudouridine synthase  41.44 
 
 
225 aa  167  9e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0072  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  43.81 
 
 
217 aa  167  9e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  44.34 
 
 
225 aa  167  9e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000100067  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2087  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  43.58 
 
 
245 aa  167  1e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000349962  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1515  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  45.75 
 
 
221 aa  167  1e-40  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00972645  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3138  pseudouridine synthase  45.24 
 
 
549 aa  166  2.9999999999999998e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0729  pseudouridine synthase  44.29 
 
 
216 aa  166  2.9999999999999998e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000455311  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3139  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  43.87 
 
 
225 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1630  pseudouridylate synthase  40.18 
 
 
223 aa  165  5.9999999999999996e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.427552  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0606  pseudouridylate synthase  43.18 
 
 
225 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.134681 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0834  pseudouridylate synthase  43.4 
 
 
226 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3706  pseudouridine synthase  43.4 
 
 
225 aa  162  3e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.143352  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2909  pseudouridine synthase  44.29 
 
 
215 aa  162  4.0000000000000004e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.290818 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3831  pseudouridylate synthase  43.13 
 
 
218 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0793  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  39.64 
 
 
223 aa  161  6e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0072267 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4024  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  43.81 
 
 
217 aa  161  8.000000000000001e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3515  pseudouridine synthase  42.92 
 
 
225 aa  161  9e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.18243 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0821  pseudouridylate synthase  42.01 
 
 
225 aa  160  1e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0454843 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3583  pseudouridine synthase  42.92 
 
 
225 aa  160  1e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0733  pseudouridine synthase  42.92 
 
 
225 aa  160  1e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0791  pseudouridine synthase  45.93 
 
 
204 aa  159  4e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00896147  normal  0.0723816 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0783  pseudouridylate synthase  44.08 
 
 
225 aa  159  4e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.202814  hitchhiker  0.00996609 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2893  pseudouridine synthase  43.33 
 
 
212 aa  158  8e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03700  pseudouridylate synthase for 23S rRNA (position 746) and tRNAphe(position 32), dual specificity  41.05 
 
 
238 aa  157  1e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2804  pseudouridylate synthase  44.71 
 
 
215 aa  157  1e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.257511  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03674  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  42.15 
 
 
250 aa  157  2e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3048  pseudouridylate synthase  43.4 
 
 
225 aa  156  2e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0515  pseudouridylate synthase  41.63 
 
 
225 aa  156  3e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1506  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  42.86 
 
 
215 aa  155  6e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0155  pseudouridine synthase  42.86 
 
 
215 aa  155  6e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.62363 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1467  pseudouridine synthase  42.93 
 
 
217 aa  154  1e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1374  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.44 
 
 
543 aa  154  1e-36  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.302563 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1460  pseudouridine synthase  41.95 
 
 
217 aa  153  2e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3067  pseudouridine synthase  42.93 
 
 
256 aa  153  2e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002394  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  41.7 
 
 
250 aa  152  5e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2488  pseudouridylate synthase  39.72 
 
 
223 aa  151  8.999999999999999e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.177305  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1751  pseudouridine synthase  40.49 
 
 
219 aa  150  1e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0485075  normal  0.0112767 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2195  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  40.55 
 
 
213 aa  150  2e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.372254 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2896  pseudouridine synthase  40 
 
 
218 aa  150  2e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.76004  hitchhiker  0.00773647 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3001  pseudouridine synthase  40.62 
 
 
219 aa  149  5e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3106  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  40.57 
 
 
219 aa  148  6e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.774477  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0567  pseudouridine synthase  41.51 
 
 
222 aa  147  1.0000000000000001e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0655  pseudouridine synthase  41.09 
 
 
241 aa  145  3e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.10472  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4520  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  40.54 
 
 
227 aa  145  6e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1047  pseudouridine synthase  41.71 
 
 
222 aa  145  6e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.703498  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2250  pseudouridine synthase  38.77 
 
 
238 aa  143  2e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.211123  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2706  pseudouridine synthase  40.49 
 
 
217 aa  143  2e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0399435  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2886  pseudouridine synthase  38.79 
 
 
223 aa  142  3e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.315212  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2192  pseudouridine synthase  39.29 
 
 
226 aa  142  3e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1566  pseudouridine synthase  38.79 
 
 
223 aa  142  4e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.232461  hitchhiker  0.00000912019 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>