More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_4402 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_4402  pseudouridine synthase  100 
 
 		 570 aa  1193    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2529  pseudouridine synthase  48.92 
 
 		 578 aa  552  1e-156  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3017  pseudouridine synthase  49.02 
 
 		 572 aa  548  1e-154  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0913  pseudouridine synthase  50.45 
 
 		 566 aa  547  1e-154  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000952399  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1091  pseudouridine synthase  48.14 
 
 		 574 aa  544  1e-153  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.957867 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2328  pseudouridine synthase  49.47 
 
 		 567 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1058  pseudouridine synthase  48.32 
 
 		 574 aa  538  1e-151  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3301  pseudouridine synthase  47.79 
 
 		 574 aa  535  1e-151  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0886  pseudouridine synthase  47.4 
 
 		 579 aa  537  1e-151  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1000  pseudouridine synthase  48.02 
 
 		 574 aa  536  1e-151  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0988  pseudouridine synthase  47.96 
 
 		 574 aa  534  1e-150  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000939  pseudouridylate synthase LSU rRNA-specific  47.6 
 
 		 559 aa  530  1e-149  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00612543  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0570  putative RNA pseudouridylate synthase  47.38 
 
 		 561 aa  530  1e-149  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0688  pseudouridine synthase  48.29 
 
 		 593 aa  528  1e-149  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.241992  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06934  ribosomal large chain pseudouridine synthase A  47.14 
 
 		 523 aa  504  1e-141  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0536  RNA pseudouridine synthase family protein  44.22 
 
 		 567 aa  490  1e-137  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0569  putative RNA pseudouridylate synthase  42.2 
 
 		 561 aa  446  1.0000000000000001e-124  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3182  pseudouridine synthase  37.9 
 
 		 551 aa  320  5e-86  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.186572  normal  0.110581 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2914  pseudouridine synthase  37.7 
 
 		 551 aa  317  3e-85  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2989  pseudouridine synthase  35.79 
 
 		 548 aa  307  4.0000000000000004e-82  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3138  pseudouridine synthase  34.9 
 
 		 549 aa  267  2.9999999999999995e-70  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1374  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.13 
 
 		 543 aa  245  9.999999999999999e-64  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.302563 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0035  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  50.23 
 
 		 221 aa  231  3e-59  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0567  pseudouridine synthase  45.62 
 
 		 222 aa  177  6e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1515  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  44.08 
 
 		 221 aa  172  2e-41  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00972645  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2087  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  43.33 
 
 		 245 aa  171  5e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000349962  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0515  pseudouridylate synthase  42.73 
 
 		 225 aa  167  5e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03700  pseudouridylate synthase for 23S rRNA (position 746) and tRNAphe(position 32), dual specificity  42.53 
 
 		 238 aa  167  5.9999999999999996e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1630  pseudouridylate synthase  41.51 
 
 		 223 aa  166  8e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.427552  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3831  pseudouridylate synthase  42.13 
 
 		 218 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4520  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  44.19 
 
 		 227 aa  165  2.0000000000000002e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0793  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  39.47 
 
 		 223 aa  164  3e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0072267 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03674  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  42.79 
 
 		 250 aa  164  5.0000000000000005e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4154  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  43.98 
 
 		 218 aa  162  1e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229307  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3139  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  42.59 
 
 		 225 aa  162  1e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0655  pseudouridine synthase  38.83 
 
 		 241 aa  161  2e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.10472  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0353  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  41.9 
 
 		 244 aa  161  2e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002394  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  41.89 
 
 		 250 aa  161  2e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3515  pseudouridine synthase  42.13 
 
 		 225 aa  161  3e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.18243 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0799  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  41.67 
 
 		 225 aa  161  3e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.603428  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  42.13 
 
 		 225 aa  160  4e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000100067  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0791  pseudouridine synthase  43.63 
 
 		 204 aa  160  5e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00896147  normal  0.0723816 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0733  pseudouridine synthase  42.13 
 
 		 225 aa  160  6e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3583  pseudouridine synthase  42.13 
 
 		 225 aa  160  6e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00060  pseudouridine synthase for 23S rRNA (position 746) and tRNAphe(position 32)  44.34 
 
 		 219 aa  159  1e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00103207  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2250  pseudouridine synthase  37.66 
 
 		 238 aa  159  1e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.211123  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0060  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  44.34 
 
 		 219 aa  159  1e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000157754  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00059  hypothetical protein  44.34 
 
 		 219 aa  159  1e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00251996  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0062  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  44.34 
 
 		 219 aa  159  1e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000519589  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3599  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  44.34 
 
 		 219 aa  159  1e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0199705  unclonable  0.0000000150238 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0060  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  44.34 
 
 		 219 aa  159  1e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000000246696  normal  0.920561 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3541  pseudouridine synthase  43.87 
 
 		 219 aa  158  2e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000465216  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3630  pseudouridine synthase  43.32 
 
 		 217 aa  158  2e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.146108  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3706  pseudouridine synthase  41.67 
 
 		 225 aa  159  2e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.143352  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22000  pseudouridine synthase RluA  39.91 
 
 		 211 aa  159  2e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.921344  hitchhiker  0.0000000000442265 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1675  pseudouridine synthase  42.47 
 
 		 234 aa  158  3e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0783  pseudouridylate synthase  40.74 
 
 		 225 aa  157  4e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.202814  hitchhiker  0.00996609 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0729  pseudouridine synthase  43.26 
 
 		 216 aa  157  4e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000455311  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0063  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  43.87 
 
 		 219 aa  157  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0156615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0050  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  44.34 
 
 		 219 aa  157  5.0000000000000005e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000437271  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3988  pseudouridine synthase  39.44 
 
 		 211 aa  157  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.716973 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0917  pseudouridine synthase  40.09 
 
 		 225 aa  157  6e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3827  pseudouridine synthase  43.12 
 
 		 217 aa  157  6e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1232  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  39.44 
 
 		 211 aa  157  6e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.3197  normal  0.341718 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0107  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  43.6 
 
 		 219 aa  156  8e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000191196  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0102  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  43.6 
 
 		 219 aa  156  8e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.108549  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0105  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  43.6 
 
 		 219 aa  156  8e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000472444  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0100  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  43.6 
 
 		 219 aa  156  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0729931  normal  0.810633 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1323  pseudouridine synthase  38.97 
 
 		 211 aa  156  1e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0605  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  44.55 
 
 		 217 aa  156  1e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000834833  normal  0.555438 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1281  pseudouridine synthase  39.44 
 
 		 211 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.147193  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0101  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  43.6 
 
 		 219 aa  156  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00188355  normal  0.0335495 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0767  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  43.06 
 
 		 206 aa  155  2e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000401131  normal  0.046253 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3568  pseudouridine synthase  43.06 
 
 		 206 aa  155  2e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0161869  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3439  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  43.06 
 
 		 206 aa  155  2e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000744972  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0607  pseudouridine synthase  42.65 
 
 		 217 aa  155  2e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.189271  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3875  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  39.91 
 
 		 211 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0462638  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  38.68 
 
 		 214 aa  154  4e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1692  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  40.38 
 
 		 211 aa  154  5e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.251616  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0821  pseudouridylate synthase  39.63 
 
 		 225 aa  154  5e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0454843 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0834  pseudouridylate synthase  40.74 
 
 		 226 aa  154  5e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0568  pseudouridine synthase  42.58 
 
 		 217 aa  154  5.9999999999999996e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.494043  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2804  pseudouridylate synthase  43.48 
 
 		 215 aa  154  5.9999999999999996e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.257511  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1879  pseudouridine synthase RluA  38.5 
 
 		 211 aa  152  1e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3001  pseudouridine synthase  39.45 
 
 		 219 aa  152  1e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35140  Pseudouridylate synthase RluA  39.44 
 
 		 211 aa  152  1e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.484686  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1592  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  39.81 
 
 		 212 aa  151  2e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3048  pseudouridylate synthase  41.2 
 
 		 225 aa  151  2e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0072  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  43.08 
 
 		 217 aa  152  2e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2197  pseudouridylate synthase  40.09 
 
 		 224 aa  152  2e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.111417 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1014  pseudouridine synthase  37.9 
 
 		 229 aa  151  3e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1467  pseudouridine synthase  39.15 
 
 		 217 aa  150  5e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0738  pseudouridine synthase  40.74 
 
 		 225 aa  150  5e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0390511  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0066  pseudouridine synthase  41.36 
 
 		 217 aa  150  5e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.22289  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0734  ribosomal large subunit pseudouridylate synthase  52.14 
 
 		 266 aa  150  5e-35  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2093  pseudouridine synthase  35.71 
 
 		 260 aa  150  7e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000796384  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1610  pseudouridine synthase  39.44 
 
 		 211 aa  150  7e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00911925  normal  0.237577 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4024  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  41.63 
 
 		 217 aa  149  1.0000000000000001e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3067  pseudouridine synthase  40.37 
 
 		 256 aa  148  3e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2909  pseudouridine synthase  40.67 
 
 		 215 aa  148  3e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.290818 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>