More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spro_3940 on replicon NC_009832
Organism: Serratia proteamaculans 568



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009832  Spro_3940  pseudouridine synthase  100 
 
 		 232 aa  476  1e-133  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1096  pseudouridylate synthase  86.21 
 
 		 232 aa  415  9.999999999999999e-116  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2093  pseudouridine synthase  58.33 
 
 		 260 aa  274  7e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000796384  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2250  pseudouridine synthase  58.72 
 
 		 238 aa  274  7e-73  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.211123  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1014  pseudouridine synthase  58.87 
 
 		 229 aa  266  1e-70  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3001  pseudouridine synthase  59.56 
 
 		 219 aa  257  1e-67  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2938  pseudouridine synthase  57.94 
 
 		 236 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3524  pseudouridine synthase  55.19 
 
 		 245 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2380  pseudouridine synthase  53.62 
 
 		 238 aa  252  3e-66  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0555647  normal  0.85539 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3399  pseudouridine synthase  55.19 
 
 		 245 aa  252  4.0000000000000004e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1053  pseudouridine synthase  55.19 
 
 		 244 aa  251  7e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.158533  hitchhiker  0.0000197911 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3303  pseudouridine synthase  55.19 
 
 		 244 aa  251  8.000000000000001e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1630  pseudouridylate synthase  53.02 
 
 		 223 aa  240  1e-62  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.427552  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03674  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  43.06 
 
 		 250 aa  172  2.9999999999999996e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3827  pseudouridine synthase  42.52 
 
 		 217 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2896  pseudouridine synthase  40.99 
 
 		 218 aa  164  9e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.76004  hitchhiker  0.00773647 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0607  pseudouridine synthase  41.59 
 
 		 217 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.189271  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3630  pseudouridine synthase  42.06 
 
 		 217 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.146108  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0729  pseudouridine synthase  42.72 
 
 		 216 aa  162  3e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000455311  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0568  pseudouridine synthase  41.59 
 
 		 217 aa  162  3e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.494043  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1377  pseudouridylate synthase  42.22 
 
 		 223 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000802724 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2197  pseudouridylate synthase  41.59 
 
 		 224 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.111417 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0783  pseudouridylate synthase  37 
 
 		 225 aa  161  7e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.202814  hitchhiker  0.00996609 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3706  pseudouridine synthase  37.99 
 
 		 225 aa  160  1e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.143352  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0738  pseudouridine synthase  36.68 
 
 		 225 aa  161  1e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0390511  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0834  pseudouridylate synthase  38.43 
 
 		 226 aa  161  1e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1442  pseudouridylate synthase  41.78 
 
 		 223 aa  160  2e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.81175  normal  0.0720615 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3583  pseudouridine synthase  39.17 
 
 		 225 aa  159  3e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0733  pseudouridine synthase  39.17 
 
 		 225 aa  159  3e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2488  pseudouridylate synthase  41.78 
 
 		 223 aa  159  3e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.177305  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  36.68 
 
 		 225 aa  159  3e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000100067  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1430  pseudouridine synthase  41.78 
 
 		 223 aa  159  3e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2195  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  40.99 
 
 		 213 aa  159  4e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.372254 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3515  pseudouridine synthase  39.17 
 
 		 225 aa  159  4e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.18243 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1515  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  38.89 
 
 		 221 aa  159  5e-38  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00972645  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0767  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  43.5 
 
 		 206 aa  158  6e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000401131  normal  0.046253 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3439  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  43.5 
 
 		 206 aa  158  6e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000744972  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3568  pseudouridine synthase  43.5 
 
 		 206 aa  158  6e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0161869  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3139  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  36.68 
 
 		 225 aa  158  6e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3048  pseudouridylate synthase  38.81 
 
 		 225 aa  158  9e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1675  pseudouridine synthase  40.18 
 
 		 234 aa  157  1e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0353  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  41.06 
 
 		 244 aa  157  1e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4330  pseudouridine synthase  40.91 
 
 		 245 aa  157  1e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0697869 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2886  pseudouridine synthase  41.33 
 
 		 223 aa  157  2e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.315212  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1566  pseudouridine synthase  41.33 
 
 		 223 aa  157  2e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.232461  hitchhiker  0.00000912019 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002394  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  39.44 
 
 		 250 aa  157  2e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0913  pseudouridine synthase  48.15 
 
 		 566 aa  157  2e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000952399  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1460  pseudouridine synthase  41.89 
 
 		 217 aa  157  2e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2791  pseudouridine synthase  41.78 
 
 		 223 aa  156  3e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2811  pseudouridine synthase  41.33 
 
 		 223 aa  155  4e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0225697  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1751  pseudouridine synthase  40.81 
 
 		 219 aa  155  5.0000000000000005e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0485075  normal  0.0112767 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2087  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  39.72 
 
 		 245 aa  155  6e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000349962  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0886  pseudouridine synthase  46.12 
 
 		 579 aa  155  7e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0917  pseudouridine synthase  36.12 
 
 		 225 aa  154  8e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0799  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  36.99 
 
 		 225 aa  154  1e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.603428  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2328  pseudouridine synthase  43.32 
 
 		 567 aa  153  2e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2989  pseudouridine synthase  40.62 
 
 		 548 aa  153  2e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  40.17 
 
 		 214 aa  152  2.9999999999999998e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0688  pseudouridine synthase  44.64 
 
 		 593 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.241992  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0821  pseudouridylate synthase  36.12 
 
 		 225 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0454843 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3831  pseudouridylate synthase  36.77 
 
 		 218 aa  151  7e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0569  putative RNA pseudouridylate synthase  39.64 
 
 		 561 aa  150  1e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00060  pseudouridine synthase for 23S rRNA (position 746) and tRNAphe(position 32)  40.38 
 
 		 219 aa  150  2e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00103207  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3541  pseudouridine synthase  40.87 
 
 		 219 aa  150  2e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000465216  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0062  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  40.38 
 
 		 219 aa  150  2e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000519589  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0060  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  40.38 
 
 		 219 aa  150  2e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000000246696  normal  0.920561 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0060  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  40.38 
 
 		 219 aa  150  2e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000157754  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3599  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  40.38 
 
 		 219 aa  150  2e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0199705  unclonable  0.0000000150238 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00059  hypothetical protein  40.38 
 
 		 219 aa  150  2e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00251996  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2909  pseudouridine synthase  39.63 
 
 		 215 aa  149  3e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.290818 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0050  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  40.38 
 
 		 219 aa  148  6e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000437271  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0063  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  39.9 
 
 		 219 aa  148  6e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0156615  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1592  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  37.84 
 
 		 212 aa  148  8e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0567  pseudouridine synthase  36.77 
 
 		 222 aa  148  9e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3182  pseudouridine synthase  39.01 
 
 		 551 aa  147  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.186572  normal  0.110581 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0072  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  40.99 
 
 		 217 aa  147  1.0000000000000001e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0102  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  40.38 
 
 		 219 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.108549  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06934  ribosomal large chain pseudouridine synthase A  42.52 
 
 		 523 aa  147  2.0000000000000003e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0101  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  40.38 
 
 		 219 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00188355  normal  0.0335495 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0105  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  40.38 
 
 		 219 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000472444  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1467  pseudouridine synthase  40.54 
 
 		 217 aa  146  2.0000000000000003e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0100  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  40.38 
 
 		 219 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0729931  normal  0.810633 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000939  pseudouridylate synthase LSU rRNA-specific  42.99 
 
 		 559 aa  147  2.0000000000000003e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00612543  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2524  pseudouridylate synthase  38.74 
 
 		 230 aa  146  2.0000000000000003e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.349394  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0107  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  40.38 
 
 		 219 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000191196  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4520  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  36.75 
 
 		 227 aa  146  3e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0570  putative RNA pseudouridylate synthase  41.07 
 
 		 561 aa  146  3e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1506  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  38.71 
 
 		 215 aa  145  4.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2529  pseudouridine synthase  42.73 
 
 		 578 aa  145  4.0000000000000006e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0155  pseudouridine synthase  38.71 
 
 		 215 aa  145  4.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.62363 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1736  pseudouridine synthase  38.67 
 
 		 222 aa  145  5e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.175202  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2914  pseudouridine synthase  38.57 
 
 		 551 aa  145  5e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4154  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  39.19 
 
 		 218 aa  144  1e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229307  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4024  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  41.4 
 
 		 217 aa  144  1e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0515  pseudouridylate synthase  35.84 
 
 		 225 aa  144  1e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1047  pseudouridine synthase  40.44 
 
 		 222 aa  144  1e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.703498  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1933  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  38.22 
 
 		 222 aa  144  1e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.640885  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0791  pseudouridine synthase  39.81 
 
 		 204 aa  143  2e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00896147  normal  0.0723816 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3106  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  40.19 
 
 		 219 aa  143  3e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.774477  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0605  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  39.42 
 
 		 217 aa  142  3e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000834833  normal  0.555438 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>