More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3001 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_3001  pseudouridine synthase  100 
 
 		 219 aa  454  1e-127  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3399  pseudouridine synthase  63.79 
 
 		 245 aa  301  5.000000000000001e-81  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3524  pseudouridine synthase  63.79 
 
 		 245 aa  300  9e-81  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2938  pseudouridine synthase  66.07 
 
 		 236 aa  299  2e-80  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3303  pseudouridine synthase  64.07 
 
 		 244 aa  298  3e-80  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1053  pseudouridine synthase  63.36 
 
 		 244 aa  298  3e-80  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.158533  hitchhiker  0.0000197911 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2250  pseudouridine synthase  60.61 
 
 		 238 aa  286  2e-76  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.211123  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1630  pseudouridylate synthase  62.04 
 
 		 223 aa  281  5.000000000000001e-75  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.427552  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2093  pseudouridine synthase  56.78 
 
 		 260 aa  267  1e-70  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000796384  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2380  pseudouridine synthase  55.84 
 
 		 238 aa  264  8e-70  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0555647  normal  0.85539 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1014  pseudouridine synthase  60.37 
 
 		 229 aa  262  3e-69  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3940  pseudouridine synthase  59.56 
 
 		 232 aa  257  1e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1096  pseudouridylate synthase  58.22 
 
 		 232 aa  255  4e-67  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3831  pseudouridylate synthase  44.39 
 
 		 218 aa  203  2e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3568  pseudouridine synthase  48.29 
 
 		 206 aa  201  9.999999999999999e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0161869  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0767  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  48.29 
 
 		 206 aa  201  9.999999999999999e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000401131  normal  0.046253 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3439  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  48.29 
 
 		 206 aa  201  9.999999999999999e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000744972  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3827  pseudouridine synthase  45.54 
 
 		 217 aa  201  9.999999999999999e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3630  pseudouridine synthase  45.54 
 
 		 217 aa  199  1.9999999999999998e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.146108  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0917  pseudouridine synthase  42.27 
 
 		 225 aa  198  7e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0783  pseudouridylate synthase  43.18 
 
 		 225 aa  195  5.000000000000001e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.202814  hitchhiker  0.00996609 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0738  pseudouridine synthase  42.27 
 
 		 225 aa  195  5.000000000000001e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0390511  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0607  pseudouridine synthase  44.6 
 
 		 217 aa  194  8.000000000000001e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.189271  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3541  pseudouridine synthase  44.13 
 
 		 219 aa  193  1e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000465216  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0568  pseudouridine synthase  44.13 
 
 		 217 aa  194  1e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.494043  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00060  pseudouridine synthase for 23S rRNA (position 746) and tRNAphe(position 32)  43.66 
 
 		 219 aa  193  2e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00103207  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0060  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  43.66 
 
 		 219 aa  193  2e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000000246696  normal  0.920561 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0050  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  43.66 
 
 		 219 aa  193  2e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000437271  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00059  hypothetical protein  43.66 
 
 		 219 aa  193  2e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00251996  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0062  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  43.66 
 
 		 219 aa  193  2e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000519589  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0060  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  43.66 
 
 		 219 aa  193  2e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000157754  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0729  pseudouridine synthase  48.24 
 
 		 216 aa  193  2e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000455311  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3599  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  43.66 
 
 		 219 aa  193  2e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0199705  unclonable  0.0000000150238 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0063  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  43.19 
 
 		 219 aa  191  8e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0156615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03674  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  44.33 
 
 		 250 aa  189  4e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0100  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  42.72 
 
 		 219 aa  187  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0729931  normal  0.810633 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0102  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  42.72 
 
 		 219 aa  187  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.108549  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0101  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  42.72 
 
 		 219 aa  187  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00188355  normal  0.0335495 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0105  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  42.72 
 
 		 219 aa  187  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000472444  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0107  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  42.72 
 
 		 219 aa  187  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000191196  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0821  pseudouridylate synthase  39.55 
 
 		 225 aa  186  2e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0454843 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03700  pseudouridylate synthase for 23S rRNA (position 746) and tRNAphe(position 32), dual specificity  44.44 
 
 		 238 aa  184  1.0000000000000001e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2896  pseudouridine synthase  46.01 
 
 		 218 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.76004  hitchhiker  0.00773647 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0567  pseudouridine synthase  40.72 
 
 		 222 aa  184  1.0000000000000001e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0605  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  42.72 
 
 		 217 aa  184  1.0000000000000001e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000834833  normal  0.555438 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0353  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  43.19 
 
 		 244 aa  182  4.0000000000000006e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3706  pseudouridine synthase  41.36 
 
 		 225 aa  181  7e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.143352  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0834  pseudouridylate synthase  41.82 
 
 		 226 aa  181  9.000000000000001e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0733  pseudouridine synthase  41.36 
 
 		 225 aa  180  2e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3583  pseudouridine synthase  41.36 
 
 		 225 aa  180  2e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3515  pseudouridine synthase  41.36 
 
 		 225 aa  179  2e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.18243 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  40 
 
 		 225 aa  180  2e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000100067  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0606  pseudouridylate synthase  41.78 
 
 		 225 aa  179  2e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.134681 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4520  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  40.74 
 
 		 227 aa  179  2.9999999999999997e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1515  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  40.85 
 
 		 221 aa  179  2.9999999999999997e-44  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00972645  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3988  pseudouridine synthase  44.98 
 
 		 211 aa  178  4.999999999999999e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.716973 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002394  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  41.89 
 
 		 250 aa  178  4.999999999999999e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3139  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  40 
 
 		 225 aa  178  4.999999999999999e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1460  pseudouridine synthase  46.01 
 
 		 217 aa  177  8e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1323  pseudouridine synthase  44.5 
 
 		 211 aa  177  9e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0515  pseudouridylate synthase  40 
 
 		 225 aa  177  9e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3875  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  44.98 
 
 		 211 aa  175  5e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0462638  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1281  pseudouridine synthase  44.02 
 
 		 211 aa  175  6e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.147193  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2087  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  42.93 
 
 		 245 aa  174  6e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000349962  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  42.86 
 
 		 214 aa  175  6e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3048  pseudouridylate synthase  38.64 
 
 		 225 aa  175  6e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0799  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  39.09 
 
 		 225 aa  174  9e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.603428  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1751  pseudouridine synthase  45.07 
 
 		 219 aa  173  9.999999999999999e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0485075  normal  0.0112767 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1232  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  44.98 
 
 		 211 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.3197  normal  0.341718 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1692  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  44.02 
 
 		 211 aa  172  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.251616  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2195  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  41.86 
 
 		 213 aa  173  1.9999999999999998e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.372254 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1610  pseudouridine synthase  44.5 
 
 		 211 aa  170  1e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00911925  normal  0.237577 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2197  pseudouridylate synthase  43.84 
 
 		 224 aa  169  3e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.111417 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0793  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  38.32 
 
 		 223 aa  168  6e-41  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0072267 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2328  pseudouridine synthase  42.41 
 
 		 567 aa  167  2e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2192  pseudouridine synthase  37.56 
 
 		 226 aa  166  2e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22000  pseudouridine synthase RluA  42.38 
 
 		 211 aa  166  4e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.921344  hitchhiker  0.0000000000442265 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35140  Pseudouridylate synthase RluA  41.63 
 
 		 211 aa  165  5e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.484686  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0688  pseudouridine synthase  45.29 
 
 		 593 aa  165  5.9999999999999996e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.241992  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1879  pseudouridine synthase RluA  42.38 
 
 		 211 aa  163  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1675  pseudouridine synthase  40.38 
 
 		 234 aa  162  3e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2804  pseudouridylate synthase  40.37 
 
 		 215 aa  162  4.0000000000000004e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.257511  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0155  pseudouridine synthase  39.27 
 
 		 215 aa  161  6e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.62363 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0791  pseudouridine synthase  42.51 
 
 		 204 aa  161  6e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00896147  normal  0.0723816 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1506  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  39.27 
 
 		 215 aa  161  6e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  38.97 
 
 		 223 aa  161  8.000000000000001e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4154  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  40.64 
 
 		 218 aa  160  1e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229307  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1467  pseudouridine synthase  44.6 
 
 		 217 aa  160  1e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1047  pseudouridine synthase  39.44 
 
 		 222 aa  160  2e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.703498  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0658  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  40.28 
 
 		 211 aa  160  2e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0072  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  40.85 
 
 		 217 aa  157  9e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1377  pseudouridylate synthase  43.78 
 
 		 223 aa  157  1e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000802724 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4330  pseudouridine synthase  40 
 
 		 245 aa  157  1e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0697869 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2909  pseudouridine synthase  38.81 
 
 		 215 aa  157  2e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.290818 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0913  pseudouridine synthase  43.38 
 
 		 566 aa  157  2e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000952399  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3106  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  40.19 
 
 		 219 aa  157  2e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.774477  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1592  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  37.09 
 
 		 212 aa  156  3e-37  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2529  pseudouridine synthase  40.18 
 
 		 578 aa  156  3e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0886  pseudouridine synthase  41.89 
 
 		 579 aa  155  3e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0536  RNA pseudouridine synthase family protein  39.27 
 
 		 567 aa  155  5.0000000000000005e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>