More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0658 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_0658  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  100 
 
 		 211 aa  422  1e-117  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1276  pseudouridine synthase  67.46 
 
 		 233 aa  271  4.0000000000000004e-72  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.220673  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1592  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  64.79 
 
 		 212 aa  270  1e-71  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  65.26 
 
 		 223 aa  266  1e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2765  pseudouridine synthase  68.6 
 
 		 215 aa  263  1e-69  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.416224  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4330  pseudouridine synthase  64.19 
 
 		 245 aa  259  3e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0697869 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1933  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  63.51 
 
 		 222 aa  247  8e-65  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.640885  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1736  pseudouridine synthase  63.03 
 
 		 222 aa  244  6e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.175202  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3067  pseudouridine synthase  62.96 
 
 		 256 aa  243  9.999999999999999e-64  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2195  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  65.24 
 
 		 213 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.372254 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3150  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  61.93 
 
 		 239 aa  232  3e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0942685  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3654  pseudouridine synthase  59.26 
 
 		 225 aa  231  5e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.599678  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0791  pseudouridine synthase  57.28 
 
 		 204 aa  226  2e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00896147  normal  0.0723816 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4154  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  57.49 
 
 		 218 aa  224  8e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229307  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3831  pseudouridylate synthase  52.91 
 
 		 218 aa  212  2.9999999999999995e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0066  pseudouridine synthase  55.87 
 
 		 217 aa  209  4e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.22289  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  52.63 
 
 		 225 aa  208  6e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000100067  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00060  pseudouridine synthase for 23S rRNA (position 746) and tRNAphe(position 32)  52.91 
 
 		 219 aa  207  7e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00103207  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00059  hypothetical protein  52.91 
 
 		 219 aa  207  7e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00251996  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0062  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  52.91 
 
 		 219 aa  207  7e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000519589  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0060  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  52.91 
 
 		 219 aa  207  7e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000157754  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0060  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  52.91 
 
 		 219 aa  207  7e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000000246696  normal  0.920561 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3599  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  52.91 
 
 		 219 aa  207  7e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0199705  unclonable  0.0000000150238 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3139  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  52.63 
 
 		 225 aa  207  7e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3541  pseudouridine synthase  52.43 
 
 		 219 aa  207  9e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000465216  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3106  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  55.83 
 
 		 219 aa  207  1e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.774477  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03700  pseudouridylate synthase for 23S rRNA (position 746) and tRNAphe(position 32), dual specificity  49.3 
 
 		 238 aa  206  2e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0050  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  52.91 
 
 		 219 aa  206  2e-52  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000437271  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0917  pseudouridine synthase  51.2 
 
 		 225 aa  206  2e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1323  pseudouridine synthase  50.71 
 
 		 211 aa  205  4e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3515  pseudouridine synthase  51.2 
 
 		 225 aa  205  4e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.18243 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4520  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  49.77 
 
 		 227 aa  204  6e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3706  pseudouridine synthase  51.2 
 
 		 225 aa  204  6e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.143352  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1281  pseudouridine synthase  51.18 
 
 		 211 aa  204  6e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.147193  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0799  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  51.67 
 
 		 225 aa  204  6e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.603428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0733  pseudouridine synthase  51.2 
 
 		 225 aa  204  7e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3583  pseudouridine synthase  51.2 
 
 		 225 aa  204  7e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0793  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  52.17 
 
 		 223 aa  204  8e-52  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0072267 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2804  pseudouridylate synthase  52.91 
 
 		 215 aa  204  9e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.257511  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0821  pseudouridylate synthase  50.72 
 
 		 225 aa  203  1e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0454843 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3988  pseudouridine synthase  50.24 
 
 		 211 aa  203  1e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.716973 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0834  pseudouridylate synthase  51.2 
 
 		 226 aa  203  1e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0063  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  51.94 
 
 		 219 aa  203  2e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0156615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1232  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  52.38 
 
 		 211 aa  202  2e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.3197  normal  0.341718 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0515  pseudouridylate synthase  50.24 
 
 		 225 aa  200  9.999999999999999e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3439  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  50 
 
 		 206 aa  199  1.9999999999999998e-50  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000744972  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0729  pseudouridine synthase  51.46 
 
 		 216 aa  200  1.9999999999999998e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000455311  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0767  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  50 
 
 		 206 aa  199  1.9999999999999998e-50  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000401131  normal  0.046253 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3568  pseudouridine synthase  50 
 
 		 206 aa  199  1.9999999999999998e-50  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0161869  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0606  pseudouridylate synthase  51.2 
 
 		 225 aa  199  1.9999999999999998e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.134681 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35140  Pseudouridylate synthase RluA  51.66 
 
 		 211 aa  199  3e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.484686  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0605  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  50.49 
 
 		 217 aa  199  3e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000834833  normal  0.555438 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0738  pseudouridine synthase  50.72 
 
 		 225 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0390511  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0102  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  50.97 
 
 		 219 aa  198  5e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.108549  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0105  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  50.97 
 
 		 219 aa  198  5e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000472444  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0107  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  50.97 
 
 		 219 aa  198  5e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000191196  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0100  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  50.97 
 
 		 219 aa  197  7e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0729931  normal  0.810633 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0101  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  50.97 
 
 		 219 aa  197  7e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00188355  normal  0.0335495 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0783  pseudouridylate synthase  51.2 
 
 		 225 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.202814  hitchhiker  0.00996609 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22000  pseudouridine synthase RluA  51.9 
 
 		 211 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.921344  hitchhiker  0.0000000000442265 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3827  pseudouridine synthase  51.46 
 
 		 217 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0568  pseudouridine synthase  50 
 
 		 217 aa  195  5.000000000000001e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.494043  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0655  pseudouridine synthase  48.77 
 
 		 241 aa  195  5.000000000000001e-49  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.10472  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1879  pseudouridine synthase RluA  51.9 
 
 		 211 aa  195  5.000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0072  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  51.2 
 
 		 217 aa  195  5.000000000000001e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3630  pseudouridine synthase  50.49 
 
 		 217 aa  194  6e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.146108  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2909  pseudouridine synthase  51.94 
 
 		 215 aa  194  6e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.290818 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1506  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  52.43 
 
 		 215 aa  194  7e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0155  pseudouridine synthase  52.43 
 
 		 215 aa  194  7e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.62363 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0607  pseudouridine synthase  50.97 
 
 		 217 aa  194  1e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.189271  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3875  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  49.29 
 
 		 211 aa  191  6e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0462638  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1692  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  49.29 
 
 		 211 aa  190  1e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.251616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1610  pseudouridine synthase  49.29 
 
 		 211 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00911925  normal  0.237577 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  48.31 
 
 		 214 aa  188  5.999999999999999e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4024  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  51.9 
 
 		 217 aa  187  1e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3048  pseudouridylate synthase  48.33 
 
 		 225 aa  187  1e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2192  pseudouridine synthase  48.54 
 
 		 226 aa  184  8e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1515  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  44.98 
 
 		 221 aa  179  2.9999999999999997e-44  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00972645  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03674  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  48.24 
 
 		 250 aa  177  9e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0567  pseudouridine synthase  45.71 
 
 		 222 aa  176  3e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002394  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  46.48 
 
 		 250 aa  175  5e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1675  pseudouridine synthase  46.6 
 
 		 234 aa  172  3.9999999999999995e-42  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2250  pseudouridine synthase  40.89 
 
 		 238 aa  170  1e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.211123  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0353  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  44.02 
 
 		 244 aa  169  2e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1467  pseudouridine synthase  43.54 
 
 		 217 aa  168  4e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2893  pseudouridine synthase  43.33 
 
 		 212 aa  168  4e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2896  pseudouridine synthase  44.5 
 
 		 218 aa  168  6e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.76004  hitchhiker  0.00773647 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2148  pseudouridine synthase  48.5 
 
 		 222 aa  166  2e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00375326  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2087  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  45.54 
 
 		 245 aa  166  2e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000349962  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1751  pseudouridine synthase  43.06 
 
 		 219 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0485075  normal  0.0112767 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2197  pseudouridylate synthase  44.65 
 
 		 224 aa  165  4e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.111417 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2989  pseudouridine synthase  43.4 
 
 		 548 aa  164  6.9999999999999995e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1047  pseudouridine synthase  49.03 
 
 		 222 aa  161  5.0000000000000005e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.703498  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3001  pseudouridine synthase  40.28 
 
 		 219 aa  160  1e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2886  pseudouridine synthase  43.4 
 
 		 223 aa  160  2e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.315212  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1096  pseudouridylate synthase  41.18 
 
 		 232 aa  160  2e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2811  pseudouridine synthase  43.4 
 
 		 223 aa  160  2e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0225697  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1566  pseudouridine synthase  42.92 
 
 		 223 aa  158  5e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.232461  hitchhiker  0.00000912019 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1442  pseudouridylate synthase  43.87 
 
 		 223 aa  158  5e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.81175  normal  0.0720615 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2488  pseudouridylate synthase  42.58 
 
 		 223 aa  158  6e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.177305  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>