More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A2087 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009457  VC0395_A2087  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  100 
 
 		 245 aa  513  1e-144  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000349962  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03674  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  72.47 
 
 		 250 aa  382  1e-105  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002394  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  66.4 
 
 		 250 aa  355  2.9999999999999997e-97  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0353  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  63.22 
 
 		 244 aa  328  7e-89  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0607  pseudouridine synthase  56.68 
 
 		 217 aa  247  1e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.189271  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3630  pseudouridine synthase  58.62 
 
 		 217 aa  244  6e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.146108  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3827  pseudouridine synthase  58.13 
 
 		 217 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0917  pseudouridine synthase  53.18 
 
 		 225 aa  240  1e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4520  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  52.29 
 
 		 227 aa  239  2e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0101  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  55.71 
 
 		 219 aa  239  2e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00188355  normal  0.0335495 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0568  pseudouridine synthase  57.64 
 
 		 217 aa  240  2e-62  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.494043  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0783  pseudouridylate synthase  51.82 
 
 		 225 aa  240  2e-62  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.202814  hitchhiker  0.00996609 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0107  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  55.71 
 
 		 219 aa  239  2.9999999999999997e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000191196  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0100  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  55.71 
 
 		 219 aa  239  2.9999999999999997e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0729931  normal  0.810633 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0105  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  55.71 
 
 		 219 aa  239  2.9999999999999997e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000472444  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0102  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  55.71 
 
 		 219 aa  239  2.9999999999999997e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.108549  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03700  pseudouridylate synthase for 23S rRNA (position 746) and tRNAphe(position 32), dual specificity  55.39 
 
 		 238 aa  239  4e-62  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0605  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  54.84 
 
 		 217 aa  236  2e-61  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000834833  normal  0.555438 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0821  pseudouridylate synthase  51.82 
 
 		 225 aa  236  2e-61  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0454843 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3515  pseudouridine synthase  57.29 
 
 		 225 aa  236  2e-61  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.18243 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3706  pseudouridine synthase  53.64 
 
 		 225 aa  236  2e-61  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.143352  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3583  pseudouridine synthase  53.64 
 
 		 225 aa  236  3e-61  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0733  pseudouridine synthase  53.64 
 
 		 225 aa  236  3e-61  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3831  pseudouridylate synthase  50 
 
 		 218 aa  235  4e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00060  pseudouridine synthase for 23S rRNA (position 746) and tRNAphe(position 32)  54.79 
 
 		 219 aa  233  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00103207  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0062  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  54.79 
 
 		 219 aa  233  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000519589  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00059  hypothetical protein  54.79 
 
 		 219 aa  233  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00251996  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0060  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  54.79 
 
 		 219 aa  233  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000157754  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0060  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  54.79 
 
 		 219 aa  233  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000000246696  normal  0.920561 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0063  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  54.34 
 
 		 219 aa  233  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0156615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3599  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  54.79 
 
 		 219 aa  233  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0199705  unclonable  0.0000000150238 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3541  pseudouridine synthase  54.34 
 
 		 219 aa  233  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000465216  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1675  pseudouridine synthase  53.52 
 
 		 234 aa  233  2.0000000000000002e-60  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3139  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  53.64 
 
 		 225 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  53.64 
 
 		 225 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000100067  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0799  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  53.64 
 
 		 225 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.603428  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0606  pseudouridylate synthase  52.49 
 
 		 225 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.134681 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0050  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  54.79 
 
 		 219 aa  232  4.0000000000000004e-60  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000437271  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0515  pseudouridylate synthase  50.22 
 
 		 225 aa  231  8.000000000000001e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0834  pseudouridylate synthase  52.27 
 
 		 226 aa  231  1e-59  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0738  pseudouridine synthase  51.36 
 
 		 225 aa  230  2e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0390511  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0767  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  55.02 
 
 		 206 aa  229  3e-59  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000401131  normal  0.046253 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3439  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  55.02 
 
 		 206 aa  229  3e-59  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000744972  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0729  pseudouridine synthase  57.14 
 
 		 216 aa  229  3e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000455311  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3568  pseudouridine synthase  55.02 
 
 		 206 aa  229  3e-59  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0161869  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1515  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  50.23 
 
 		 221 aa  223  1e-57  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00972645  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3048  pseudouridylate synthase  49.55 
 
 		 225 aa  220  9.999999999999999e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2192  pseudouridine synthase  51.4 
 
 		 226 aa  219  1.9999999999999999e-56  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0567  pseudouridine synthase  47.2 
 
 		 222 aa  214  7e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0793  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  49.75 
 
 		 223 aa  207  2e-52  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0072267 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2197  pseudouridylate synthase  51.64 
 
 		 224 aa  202  3e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.111417 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2804  pseudouridylate synthase  50.74 
 
 		 215 aa  201  9e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.257511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1506  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  50.69 
 
 		 215 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0155  pseudouridine synthase  50.69 
 
 		 215 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.62363 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1460  pseudouridine synthase  47.55 
 
 		 217 aa  196  2.0000000000000003e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3106  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  51.76 
 
 		 219 aa  196  2.0000000000000003e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.774477  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1751  pseudouridine synthase  45.28 
 
 		 219 aa  196  3e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0485075  normal  0.0112767 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0072  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  47.44 
 
 		 217 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4154  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  51.72 
 
 		 218 aa  194  8.000000000000001e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229307  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0791  pseudouridine synthase  54.4 
 
 		 204 aa  192  3e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00896147  normal  0.0723816 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4024  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  49.25 
 
 		 217 aa  191  7e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1467  pseudouridine synthase  47.09 
 
 		 217 aa  191  8e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2909  pseudouridine synthase  47.93 
 
 		 215 aa  191  8e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.290818 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2524  pseudouridylate synthase  46.57 
 
 		 230 aa  190  2e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.349394  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1442  pseudouridylate synthase  45.93 
 
 		 223 aa  189  4e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.81175  normal  0.0720615 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1377  pseudouridylate synthase  46.41 
 
 		 223 aa  189  5e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000802724 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2896  pseudouridine synthase  45.15 
 
 		 218 aa  188  5.999999999999999e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.76004  hitchhiker  0.00773647 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2791  pseudouridine synthase  45.45 
 
 		 223 aa  187  9e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1430  pseudouridine synthase  45.93 
 
 		 223 aa  187  1e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3067  pseudouridine synthase  48.04 
 
 		 256 aa  186  2e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2886  pseudouridine synthase  45.45 
 
 		 223 aa  186  3e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.315212  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1047  pseudouridine synthase  46.48 
 
 		 222 aa  186  3e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.703498  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  50.76 
 
 		 214 aa  185  7e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1566  pseudouridine synthase  44.98 
 
 		 223 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.232461  hitchhiker  0.00000912019 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2488  pseudouridylate synthase  44.5 
 
 		 223 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.177305  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2811  pseudouridine synthase  44.98 
 
 		 223 aa  182  3e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0225697  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2706  pseudouridine synthase  42.25 
 
 		 217 aa  180  2e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0399435  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1630  pseudouridylate synthase  41.78 
 
 		 223 aa  178  4.999999999999999e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.427552  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1879  pseudouridine synthase RluA  47.42 
 
 		 211 aa  178  5.999999999999999e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0655  pseudouridine synthase  45.5 
 
 		 241 aa  178  9e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.10472  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22000  pseudouridine synthase RluA  46.91 
 
 		 211 aa  176  3e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.921344  hitchhiker  0.0000000000442265 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3001  pseudouridine synthase  42.93 
 
 		 219 aa  174  8e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3654  pseudouridine synthase  46.76 
 
 		 225 aa  174  9.999999999999999e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.599678  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1592  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  46.8 
 
 		 212 aa  173  1.9999999999999998e-42  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0066  pseudouridine synthase  42.59 
 
 		 217 aa  172  2.9999999999999996e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.22289  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1014  pseudouridine synthase  42.2 
 
 		 229 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3182  pseudouridine synthase  45.5 
 
 		 551 aa  172  5e-42  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.186572  normal  0.110581 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4402  pseudouridine synthase  43.33 
 
 		 570 aa  171  1e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2529  pseudouridine synthase  46.12 
 
 		 578 aa  170  2e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0886  pseudouridine synthase  44.04 
 
 		 579 aa  170  2e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2914  pseudouridine synthase  45.02 
 
 		 551 aa  169  3e-41  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35140  Pseudouridylate synthase RluA  45.36 
 
 		 211 aa  169  4e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.484686  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  43.72 
 
 		 223 aa  167  1e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0035  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  43.58 
 
 		 221 aa  167  1e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1276  pseudouridine synthase  42.52 
 
 		 233 aa  167  1e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.220673  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000939  pseudouridylate synthase LSU rRNA-specific  41.59 
 
 		 559 aa  166  2e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00612543  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1323  pseudouridine synthase  46.39 
 
 		 211 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0536  RNA pseudouridine synthase family protein  40.37 
 
 		 567 aa  166  2.9999999999999998e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1281  pseudouridine synthase  46.39 
 
 		 211 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.147193  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0658  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  45.54 
 
 		 211 aa  166  2.9999999999999998e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>