More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ent638_1096 on replicon NC_009436
Organism: Enterobacter sp. 638



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009436  Ent638_1096  pseudouridylate synthase  100 
 
 
232 aa  478  1e-134  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3940  pseudouridine synthase  86.21 
 
 
232 aa  415  9.999999999999999e-116  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2093  pseudouridine synthase  60.08 
 
 
260 aa  285  4e-76  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000796384  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2250  pseudouridine synthase  58.3 
 
 
238 aa  278  5e-74  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.211123  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2380  pseudouridine synthase  56.6 
 
 
238 aa  267  1e-70  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0555647  normal  0.85539 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1014  pseudouridine synthase  57.14 
 
 
229 aa  263  2e-69  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2938  pseudouridine synthase  59.15 
 
 
236 aa  259  3e-68  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3524  pseudouridine synthase  56.02 
 
 
245 aa  256  3e-67  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3001  pseudouridine synthase  58.22 
 
 
219 aa  255  4e-67  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3399  pseudouridine synthase  56.02 
 
 
245 aa  255  5e-67  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3303  pseudouridine synthase  56.43 
 
 
244 aa  255  5e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1053  pseudouridine synthase  55.19 
 
 
244 aa  254  9e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.158533  hitchhiker  0.0000197911 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1630  pseudouridylate synthase  54.51 
 
 
223 aa  251  5.000000000000001e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.427552  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03674  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  43.06 
 
 
250 aa  174  7e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0729  pseudouridine synthase  45.45 
 
 
216 aa  172  5.999999999999999e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000455311  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3630  pseudouridine synthase  43.54 
 
 
217 aa  170  2e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.146108  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3827  pseudouridine synthase  43.06 
 
 
217 aa  168  5e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0834  pseudouridylate synthase  39.3 
 
 
226 aa  168  6e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3706  pseudouridine synthase  39.3 
 
 
225 aa  168  7e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.143352  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  38.43 
 
 
225 aa  168  8e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000100067  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3583  pseudouridine synthase  40.93 
 
 
225 aa  167  2e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0783  pseudouridylate synthase  38.33 
 
 
225 aa  167  2e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.202814  hitchhiker  0.00996609 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0733  pseudouridine synthase  40.93 
 
 
225 aa  167  2e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3139  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  38.43 
 
 
225 aa  167  2e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2197  pseudouridylate synthase  42.92 
 
 
224 aa  167  2e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.111417 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3515  pseudouridine synthase  40.93 
 
 
225 aa  166  2e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.18243 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2087  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  41.98 
 
 
245 aa  166  2e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000349962  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1515  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  39.46 
 
 
221 aa  166  4e-40  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00972645  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0568  pseudouridine synthase  42.86 
 
 
217 aa  165  5.9999999999999996e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.494043  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3439  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  44.28 
 
 
206 aa  164  1.0000000000000001e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000744972  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0767  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  44.28 
 
 
206 aa  164  1.0000000000000001e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000401131  normal  0.046253 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0738  pseudouridine synthase  37.99 
 
 
225 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0390511  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3568  pseudouridine synthase  44.28 
 
 
206 aa  164  1.0000000000000001e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0161869  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2989  pseudouridine synthase  43.18 
 
 
548 aa  162  3e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0607  pseudouridine synthase  42.11 
 
 
217 aa  162  3e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.189271  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0799  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  38.6 
 
 
225 aa  162  4.0000000000000004e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.603428  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4520  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  38.36 
 
 
227 aa  160  2e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0658  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  41.18 
 
 
211 aa  160  2e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0917  pseudouridine synthase  37 
 
 
225 aa  160  2e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1675  pseudouridine synthase  41.98 
 
 
234 aa  160  2e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002394  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  39.44 
 
 
250 aa  160  2e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2195  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  41.98 
 
 
213 aa  160  2e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.372254 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1377  pseudouridylate synthase  42.67 
 
 
223 aa  159  3e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000802724 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0791  pseudouridine synthase  41.67 
 
 
204 aa  159  4e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00896147  normal  0.0723816 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4330  pseudouridine synthase  38.64 
 
 
245 aa  159  4e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0697869 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3048  pseudouridylate synthase  37.12 
 
 
225 aa  159  4e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0072  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  41.63 
 
 
217 aa  159  4e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3831  pseudouridylate synthase  38.12 
 
 
218 aa  159  4e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1592  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  39.64 
 
 
212 aa  159  5e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1442  pseudouridylate synthase  42.22 
 
 
223 aa  157  1e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.81175  normal  0.0720615 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03700  pseudouridylate synthase for 23S rRNA (position 746) and tRNAphe(position 32), dual specificity  40.54 
 
 
238 aa  156  2e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1430  pseudouridine synthase  42.22 
 
 
223 aa  157  2e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3541  pseudouridine synthase  41.83 
 
 
219 aa  156  3e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000465216  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0821  pseudouridylate synthase  37 
 
 
225 aa  156  3e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0454843 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00060  pseudouridine synthase for 23S rRNA (position 746) and tRNAphe(position 32)  41.35 
 
 
219 aa  155  4e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00103207  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3599  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  41.35 
 
 
219 aa  155  4e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0199705  unclonable  0.0000000150238 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00059  hypothetical protein  41.35 
 
 
219 aa  155  4e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00251996  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0913  pseudouridine synthase  47.62 
 
 
566 aa  155  4e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000952399  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0060  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  41.35 
 
 
219 aa  155  4e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000157754  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0060  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  41.35 
 
 
219 aa  155  4e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000000246696  normal  0.920561 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0062  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  41.35 
 
 
219 aa  155  4e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000519589  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2524  pseudouridylate synthase  38.36 
 
 
230 aa  155  6e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.349394  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2811  pseudouridine synthase  42.22 
 
 
223 aa  155  6e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0225697  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0050  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  41.35 
 
 
219 aa  154  8e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000437271  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0107  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  41.35 
 
 
219 aa  154  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000191196  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0102  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  41.35 
 
 
219 aa  154  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.108549  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0101  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  41.35 
 
 
219 aa  154  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00188355  normal  0.0335495 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0105  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  41.35 
 
 
219 aa  154  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000472444  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0063  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  40.87 
 
 
219 aa  154  1e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0156615  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1751  pseudouridine synthase  40.54 
 
 
219 aa  154  1e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0485075  normal  0.0112767 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2488  pseudouridylate synthase  41.78 
 
 
223 aa  153  2e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.177305  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2791  pseudouridine synthase  42.22 
 
 
223 aa  153  2e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2886  pseudouridine synthase  41.78 
 
 
223 aa  154  2e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.315212  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0100  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  41.35 
 
 
219 aa  154  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0729931  normal  0.810633 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1566  pseudouridine synthase  41.78 
 
 
223 aa  153  2e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.232461  hitchhiker  0.00000912019 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2909  pseudouridine synthase  39.81 
 
 
215 aa  152  2.9999999999999998e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.290818 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0353  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  38.97 
 
 
244 aa  152  4e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0688  pseudouridine synthase  42.67 
 
 
593 aa  152  4e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.241992  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2328  pseudouridine synthase  41.94 
 
 
567 aa  152  4e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0605  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  40.87 
 
 
217 aa  151  7e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000834833  normal  0.555438 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2896  pseudouridine synthase  39.64 
 
 
218 aa  150  1e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.76004  hitchhiker  0.00773647 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1506  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  38.89 
 
 
215 aa  150  2e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1460  pseudouridine synthase  40.99 
 
 
217 aa  149  2e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0155  pseudouridine synthase  38.89 
 
 
215 aa  150  2e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.62363 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  38.43 
 
 
214 aa  149  3e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0515  pseudouridylate synthase  35.68 
 
 
225 aa  149  4e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3182  pseudouridine synthase  38.74 
 
 
551 aa  149  5e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.186572  normal  0.110581 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0886  pseudouridine synthase  44.2 
 
 
579 aa  149  5e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3067  pseudouridine synthase  38.86 
 
 
256 aa  148  5e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4154  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  39.64 
 
 
218 aa  148  6e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229307  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1736  pseudouridine synthase  38.22 
 
 
222 aa  148  7e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.175202  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1047  pseudouridine synthase  41.53 
 
 
222 aa  148  8e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.703498  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3106  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  40.85 
 
 
219 aa  147  9e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.774477  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0606  pseudouridylate synthase  38.26 
 
 
225 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.134681 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1232  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  41.01 
 
 
211 aa  146  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.3197  normal  0.341718 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4024  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  42.59 
 
 
217 aa  147  2.0000000000000003e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4402  pseudouridine synthase  37.9 
 
 
570 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0567  pseudouridine synthase  35.87 
 
 
222 aa  147  2.0000000000000003e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3654  pseudouridine synthase  36.24 
 
 
225 aa  146  2.0000000000000003e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.599678  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2893  pseudouridine synthase  39.81 
 
 
212 aa  146  3e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>