More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_06934 on replicon NC_009784
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009784  VIBHAR_06934  ribosomal large chain pseudouridine synthase A  100 
 
 		 523 aa  1088    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000939  pseudouridylate synthase LSU rRNA-specific  86.42 
 
 		 559 aa  956    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00612543  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0570  putative RNA pseudouridylate synthase  57.44 
 
 		 561 aa  622  1e-177  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0913  pseudouridine synthase  58.4 
 
 		 566 aa  607  9.999999999999999e-173  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000952399  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1091  pseudouridine synthase  54.92 
 
 		 574 aa  591  1e-168  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.957867 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0988  pseudouridine synthase  55.1 
 
 		 574 aa  588  1e-167  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1058  pseudouridine synthase  55.1 
 
 		 574 aa  588  1e-167  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1000  pseudouridine synthase  55.2 
 
 		 574 aa  585  1e-166  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3301  pseudouridine synthase  54.55 
 
 		 574 aa  582  1.0000000000000001e-165  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3017  pseudouridine synthase  52.44 
 
 		 572 aa  584  1.0000000000000001e-165  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0886  pseudouridine synthase  53.3 
 
 		 579 aa  582  1.0000000000000001e-165  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2529  pseudouridine synthase  52.08 
 
 		 578 aa  560  1e-158  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0688  pseudouridine synthase  53.6 
 
 		 593 aa  553  1e-156  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.241992  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2328  pseudouridine synthase  50.76 
 
 		 567 aa  525  1e-147  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4402  pseudouridine synthase  47.14 
 
 		 570 aa  504  1e-141  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0536  RNA pseudouridine synthase family protein  46.9 
 
 		 567 aa  493  9.999999999999999e-139  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0569  putative RNA pseudouridylate synthase  42.21 
 
 		 561 aa  427  1e-118  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3182  pseudouridine synthase  36.53 
 
 		 551 aa  311  2e-83  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.186572  normal  0.110581 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2914  pseudouridine synthase  36.33 
 
 		 551 aa  308  1.0000000000000001e-82  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2989  pseudouridine synthase  35.21 
 
 		 548 aa  290  5.0000000000000004e-77  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0035  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  58.45 
 
 		 221 aa  284  3.0000000000000004e-75  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3138  pseudouridine synthase  36.02 
 
 		 549 aa  281  3e-74  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1374  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.63 
 
 		 543 aa  266  8.999999999999999e-70  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.302563 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0568  pseudouridine synthase  45.18 
 
 		 217 aa  176  9.999999999999999e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.494043  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00060  pseudouridine synthase for 23S rRNA (position 746) and tRNAphe(position 32)  44.2 
 
 		 219 aa  175  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00103207  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0062  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  44.2 
 
 		 219 aa  175  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000519589  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0060  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  44.2 
 
 		 219 aa  175  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000157754  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0101  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  44.2 
 
 		 219 aa  175  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00188355  normal  0.0335495 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3599  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  44.2 
 
 		 219 aa  175  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0199705  unclonable  0.0000000150238 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0607  pseudouridine synthase  44.29 
 
 		 217 aa  175  1.9999999999999998e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.189271  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0060  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  44.2 
 
 		 219 aa  175  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000000246696  normal  0.920561 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0107  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  44.2 
 
 		 219 aa  175  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000191196  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00059  hypothetical protein  44.2 
 
 		 219 aa  175  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00251996  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0100  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  44.2 
 
 		 219 aa  175  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0729931  normal  0.810633 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0105  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  44.2 
 
 		 219 aa  175  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000472444  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0102  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  44.2 
 
 		 219 aa  175  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.108549  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3541  pseudouridine synthase  43.75 
 
 		 219 aa  174  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000465216  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0063  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  43.75 
 
 		 219 aa  173  6.999999999999999e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0156615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0050  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  44.2 
 
 		 219 aa  173  7.999999999999999e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000437271  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3439  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  45.71 
 
 		 206 aa  172  1e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000744972  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0767  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  45.71 
 
 		 206 aa  172  1e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000401131  normal  0.046253 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3568  pseudouridine synthase  45.71 
 
 		 206 aa  172  1e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0161869  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1675  pseudouridine synthase  42.92 
 
 		 234 aa  172  2e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3630  pseudouridine synthase  43.86 
 
 		 217 aa  170  5e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.146108  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3827  pseudouridine synthase  43.86 
 
 		 217 aa  170  5e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0605  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  43.3 
 
 		 217 aa  170  7e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000834833  normal  0.555438 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03700  pseudouridylate synthase for 23S rRNA (position 746) and tRNAphe(position 32), dual specificity  45.37 
 
 		 238 aa  169  1e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3831  pseudouridylate synthase  41.71 
 
 		 218 aa  168  2e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0353  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  42.65 
 
 		 244 aa  166  1.0000000000000001e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1460  pseudouridine synthase  42.65 
 
 		 217 aa  165  2.0000000000000002e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0738  pseudouridine synthase  42.65 
 
 		 225 aa  165  2.0000000000000002e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0390511  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0729  pseudouridine synthase  45.28 
 
 		 216 aa  164  3e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000455311  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1630  pseudouridylate synthase  42.13 
 
 		 223 aa  164  3e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.427552  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2087  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  41.15 
 
 		 245 aa  162  1e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000349962  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4024  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  42.86 
 
 		 217 aa  161  3e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0567  pseudouridine synthase  41.98 
 
 		 222 aa  160  7e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0606  pseudouridylate synthase  41.41 
 
 		 225 aa  159  8e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.134681 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2197  pseudouridylate synthase  40.09 
 
 		 224 aa  159  1e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.111417 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0917  pseudouridine synthase  40.76 
 
 		 225 aa  158  2e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0791  pseudouridine synthase  41.63 
 
 		 204 aa  158  2e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00896147  normal  0.0723816 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3139  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  40.28 
 
 		 225 aa  157  3e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  40.28 
 
 		 225 aa  157  3e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000100067  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0799  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  40.28 
 
 		 225 aa  157  3e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.603428  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1751  pseudouridine synthase  41.55 
 
 		 219 aa  157  4e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0485075  normal  0.0112767 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03674  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  40.69 
 
 		 250 aa  157  4e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3515  pseudouridine synthase  40.76 
 
 		 225 aa  157  6e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.18243 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2909  pseudouridine synthase  40.85 
 
 		 215 aa  156  7e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.290818 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3706  pseudouridine synthase  40.76 
 
 		 225 aa  155  1e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.143352  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3583  pseudouridine synthase  40.76 
 
 		 225 aa  155  1e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0733  pseudouridine synthase  40.76 
 
 		 225 aa  155  1e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  40.09 
 
 		 214 aa  155  1e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3048  pseudouridylate synthase  41.71 
 
 		 225 aa  156  1e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1506  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  40.85 
 
 		 215 aa  155  2e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0155  pseudouridine synthase  40.85 
 
 		 215 aa  155  2e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.62363 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0834  pseudouridylate synthase  40.28 
 
 		 226 aa  155  2.9999999999999998e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002394  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  41.1 
 
 		 250 aa  154  4e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0072  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  40.18 
 
 		 217 aa  154  4e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0783  pseudouridylate synthase  40.54 
 
 		 225 aa  154  4e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.202814  hitchhiker  0.00996609 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2524  pseudouridylate synthase  41.23 
 
 		 230 aa  153  8.999999999999999e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.349394  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0821  pseudouridylate synthase  39.81 
 
 		 225 aa  152  1e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0454843 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1879  pseudouridine synthase RluA  39.72 
 
 		 211 aa  152  1e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1515  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  41.04 
 
 		 221 aa  153  1e-35  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00972645  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2308  pseudouridine synthase  40.57 
 
 		 237 aa  151  2e-35  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000393862  normal  0.0433307 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2765  pseudouridine synthase  41.01 
 
 		 215 aa  152  2e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.416224  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2706  pseudouridine synthase  39.81 
 
 		 217 aa  152  2e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0399435  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22000  pseudouridine synthase RluA  39.72 
 
 		 211 aa  152  2e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.921344  hitchhiker  0.0000000000442265 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2893  pseudouridine synthase  40.65 
 
 		 212 aa  151  3e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3001  pseudouridine synthase  40.28 
 
 		 219 aa  150  4e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1323  pseudouridine synthase  40.19 
 
 		 211 aa  150  4e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2896  pseudouridine synthase  38.86 
 
 		 218 aa  149  9e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.76004  hitchhiker  0.00773647 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1232  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  41.12 
 
 		 211 aa  149  9e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.3197  normal  0.341718 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1592  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  41.47 
 
 		 212 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3875  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  39.25 
 
 		 211 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0462638  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1610  pseudouridine synthase  39.72 
 
 		 211 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00911925  normal  0.237577 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3988  pseudouridine synthase  39.72 
 
 		 211 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.716973 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1692  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  40.65 
 
 		 211 aa  149  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.251616  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0515  pseudouridylate synthase  38.39 
 
 		 225 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1281  pseudouridine synthase  40.19 
 
 		 211 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.147193  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2886  pseudouridine synthase  40.89 
 
 		 223 aa  148  3e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.315212  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2195  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  39.34 
 
 		 213 aa  148  3e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.372254 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>