More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PHATR_10284 on replicon NC_011671
Organism: Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011671  PHATR_10284  predicted protein  100 
 
 		 175 aa  358  2e-98  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.61976  n/a   
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_11041  predicted protein  44.44 
 
 		 240 aa  146  1.0000000000000001e-34  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011688  PHATRDRAFT_15666  predicted protein  39.2 
 
 		 235 aa  142  2e-33  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3439  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  43.35 
 
 		 206 aa  133  9.999999999999999e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000744972  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3568  pseudouridine synthase  43.35 
 
 		 206 aa  133  9.999999999999999e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0161869  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0767  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  43.35 
 
 		 206 aa  133  9.999999999999999e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000401131  normal  0.046253 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3630  pseudouridine synthase  43.43 
 
 		 217 aa  132  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.146108  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3827  pseudouridine synthase  42.86 
 
 		 217 aa  131  6e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0607  pseudouridine synthase  41.71 
 
 		 217 aa  127  8.000000000000001e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.189271  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0568  pseudouridine synthase  41.57 
 
 		 217 aa  125  3e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.494043  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0729  pseudouridine synthase  42.7 
 
 		 216 aa  123  1e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000455311  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2087  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  39.55 
 
 		 245 aa  122  2e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000349962  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1515  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  36.11 
 
 		 221 aa  122  2e-27  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00972645  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3106  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  38.86 
 
 		 219 aa  122  3e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.774477  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03674  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  41.57 
 
 		 250 aa  120  7e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0821  pseudouridylate synthase  38.76 
 
 		 225 aa  118  3e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0454843 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0066  pseudouridine synthase  38.07 
 
 		 217 aa  119  3e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.22289  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0917  pseudouridine synthase  38.86 
 
 		 225 aa  118  3.9999999999999996e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4154  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  39.2 
 
 		 218 aa  117  7e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229307  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00060  pseudouridine synthase for 23S rRNA (position 746) and tRNAphe(position 32)  41.71 
 
 		 219 aa  117  7.999999999999999e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00103207  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3541  pseudouridine synthase  41.71 
 
 		 219 aa  117  7.999999999999999e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000465216  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0062  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  41.71 
 
 		 219 aa  117  7.999999999999999e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000519589  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0060  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  41.71 
 
 		 219 aa  117  7.999999999999999e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000157754  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0105  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  40 
 
 		 219 aa  117  7.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000472444  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3599  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  41.71 
 
 		 219 aa  117  7.999999999999999e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0199705  unclonable  0.0000000150238 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0102  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  40 
 
 		 219 aa  117  7.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.108549  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0100  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  40 
 
 		 219 aa  117  7.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0729931  normal  0.810633 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0060  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  41.71 
 
 		 219 aa  117  7.999999999999999e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000000246696  normal  0.920561 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3831  pseudouridylate synthase  37.22 
 
 		 218 aa  117  7.999999999999999e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0107  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  40 
 
 		 219 aa  117  7.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000191196  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00059  hypothetical protein  41.71 
 
 		 219 aa  117  7.999999999999999e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00251996  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0101  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  40 
 
 		 219 aa  117  9e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00188355  normal  0.0335495 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0605  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  40 
 
 		 217 aa  116  9.999999999999999e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000834833  normal  0.555438 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0050  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  41.71 
 
 		 219 aa  116  9.999999999999999e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000437271  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0783  pseudouridylate synthase  39.89 
 
 		 225 aa  116  1.9999999999999998e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.202814  hitchhiker  0.00996609 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0834  pseudouridylate synthase  38.89 
 
 		 226 aa  115  3.9999999999999997e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0738  pseudouridine synthase  39.33 
 
 		 225 aa  114  5e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0390511  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0063  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  41.14 
 
 		 219 aa  114  7.999999999999999e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0156615  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002394  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  41.38 
 
 		 250 aa  113  1.0000000000000001e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03700  pseudouridylate synthase for 23S rRNA (position 746) and tRNAphe(position 32), dual specificity  39.33 
 
 		 238 aa  113  1.0000000000000001e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0799  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  37.78 
 
 		 225 aa  113  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.603428  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3139  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  37.22 
 
 		 225 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  37.22 
 
 		 225 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000100067  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3067  pseudouridine synthase  35.83 
 
 		 256 aa  112  2.0000000000000002e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3518  pseudouridine synthase, RluA family  36.93 
 
 		 299 aa  112  3e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0793  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  37.14 
 
 		 223 aa  112  3e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0072267 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0658  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  39.89 
 
 		 211 aa  111  5e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22000  pseudouridine synthase RluA  38.76 
 
 		 211 aa  110  8.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.921344  hitchhiker  0.0000000000442265 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1610  pseudouridine synthase  37.43 
 
 		 211 aa  110  9e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00911925  normal  0.237577 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3875  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  37.43 
 
 		 211 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0462638  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2765  pseudouridine synthase  37.3 
 
 		 215 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.416224  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1879  pseudouridine synthase RluA  38.2 
 
 		 211 aa  109  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3583  pseudouridine synthase  37.14 
 
 		 225 aa  109  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0733  pseudouridine synthase  37.14 
 
 		 225 aa  109  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2893  pseudouridine synthase  35.52 
 
 		 212 aa  109  2.0000000000000002e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3515  pseudouridine synthase  37.14 
 
 		 225 aa  109  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.18243 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3706  pseudouridine synthase  37.14 
 
 		 225 aa  108  3e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.143352  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2989  pseudouridine synthase  38.67 
 
 		 548 aa  108  5e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0567  pseudouridine synthase  37.99 
 
 		 222 aa  107  7.000000000000001e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1692  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  36.87 
 
 		 211 aa  107  8.000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.251616  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3654  pseudouridine synthase  35.52 
 
 		 225 aa  107  8.000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.599678  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1096  pseudouridylate synthase  34.44 
 
 		 232 aa  107  9.000000000000001e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1566  pseudouridine synthase  36.46 
 
 		 223 aa  107  1e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.232461  hitchhiker  0.00000912019 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  37.36 
 
 		 311 aa  107  1e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2886  pseudouridine synthase  36.46 
 
 		 223 aa  107  1e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.315212  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  38.2 
 
 		 214 aa  106  1e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  36.36 
 
 		 223 aa  107  1e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2791  pseudouridine synthase  36.46 
 
 		 223 aa  107  1e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2308  pseudouridine synthase  38.86 
 
 		 237 aa  107  1e-22  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000393862  normal  0.0433307 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0515  pseudouridylate synthase  37.08 
 
 		 225 aa  106  2e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1232  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  35.75 
 
 		 211 aa  106  2e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.3197  normal  0.341718 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1933  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  35.83 
 
 		 222 aa  106  2e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.640885  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1592  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  36.9 
 
 		 212 aa  105  3e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1281  pseudouridine synthase  36.87 
 
 		 211 aa  105  3e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.147193  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  36.11 
 
 		 306 aa  105  3e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1344  pseudouridine synthase, RluA family  36.46 
 
 		 313 aa  105  3e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3182  pseudouridine synthase  33.15 
 
 		 551 aa  105  3e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.186572  normal  0.110581 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  37.91 
 
 		 311 aa  105  3e-22  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35140  Pseudouridylate synthase RluA  36.16 
 
 		 211 aa  105  4e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.484686  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2804  pseudouridylate synthase  34.48 
 
 		 215 aa  105  4e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.257511  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2950  RluA family pseudouridine synthase  37.64 
 
 		 323 aa  105  4e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00118178  normal  0.148942 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3499  lysozyme  37.5 
 
 		 323 aa  104  5e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.847735  normal  0.0395097 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3722  RluA family pseudouridine synthase  37.5 
 
 		 323 aa  105  5e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.302376  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2192  pseudouridine synthase  36.11 
 
 		 226 aa  104  6e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1931  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  39.16 
 
 		 195 aa  104  6e-22  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.176665  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1014  pseudouridine synthase  34.86 
 
 		 229 aa  104  6e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  35.56 
 
 		 306 aa  104  6e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1736  pseudouridine synthase  35.29 
 
 		 222 aa  104  7e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.175202  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09301  putative pseudouridylate synthase  34.64 
 
 		 207 aa  103  8e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.47365 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0655  pseudouridine synthase  36.36 
 
 		 241 aa  103  8e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.10472  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1430  pseudouridine synthase  36.07 
 
 		 223 aa  104  8e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2811  pseudouridine synthase  36.67 
 
 		 223 aa  103  9e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0225697  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4520  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  35.8 
 
 		 227 aa  103  1e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1442  pseudouridylate synthase  35.91 
 
 		 223 aa  103  1e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.81175  normal  0.0720615 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4330  pseudouridine synthase  35.33 
 
 		 245 aa  103  1e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0697869 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3166  RluA family pseudouridine synthase  36.36 
 
 		 323 aa  102  2e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.133464  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0810  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.44 
 
 		 318 aa  102  2e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.043607  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2863  pseudouridine synthase, RluD  37.08 
 
 		 324 aa  102  2e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00218841  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2719  RluA family pseudouridine synthase  36.11 
 
 		 332 aa  102  2e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.344852  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1276  pseudouridine synthase  34.07 
 
 		 233 aa  103  2e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.220673  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>