More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Syncc9605_1931 on replicon NC_007516
Organism: Synechococcus sp. CC9605



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007516  Syncc9605_1931  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  100 
 
 		 195 aa  390  1e-108  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.176665  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0735  putative pseudouridylate synthase  65.98 
 
 		 214 aa  232  3e-60  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.102378  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09301  putative pseudouridylate synthase  59.9 
 
 		 207 aa  221  4.9999999999999996e-57  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.47365 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0791  pseudouridine synthase  49.45 
 
 		 204 aa  149  2e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00896147  normal  0.0723816 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2524  pseudouridylate synthase  42.05 
 
 		 230 aa  144  8.000000000000001e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.349394  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2804  pseudouridylate synthase  47.8 
 
 		 215 aa  144  9e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.257511  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3182  pseudouridine synthase  44.22 
 
 		 551 aa  139  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.186572  normal  0.110581 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2914  pseudouridine synthase  43.72 
 
 		 551 aa  137  1e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2909  pseudouridine synthase  47.25 
 
 		 215 aa  137  1e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.290818 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2706  pseudouridine synthase  41.03 
 
 		 217 aa  135  3.0000000000000003e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0399435  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1467  pseudouridine synthase  41.21 
 
 		 217 aa  135  4e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0066  pseudouridine synthase  46.81 
 
 		 217 aa  134  6.0000000000000005e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.22289  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2989  pseudouridine synthase  42.78 
 
 		 548 aa  134  7.000000000000001e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4154  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  44.16 
 
 		 218 aa  134  8e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229307  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1506  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  46.7 
 
 		 215 aa  134  8e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0783  pseudouridylate synthase  41.12 
 
 		 225 aa  134  8e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.202814  hitchhiker  0.00996609 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0155  pseudouridine synthase  46.7 
 
 		 215 aa  134  8e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.62363 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3048  pseudouridylate synthase  41.15 
 
 		 225 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4330  pseudouridine synthase  41.46 
 
 		 245 aa  134  9.999999999999999e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0697869 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4024  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  47.22 
 
 		 217 aa  133  1.9999999999999998e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0738  pseudouridine synthase  42.35 
 
 		 225 aa  133  1.9999999999999998e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0390511  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1933  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  45.03 
 
 		 222 aa  132  3e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.640885  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0072  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  43.89 
 
 		 217 aa  131  6.999999999999999e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1460  pseudouridine synthase  40.96 
 
 		 217 aa  130  1.0000000000000001e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2148  pseudouridine synthase  43.81 
 
 		 222 aa  130  1.0000000000000001e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00375326  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  43.01 
 
 		 223 aa  130  1.0000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1736  pseudouridine synthase  44.5 
 
 		 222 aa  130  1.0000000000000001e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.175202  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0536  RNA pseudouridine synthase family protein  42.55 
 
 		 567 aa  130  2.0000000000000002e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3106  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  45.56 
 
 		 219 aa  129  2.0000000000000002e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.774477  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3831  pseudouridylate synthase  41.84 
 
 		 218 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2195  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  41.41 
 
 		 213 aa  129  3e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.372254 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0353  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  41.36 
 
 		 244 aa  128  4.0000000000000003e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0658  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  42.5 
 
 		 211 aa  128  5.0000000000000004e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3654  pseudouridine synthase  40.61 
 
 		 225 aa  128  6e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.599678  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0793  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  43.09 
 
 		 223 aa  128  7.000000000000001e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0072267 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3875  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  42.11 
 
 		 211 aa  127  9.000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0462638  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3988  pseudouridine synthase  41.05 
 
 		 211 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.716973 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1610  pseudouridine synthase  42.11 
 
 		 211 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00911925  normal  0.237577 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3139  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  39.8 
 
 		 225 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1692  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  42.63 
 
 		 211 aa  126  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.251616  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1281  pseudouridine synthase  41.05 
 
 		 211 aa  126  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.147193  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0834  pseudouridylate synthase  39.8 
 
 		 226 aa  126  2.0000000000000002e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0606  pseudouridylate synthase  39.8 
 
 		 225 aa  126  2.0000000000000002e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.134681 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1323  pseudouridine synthase  40.53 
 
 		 211 aa  125  3e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  39.29 
 
 		 225 aa  125  4.0000000000000003e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000100067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3583  pseudouridine synthase  39.8 
 
 		 225 aa  123  1e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0767  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  43.96 
 
 		 206 aa  124  1e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000401131  normal  0.046253 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3439  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  43.96 
 
 		 206 aa  124  1e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000744972  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3568  pseudouridine synthase  43.96 
 
 		 206 aa  124  1e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0161869  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0821  pseudouridylate synthase  39.29 
 
 		 225 aa  124  1e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0454843 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0733  pseudouridine synthase  39.8 
 
 		 225 aa  123  1e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0799  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  39.06 
 
 		 225 aa  123  1e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.603428  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3515  pseudouridine synthase  39.8 
 
 		 225 aa  124  1e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.18243 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2488  pseudouridylate synthase  41.4 
 
 		 223 aa  123  2e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.177305  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1879  pseudouridine synthase RluA  41.92 
 
 		 211 aa  123  2e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1014  pseudouridine synthase  41.94 
 
 		 229 aa  123  2e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35140  Pseudouridylate synthase RluA  42.63 
 
 		 211 aa  123  2e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.484686  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1377  pseudouridylate synthase  39.3 
 
 		 223 aa  122  2e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000802724 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22000  pseudouridine synthase RluA  42.41 
 
 		 211 aa  122  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.921344  hitchhiker  0.0000000000442265 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1276  pseudouridine synthase  43.09 
 
 		 233 aa  123  2e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.220673  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0917  pseudouridine synthase  38.27 
 
 		 225 aa  122  3e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1675  pseudouridine synthase  42.31 
 
 		 234 aa  122  4e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3706  pseudouridine synthase  39.29 
 
 		 225 aa  122  4e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.143352  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0569  putative RNA pseudouridylate synthase  40.31 
 
 		 561 aa  122  4e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2197  pseudouridylate synthase  40.59 
 
 		 224 aa  122  4e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.111417 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1745  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  38.46 
 
 		 346 aa  121  7e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1232  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  40 
 
 		 211 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.3197  normal  0.341718 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0515  pseudouridylate synthase  40 
 
 		 225 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1592  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  38.61 
 
 		 212 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2886  pseudouridine synthase  39 
 
 		 223 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.315212  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2529  pseudouridine synthase  42.11 
 
 		 578 aa  119  1.9999999999999998e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2949  pseudouridine synthase  43.88 
 
 		 239 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.316024  hitchhiker  0.00664146 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2896  pseudouridine synthase  38.46 
 
 		 218 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.76004  hitchhiker  0.00773647 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1442  pseudouridylate synthase  38.81 
 
 		 223 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.81175  normal  0.0720615 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1566  pseudouridine synthase  39 
 
 		 223 aa  119  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.232461  hitchhiker  0.00000912019 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1430  pseudouridine synthase  39 
 
 		 223 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0729  pseudouridine synthase  41.97 
 
 		 216 aa  120  1.9999999999999998e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000455311  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0391  RluA family pseudouridine synthase  38.01 
 
 		 346 aa  119  3e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0447  pseudouridylate synthase  44.63 
 
 		 222 aa  119  3e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.129188  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5337  pseudouridine synthase  40.59 
 
 		 224 aa  119  3e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.588803  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1413  pseudouridine synthase, RluA family  35.9 
 
 		 293 aa  119  3e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0119542  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1047  pseudouridine synthase  43.65 
 
 		 222 aa  119  3e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.703498  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2192  pseudouridine synthase  42.35 
 
 		 226 aa  119  3e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2765  pseudouridine synthase  43.56 
 
 		 215 aa  119  3.9999999999999996e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.416224  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1751  pseudouridine synthase  37.91 
 
 		 219 aa  119  3.9999999999999996e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0485075  normal  0.0112767 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2505  RluA family pseudouridine synthase  38.01 
 
 		 346 aa  119  3.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1658  RluA family pseudouridine synthase  39.42 
 
 		 329 aa  118  4.9999999999999996e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.615207  normal  0.0770781 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3630  pseudouridine synthase  44.51 
 
 		 217 aa  118  4.9999999999999996e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.146108  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0050  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  42.31 
 
 		 219 aa  118  6e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000437271  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3827  pseudouridine synthase  44.51 
 
 		 217 aa  118  6e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002394  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  41.05 
 
 		 250 aa  118  7e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2893  pseudouridine synthase  37.63 
 
 		 212 aa  117  7e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2811  pseudouridine synthase  38.5 
 
 		 223 aa  117  7e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0225697  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1000  pseudouridine synthase  40.1 
 
 		 574 aa  117  9e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00060  pseudouridine synthase for 23S rRNA (position 746) and tRNAphe(position 32)  42.31 
 
 		 219 aa  117  9.999999999999999e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00103207  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3541  pseudouridine synthase  42.31 
 
 		 219 aa  117  9.999999999999999e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000465216  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00059  hypothetical protein  42.31 
 
 		 219 aa  117  9.999999999999999e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00251996  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2791  pseudouridine synthase  38.5 
 
 		 223 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0060  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  42.31 
 
 		 219 aa  117  9.999999999999999e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000000246696  normal  0.920561 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0060  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  42.31 
 
 		 219 aa  117  9.999999999999999e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000157754  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>