More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1139 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1139  hypothetical protein  100 
 
 		 526 aa  1082    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1841  permease  49.44 
 
 		 563 aa  545  1e-154  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1485  protein of unknown function UPF0118  44.32 
 
 		 455 aa  323  3e-87  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.823858  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15290  predicted permease  43.5 
 
 		 415 aa  315  9.999999999999999e-85  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0221  protein of unknown function UPF0118  44.38 
 
 		 364 aa  308  1.0000000000000001e-82  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00795849 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3466  protein of unknown function UPF0118  44.29 
 
 		 448 aa  308  1.0000000000000001e-82  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.254752 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2165  hypothetical protein  36.72 
 
 		 414 aa  201  1.9999999999999998e-50  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.128502  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2641  protein of unknown function UPF0118  34.44 
 
 		 408 aa  191  2e-47  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.517547  normal  0.208528 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0209  protein of unknown function UPF0118  33.72 
 
 		 399 aa  186  1.0000000000000001e-45  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2437  protein of unknown function UPF0118  31.03 
 
 		 386 aa  175  1.9999999999999998e-42  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000151216  normal  0.0209402 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3895  protein of unknown function UPF0118  28.61 
 
 		 529 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.374859  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3615  hypothetical protein  25.46 
 
 		 412 aa  107  7e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0907  protein of unknown function UPF0118  27.6 
 
 		 423 aa  96.3  1e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00600861  normal  0.0221352 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8629  permease-like protein  27.41 
 
 		 423 aa  95.9  1e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7547  protein of unknown function UPF0118  26.32 
 
 		 392 aa  92.4  2e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.43907  normal  0.494892 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0195  protein of unknown function UPF0118  24.29 
 
 		 486 aa  90.9  5e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3997  hypothetical protein  24.31 
 
 		 413 aa  89  2e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  decreased coverage  0.00194517  hitchhiker  0.0036434 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1247  protein of unknown function UPF0118  30.3 
 
 		 388 aa  87  7e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.842065 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1731  protein of unknown function UPF0118  26.53 
 
 		 373 aa  85.9  0.000000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.90656  normal  0.570586 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0457  hypothetical protein  26.05 
 
 		 383 aa  84  0.000000000000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.775898 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0238  hypothetical protein  23.53 
 
 		 421 aa  82  0.00000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.817468 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1196  protein of unknown function UPF0118  23.84 
 
 		 349 aa  82  0.00000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1694  permease-like protein  25.53 
 
 		 443 aa  80.1  0.0000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.111642  normal  0.106944 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4286  hypothetical protein  27.41 
 
 		 343 aa  79  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.573481  normal  0.303485 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_09400  predicted permease  25.63 
 
 		 357 aa  78.2  0.0000000000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.291782 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4850  hypothetical protein  26.92 
 
 		 394 aa  78.2  0.0000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1235  protein of unknown function UPF0118  23.93 
 
 		 354 aa  77.8  0.0000000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6535  protein of unknown function UPF0118  26.14 
 
 		 394 aa  77.4  0.0000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.278292  normal  0.0349253 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3031  protein of unknown function UPF0118  23.35 
 
 		 377 aa  76.6  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1881  hypothetical protein  25.7 
 
 		 435 aa  75.5  0.000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0518  protein of unknown function UPF0118  22.41 
 
 		 397 aa  75.9  0.000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.318359  normal  0.0533128 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2291  hypothetical protein  25.62 
 
 		 407 aa  75.5  0.000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.370535  normal  0.257699 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0503  protein of unknown function UPF0118  24.09 
 
 		 416 aa  75.9  0.000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0566  hypothetical protein  24.32 
 
 		 394 aa  75.9  0.000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.182463  normal  0.0679598 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2485  hypothetical protein  26.67 
 
 		 435 aa  75.1  0.000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.957524  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1226  hypothetical protein  28.21 
 
 		 376 aa  75.1  0.000000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1243  hypothetical protein  28.21 
 
 		 376 aa  75.1  0.000000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.597847 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2803  protein of unknown function UPF0118  23.47 
 
 		 441 aa  74.7  0.000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.168707  normal  0.0979616 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1252  hypothetical protein  29.44 
 
 		 376 aa  73.6  0.000000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2203  protein of unknown function UPF0118  27.27 
 
 		 397 aa  72.8  0.00000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0681126  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2291  hypothetical protein  25.65 
 
 		 424 aa  72.8  0.00000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_05050  predicted permease  31.43 
 
 		 405 aa  72.4  0.00000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.187674  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0749  protein of unknown function UPF0118  26.23 
 
 		 417 aa  72.4  0.00000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.104647 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4330  protein of unknown function UPF0118  23.55 
 
 		 358 aa  72.8  0.00000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.490644  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1793  hypothetical protein  22.28 
 
 		 387 aa  72.4  0.00000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.116515  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3393  protein of unknown function UPF0118  25.13 
 
 		 426 aa  72  0.00000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.334585  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0456  protein of unknown function UPF0118  19.28 
 
 		 460 aa  71.6  0.00000000003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.204189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0279  hypothetical protein  25.39 
 
 		 423 aa  71.6  0.00000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0267805 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2702  protein of unknown function UPF0118  26.47 
 
 		 358 aa  72  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00631725  hitchhiker  0.0000000345193 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0322  hypothetical protein  23.94 
 
 		 487 aa  70.9  0.00000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.084246  hitchhiker  0.000224903 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1973  hypothetical protein  23.95 
 
 		 369 aa  70.5  0.00000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0953876  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0136  protein of unknown function UPF0118  22.74 
 
 		 387 aa  70.1  0.0000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.291617  normal  0.459798 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2732  hypothetical protein  30.32 
 
 		 345 aa  69.7  0.0000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.216053 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2868  protein of unknown function UPF0118  22.4 
 
 		 400 aa  69.3  0.0000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.579917  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1194  protein of unknown function UPF0118  23.71 
 
 		 359 aa  69.7  0.0000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.514771  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_14120  predicted permease  23.45 
 
 		 476 aa  69.3  0.0000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.209203  normal  0.521602 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3009  protein of unknown function UPF0118  26.26 
 
 		 382 aa  68.9  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2867  permease PerM, putative  25.17 
 
 		 361 aa  68.2  0.0000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1125  protein of unknown function UPF0118  23.71 
 
 		 359 aa  68.6  0.0000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3308  protein of unknown function UPF0118  23.56 
 
 		 452 aa  68.2  0.0000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0783017  normal  0.176079 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2596  hypothetical protein  28.42 
 
 		 371 aa  67.8  0.0000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1700  hypothetical protein  29.33 
 
 		 429 aa  68.2  0.0000000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00039584 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1649  hypothetical protein  24.56 
 
 		 360 aa  67.8  0.0000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.673436  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2493  protein of unknown function UPF0118  24.35 
 
 		 360 aa  67.4  0.0000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.544644  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1785  hypothetical protein  24.35 
 
 		 360 aa  67.4  0.0000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.539102  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1829  hypothetical protein  24.35 
 
 		 360 aa  67.4  0.0000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.2453  normal  0.256539 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21060  predicted permease  25.49 
 
 		 436 aa  67.4  0.0000000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.152627  normal  0.29168 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1792  hypothetical protein  24.35 
 
 		 360 aa  67.4  0.0000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08290  predicted permease  24.22 
 
 		 367 aa  67  0.0000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1156  permease  24.86 
 
 		 382 aa  67  0.0000000009  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0866214  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1608  hypothetical protein  23.75 
 
 		 371 aa  66.2  0.000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.55717  normal  0.0841628 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2026  protein of unknown function UPF0118  22.83 
 
 		 398 aa  66.2  0.000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2700  hypothetical protein  26.24 
 
 		 368 aa  66.6  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0306531  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0169  hypothetical protein  24.04 
 
 		 381 aa  66.2  0.000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1697  hypothetical protein  25.28 
 
 		 360 aa  66.6  0.000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.588209  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1757  hypothetical protein  25 
 
 		 360 aa  66.2  0.000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.805933  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2800  hypothetical protein  23.08 
 
 		 425 aa  66.6  0.000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0330256  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0178  hypothetical protein  24.04 
 
 		 381 aa  66.2  0.000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0195  hypothetical protein  24.71 
 
 		 384 aa  66.6  0.000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.566996  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2556  protein of unknown function UPF0118  24.29 
 
 		 429 aa  66.2  0.000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1843  hypothetical protein  24.33 
 
 		 366 aa  66.6  0.000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.633644  normal  0.110752 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2329  protein of unknown function UPF0118  25.86 
 
 		 436 aa  65.9  0.000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000385102 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1066  hypothetical protein  24.04 
 
 		 359 aa  65.9  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.283585  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2262  hypothetical protein  26.94 
 
 		 381 aa  65.5  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0141033  normal  0.407022 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4482  protein of unknown function UPF0118  32.35 
 
 		 390 aa  65.5  0.000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.255906  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1995  hypothetical protein  21.56 
 
 		 361 aa  65.5  0.000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0255666  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3199  hypothetical protein  26.44 
 
 		 349 aa  65.9  0.000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0020334  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0159  hypothetical protein  29.29 
 
 		 381 aa  65.5  0.000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0479062 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3067  hypothetical protein  25.21 
 
 		 354 aa  65.1  0.000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0722131  normal  0.551545 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2128  protein of unknown function UPF0118  27.15 
 
 		 444 aa  65.1  0.000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.813628  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05740  predicted permease  23.49 
 
 		 351 aa  65.1  0.000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0159553  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3225  hypothetical protein  29.46 
 
 		 390 aa  65.1  0.000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10207  transmembrane protein  24.25 
 
 		 367 aa  64.7  0.000000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4624  protein of unknown function UPF0118  33.33 
 
 		 393 aa  64.7  0.000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0225  protein of unknown function UPF0118  22.53 
 
 		 345 aa  64.7  0.000000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000000651141  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2955  hypothetical protein  22.06 
 
 		 373 aa  64.3  0.000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0331656  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3512  hypothetical protein  23.2 
 
 		 356 aa  64.3  0.000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.293962  normal  0.922433 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3065  hypothetical protein  23.28 
 
 		 342 aa  64.3  0.000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.499692  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0779  Lipocalin-related protein and Bos/Can/Equ allergen  21.36 
 
 		 375 aa  64.3  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.770407  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0492  hypothetical protein  24.07 
 
 		 374 aa  64.3  0.000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>