More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_2867 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_2867  permease PerM, putative  100 
 
 		 361 aa  705    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2345  hypothetical protein  96.06 
 
 		 366 aa  641    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000000997744 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2417  hypothetical protein  96.06 
 
 		 366 aa  641    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.798484  hitchhiker  0.00111788 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1651  hypothetical protein  96.9 
 
 		 366 aa  646    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1829  hypothetical protein  90.62 
 
 		 360 aa  596  1e-169  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.2453  normal  0.256539 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1792  hypothetical protein  90.62 
 
 		 360 aa  596  1e-169  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1785  hypothetical protein  90.62 
 
 		 360 aa  596  1e-169  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.539102  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2493  protein of unknown function UPF0118  90.62 
 
 		 360 aa  596  1e-169  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.544644  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1697  hypothetical protein  88.83 
 
 		 360 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.588209  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1973  hypothetical protein  79.28 
 
 		 369 aa  575  1.0000000000000001e-163  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0953876  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2171  hypothetical protein  78.18 
 
 		 366 aa  556  1e-157  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.655201  normal  0.719413 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1843  hypothetical protein  79.06 
 
 		 366 aa  535  1e-151  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.633644  normal  0.110752 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1757  hypothetical protein  78 
 
 		 360 aa  531  1e-150  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.805933  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2435  hypothetical protein  76.45 
 
 		 361 aa  529  1e-149  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0011748 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1649  hypothetical protein  78.86 
 
 		 360 aa  530  1e-149  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.673436  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1911  hypothetical protein  75.07 
 
 		 372 aa  523  1e-147  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.24805  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002790  permease PerM  53.24 
 
 		 357 aa  360  2e-98  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0928  permease  52.89 
 
 		 361 aa  355  1e-96  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.335153 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3512  hypothetical protein  51.26 
 
 		 356 aa  354  1e-96  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.293962  normal  0.922433 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2640  permease PerM  49.72 
 
 		 355 aa  352  5e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.419277  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2752  permease PerM  49.72 
 
 		 362 aa  352  5.9999999999999994e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2688  permease PerM  49.72 
 
 		 355 aa  352  7e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2730  permease PerM  49.72 
 
 		 362 aa  352  7e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.659097  normal  0.956035 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2861  permease PerM  49.72 
 
 		 362 aa  352  7e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1742  putative permease PerM  53.48 
 
 		 354 aa  348  1e-94  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03191  hypothetical protein  54.37 
 
 		 356 aa  347  2e-94  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02385  predicted inner membrane protein  49.29 
 
 		 353 aa  341  9e-93  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0762767  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1176  protein of unknown function UPF0118  49.29 
 
 		 353 aa  341  9e-93  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.412561  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2867  putative permease, PerM family  49.29 
 
 		 353 aa  341  9e-93  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.697689  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02347  hypothetical protein  49.29 
 
 		 353 aa  341  9e-93  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.106827  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3715  putative permease, PerM family  49.29 
 
 		 353 aa  341  9e-93  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1183  hypothetical protein  49.29 
 
 		 353 aa  341  9e-93  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0538168 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2640  PerM family permease  49.29 
 
 		 353 aa  341  9e-93  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2775  PerM family permease  49.29 
 
 		 353 aa  341  9e-93  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0215248  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2627  PerM family permease  49.29 
 
 		 353 aa  341  9e-93  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2382  membrane protein  53.37 
 
 		 355 aa  338  5.9999999999999996e-92  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3187  putative permease  53.58 
 
 		 357 aa  338  9e-92  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.295884  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1357  hypothetical protein  49.17 
 
 		 354 aa  337  2.9999999999999997e-91  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1240  putative permease PerM  49.17 
 
 		 354 aa  337  2.9999999999999997e-91  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00935863  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3128  putative permease PerM  49.17 
 
 		 354 aa  337  2.9999999999999997e-91  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00611871  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2481  hypothetical protein  48.9 
 
 		 356 aa  330  3e-89  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.691389  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1003  permease  50.7 
 
 		 350 aa  330  3e-89  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0492002  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2977  hypothetical protein  50 
 
 		 353 aa  321  9.999999999999999e-87  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.283703 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02140  putative permease  50.14 
 
 		 357 aa  320  1.9999999999999998e-86  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0913386  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0823  protein of unknown function UPF0118  46.15 
 
 		 358 aa  310  2.9999999999999997e-83  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.74505  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1990  protein of unknown function UPF0118  44.17 
 
 		 372 aa  304  2.0000000000000002e-81  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0190  hypothetical protein  47.54 
 
 		 356 aa  298  8e-80  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2006  hypothetical protein  45.08 
 
 		 363 aa  291  9e-78  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000247505  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2482  hypothetical protein  45.24 
 
 		 359 aa  280  4e-74  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2818  hypothetical protein  46.54 
 
 		 363 aa  277  3e-73  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0259  protein of unknown function UPF0118  46.37 
 
 		 356 aa  276  4e-73  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2574  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.61 
 
 		 356 aa  276  4e-73  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2087  hypothetical protein  43.79 
 
 		 353 aa  273  3e-72  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.257402  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2201  hypothetical protein  42.18 
 
 		 365 aa  273  4.0000000000000004e-72  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.000750597  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4390  hypothetical protein  49.18 
 
 		 357 aa  272  8.000000000000001e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1545  hypothetical protein  47.61 
 
 		 356 aa  271  2e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0842476  normal  0.0322858 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1408  hypothetical protein  47.06 
 
 		 372 aa  271  2e-71  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.285024  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51300  hypothetical protein  49.17 
 
 		 357 aa  271  2e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000068395 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1660  hypothetical protein  48.46 
 
 		 356 aa  269  7e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3956  membrane protein, PerM family  47.04 
 
 		 356 aa  266  4e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1368  hypothetical protein  47.04 
 
 		 356 aa  263  4.999999999999999e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.140137  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1693  hypothetical protein  43.47 
 
 		 358 aa  261  1e-68  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.561325  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0662  permease, putative  44.2 
 
 		 362 aa  259  4e-68  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.531977  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1234  hypothetical protein  46.54 
 
 		 356 aa  243  5e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.946074 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1264  hypothetical protein  46.54 
 
 		 356 aa  243  5e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.833636 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4184  hypothetical protein  46.26 
 
 		 356 aa  243  5e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3978  hypothetical protein  45.92 
 
 		 356 aa  229  5e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1495  protein of unknown function UPF0118  39.6 
 
 		 354 aa  224  2e-57  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0496073  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0660  riboflavin transporter  43.38 
 
 		 363 aa  218  2e-55  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0764  hypothetical protein  43.38 
 
 		 363 aa  218  2e-55  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3470  hypothetical protein  36.44 
 
 		 362 aa  187  2e-46  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0768  hypothetical protein  29.18 
 
 		 343 aa  134  3e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.011294  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1194  hypothetical protein  26.97 
 
 		 396 aa  117  3e-25  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2994  hypothetical protein  28.21 
 
 		 360 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00687092 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2922  protein of unknown function UPF0118  24.58 
 
 		 357 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.512956  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0492  hypothetical protein  29.59 
 
 		 374 aa  109  7.000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3687  hypothetical protein  28.53 
 
 		 357 aa  108  1e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000304887 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0726  hypothetical protein  27.71 
 
 		 355 aa  108  1e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0633  hypothetical protein  26.63 
 
 		 348 aa  108  1e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0451762  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1330  protein of unknown function UPF0118  25.57 
 
 		 351 aa  108  1e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4510  hypothetical protein  27.71 
 
 		 355 aa  108  1e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1860  permease  25.93 
 
 		 369 aa  108  1e-22  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4470  hypothetical protein  26.49 
 
 		 355 aa  108  2e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000112475 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4286  hypothetical protein  26.49 
 
 		 355 aa  108  2e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4123  hypothetical protein  26.49 
 
 		 355 aa  108  2e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4134  hypothetical protein  26.49 
 
 		 355 aa  108  2e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4618  hypothetical protein  26.49 
 
 		 355 aa  108  2e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.569611  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4237  hypothetical protein  26.83 
 
 		 355 aa  107  4e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02243  permease  30.51 
 
 		 388 aa  106  5e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.41641  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2027  protein of unknown function UPF0118  25.56 
 
 		 354 aa  106  7e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.294883  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1589  protein of unknown function UPF0118  29.67 
 
 		 355 aa  106  7e-22  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1647  hypothetical protein  27.64 
 
 		 345 aa  105  1e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0171139 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1577  permease  28.4 
 
 		 379 aa  103  3e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3575  protein of unknown function UPF0118  28.66 
 
 		 344 aa  103  4e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00192559  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1635  hypothetical protein  28.61 
 
 		 357 aa  103  5e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.546399  normal  0.110517 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0728  protein of unknown function UPF0118  26.22 
 
 		 363 aa  103  6e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1702  permease, putative  27.84 
 
 		 357 aa  102  1e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.303674  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0858  protein of unknown function UPF0118  27.76 
 
 		 402 aa  102  1e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.640782  normal  0.206541 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3083  hypothetical protein  26.3 
 
 		 373 aa  101  2e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.000376158  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2774  hypothetical protein  25.23 
 
 		 348 aa  101  2e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>